La investigación se realizó en la cuenca media y baja del río Cunas, de abril de 2010 a marzo de 2011, con el objetivo de evaluar el estado actual de la biodiversidad de las comunidades vegetales y del ecosistema acuático, mediante indicadores de estructura y diversidad. El muestreo de la flora terrestre se realizó mediante los métodos de las líneas de Canfield y el de área. La evaluación de la diversidad vegetal, se realizó en base a la estructura y diversidad de las comunidades vegetales. La estructura, se determinó mediante el índice de valor de importancia y la diversidad, mediante los índices de riqueza de especies, de Simpson y de Shannon Wiener. Los resultados indican que las especies que presentan el mas alto índice de valor de importancia son Agave americana, Eucaliptus globulus y Baccharis sp, con valores de 99,63%, 58,06% y 49,7%, respectivamente, mientras que las especies que presentan el mas bajo índice de valor de importancia, son Cassia sp, Opuntia ficus indica y Alnus jurullensis con valores de 8,16%, 7,69% y ,73%, respectivamente. El índice de riqueza de especies (S = 10), indica que en la zona de estudio existen 10 especies vegetales. El índice de Simpson (λ = 0,25148), indica una probabilidad de 0,25148 de que si tomamos dos individuos al azar de una muestra, sean de la misma especie. El índice de Shannon Wiener (H ´= 0,3085), indica que el grado promedio de incertidumbre en predecir a que especie pertenecerá un individuo escogido al azar de una colección es de 0,3085. Las comunidades biológicas presentes en el ecosistema acuático, estuvieron conformadas por plancton, bentos, necton y vegetación acuática. Concluyéndose que la diversidad de la flora terrestre y de la flora y fauna acuática en la cuenca media y baja del río Cunas, presenta cierto grado de alteración, debido a las diferentes actividades antropogénicas desarrolladas en el área de influencia.