В селекции крупного рогатого скота (КРС) большое значение имеет изучение концентрации аллелей групп крови и динамики частоты встречаемости для выявления изменений в генетической структуре, происходящих в процессе селекции, как породы в целом, так и отдельного стада. Установлены изменения генетической ситуации в стаде КРС голштинской породы в условиях Сахалинской области. Генетическую ситуацию контролировали с помощью EAB-локуса групп крови у 782 животных, рожденных в 1999 – 2018 гг. Анализ динамики аллелофонда во времени показал сокращение общего числа аллелей, участвующих в формировании генотипов EAB-локуса, с 42 (потомки 1999 – 2000 гг. рождения) до 21 – 23 (потомки 2015 – 2018 гг. рождения). Произошло изменение уровня гомозиготности в сторону его увеличения с 8,4 (потомки 1999 – 2000 гг. рождения) до 18,2 (потомки 2017 – 2018 гг. рождения), и, как следствие этого, наблюдалось уменьшение числа эффективных аллелей. Использование большого числа быков, носителей аллели G2Y2E2’Q’, привело в хозяйстве к увеличению рождения потомков (2017 – 2018 гг.), носителей данной аллели, в 1,7 раза. У потомков, рожденных с 2003 по 2010 г., элиминировали аллели Q, B2B’’, B2G2KI1O1D’O’Q’, O1Y2, I’, I2I’, O1Y2D’G’Q’, G3O1T1A2’E3’K’, I1O1Y2, QQ’, Y2Q’ и др. За весь период исследования генофонд восполнился только 25 аллелями, что привело к снижению генетического разнообразия в стаде.