Las enfermedades transmitidas por alimentos (ETA’s) son un problema importante en la salud pública y la prevalencia de las mismas permiten conocer la calidad higiénico-sanitaria de los alimentos. Se realizó un estudio descriptivo de corte transversal, en el cuál se muestrearon aleatoriamente 8 sitios de expendio, de los cuales 4 corresponden al denominado sector A (cadenas comerciales) y, los otros 4 del sector B (distribuidores mayoristas) de huevo comercial en la ciudad de Ibarra, es así que se escogieron al azar 10 huevos por sitio de expendio, dando así un total de 80 huevos estudiados. De cada huevo se sustrajo 3 muestras: clara, yema y cascarón; obteniendo un total de 240 muestras que se repartieron en dos grupos, cultivos para Salmonella spp., y Escherichia coli., obteniendo un total de 480 muestras procesadas para cultivo bacteriano aplicando los métodos de la Norma Técnica Ecuatoriana INEN 1529-15 e INEN 1529-8 respectivamente, para el control microbiológico de alimentos. Como resultado del análisis microbiológico se obtuvo un total de 18 muestras positivas, 10 para Salmonella spp., y 8 para Escherichia coli, con ello se procedió a realizar el aislamiento de las colonias en caldo nutritivo para posteriormente realizar la extracción de ADN. Terminada esta etapa se realizó la PCR para la amplificación del gen ADNr 16s, y con ello realizar la técnica RFLP para la detección de polimorfismos. En conclusión, se obtuvo una prevalencia del 4,16% y 3,33% para Salmonella spp., y Escherichia coli; siendo el sector B (distribuidores mayoristas) el de mayor prevalencia, además mediante la secuenciación se detectaron otras especies bacterianas correspondientes a: Pseudomonas sp, Acinetobacter sp, Enterobacter sp. Se identificó dos serotipos para Salmonella spp: S. Enteritidis y S. Typhimurium. El serotipo identificado de la bacteria Escherichia coli fue O157:H7.