Madrasah sebagai basis pendidikan Islam sekarang ini dihadapkan pada persoalan-persoalan yang cukup kompleks, yakni persoalan manajemen, reformasi dan globalisasi menuju masyarakat Indonesia baru. Tantangan yang dihadapi sekarang adalah bagaimana upaya untuk membangun paradigma baru pendidikan Islam, visi, misi, dan tujuan, yang didukung dengan sistem kurikulum, manajemen dan organisasi, metode pembelajaran untuk dapat mempersiapkan manusia yang berkualitas, bermoral tinggi dalam menghadapi perubahan masyarakat global yang begitu cepat, sehingga produk pendidikan Islam tidak hanya melayani dunia modern, tetapi mempunyai pasar baru atau mampu bersaing secara kompetetif dan proaktif dalam dunia masyarakat modern. Oleh karena itu, posisi madrasah dalam menyelenggarakan pendidikan Islam meski melakukan tansformasi diri dalam membangun sitem pendidikanan antara lain; pertama, Membangun sistem pendidikan Islam yang mampu mengembangkan sumber daya manusia yang berkualitas agar mampu mengantisipasi kemajuan IPTEK untuk menghadapi tantangan dunia global menuju masyarakat Indonesia baru yang dilandasi dengan nilai-nilai ilahiyah, kemanusia (insaniyah), dan masyarakat, serta budaya. Kedua, Menata manajemen pendidikan Islam dengan berorientasi pada manajemen berbasis sekolah agar mampu menyerap aspirasi masyarakat, dapat mendayagunakan potensi masyarakat, dan daerah (otonomi daerah) dalam rangka penyelenggaraan pendidikan Islam yang berkualitas. Ketiga, Meningkatkan demokratisasi penyelenggaraan madrasah secara berkelanjutan dalam upaya memenuhi kebutuhan masyarakat agar dapat menggali serta mendayagunakan potensi masyarakat.