Aesthetic Discrimination of Graph Layouts

MotivationSingle-cell gene expression profiling technologies can map the cell states in a tissue or organism. As these technologies become more common, there is a need for computational tools to explore the data they produce. In particular, existing data visualization approaches are imperfect for studying continuous gene expression topologies.ResultsForce-directed layouts of k-nearest-neighbor graphs can visualize continuous gene expression topologies in a manner that preserves high-dimensional relationships and allows manually exploration of different stable two-dimensional representations of the same data. We implemented an interactive web-tool to visualize single-cell data using force-directed graph layouts, called SPRING. SPRING reveals more detailed biological relationships than existing approaches when applied to branching gene expression trajectories from hematopoietic progenitor cells. Visualizations from SPRING are also more reproducible than those of stochastic visualization methods such as tSNE, a state-of-the-art tool.Availabilityhttps://kleintools.hms.harvard.edu/tools/spring.html,https://github.com/AllonKleinLab/SPRING/[email protected], [email protected]

Download Full-text

Obstructions and algorithms for graph layouts problems

10.12681/eadd/41215 ◽

2017 ◽

Author(s):

Δημήτριος Ζώρος

Keyword(s):

Graph Layouts

Η σύγχρονη Θεωρία Γραφημάτων έχει επηρεαστεί σε μεγάλο βαθμό από την δουλειά των N. Robertson και P. Seymour. έσα από αυτήν, πληθώρα από δομικά, συνδυαστικά, καθώς και αλγοριθμικά αποτελέσματα εισήχθηκαν, σε μία σειρά από εργασίες που είχε απώτερο στόχο την απόδειξη της εικασίας του Wagner. Σε αυτή την διδακτορική διατριβή επικεντρωνόμαστε στην μελέτη των Συνόλων Παρεμπόδισης, μία από τις σημαντικότερες συνδυαστικές έννοιες αυτής της θεωρίας. Πιο συγκεκριμένα, μελετάμε την συνδυαστική και αλγοριθμική πτυχή, καθώς και την υπολογισιμότητα, των γραφημάτων παρεμπόδισης, σε σχέση με παραμέτρους γραφημάτων που πηγάζουν από Διατάξεις σε Γραφήματα, Προβλήματα Διαγραφής ορυφών και Προβλήματα Ανίχνευσης Γραφημάτων. Η μελέτη αυτή είναι βασισμένη σε σχέσεις μερικής διάταξης γραφημάτων, όπως τα ελάσσονα, οι εμβυθίσεις και οι συνθλίψεις. Η μελέτη μας περιλαμβάνει αποτελέσματα σχετικά με την ύπαρξη και υπολογισιμότητα των συνόλων παρεμπόδισης, συνδυαστικά φράγματα στο μέγεθος τους, καθώς και την αλληλεπίδρασή τους με την Παραμετρική Πολυπλοκότητα και την Πυρηνοποίηση.

Download Full-text