Le microbiote intestinal est un terme désignant l’ensemble des micro-organismes présents dans la lumière digestive. Depuis quelques années, son étude connaît un essor considérable grâce au développement de la génomique. Les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI), la maladie de Crohn et la rectocolite hémorragique sont des pathologies apparues au fur et à mesure de l’occidentalisation du mode de vie. Le microbiote intestinal étant un acteur majeur de la physiologie intestinale et sensible aux modifications environnementales, l’hypothèse d’un rôle pivot du microbiote intestinal dans la pathogénie des MICI s’est donc imposée. Le microbiote intestinal des patients atteints d’une MICI se caractérise par des différences de composition et d’activité métabolique par rapport aux sujets sains. Une dysbiose, c’est-à-dire un déséquilibre entre les bactéries pro-inflammatoires et anti-inflammatoires, est observée, associée à une perte de la diversité et à une activité fonctionnelle modifiée. Néanmoins, le rôle causal du microbiote dans la pathogénie des MICI n’est pas clairement élucidé. Pour l’instant, cette analyse du microbiote n’a pas d’intérêt en pratique clinique à l’échelon individuel. Néanmoins, dans les années à venir, il pourrait servir de biomarqueur pour prédire l’évolution de la maladie ou la réponse au traitement. Les applications thérapeutiques sont encore au stade de l’essai clinique mais que ce soit via l’alimentation ou la transplantation de microbiote fécal, des prises en charge ayant comme cible le microbiote devraient voir le jour dans les prochaines années pour les patients atteints d’une MICI.