A TaqMan probe-based multiplex real-time PCR method for the specific detection of wild type lumpy skin disease virus with beta-actin as internal amplification control

2021 ◽  
pp. 101778
Author(s):  
Eirini I. Agianniotaki ◽  
Serafeim C. Chaintoutis ◽  
Andy Haegeman ◽  
Kris De Clercq ◽  
Eleni Chondrokouki ◽  
...  
Keyword(s):  
Real Time ◽  
Disease Virus ◽  
Real Time Pcr ◽  
Skin Disease ◽  
Taqman Probe ◽  
Wild Type ◽  
Specific Detection ◽  
Lumpy Skin Disease ◽  
Beta Actin ◽  
Pcr Method

Development and validation of a TaqMan probe-based real-time PCR method for the differentiation of wild type lumpy skin disease virus from vaccine virus strains

2017 ◽  
Vol 249 ◽  
pp. 48-57 ◽  
Author(s):  
Eirini I. Agianniotaki ◽  
Serafeim C. Chaintoutis ◽  
Andy Haegeman ◽  
Konstantia E. Tasioudi ◽  
Ilse De Leeuw ◽  
...  
Keyword(s):  
Disease Virus ◽  
Real Time Pcr ◽  
Skin Disease ◽  
Vaccine Virus ◽  
Taqman Probe ◽  
Wild Type ◽  
Lumpy Skin Disease ◽  
Pcr Method ◽  
Development And Validation ◽  
Virus Strains

scholarly journals Real-Time PCR Assays for the Specific Detection of Field Balkan Strains of Lumpy Skin Disease Virus

2016 ◽  
Vol 66 (4) ◽  
pp. 444-454 ◽  
Author(s):  
Dejan Vidanović ◽  
Milanko Šekler ◽  
Tamaš Petrović ◽  
Zoran Debeljak ◽  
Nikola Vasković ◽  
...  
Keyword(s):  
Real Time ◽  
Disease Virus ◽  
Real Time Pcr ◽  
Skin Disease ◽  
Standard Procedure ◽  
Clinical Samples ◽  
Specific Detection ◽  
Lumpy Skin Disease ◽  
Lumpy Skin Disease Virus ◽  
Pcr Assays

Abstract Lumpy skin disease (LSD) is an important disease of cattle which is included in the OIE list of notifiable terrestrial animal diseases because of its great economic importance. The etiological agent is the Lumpy skin disease virus (LSDV). In the control of LSD attenuated strains of LSDV and SPPV are successfully used as vaccine strains in infected areas. In the case of vaccination policy, due to the possibility of mild or systemic post-vaccination reactions in vaccinated animals, the application of diagnostic procedures that will rapidly and specifically differentiate LSDV field strains from LSD vaccine virus strains are extremely important. Rapidity in diagnostics and disposal of infected animals is one of the key factors in the prevention of spreading the disease. In the presented study we have described the development and validation of two real-time TaqMan-PCR assays for a rapid, sensitive and specific detection of the virulent field LSDV strain currently circulating in the Balkan Peninsula. Specificity for the field strain and exclusivity for vaccine strains was tested on 171 samples from naturally infected and vaccinated animals. The results of this study show that both developed real-time PCR assays are more sensitive than the conventional nested PCR in detecting field LSDV strains thus enabling rapid and high-throughput detection of animals infected with field strains of LSDV. In conclusion, both KV-2 and FLI real-time PCR assays described in this study are simple, rapid, sensitive and suitable for routine use in a diagnostic laboratory and have the potential to replace conventional nested gel-based PCR assays as the standard procedure for the detection of field strains of LSDV in clinical samples.

scholarly journals ONE-RUN REAL TIME PCR ASSAYS FOR THE DETECTION OF CAPRIPOXVIRUSES, FIELD ISOLATES AND VACCINE STRAINS OF LUMPY SKIN DISEASE VIRUS

2019 ◽  
Vol 54 (2) ◽  
pp. 347-358 ◽  
Author(s):  
A.V. Sprygin ◽  
◽  
Ya.E. Pestova ◽  
E.S. Kostrova ◽  
S.V. Kononova ◽  
...  
Keyword(s):  
Real Time ◽  
Disease Virus ◽  
Real Time Pcr ◽  
Skin Disease ◽  
Lumpy Skin Disease ◽  
Lumpy Skin Disease Virus ◽  
Field Isolates ◽  
Pcr Assays

scholarly journals A real-time PCR screening assay for the universal detection of lumpy skin disease virus DNA

2019 ◽  
Vol 12 (1) ◽  
Author(s):  
Sprygin Alexander ◽  
Byadovskaya Olga ◽  
Kononova Svetlana ◽  
Zakharov Valeriy ◽  
Pestova Yana ◽  
...  
Keyword(s):  
Real Time ◽  
Disease Virus ◽  
Real Time Pcr ◽  
Skin Disease ◽  
Screening Assay ◽  
Lumpy Skin Disease ◽  
Lumpy Skin Disease Virus ◽  
Pcr Screening ◽  
Universal Detection

scholarly journals Serum Biochemistry of Lumpy Skin Disease Virus-Infected Cattle

2016 ◽  
Vol 2016 ◽  
pp. 1-6 ◽  
Author(s):  
Murat Şevik ◽  
Oğuzhan Avci ◽  
Müge Doğan ◽  
Ömer Barış İnce
Keyword(s):  
Real Time ◽  
Disease Virus ◽  
Real Time Pcr ◽  
Skin Disease ◽  
Infected Cattle ◽  
Serum Samples ◽  
Lumpy Skin Disease ◽  
Blood Samples ◽  
Lumpy Skin Disease Virus ◽  
Serum Biochemical

Lumpy skin disease is an economically important poxvirus disease of cattle. Vaccination is the main method of control but sporadic outbreaks have been reported in Turkey. This study was carried out to determine the changes in serum biochemical values of cattle naturally infected with lumpy skin disease virus (LSDV). For this study, blood samples in EDTA, serum samples, and nodular skin lesions were obtained from clinically infected animals (n=15) whereas blood samples in EDTA and serum samples were collected from healthy animals (n=15). A quantitative real-time PCR method was used to detectCapripoxvirus(CaPV) DNA in clinical samples. A real-time PCR high-resolution melt assay was performed to genotype CaPVs. Serum cardiac, hepatic, and renal damage markers and lipid metabolism products were measured by autoanalyzer. LSDV nucleic acid was detected in all samples which were obtained from clinically infected cattle. The results of serum biochemical analysis showed that aspartate aminotransferase, alkaline phosphatase, total protein, and creatinine concentrations were markedly increased in serum from infected animals. However, there were no significant differences in the other biochemical parameters evaluated. The results of the current study suggest that liver and kidney failures occur during LSDV infection. These findings may help in developing effective treatment strategies in LSDV infection.

scholarly journals Οζώδης δερματίτιδα των βοοειδών

2020 ◽  
Author(s):  
Ειρήνη Αγιαννιωτάκη
Keyword(s):  
Real Time ◽  
Disease Virus ◽  
Real Time Pcr ◽  
Skin Disease ◽  
Lumpy Skin Disease ◽  
Lumpy Skin Disease Virus

Η χρήση ζωντανών εμβολίων ελαττωμένης λοιμογόνου δύναμης με στέλεχος Neethling, για την ανοσοποίηση των βοοειδών έναντι του ιού της οζώδους δερματίτιδας των βοοειδών (Lumpy skin disease virus, LSDV), συσχετίζεται με την εμφάνιση σε ένα ποσοστό ζώων, μικρών δερματικών επιφανειακών οζιδίων, που προσoμοιάζουν με τα οζίδια του νοσήματος. Οι ανεπιθύμητες αντιδράσεις στο εμβόλιο επιβάλλουν τη διάκριση των επιζωοτικών (άγριων στελεχών του ιού που προκαλούν επιζωοτία) και εμβολιακών στελεχών του LSDV για την επιτήρηση σε εκτροφές που εφαρμόστηκε εμβολιασμός, ώστε να διασφαλίζεται η στοχευμένη θανάτωση των ζώων που νοσούν. Σκοπός της διατριβής ήταν η αλληλούχιση ολόκληρου του γονιδιώματος του ελληνικού επιζωοτικού στελέχους LSDV, η ανάπτυξη νέων διαγνωστικών μεθόδων real-time PCR για την επιτήρηση σε εκτροφές που εφαρμόζεται εμβολιασμός και η διερεύνηση της παρεχόμενης παθητικής ανοσίας στους μόσχους. Αλληλουχήθηκε το επιζωοτικό LSDV στέλεχος Evros/GR/15 σε ολόκληρο το γονιδίωμα και ταυτοποιήθηκαν οι διαφορές με την αλληλουχία αναφοράς και με άλλα επιζωοτικά LSDV στελέχη. Τέλος, αναγνωρίστηκαν οι κατάλληλες περιοχές του γονιδιώματος του Evros/GR/15 που μπορούν να χρησιμοποιηθούν για τον σχεδιασμό real-time PCR μεθόδων. Στη συνέχεια έγινε ανάπτυξη και επικύρωση μιας νέας διαγνωστικής μεθόδου DIVA real-time PCR για τη διάκριση των επιζωοτικών και εμβολιακών στελεχών του LSDV. Η νέα μέθοδος σχεδιάστηκε στοχεύοντας το γονίδιο GPCR και αξιολογήθηκε ως πολύ ειδική και ευαίσθητη μοριακή μέθοδος. Η DIVA real-time PCR είναι μέθοδος εκλογής για την επιτήρηση σε εκτροφές που εφαρμόζεται εμβολιασμός και η εφαρμογή της δίνει τη δυνατότητα της γρήγορης διαφορικής διάγνωσης ανάμεσα στα περιστατικά της νόσου και στα περιστατικά αντιδράσεων στα εμβόλια. Περαιτέρω, στα πλαίσια της διατριβής πραγματοποιήθηκε η ανάπτυξη μιας δεύτερης διαγνωστικής μεθόδου real-time PCR για την ανίχνευση των επιζωοτικών στελεχών του LSDV στοχεύοντας το γονίδιο EEV του LSDV, με την ταυτόχρονη ανίχνευση ενδογενούς μάρτυρα β-ακτίνης. Σε ζώα με αντίδραση στο εμβόλιο, όπου εντοπίζονται υψηλοί τίτλοι του εμβολιακού LSDV στελέχους, η μέθοδος παρέχει τη δυνατότητα ανίχνευσης πολύ μικρών συγκεντρώσεων του επιζωοτικού LSDV, καθιστώντας δυνατό τον έλεγχο της αφανούς κυκλοφορίας του επιζωοτικού LSDV που θα μπορούσε εν δυνάμει να καλυφθεί κατά τους εμβολιασμούς. Τέλος, για πρώτη φορά εκτιμήθηκε ο τίτλος και η διάρκεια των μητρικών εξουδετερωτικών αντισωμάτων έναντι του εμβολιακού Neethling LSDV στελέχους, σε μόσχους εμβολιασμένων αγελάδων ελληνικής εκτροφής. Διαπιστώθηκε ότι, ο μεγαλύτερος αριθμός των μόσχων δεν προστατεύεται από τη μητρική ανοσία μέσω του πρωτογάλακτος μετά τον 3ο μήνα και πιθανόν και μετά το 2ο μήνα της ζωής τους, καθώς μόνο σε μόσχους με υψηλούς τίτλους εξουδετερωτικών αντισωμάτων την 3η ημέρα της ζωής τους, η μητρική ανοσία διήρκεσε μέχρι την 90η ημέρα. Από τα ευρήματα αυτά προκύπτει ότι οι ισχύουσες κατευθυντήριες οδηγίες για την ηλικία έναρξης των εμβολιασμών κατά της οζώδους δερματίτιδας των βοοειδών θα πρέπει να αναθεωρηθούν, ώστε να μειωθεί ο πληθυσμός των ευπαθών στη μόλυνση βοοειδών και να διασφαλιστεί η αποτελεσματικότητα των μέτρων ελέγχου της νόσου στην Ελλάδα και την Ευρώπη.

Test-system for detection of lumpy skin disease virus genome by Real-Time PCR

2019 ◽  
Vol 22 (8) ◽  
pp. 56-61
Author(s):  
T.R. Usadov ◽  
◽  
A.Yu. Koltsov ◽  
M.M. Sukher ◽  
Yu.P. Morgunov ◽  
...  
Keyword(s):  
Real Time ◽  
Disease Virus ◽  
Real Time Pcr ◽  
Skin Disease ◽  
Virus Genome ◽  
Test System ◽  
Lumpy Skin Disease ◽  
Lumpy Skin Disease Virus

REAL TIME PCR FOR THE DETECTION OF FIELD ISOLATES OF LUMPY SKIN DISEASE VIRUS IN CLINICAL SAMPLES FROM CAT-TLE

2018 ◽  
Vol 53 (2) ◽  
pp. 422-429 ◽  
Author(s):  
Ya.E. Pestova ◽  
E.E. Artyukhova ◽  
E.E. Kostrova ◽  
I.N. Shumoliva ◽  
A.V. Kononov ◽  
...  
Keyword(s):  
Real Time ◽  
Disease Virus ◽  
Real Time Pcr ◽  
Skin Disease ◽  
Clinical Samples ◽  
Lumpy Skin Disease ◽  
Lumpy Skin Disease Virus ◽  
Field Isolates

Detection of Sesame Seed DNA in Foods Using Real-Time PCR

2007 ◽  
Vol 70 (4) ◽  
pp. 1033-1036 ◽  
Author(s):  
JENNIFER L. BRZEZINSKI
Keyword(s):  
Real Time ◽  
Real Time Pcr ◽  
Sesame Seed ◽  
Food Products ◽  
Taqman Probe ◽  
2S Albumin ◽  
Sesame Seeds ◽  
Baked Goods ◽  
Pcr Method ◽  
Seed Dna

The detection of potentially allergenic foods, such as sesame seeds, in food products is a major concern for the food-processing industry. A real-time PCR method was designed to determine if sesame seed DNA is present in food products. The PCR reaction amplifies a 66-bp fragment of the sesame seed 2S albumin gene, which is detected with a sesame-specific, dual-labeled TaqMan probe. This reaction will not amplify DNA derived from other seeds present in baked goods, such as pumpkin, poppy, and sunflower seeds. Additionally, this assay will not cross-react with DNA from several tree nut species, such as almond, Brazil nut, cashew, hazelnut, and walnut, as well as four varieties of peanut. This assay is sensitive enough to detect 5 pg of purified sesame seed DNA, as well as sesame seed DNA in a spiked wheat cracker sample.

Sign in / Sign up

Export Citation Format

Share Document