Ribonuclease Protection: Mapping RNA with Ribonuclease and Radiolabeled RNA Probes

A gyermekkori nephrosis 90%-a idiopathiás nephrosis szindróma. Az idetartozó három kórkép, a minimal change betegség, a mesangialis proliferatio és a focalis sclerosis hasonló klinikai képpel jelentkező, eltérő prognózisú és terápiás válaszú betegség. Dolgozatunk célja az idiopathiás nephrosis szindrómába tartozó kórképek kialakulásával, progressziójával összefüggő genetikai ismeretek, génexpressziós változások áttekintése és funkcionális csoportosítása. A génexpressziós változások meghatározásának eszközeként, dolgozatunk röviden összefoglalja a northern blot, a ribonuclease protection assay, az in situ RNS-hibridizáció, a kvantitatív RT-PCR és a microarray módszerek lényegét. Az eddig elvégzett vizsgálatok a DNS-szintézis és repair gének, növekedési faktorok, extracelluláris mátrix, extracelluláris ligandreceptorok, extracelluláris jelátvitel zavarai mellett kiemelik a metabolikus és transzporter gének, illetve az immunszabályozó gének molekuláris eltéréseit, amelyek összefüggésben vannak az idiopathiás nephrosis szindróma eddig megismert molekuláris hátterével. A chiptechnológia fejlődésével és elterjedésével ezek a markerek és a hagyományos vizsgálati módszerek párhuzamos alkalmazása rutindiagnosztikai szempontból is fontossá válhat.

Download Full-text

Use of [32P]RNA probes for the dot-hybridization detection of potato spindle tuber viroid

Journal of Virological Methods ◽

10.1016/0166-0934(86)90033-9 ◽

1986 ◽

Vol 14 (3-4) ◽

pp. 309-319 ◽

Cited By ~ 27

Author(s):

D.K. Lakshman ◽

C. Hiruki ◽

X.N. Wu ◽

W.C. Leung

Keyword(s):

Potato Spindle Tuber Viroid ◽

Rna Probes ◽

Dot Hybridization ◽

Hybridization Detection

Download Full-text

A ribonuclease protection assay for the direct detection and quantitation of hepatitis C virus RNA

Clinical and Diagnostic Virology ◽

10.1016/0928-0197(93)90005-p ◽

1993 ◽

Vol 1 (4) ◽

pp. 233-244 ◽

Cited By ~ 6

Author(s):

Nafees Ahmad ◽

I.Ken Kuramoto ◽

Bahige M. Baroudy

Keyword(s):

Hepatitis C Virus ◽

Hepatitis C ◽

Direct Detection ◽

Ribonuclease Protection Assay ◽

Protection Assay ◽

Hepatitis C Virus Rna ◽

Virus Rna ◽

Ribonuclease Protection

Download Full-text

hyRAD RNA probes preparation and capture v2

10.17504/protocols.io.bywxpxfn ◽

2021 ◽

Author(s):

Tomasz Suchan ◽

Ludovic Orlando

Keyword(s):

Ancient Dna ◽

Molecular Ecology ◽

Rna Probes ◽

Dna Capture

Supplemental Information for: Suchan, T., Kusliy, M.A., Khan, N., Chauvey, L., Tonasso-Calvière, L., Schiavinato, S., Southon, J., Keller, M., Kitagawa, K., Krause, J., Bessudnov, A.N., Bessudnov, A.A., Graphodatsky, A.S., Lamas, S.V., Wilczyński, J., Pospuła, S., Tunia, K., Nowak, M., Moskal-delHoyo, M., Tishkin, A.A., Pryor, A.J.E., Outram, A.K., Orlando, L. (2021) Performance and automation of ancient DNA capture with RNA hyRAD probes. Molecular Ecology Resources, doi: 10.1111/1755-0998.13518

Download Full-text

ATTAAA as well as downstream sequences are required for RNA 3'-end formation in the E3 complex transcription unit of adenovirus

Molecular and Cellular Biology ◽

10.1128/mcb.5.11.3183-3193.1985 ◽

1985 ◽

Vol 5 (11) ◽

pp. 3183-3193

Author(s):

B M Bhat ◽

W S Wold

Keyword(s):

Base Pair ◽

Transcription Unit ◽

Rna Probes ◽

Labeled Rna

We mapped the location of the E3A RNA 3' end site in the E3 transcription unit of adenovirus 2. The procedure used was nuclease-gel analysis with 32P-labeled RNA probes. The poly(A) addition sites were microheterogeneous and were located approximately 17 to 29 nucleotides downstream from an ATTAAA sequence. To identify the sequences that make up the E3A RNA 3' end signal, we constructed five viable virus mutants with deletions in or near the E3A RNA 3' end site. The mutants were analyzed for E3A RNA 3' end formation in vivo. No effect was observed from a 47-base-pair (bp) deletion (dl716) or a 72-bp deletion (dl714) located 22 and 19 nucleotides, respectively, upstream of the ATTAAA. In contrast, E3A RNA 3' end formation was abolished by a 554-bp deletion (dl708) that removes both the ATTAAA and the poly(A) addition sites, a 124-bp deletion (dl713) that removes the ATTAAA but leaves the poly(A) addition sites, and a 65-bp deletion (dl719) that leaves the ATTAAA but removes the poly(A) addition sites. These results indicate that the ATTAAA, as well as downstream sequences, including the poly(A) addition sites, are required for E3A RNA 3' end formation.

Download Full-text