scholarly journals Cloning, sequencing, and expression of the Pseudomonas putida protocatechuate 3,4-dioxygenase genes.

1993 ◽  
Vol 175 (19) ◽  
pp. 6194-6202 ◽  
Author(s):  
R W Frazee ◽  
D M Livingston ◽  
D C LaPorte ◽  
J D Lipscomb
1998 ◽  
Vol 44 (5) ◽  
pp. 482-486
Author(s):  
Michelle Leander ◽  
Tatiana Vallaeys ◽  
Roberta Fulthorpe

Redundant primers were designed for the PCR amplification of DNA from chlorocatechol dioxygenase genes. These primers were used successfully to amplify 270- to 279-bp fragments from a variety of 2,4-dichlorophenoxyacetate- and chlorobenzoate-degrading strains, including species of Sphingomonas. Three groups of closely related sequences were amplified: one from chlorobenzoate degraders that was 86% similar to the amino acid sequence of the protein coded by the tfdC gene of Ralstonia eutropha JMP134 (pJP4), a second from Sphingomonas strains that was 70% similar to this amino acid sequence, and a third from diverse 2,4-D degraders that showed only 53% similarity to the product coded by tfdC from pJP4 but 88-100% similarity to the product of the tfdC gene of the plasmid pEST4011 from a Pseudomonas putida strain. The primers should be useful in further study of this gene and in tracking a variety of degraders of chloroaromatic compounds in natural systems.Key words: 2,4-dichlorophenoxyacetate, chlorobenzoate, biodegradation, ortho cleavage, detection.


1993 ◽  
Vol 39 (4) ◽  
pp. 357-362 ◽  
Author(s):  
Hai-Meng Tan ◽  
Karen P.-Y. Fong

Pseudomonas putida ML2 contains a large catabolic plasmid, pHMT112, carrying genes that encode the dioxygenase and dehydrogenase involved in the catabolism of benzene via the ortho or β-ketoadipate pathway. pHMT112 was derived from a larger and less stable plasmid in P. putida ML2 following growth on succinate as carbon and energy source but was, however, stably maintained in P. putida even in the absence of selection for growth on benzene. Cleavage sites for the restriction endonucleases DraI, XbaI, and BamHI were mapped on the plasmid. A region of the plasmid, downstream of the benzene dioxygenase genes (bedC1C2BA), was found to encode the cis-benzene dihydrodiol dehydrogenase gene (bedD). Recombinant Escherichia coli containing bedC1C2BAD genes was found to express benzene dioxygenase and dehydrogenase activity, indicated by the production of catechol when incubated in the presence of benzene. Hybridization using benzene dioxygenase genes as probes was used to construct a restriction map of the 35.5-kb XhoI–DraI fragment on which the bed operon was located.Key words: Pseudomonas putida, catabolic plasmid, dioxygenase, dehydrogenase.


2004 ◽  
Vol 53 (3-4) ◽  
pp. 367-376 ◽  
Author(s):  
A. A. Khalif ◽  
H. Abdorhim ◽  
Hosam E. H. T. Bayoumi ◽  
Anna Füzy ◽  
Mihály Kecskés

Üvegházi körülmények között savanyú barna erdotalajban nevelt fehér here (Trifolium repens L.) növények rizoszférájának sókezelés hatására bekövetkezo változását ellenoriztük. Megvizsgáltuk a különbözo sókoncentrációknak (0, 0,2, 0,4, 0,6 és 0,8 tömeg %) a baktériumnépesség összetételére és a különbözo talajenzimek aktivitására gyakorolt hatását.  Megállapítottuk, hogy a talaj sótartalma közvetlenül befolyásolta a rizoszférában található fluoreszkáló pszeudomonaszok csíraszámát. A legsurubb populáció a 0,2% NaCl-ot tartalmazó talajban volt mérheto, ahol a fluoreszkáló pszeudomonaszok között a Pseudomonas putida és a P. fluorescens fordultak elo a legnagyobb számban. A pszeudomonaszok ily módon jól tolerálják a talaj magas NaCl-tartalmát, és gyökérkolonizáló tevékenységet képesek kifejteni a magas NaCl-tartalmú talajban is. A sókoncentráció növelésével kezdetben (a 0,2-0,4%-os tartományban) jelentosen növekedett a dehidrogenáz, kataláz, és ureáz enzimek aktivitása. A proteáz enzimek aktivitásmaximuma a 0,1-0,2% NaCl-koncentráció tartományba esett. A 0,4%-nál magasabb koncentrációkban a kontrollhoz hasonló mértékure csökkent mind a négy enzim aktivitása, és a baktériumok száma is. A foszfatáz- és a b-glükozidáz-tevékenység viszont a NaCl-dózis növelése következtében a koncentrációval arányosan, jelentosen csökkent a kontrollhoz viszonyítva.  Feltételezésünk szerint az enzimaktivitások változását is a sókezelés hatására bekövetkezo mikrobióta összetételének megváltozása okozta.


Sign in / Sign up

Export Citation Format

Share Document