scholarly journals Detecção do Grapevine virus A e Grapevine virus B por hibridização "dot-blot" com sondas moleculares não radioativas

2005 ◽  
Vol 30 (5) ◽  
pp. 538-542
Author(s):  
Andreia E Moreira ◽  
José O Gaspar ◽  
Hugo Kuniyuki
Keyword(s):  
Grapevine Virus ◽  
Rt Pcr ◽  
Dot Blot ◽  
Grapevine Virus A ◽  
Grapevine Virus B ◽  
Vitis Spp ◽  
Kober Stem Grooving

O vírus A da videira (Grapevine virus A, GVA) e o vírus B da videira (Grapevirus virus B, GVB) estão associados à acanaladura do lenho de Kober ("Kober stem grooving") e ao fendilhamento cortical da videira ("grapevine corky bark"), respectivamente. Este trabalho descreve o uso de sondas moleculares de cDNA na detecção de isolados do GVA (GVA-SP) e do GVB (GVB-C-SP e GVB-I-SP) em videiras (Vitis spp.) e fumo (Nicotiana occidentalis). As sondas marcadas com digoxigenina foram produzidas por RT-PCR utilizando oligonucleotídeos específicos para os genes da proteína capsidial. Os RNA totais foram extraídos de 45 plantas de diversas variedades de videira e de 13 plantas de fumo inoculadas mecanicamente com o GVB. Os RNA extraídos das plantas infetadas, indexadas biologicamente, hibridizaram com as sondas, não se verificando reação com plantas sadias. Para confirmar os resultados de hibridização, foram também feitos testes de RT-PCR. A utilização de hibridização "dot-blot" com sondas de cDNA mostrou-se eficaz na detecção dos vírus com especificidade e sensibilidade, ressaltando-se que, preferencialmente, folhas maduras e ramos dormentes devem ser utilizados nos testes diagnósticos para o GVB e GVA, respectivamente.

scholarly journals Detecção de um isolado de Grapevine virus A e caracterização do gene da proteína capsidial

2003 ◽  
Vol 28 (5) ◽  
pp. 521-527 ◽  
Author(s):  
Thor V. M. Fajardo ◽  
Osmar Nickel ◽  
Marcelo Eiras ◽  
Gilmar B. Kuhn
Keyword(s):  
Latent Virus ◽  
Grapevine Virus ◽  
Rt Pcr ◽  
Grapevine Virus A ◽  
Grapevine Virus B ◽  
Vitis Spp

O Grapevine virus A (GVA) está associado à "Acanaladura do lenho de Kober", uma doença do complexo rugoso da videira (Vitis spp.). Neste trabalho, um isolado brasileiro de GVA (GVA-RS) foi caracterizado biologicamente por transmissão mecânica para cinco hospedeiras herbáceas e por enxertia na videira indicadora cv. Kober 5BB, e também por sorologia. O RNA total foi extraído de videira infetada cv. Pirovano 65. Para a RT-PCR, dois pares de oligonucleotídeos foram utilizados. Dois fragmentos de DNA, 430 e 451 pb, apresentando sobreposição parcial de nucleotídeos, foram amplificados por PCR. A seqüência do gene da proteína capsidial do GVA-RS com 597 nucleotídeos e 198 aminoácidos deduzidos, com massa molecular calculada de 21,6 kDa, foi alinhada a outros isolados virais. As seqüências de nucleotídeos e aminoácidos deduzidos do GVA-RS apresentaram maior identidade, 91,4% e 95,4%, respectivamente, com um isolado italiano. O GVA-RS apresentou expressiva divergência dos Vitivirus Heracleum latent virus (HLV), Grapevine virus B (GVB) e Grapevine virus D (GVD), com identidade de nucleotídeos variando de 76% a 83,1%.

scholarly journals Incidência de vírus em videiras no Nordeste brasileiro e caracterização molecular parcial de isolados virais locais

2015 ◽  
Vol 45 (3) ◽  
pp. 379-385 ◽  
Author(s):  
Aricléia de Moraes Catarino ◽  
Thor Vinícius Martins Fajardo ◽  
Gilvan Pio-Ribeiro ◽  
Marcelo Eiras ◽  
Osmar Nickel
Keyword(s):  
Grapevine Virus ◽  
Rt Pcr ◽  
Grapevine Fanleaf Virus ◽  
Grapevine Virus A ◽  
Grapevine Virus B ◽  
Rupestris Stem Pitting ◽  
Stem Pitting

Os objetivos deste trabalho foram identificar as espécies virais presentes em vinhedos comerciais de duas regiões do Nordeste do Brasil e realizar a caracterização molecular parcial de isolados de três espécies virais. A diagnose foi realizada por meio de RT-PCR em tempo real para a detecção de Grapevine rupestris stem pitting-associated virus (GRSPaV), Grapevine virus A (GVA), Grapevine virus B (GVB), Grapevine leafroll-associated virus 2, 3 e 4 (GLRaV-2, -3 e -4), Grapevine fleck virus (GFkV), Grapevine rupestris vein feathering virus (GRVFV) e Grapevine fanleaf virus (GFLV). Exceto para GFLV, os vírus avaliados estão amplamente disseminados nas áreas amostradas, frequentemente em altas incidências e em infecções múltiplas, de até 98% e 76,4%, na Zona da Mata e no Vale do São Francisco, respectivamente. Isolados locais de GVA, GVB e GLRaV-3 foram parcialmente caracterizados com base na sequência completa de nucleotídeos do gene da proteína capsidial e apresentaram alta porcentagem de identidade de nucleotídeos com outros isolados brasileiros: 91,2% (GVA), 99,8% (GVB) e 99,7% (GLRaV-3)

scholarly journals Vitis californica and Vitis californica × Vitis vinifera Hybrids are Hosts for Grapevine leafroll-associated virus-2 and -3 and Grapevine virus A and B

Plant Disease ◽  
2011 ◽  
Vol 95 (6) ◽  
pp. 657-665 ◽  
Author(s):  
V. A. Klaassen ◽  
S. T. Sim ◽  
G. S. Dangl ◽  
F. Osman ◽  
M. Al Rwahnih ◽  
...  
Keyword(s):  
Protein Gene ◽  
Grapevine Virus ◽  
Riparian Areas ◽  
Chain Reaction ◽  
Napa Valley ◽  
Grapevine Virus A ◽  
Grapevine Virus B ◽  
Polymerase Chain ◽  
Probability Analyses ◽  
Vitis Spp

Vitis and non-Vitis spp. surrounding nine Napa Valley vineyards were surveyed for Grapevine leafroll-associated virus (GLRaV)-1 to -5 and -9, Grapevine virus A (GVA), Grapevine virus B (GVB), and Grapevine virus D (GVD). Vitis spp. from three riparian areas not adjacent to vineyards were also included. DNA fingerprinting and probability analyses indicated that the Vitis samples consisted primarily of Vitis californica followed by V. californica × V. vinifera hybrids. Single and mixed infections of GLRaV-2, -3, GVA, or GVB were detected by conventional or quantitative reverse-transcription polymerase chain reaction in 6 of the 66 V. californica and 11 of the 19 V. californica × V. vinifera hybrids. GLRaV-1, -4, -5, -9, and GVD were not detected. Phylogenetic analysis of GLRaV-2 and -3 partial coat protein gene nucleotide sequences indicated that the isolates from V. californica and V. californica × V. vinifera hybrids were closely related to isolates from V. vinifera.

scholarly journals Desempenho agronômico de videiras com e sem sintomas de viroses, e comparação molecular de isolados virais

2015 ◽  
Vol 50 (7) ◽  
pp. 541-550 ◽  
Author(s):  
Monique Bezerra Nascimento ◽  
Thor Vinícius Martins Fajardo ◽  
Marcelo Eiras ◽  
Ana Beatriz Costa Czermainski ◽  
Osmar Nickel ◽  
...  
Keyword(s):  
Grapevine Virus ◽  
Rt Pcr ◽  
Grapevine Virus A ◽  
Grapevine Virus B ◽  
Rupestris Stem Pitting ◽  
Stem Pitting

Resumo: O objetivo deste trabalho foi avaliar os efeitos de viroses em videiras sintomáticas e assintomáticas sobre as variáveis agronômicas relacionadas ao vigor das plantas e à qualidade enológica da uva, e comparar os isolados virais obtidos nessas duas condições. Realizaram-se dois experimentos com quatro cultivares. Todas as plantas foram indexadas, por meio da reação em cadeia da polimerase via transcrição reversa (RT-PCR) em tempo real, quanto à provável ocorrência dos seguintes vírus: Grapevine virus A (GVA), Grapevine virus B (GVB), Grapevine virus D (GVD), Grapevine leafroll-associated virus (GLRaV-1 ao -4, GLRaV-4 estirpe 5), Grapevine rupestris stem pitting-associated virus (GRSPaV) e Grapevine fleck virus (GFkV). As variáveis avaliadas foram: número de gemas brotadas e não brotadas, número de ramos com ou sem cachos, número total de gemas, número de cachos, massa de cachos frescos, massa total de bagas, massa do engaço, número de bagas por cacho, massa média de baga, sólidos solúveis totais, acidez total titulável, pH, massa de ramos podados ou diâmetros do tronco do porta-enxerto e da copa. Os efeitos negativos foram mais pronunciados nas plantas com sintomas de viroses; no entanto, constatou-se frequentemente que plantas sem sintomas também estavam infectadas. A análise molecular de GRSPaV, GVA e GLRaV-2, isolados de plantas sintomáticas e assintomáticas, resultou em alta percentagem de identidade de nucleotídeos entre isolados homólogos.

scholarly journals Caracterização do gene da proteína capsidial do Grapevine virus A em videiras afetadas pela acanaladura do lenho de Kober no Estado de São Paulo

2004 ◽  
Vol 29 (2) ◽  
pp. 205-208 ◽  
Author(s):  
Andreia E. Moreira ◽  
José O. Gaspar ◽  
Luis E. A. Camargo ◽  
Hugo Kuniyuki
Keyword(s):  
Sao Paulo ◽  
São Paulo ◽  
Grapevine Virus ◽  
Rt Pcr ◽  
Grapevine Virus A ◽  
Vitis Spp

O presente trabalho caracteriza o gene codificador da proteína capsidial do isolado do Grapevine virus A (GVA) encontrado no Estado de São Paulo (GVA-SP). RNA total foi extraído de folhas e pecíolos de plantas de videira (Vitis spp.) da variedade 'Kober 5BB' e submetido a RT-PCR usando oligonucleotídeos desenhados para amplificar um fragmento entre as posições 6409 e 7175 do RNA do GVA ("GenBank", acesso X75433). Foi obtido um fragmento de tamanho esperado (767 nt) que inclui o gene da proteína capsidial, codificando 198 aminoácidos. A seqüência do GVA-SP apresentou similaridade de nucleotídeos e aminoácidos de, respectivamente, 86-92,3% e 94,5-98% com isolados do GVA da Europa, África e Japão (Acessos X75433, AF441234, AF007415, AB039841) e da região Sul do Brasil (Acesso AF494187), sendo, entretanto, mais similar aos isolados africano e italiano.

scholarly journals Caracterização do gene da proteína capsidial de dois isolados, patologicamente distintos e sorologicamente semelhantes, do Grapevine virus B em videiras no Estado de São Paulo

2004 ◽  
Vol 29 (1) ◽  
pp. 75-79 ◽  
Author(s):  
Andreia E Moreira ◽  
José O Gaspar ◽  
Luís Eduardo A Camargo ◽  
Hugo Kuniyuk
Keyword(s):  
Rio Grande ◽  
Sao Paulo ◽  
São Paulo ◽  
Rio Grande Do Sul ◽  
Grapevine Virus ◽  
Rt Pcr ◽  
Grapevine Virus B ◽  
Vitis Spp

No presente trabalho, descreve-se a caracterização do gene codificador da proteína capsidial de dois isolados sintomatologicamente distintos do Grapevine virus B (GVB). Para isto, RNA totais foram extraídos de folhas e pecíolos de videiras (Vitis spp.) infetadas, cultivares Rubi (GVB-C SP) e Itália (GVB-I SP) e utilizados para amplificar, por RT/PCR, um fragmento entre as posições 6425 e 7118 (694 nucleotídeos, nt) do RNA do GVB ("GenBank", acesso X75448). O fragmento obtido inclui o gene da proteína capsidial (594 nt) codificando 197 aminoácidos com massa molecular estimada em aproximadamente 21.600 Da. A seqüência do GVB-C SP apresentou maior similaridade de nucleotídeos e aminoácidos deduzidos com o isolado italiano (acesso X75448), enquanto que o GVB-I SP foi mais similar a um outro isolado brasileiro do GVB descrito no Rio Grande do Sul (GVB BR1, acesso AF438410). Os dois isolados paulistas do GVB podem ser diferenciados por digestão com a enzima de restrição EcoRI, uma vez que há um sítio interno no GVB-C SP que está ausente no isolado GVB-I SP.

scholarly journals Detecção e identificação molecular de vírus associados a videiras sintomáticas e assintomáticas

2010 ◽  
Vol 40 (11) ◽  
pp. 2249-2255 ◽  
Author(s):  
Marcos Fernando Basso ◽  
Thor Vinícius Martins Fajardo ◽  
Marcelo Eiras ◽  
Ricardo Antônio Ayub ◽  
Osmar Nickel
Keyword(s):  
Mosaic Virus ◽  
Grapevine Virus ◽  
Rt Pcr ◽  
Grapevine Fanleaf Virus ◽  
Arabis Mosaic Virus ◽  
Grapevine Virus A ◽  
Grapevine Virus B ◽  
Para Determinar ◽  
Rupestris Stem Pitting ◽  
Stem Pitting

A propagação vegetativa da videira favorece infecções virais múltiplas, com expressão diferencial de sintomas em função da combinação da cultivar ou espécie da hospedeira com a espécie viral. Os objetivos deste trabalho foram detectar e identificar as espécies virais presentes em duas espécies/cultivares de videira: uma sintomática e outra assintomática. DsRNA de ambas as amostras foi submetido à RT-PCR com 17 pares de oligonucleotídeos específicos para a detecção de Grapevine virus A (GVA), Grapevine virus B (GVB), Grapevine virus D (GVD), Grapevine fleck virus (GFkV), Grapevine fanleaf virus (GFLV), Arabis mosaic virus (ArMV), Grapevine chrome mosaic virus (GCMV), Rupestris stem pitting-associated virus (RSPaV), Grapevine leafroll-associated virus 1 a 4 (GLRaV-1 a -4), além de três pares de oligonucleotídeos degenerados. Pelo menos um fragmento amplificado, por par de oligonucleotídeos, foi clonado e sequenciado. Plantas sintomáticas e assintomáticas mostraram infecções múltiplas por RSPaV, GLRaV-2 e/ou GLRaV-3. As sequências de nucleotídeos obtidas para sete isolados de RSPaV, três de GLRaV-2 e dois de GLRaV-3 apresentaram identidades superiores a 90% com espécies homólogas e permitiram a definição das possíveis estirpes presentes nas amostras infectadas. Esses resultados evidenciam a necessidade da diagnose viral baseada em testes específicos para determinar a condição sanitária da videira.

Prevalence and genetic diversity of viruses associated with rugose wood complex in Greek vineyards

Plant Disease ◽  
2021 ◽  
Author(s):  
Chrysoula Orfanidou ◽  
Kalliopi Moraki ◽  
Polina Panailidou ◽  
Leonidas Lotos ◽  
Asimina T Katsiani ◽  
...  
Keyword(s):  
Phylogenetic Trees ◽  
First Record ◽  
Grapevine Virus ◽  
Multiple Introductions ◽  
Worldwide Distribution ◽  
Grapevine Virus A ◽  
Transmission Modes ◽  
Virus Incidence ◽  
Grapevine Virus B ◽  
Rupestris Stem Pitting

Rugose wood is one of the most important disease syndromes of grapevine and it has been associated with at least three viruses: grapevine rupestris stem pitting associated virus (GRSPaV), grapevine virus A (GVA) and grapevine virus B (GVB). All three viruses show a worldwide distribution pattern, and their genetic composition has been the focus of extensive research over the past years. Despite their first record in Greece almost 20 years ago, there is a lack of knowledge on the distribution and genetic variability of their populations in Greek vineyards. In this context, we investigated the distribution of GRSPaV, GVA and GVB in rootstocks, self-rooted and grafted grapevine cultivars, originating from different geographic regions that are representing important viticultural areas of Greece. Three new RT-PCR assays were developed for the reliable detection of GRSPaV, GVA and GVB. Our results indicated that GVA is the most prevalent in Greek vineyards, followed by GRSPaV and GVB. However, virus incidence differed among self-rooted and grafted grapevine cultivars or rootstocks tested. Selected isolates from each virus were further molecularly characterized to determine their phylogenetic relationships. All three viruses exhibited high nucleotide diversity, which was depicted in the constructed phylogenetic trees. Isolates from Greece were placed in various phylogroups, reinforcing the scenario of multiple introductions of GVA, GVB and GRSPaV in Greece and highlighting the effect of different transmission modes in the evolutionary course of the three viruses.

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