scholarly journals Inferência Bayesiana na análise genética de populações diplóides: estimação do coeficiente de endogamia e da taxa de fecundação cruzada

2008 ◽  
Vol 38 (5) ◽  
pp. 1258-1265 ◽  
Author(s):  
Ricardo Luis dos Reis ◽  
Joel Augusto Muniz ◽  
Fabyano Fonseca e Silva ◽  
Thelma Sáfadi ◽  
Luiz Henrique de Aquino
Keyword(s):  
Gibbs Sampler ◽  
A Posteriori ◽  
Inferencia Bayesiana

Neste estudo, utilizou-se a metodologia Bayesiana para estimar o coeficiente de endogamia e a taxa de fecundação cruzada de uma população diplóide por meio do modelo aleatório de COCKERHAM para freqüências alélicas. Um sistema de simulação de dados foi estruturado para validar a metodologia utilizada. O algoritmo Gibbs Sampler foi implementado no software R para obter amostras das distribuições marginais a posteriori para o coeficiente de endogamia e para a taxa de fecundação. O método Bayesiano mostrou-se eficiente na estimação dos parâmetros, pois os valores paramétricos utilizados na simulação encontravam-se dentro do intervalo de credibilidade de 95% em todos os cenários considerados. A convergência do algoritmo Gibbs Sampler foi verificada, validando assim os resultados obtidos.

scholarly journals Análise genética de características de fertilidade, de crescimento e de produtividade em vacas da raça Canchim

2014 ◽  
Vol 66 (2) ◽  
pp. 555-562 ◽  
Author(s):  
S.P. Mello ◽  
M.M. Alencar ◽  
D.C.C. Santos ◽  
F.L.B. Toral
Keyword(s):  
A Posteriori ◽  
Inferencia Bayesiana

O objetivo deste trabalho foi estimar herdabilidades e correlações genéticas para idade (IPP), peso (PPP) e escore da condição corporal (EPP) ao primeiro parto, tempo de permanência no rebanho (TPR), número (ND10) e quilograma (QD10) de bezerros desmamados em até dez anos de idade, número (NDT) e quilograma (QDT) de bezerros desmamados durante a permanência no rebanho, quilograma de bezerros desmamados por ano de permanência no rebanho (QTPR), peso adulto (PAD) e parâmetros A e k da curva de crescimento de Bertalanffy de fêmeas de um rebanho da raça Canchim. As distribuições a posteriori dos componentes de (co)variância foram obtidas por inferência bayesiana, em análises bicaráter de IPP, PPP e EPP com as outras características. Os modelos estatísticos incluíram os efeitos aleatórios genético aditivo direto e residual e os efeitos fixos de ano e mês de nascimento ou do parto e idade da vaca ao parto, dependendo da característica. As médias a posteriori das herdabilidades foram 0,12 (IPP); 0,51 (PPP); 0,36 (EPP); 0,22 (TPR); 0,24 (ND10); 0,24 (QD10); 0,25 (NDT); 0,23 (QDT); 0,31 (QTPR); 0,56 (PAD); 0,60 (A) e 0,54 (k), indicando que as características possuem variação genética aditiva suficiente para apresentar boa resposta à seleção massal, com exceção de IPP. As correlações genéticas de TPR (-0,35; -0,23 e -0,02), ND10 (-0,33; -0,40 e -0,02), QD10 (-0,47; -0,29 e 0,00), NDT (-0,43; -0,41 e -0,02), QDT (-0,46; -0,28 e 0,00), QTPR (-0,52; -0,35 e 0,00), PAD (0,19; 0,86 e 0,40), A (0,07; 0,09 e -0,18) e k (-0,21; 0,08 e 0,04) com IPP, PPP e EPP, respectivamente, sugerem que a seleção para reduzir a IPP deve melhorar a longevidade e as características de produtividade das fêmeas; porém, o aumento do PPP poderá prejudicá-las.

scholarly journals Bayesian Analysis of Mixtures of Factor Analyzers

2001 ◽  
Vol 13 (5) ◽  
pp. 993-1002 ◽  
Author(s):  
Akio Utsugi ◽  
Toru Kumagai
Keyword(s):  
Bayesian Inference ◽  
Bayesian Analysis ◽  
Gibbs Sampler ◽  
Simulation Experiment ◽  
Estimation Algorithm ◽  
Deterministic Algorithm ◽  
Maximum A Posteriori ◽  
A Posteriori ◽  
Conjugate Priors ◽  
Posteriori Estimation

For Bayesian inference on the mixture of factor analyzers, natural conjugate priors on the parameters are introduced, and then a Gibbs sampler that generates parameter samples following the posterior is constructed. In addition, a deterministic estimation algorithm is derived by taking modes instead of samples from the conditional posteriors used in the Gibbs sampler. This is regarded as a maximum a posteriori estimation algorithm with hyperparameter search. The behaviors of the Gibbs sampler and the deterministic algorithm are compared on a simulation experiment.

scholarly journals Aspectos ambientais e genéticos da prolificidade em caprinos utilizando modelos bayesianos de limiar e linear

2013 ◽  
Vol 65 (3) ◽  
pp. 885-893 ◽  
Author(s):  
N.P.S. Santos ◽  
J.L.R. Sarmento ◽  
E.C. Pimenta Filho ◽  
J.E.G. Campelo ◽  
L.A.S. Figueiredo Filho ◽  
...  
Keyword(s):  
A Posteriori ◽  
Inferencia Bayesiana

Foram estimados os componentes de variância e os parâmetros genéticos da característica prolificidade, utilizando-se inferência bayesiana sob modelo animal linear e de limiar. A prolificidade de cabras mestiças foi estudada com informações referentes ao período de oito anos consecutivos. As análises foram realizadas com cadeias de 500.000 ciclos. Considerou-se burn-in dos 15.000 valores iniciais, sendo tomados valores a cada 250 ciclos, para se obter a distribuição a posteriori com 1.940 amostras. Os efeitos do mês de cobrição e da ordem de parto e o efeito linear do peso à cobrição foram significativos. As herdabilidades foram de 0,03 e 0,18 para o modelo linear e o modelo de limiar, respectivamente. O uso do modelo de limiar mostrou-se adequado, produzindo estimativas superiores acerca dos parâmetros estimados.

scholarly journals Comparação de diferentes estratégias para a análise de características de crescimento e de carcaça de suínos cruzados: modelos finito e infinitesimal poligênico

2005 ◽  
Vol 34 (5) ◽  
pp. 1531-1539 ◽  
Author(s):  
Tarcísio de Moraes Gonçalves ◽  
Henrique Nunes de Oliveira ◽  
Henk Bovenhuis ◽  
Marco Bink ◽  
Johan Van Arendonk
Keyword(s):  
Monte Carlo ◽  
Reversible Jump ◽  
A Posteriori ◽  
Large White ◽  
Inferencia Bayesiana

Foi utilizada uma análise de segregação com o uso da inferência Bayesiana para estimar componentes de variância e verificar a presença de genes de efeito principal (GEP) influenciando duas características de carcaça: gordura intramuscular (GIM), em %, e espessura de toucinho (ET), em mm; e uma de crescimento, ganho de peso (g/dia) dos 25 aos 90 kg de peso vivo (GP). Para este estudo, foram utilizadas informações de 1.257 animais provenientes de um delineamento de F2, obtidos do cruzamento de suínos machos Meishan e fêmeas Large White e Landrace. No melhoramento genético animal, os modelos poligênicos finitos (MPF) podem ser uma alternativa aos modelos poligênicos infinitesimais (MPI) para avaliação genética de características quantitativas usando pedigrees complexos. MPI, MPF e MPI combinado com MPF foram empiricamente testados para se estimar componentes de variâncias e número de genes no MPF. Para a estimação de médias marginais a posteriori de componentes de variância e de parâmetros, foi utilizada uma metodologia Bayesiana, por meio do uso da Cadeia de Markov, algoritmos de Monte Carlo (MCMC), via Amostrador de Gibbs e Reversible Jump Sampler (Metropolis-Hastings). Em função dos resultados obtidos, pode-se evidenciar quatro GEP, sendo dois para GIM e dois para ET. Para ET, o GEP explicou a maior parte da variação genética, enquanto, para GIM, o GEP reduziu significativamente a variação poligênica. Para a variação do GP, não foi possível determinar a influência do GEP. As herdabilidades estimadas ajustando-se MPI para GIM, ET e GP foram de 0,37; 0,24 e 0,37, respectivamente. Estudos futuros com base neste experimento que usem marcadores moleculares para mapear os genes de efeito principal que afetem, principalmente GIM e ET, poderão lograr êxito.

scholarly journals ANÁLISE UNIVARIADA E MULTIVARIADA DE CARACTERÍSTICAS REPRODUTIVAS E PRODUTIVAS DE CABRAS LEITEIRAS UTILIZANDO INFERÊNCIA BAYESIANA

2012 ◽  
Vol 4 (2) ◽  
Author(s):  
Natanael Pereira da Silva Santos
Keyword(s):  
A Posteriori ◽  
Inferencia Bayesiana

Esta pesquisa objetivou estudar efeitos ambientais e genéticos sobre características reprodutivas e produtivas de cabras mestiças exploradas para a produção leiteira. Foram estimados componentes de (co)variância e parâmetros genéticos das características idade ao primeiro parto, intervalo de partos e produção de leite em análises unicaracterística e multicaracterística, utilizando-se a estatística Bayesiana sob modelo animal. As análises genéticas foram realizadas com cadeias de 1.000.000 de ciclos. Considerou-se o burn-in dos 100.000 valores iniciais sendo tomados valores a cada 300 ciclos, para se obter a distribuição a posteriori com 3.000 amostras. As médias obtidas para idade ao primeiro parto, intervalo de partos e produção de leite foram 581,68 79,44; 322,89 132,02 dias e 226,99 89,72 kg de leite, respectivamente. Todos os efeitos fixos incluídos no modelo foram significativos, exceto o tipo de nascimento para o intervalo de partos e produção de leite. As herdabilidade em análise unicaracterística foram 0,14; 0,05 e 0,10 para idade ao primeiro parto, intervalo de partos e produção de leite, respectivamente. Na mesma ordem, em análise multicaracterística, as herdabilidades foram de 0,16; 0,06 e 0,11. As estimativas de repetibilidade para as características intervalo de partos e produção de leite foram 0,10 e 0,20 respectivamente. As características estudadas mostraram-se fortemente influenciadas pelo ambiente. As análises multicaracterísticas levaram a estimativas ligeiramente maiores de herdabilidade.

scholarly journals Inferência bayesiana na predição de valores genéticos do peso aos 365 dias de bovinos de corte

2007 ◽  
Vol 58 (222) ◽  
pp. 265-275
Author(s):  
A. P. Madureira ◽  
H. N. Oliveira ◽  
G. J. M. Rosa ◽  
L. F. Bezerra ◽  
L. F. A. Marques
Keyword(s):  
A Posteriori ◽  
Inferencia Bayesiana

Dados de animais Simental e Canchim, fornecidos por suas respectivas Associações Brasileiras de Criadores, e Nelore fornecidos pela Associação Nacional de Criadores e Pesquisadores foram utilizados na estimação de componentes de variância e na predição de valores genéticos para o peso aos 365 dias de idade. Os resultados obtidos pela inferência bayesiana foram comparados com aqueles obtidos pelos métodos da máxima verossimilhança restrita (REML) e melhor preditor linear não-viesado (BLUP), que se referem à metodologia mais comumente utilizada para a estimação e predição em melhoramento genético, respectivamente. Os dois métodos forneceram estimativas pontuais semelhantes, mas as distribuições marginais a posteriori obtidas com o método Bayesiano oferecem informação mais detalhada sobre os parâmetros dos modelos.

scholarly journals Análise Bayesiana no estudo do tempo de retorno das precipitações pluviais máximas em Jaboticabal (SP)

2009 ◽  
Vol 33 (1) ◽  
pp. 261-270 ◽  
Author(s):  
Luiz Alberto Beijo ◽  
Mário Javier Ferrua Vivanco ◽  
Joel Augusto Muniz
Keyword(s):  
Monte Carlo ◽  
A Priori ◽  
A Posteriori ◽  
Inferencia Bayesiana

Dados históricos de precipitação máxima são utilizados para realizar previsões de chuvas extremas, cujo conhecimento é de grande importância na elaboração de projetos agrícolas e de engenharia hidráulica. A distribuição generalizada de valores extremos (GEV) tem sido aplicada com freqüência nesses tipos de estudos, porém, algumas dificuldades na obtenção de estimativas confiáveis sobre alguma medida dos dados têm ocorrido devido ao fato de que, na maioria das situações, tem-se uma quantidade escassa de dados. Uma alternativa para obter melhorias na qualidade das estimativas seria utilizar informações dos especialistas de determinada área em estudo. Sendo assim, objetiva-se neste trabalho analisar a aplicação da Inferência Bayesiana com uma distribuição a priori baseada em quantis extremos, que facilite a incorporação dos conhecimentos fornecidos por especialistas, para obter as estimativas de precipitação máxima para os tempos de retorno de 10 e 20 anos e seus respectivos limites superiores de 95%, para o período anual e para os meses da estação chuvosa em Jaboticabal (SP). A técnica Monte Carlo, via Cadeias de Markov (MCMC), foi empregada para inferência a posteriori de cada parâmetro. A metodologia Bayesiana apresentou resultados mais acurados e precisos, tanto na estimação dos parâmetros da distribuição GEV, como na obtenção dos valores de precipitação máxima provável para a região de Jaboticabal, apresentando-se como uma boa alternativa na incorporação de conhecimentos a priori no estudo de dados extremos.

scholarly journals Associação genética de escores de conformação com características de crescimento em bovinos da raça Angus

2012 ◽  
Vol 47 (10) ◽  
pp. 1524-1532 ◽  
Author(s):  
Dionéia Magda Everling ◽  
Paulo Roberto Nogara Rorato ◽  
Ronyere Olegário de Araujo ◽  
Arione Augusti Boligon ◽  
Tiago Bresolin ◽  
...  
Keyword(s):  
A Posteriori ◽  
Inferencia Bayesiana

O objetivo deste trabalho foi determinar a associação genética entre escores visuais de conformação e as características de ganho de peso médio diário e de velocidade de crescimento em bovinos da raça Angus à desmama e ao sobreano. Os componentes de covariância foram estimados por modelo animal de análise tetracaracterística, com uso do método de inferência bayesiana, tendo-se assumido o modelo linear para: ganho de peso médio diário do nascimento à desmama (GMD) e da desmama ao sobreano (GMS); e velocidade de ganho de peso do nascimento à desmama (VD) e da desmama ao sobreano (VS). Um modelo não linear (de limiar) foi utilizado para os escores de conformação à desmama (CD) e ao sobreano (CS). As médias a posteriori, para a herdabilidade direta, foram: 0,12±0,023 (CD), 0,15±0,020 (GMD), 0,15±0,024 (VD), 0,17±0,020 (CS), 0,17±0,023(GMS), e 0,17±0,023 (VS). A correlação genética variou de -0,09±0,11 a 0,60±0,06, entre os escores CD e CS e as características de ganho médio diário de peso e velocidade de ganho de peso. A correlação entre CD e CS foi 0,52±0,089. A seleção direta para escores visuais de conformação, ganho médio diário e velocidade de ganho responde de forma lenta à seleção, tanto à desmama como ao sobreano.

scholarly journals Modelo hierárquico bayesiano aplicado na avaliação genética de curvas de crescimento de bovinos de corte

2010 ◽  
Vol 62 (2) ◽  
pp. 409-418 ◽  
Author(s):  
N.A.M. Silva ◽  
R.R. Lima ◽  
F.F. Silva ◽  
J.A. Muniz
Keyword(s):  
Gibbs Sampler ◽  
Von Bertalanffy ◽  
A Posteriori

A estimação dos componentes de (co)variância dos parâmetros de modelos de crescimento pode ser feita por vários métodos. A metodologia bayesiana se apresenta como uma forma alternativa de estimação. Foi realizado um estudo, por meio de dados simulados e de dados reais de animais Nelore, para a estimação dos componentes de (co)variância dos parâmetros do modelo de crescimento de Von Bertalanffy, por meio da metodologia hierárquica bayesiana. Com base nos componentes estimados, foram encontradas as herdabilidades para cada parâmetro do modelo e as correlações genéticas e ambientais entre esses parâmetros. As distribuições marginais a posteriori dos parâmetros a, R, μ, u, G e σ2e foram obtidas por meio do algoritmo Gibbs Sampler e as dos parâmetros b e k por meio do algoritmo Metropolis-Hastings. A metodologia se mostrou eficiente, proporcionando estimativas para os parâmetros próximas aos valores simulados. Os parâmetros a e k dos dados reais apresentaram valores de herdabilidades compatíveis com a realidade, indicando que esses parâmetros poderiam ser usados para fins de seleção.

scholarly journals Abordagem Bayesiana da curva de lactação de cabras Saanen de primeira e segunda ordem de parto

2005 ◽  
Vol 40 (1) ◽  
pp. 27-33 ◽  
Author(s):  
Fabyano Fonseca e Silva ◽  
Joel Augusto Muniz ◽  
Luiz Henrique de Aquino ◽  
Thelma Sáfadi
Keyword(s):  
Gibbs Sampler ◽  
A Posteriori

O objetivo deste trabalho foi utilizar o método Bayesiano no ajuste do modelo de Wood a dados de produção de leite de cabras da raça Saanen. Dois grupos de animais da primeira e segunda lactação foram considerados. Amostras das distribuições marginais a posteriori dos parâmetros do modelo de Wood e das funções de produção derivadas desses parâmetros - pico de produção, tempo do pico de produção, persistência e produção total de leite - foram obtidas pelo algoritmo Gibbs Sampler. As inferências foram feitas em cada população e os resultados mostraram diferenças na taxa de decréscimo da produção após o pico e na persistência, indicando maior produção nos animais de segunda lactação. Realizou-se um estudo de simulação de dados para avaliar o método Bayesiano sob diferentes estruturas de matrizes de covariâncias dos parâmetros. Os resultados desse estudo indicam que o método é eficiente no estudo das curvas de lactação quando a matriz de covariância apresenta alta correlação dos parâmetros.

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