Confirmación taxonómica de Gelidium americanum (Gelidiaceae, Rhodophyta) en Tabasco, México, usando un enfoque morfológico y molecular

Antecedentes y Objetivos: Gelidium americanum se distribuye ampliamente en la costa Atlántica de México; sin embargo, hasta ahora no se han realizado estudios que confirmen su identidad taxonómica utilizando marcadores moleculares y caracteres morfológicos. El objetivo del presente trabajo fue confirmar la identidad taxonómica con un enfoque morfológico y molecular, de los especímenes identificados como G. americanum recolectados previamente en la laguna costera de Mecoacán, Tabasco, México.Métodos: Se recolectaron tres especímenes de G. americanum en la laguna Mecoacán, Tabasco, México. El material se analizó morfológicamente, mediante observaciones en un microscopio estereoscópico y microscopio óptico. Para el análisis molecular se extrajo ADN de los talos muestreados empleando el método CTAB; se amplificaron los marcadores rbcL y COI-5P con el kit Phire Plant Direct (PCR), las secuencias fueron editadas en Bioedit y alineadas en Clustal W. Enseguida se hizo un análisis de Máxima Verosimilitud en RaxML, otro de Inferencia Bayesiana en MrBayes y se calcularon las distancias genéticas en MEGA. Resultados clave: Las secuencias obtenidas en el presente estudio para los marcadores rbcL y COI-5P se anidaron en el clado de las muestras identificadas previamente con marcadores moleculares como Gelidium americanum. Además, las distancias genéticas fueron mínimas, los caracteres morfológicos coincidieron con lo descrito previamente para otras localidades del Atlántico, a pesar de contar con un limitado número de especímenes.Conclusiones: Utilizando marcadores moleculares y caracteres morfológicos, se confirma la presencia de Gelidium americanum en la laguna Mecoacán a pesar de presentar características ambientales diferentes a las que habitualmente se han descrito para esta especie.

CARACTERIZACIÓN GENÉTICA DE LA POBLACIÓN DE Heliconius sara (Nymphalidae) EN LA ISLA GORGONA, COLOMBIA

La estructura genética de poblaciones de mariposas con distribución en islas y sus pares continentales ha sido poco documentada para el neotrópico. Este estudio presenta la caracterización de una población de Heliconius sara con distribución en la Isla Gorgona, ubicada en la región del Pacífico Oriental Colombiano. Para esto se examinaron secuencias parciales de un marcador mitocondrial incluyendo información obtenida del GenBank. Se comparó la diversidad y estructura genética con sus conespecíficos continentales y también con congéneres, con los que comparte un ancestro común cercano en el clado Sapho-Sara. Para el análisis de diversidad y estructura genética se realizó un análisis molecular de varianza. Este análisis muestra que la distancia entre la población de la isla y sus pares en el continente es consistente con la variación intraespecífica observada en otras especies del género Heliconius. Para la reconstrucción de la genealogía y datación reciente en el Pleistoceno superior del grupo monofilético de secuencias de H. sara, se realizó un análisis de inferencia bayesiana, así como una de máxima verosimilitud. Del análisis demográfico se seleccionó un modelo histórico de flujo asimétrico desde la isla hacia el continente que sugiere baja resistencia de la discontinuidad geográfica a la dispersión de esta mariposa diurna desde la isla. Este es el primer estudio en examinar un posible evento de aislamiento de una población insular de mariposas en Colombia.

Ajuste de curvas de crescimento em codornas de corte por inferência Bayesiana

Objetivou-se comparar curvas de crescimento em codornas de corte (Coturnix coturnix coturnix), entre sexo e dietas com diferentes níveis de energia metabolizável (EM), por meio de modelos de regressão não lineares sob inferência Bayesiana. Utilizaram-se registros de pesos corporais referentes à 579 machos e 581 fêmeas, pesadas ao nascimento, aos 7, 14, 21, 35 e 42 dias de idade. As dietas foram compostas por três diferentes níveis de energia metabolizável, sendo 2750; 2950 e 3150 kcal de EM/kg1. Os modelos avaliados empregaram as funções de Gompertz, Logística, Richards e Von Bertalanffy, considerando-se o parâmetro relacionado à taxa de maturidade (K) como aleatório. Foram geradas cadeias de Markov, via amostrador de Gibbs, adotando-se o Critério de Deviance na escolha do modelo mais adequado. Em ambos os sexos, a função de Gompertz apresentou ajuste significativamente superior de acordo com o critério avaliado, e menor estimativa de variância residual, indicativo de maior precisão na predição do peso corporal dos animais. Foi observada taxa de crescimento absoluto distintas entre os sexos, dessa forma a descrição de curvas de crescimento deve ser realizada de forma individualizada. As análises indicaram que o nível de 2750 kcal/kg de EM na dieta promove o crescimento de forma similar aos outros níveis na fase de 1 a 14 dias de idade em machos e de 1 a 21 dias de idade em fêmeas. Após estas idades, observou-se melhor desempenho utilizando-se o nível de 3150 kcal/kg de EM para machos e níveis de 2950 e 3150 kcal/kg para fêmeas.

Estimación Bayesiana en modelos de producción con frontera determinista

Como consecuencia de no ser válidos, en los modelos de producción con frontera determinista, las condiciones usuales de regularidad (que justifican la consistencia y normalidad asintótica de los estimadores máximo verosímiles), desconocemos las propiedades generales de estos estimadores. Una alternativa son los métodos de inferencia bayesiana que, gracias al algoritmo de Gibbs, son relativamente fáciles de aplicar. En nuestro trabajo proponemos una distribución a priori no informativa para este modelo y, por simulación, analizamos el comportamiento de los estimadores e intervalos bayesianos.

Filogenia de Lysiloma (Fabaceae), un género restringido a Megaméxico con especies atípicas en las Antillas y Florida

Antecedentes y Objetivos: Lysiloma es un género neotropical de la familia Fabaceae que comprende ocho especies, seis de las cuales se distribuyen ampliamente en México y dos más que ocurren en las Antillas y La Florida. Lysiloma es frecuente en los bosques secos de Megaméxico. Un estudio filogenético previo incluyó tres especies de Lysiloma y Hesperalbizia occidentalis. Ambos géneros están estrechamente relacionados, pero su divergencia tiene un apoyo débil. Nuestros objetivos fueron probar la monofilia del género, evaluar las relaciones de grupo hermano dentro del género y estimar los tiempos de divergencia. Métodos: Se realizó un análisis filogenético basado en caracteres morfológicos, marcadores moleculares (ETS, matK y trnK), así como un análisis combinado (morfología + moléculas). Las matrices de datos se analizaron tanto individualmente como concatenadas (enfoque de evidencia total) con inferencia Bayesiana y máxima parsimonia. Además, los tiempos de divergencia molecular se estimaron a partir del conjunto de datos ETS con un modelo de reloj bayesiano relajado lognormal no correlacionado. Resultados clave: El análisis morfológico respalda la monofilia del Lysiloma con Hesperalbizia como grupo hermano. Sin embargo, los análisis moleculares individuales y combinado no proporcionan resolución para aclarar las relaciones entre Hesperalbizia occidentalis, Lysiloma sabicu y el núcleo de Lysiloma. El análisis de evidencia total (incluida la morfología) respalda la monofilia de Lysiloma, pero con un bajo soporte. Según nuestro modelo de reloj molecular, el clado Lysiloma+Hesperalbizia se separó de otros miembros de la tribu Acacieae+Ingeae hace unos 32 millones de años y la diversificación del núcleo del Lysiloma se produjo a lo largo del Mioceno.Conclusiones: Lysiloma+Hesperalbizia es un clado de divergencia temprana de las tribus Acacieae+Ingeae. Existen suficientes diferencias morfológicas para reconocer ambos linajes. Los caracteres morfológicos utilizados informalmente para la delimitación taxonómica parecen haber evolucionado de manera homoplásica. El clado de Lysiloma y Hesperalbizia se separó de otros miembros de la tribu Acacieae+Ingeae en el Oligoceno, pero la diversificación del núcleo del género coincidió con la expansión del bosque seco a principios del Mioceno.

Métodos de reconstrucción filogenética II: inferencia bayesiana

Phylogenetic reconstruction through Bayesian inference is currently widely used. The main advantage of this method is the direct output of posterior probabilities for each clade on the final phylogeny. Thus, it does not require bootstrapping as a measure of uncertainty. Moreover, Bayesian inference is perfectly fit for dating phylogenies through molecular clocks. In this paper, the basics of Bayesian inference applied to phylogenetic reconstruction are described, starting with an explanation of Bayes’ theorem. Then, the use of the Metropolis-Hastings algorithm to sample topologies from the posterior distribution is characterized and illustrated through a simple example. At the end, there is a mention of the software used for Bayesian phylogeny reconstruction.

Inferência Bayesiana aplicada em modelo de regressão linear e modelo espacial: Uma abordagem sobre a estrutura de covariância entre os dados geoestatísticos

Modelos estatísticos servem para descrever o comportamento probabilístico de fenômenos de interesse permitindo analisá-los, prevê-los e tomar decisões pertinentes. Modelos de regressão linear são muito utilizados em diversas áreas. Esses modelos possuem suposições fortes como independência entre os erros que em geral não se ajustam a dados espaciais, já que estes dados permitem que haja dependência na estrutura de covariância dos erros. Portanto, modelos de regressão linear podem ser comparados com modelos espaciais. Dados espaciais podem ser divididos em 3 tipos: padrão de pontos, dados de área e dados geoestatísticos. Esse trabalho visa avaliar modelos de regressão linear inicialmente e posteriormente compará-los aos modelos espaciais para dados geoestatísticos através da função de covariância exponencial. Parâmetros desconhecidos são encontrados nesses modelos e a inferência adotada nesse trabalho é a Bayesiana por permitir que a crença inicial do especialista seja incorporada a modelagem, aumentando a quantidade de informação avaliada e melhorando portanto as estimativas. Ao ajustar os modelos sob conjuntos de dados simulados é possível verificar a capacidade dos ajustes recuperarem os verdadeiros valores dos parâmetros e selecionar o verdadeiro modelo. O presente artigo é resultado do interesse em analisar o ajuste do modelo de regressão linear com conjunto de dados artificiais com dependência espacial e comparar esse ao ajuste do modelo espacial, mais especificamente, a partir de dados geoestatísticos.

Approximate Bayesian Estimation of Stochastic Volatility in Mean Models using Hidden Markov Models: Empirical Evidence from Stock Latin American Markets

El modelo de volatilidad estocástica en la media (SVM) propuesto por Koopman and Uspensky (2002) es re- visado. Este documento tiene dos objetivos. El primero es ofrecer una metodología que requiere menos tiempo computacional en simulaciones y estimaciones comparadas con otras propuestas en la literatura como en Abanto- Valle et al. (2021) y otros. Para lograr el primer objetivo, proponemos aproximamos la función de verosimilitud del modelo SVM aplicando Hidden Markov Models (HMM) para hacer posible la inferencia bayesiana en tiempo real. Tomamos muestras de la distribución posterior de los parámetros usando una distribución Normal mul- tivariada con media y varianza dadas por la moda posterior y la inversa de la matriz Hessiana evaluada en esta moda posterior usando importance sampling (IS). Usando simulaciones, las propiedades frecuentistas de los estimadores son analizadas. El segundo objetivo es proporcionar evidencia empírica estimando el modelo SVM utilizando datos diarios para cinco mercados bursátiles de América Latina. Los resultados indican que la volatilidad impacta negativamente en los rendimientos sugiriendo que el efecto de retroalimentación de la volatilidad es más fuerte que el efecto relacionado con la volatilidad esperada. Este resultado es exacto y opuesto al hallazgo de Koopman and Uspensky (2002). Nosotros comparamos nuestra metodología con los algoritmos de Hamiltoniano Montecarlo (HMC) y Riemannian HMC basados en Abanto-Valle et al. (2021).

APERTURA A LA EXPERIENCIA, COMPARACIÓN ENTRE RESPONDEDORES Y NO RESPONDEDORES A ESKETAMINA

Introducción: La esketamina es un derivado de la ketamina, un anestésico y sustancia con efecto euforizante y riesgo de abuso ampliamente conocido. Se ha aprobado recientemente el uso de esketamina para el tratamiento de la depresión resistente, postulándose como fármaco capaz de mejorar los síntomas depresivos de forma rápida. Se discute si dicha mejoría se debe a una corrección rápida de las alteraciones cerebrales que subyacen a la depresión, o bien, a una alteración psicológica transitoria propia de una sustancia de abuso. La apertura a la experiencia es uno de los cinco dominios de personalidad recogidos en la escala NEO-FFI-R2. Dicho dominio se ha relacionado con el uso de sustancias psicodélicas. Objetivos: Se pretende comparar la puntuación en apertura a la experiencia entre respondedores a esketamina y no respondedores. Material y métodos: Se utilizará el banco de datos de Rabanea-Souza, T. et al. para calcular, empleando inferencia bayesiana, la probabilidad de que la puntuación media en apertura a la experiencia en respondedores a esketamina supere a la de no respondedores. Para ello, se obtendrá para respondedores y no respondedores la distribución a posteriori marginal de la media de puntuaciones. Se asumirá que la apertura a la experiencia se distribuye de forma normal. Tanto la media de la puntuación como su desviación típica se considerarán no conocidas y se partirá de una distribución previa no informativa en ambos grupos. Los análisis estadísticos se realizarán mediante R (version 4.0.2). Resultados y conclusiones: Los respondedores a esketamina puntúan más alto en apertura a la experiencia en comparación con los no respondedores. La probabilidad de que la puntuación en respondedores supere a la de no respondedores se estima en un 98%. La respuesta a esketamina podría verse modulada por la tendencia al abuso de sustancias.

Análisis clásico y bayesiano en la distribución beta rectangular

En el presente trabajo se aborda el problema de trabajar con datos expresados en proporciones que contengan valores extremos. El objetivo general del estudio fue estudiar las propiedades, estimar y aplicar a datos reales el modelo de distribución Beta Rectangular, que ha sido construido específicamente para llevar a cabo el análisis estadístico de datos expresados en proporciones que contengan valores extremos. El estudio se llevó a cabo desde el punto de vista clásico y bayesiano. Para la implementación de la inferencia Bayesiana se consideraron simulaciones de Montecarlo de Cadenas de Markov (MCMC). A fin de evaluar la robustez del modelo de distribución Beta Rectangular, se comparó con el modelo de distribución Beta tanto por inferencia clásica como por inferencia bayesiana, y se llevó a cabo estudios de simulación bajo diferentes escenarios generados por variaciones en el valor de los parámetros de la distribución. Los estudios de simulación demostraron, que el modelo de distribución Beta Rectangular es más robusto que el modelo de distribución Beta. En el caso complementario, es decir cuando los datos no incluyen valores extremos, se presenta una alternancia entre los modelos Beta Rectangular y Beta en relación a cuál de ellos es el que mejor se ajusta a los datos. Se concluye que el modelo de distribución Beta Rectangular presenta propiedades adecuadas para trabajar con conjuntos de datos expresados en proporciones, restringidos al intervalo [0, 1] de la recta real, y que presentan valores extremos. Cuando esta situación se da, el modelo de distribución Beta Rectangular tiene un mejor ajuste a los datos que el modelo de distribución Beta.