Évolution passée et contemporaine des chênes

Dans cette revue, nous faisons le point sur les connaissances récentes acquises sur l’évolution des chênes blancs européens, depuis les origines et la diversification du genre Quercus jusqu’à leur évolution contemporaine, notamment en lien avec l’évolution du climat. Nous rappelons comment ces avancées ont été rendues possibles par l’amélioration des méthodes théoriques et méthodologiques pour l’étude des génomes et des sciences de l’évolution. Les données paléontologiques, couplées à des méthodes de génétique des populations, ont par exemple permis de mieux dater l’émergence des chênes blancs européens et de comprendre leur histoire évolutive. Les chênes blancs européens se sont progressivement différenciés génétiquement les uns des autres ; mais à la fin de la dernière période glaciaire ils se sont retrouvés en contact et ont échangé massivement des gènes entre eux. Ce changement de trajectoire a contribué à homogénéiser les génomes de ces espèces, sauf à quelques zones précises de leur génome, expliquant les préférences écologiques et autres différences toujours observables entre elles. Ces échanges génétiques ont aussi conduit à transférer des adaptations entre espèces, comme par exemple l’adaptation à l’altitude du Chêne sessile. Enfin, à une échelle contemporaine, nos analyses révèlent les changements génétiques et démographiques sur deux générations chez le Chêne sessile et chez le Chêne pédonculé. En conclusion, cette revue évoque des applications possibles de ces résultats dans la gestion et la conservation des chênaies.

Structures sociales et structures génétiques dans les populations humaines

Dans cette note, nous revenons sur les grandes lignes de la conférence donnée lors des journées de la SAP 2019 concernant le champ actuel de l’ethnogénétique, qui s’intéresse entre autres à l’influence des systèmes de parenté sur la diversité génétique des populations humaines. Nous présentons certains des résultats principaux d’une étude ethnogénétique menée en Asie du Sud-Est dans douze populations présentant des systèmes de parenté variés, à filiation patrilinéaire, matrilinéaire et cognatique. Les données ethno-démographiques et génétiques collectées montrent que les processus de résidence, de filiation et d’alliance façonnent la diversité génétique des populations humaines. Ce champ de recherche ouvre ainsi de nouvelles perspectives : mieux connaître, à partir des données génétiques, la dynamique des systèmes de parenté actuels, et retracer leur évolution à travers le temps grâce aux données archéogénétiques. Cependant, les données ethno-démographiques montrent également que le niveau d’observance des règles varie entre populations catégorisées dans un même système de parenté, ce qui module les signatures génétiques laissées par ce système de parenté et invite à une certaine prudence concernant l’inférence des structures sociales du passé à partir des données archéogénétiques. L’impact du « puzzle matrilinéaire » sur la diversité génétique autosomale est également discuté.

Évolution et adaptation fonctionnelle des arbres tropicaux : le cas du genre Guibourtia Benn.

La présente thèse s’intéresse aux mécanismes à l’origine de la diversification des espèces d’arbres tropicaux. Elle utilise le genre Guibourtia Benn. (Fabaceae-Detarioideae) comme modèle biologique afin de comprendre les mécanismes historiques, biologiques et environnementaux à l’origine de la diversité de ce genre. Plus particulièrement, elle vise, d’une part, à étudier, au niveau interspécifique, le rôle relatif des forces évolutives neutres et de sélection dans la diversification du genre Guibourtia et, d’autre part, au niveau intra-spécifique, à questionner les causes de la différenciation des populations de trois espèces de Guibourtia. Au niveau interspécifique, la phylogénie datée basée sur le séquençage du génome chloroplastique complet a globalement confirmé la taxonomie actuelle. Elle a montré une diversification au milieu du Miocène en trois clades qui sont décrits aujourd’hui comme des sous-genres (Guibourtia, Gorskia et Pseudocopaiva). Elle démontre en outre que deux espèces américaines sont issues d’une migration de l’Afrique vers l’Amérique à la fin du Miocène. Il est également apparu que certains traits morphologiques ont été sélectionnés de manière convergente au sein des différents clades du genre Guibourtia en fonction des niches climatiques des espèces. Ce dernier résultat a été consolidé au moyen d’une expérimentation écophysiologique prouvant que la lumière constitue un important facteur de sélection et de différenciation adaptative entre certaines espèces du genre. Au niveau intraspécifique, une étude de phylogéographie a permis de mettre en évidence que les barrières biogéographiques chez G. ehie et les gradients climatiques chez G. coleosperma auraient contribué à la différenciation génétique des populations. En outre, cette étude montre une forte différenciation entre les populations de G. ehie d’Afrique de l’Ouest et d’Afrique centrale, en lien avec quelques traits morphologiques, ce qui préjuge de l’existence d’une nouvelle espèce. Enfin, chez G. tessmannii, espèce aux fruits déhiscents et graines arillées, nous avons identifié les principaux disperseurs dont les calaos (Ceratogymna atrata) qui pourraient contribuer à une dispersion à longue distance, influençant la structure spatiale de la variation génétique des populations. Cette thèse, en utilisant le genre Guibourtia comme modèle d’étude, a apporté de nouveaux éléments à la compréhension des mécanismes qui génèrent la diversité au sein des espèces d’arbres.