scholarly journals Population structure of Apodemus flavicollis and comparison to Apodemus sylvaticus in northern Poland based on RAD-seq

BMC Genomics ◽  
2020 ◽  
Vol 21 (1) ◽  
Author(s):  
Maria Luisa Martin Cerezo ◽  
Marek Kucka ◽  
Karol Zub ◽  
Yingguang Frank Chan ◽  
Jarosław Bryk
2019 ◽  
Author(s):  
Maria Luisa Martin Cerezo ◽  
Marek Kucka ◽  
Karol Zub ◽  
Yingguang Frank Chan ◽  
Jarosław Bryk

AbstractBackgroundMice of the genus Apodemus are one the most common mammals in the Palaearctic region. Despite their broad range and long history of ecological observations, there are no whole-genome data available for Apodemus, hindering our ability to further exploit the genus in evolutionary and ecological genomics context.ResultsHere we present results from the double-digest restriction site-associated DNA sequencing (ddRAD-seq) on 72 individuals of A. flavicollis and 10 A. sylvaticus from four populations, sampled across 500 km distance in northern Poland. Our data present clear genetic divergence of the two species, with average p-distance, based on 21377 common loci, of 1.51% and a mutation rate of 0.0011 - 0.0019 substitutions per site per million years. We provide a catalogue of 117 highly divergent loci that enable genetic differentiation of the two species in Poland and to a large degree of 20 unrelated samples from several European countries and Tunisia. We also show evidence of admixture between the three A. flavicollis populations but demonstrate that they have negligible average population structure, with largest pairwise FST < 0.086.ConclusionOur study demonstrates the feasibility of ddRAD-seq in Apodemus and provides the first insights into the population genomics of the species.


Mammalia ◽  
2016 ◽  
Vol 80 (5) ◽  
Author(s):  
Paola Bartolommei ◽  
Giulia Sozio ◽  
Cristina Bencini ◽  
Carlo Cinque ◽  
Stefania Gasperini ◽  
...  

AbstractThe identification of the wood mouse


2018 ◽  
Vol 142 (9-10) ◽  
pp. 485-486
Author(s):  
Mirna Mihelčić ◽  
Marko Vucelja ◽  
Marina Šantić ◽  
Josip Margaletić ◽  
Nenad Turk ◽  
...  

Francisella tularensisis uzročnik je zoonoze tularemije, koja ima široki raspon domaćina, uključujući člankonošce, sisavce i ptice. Dvije podvrste F. tularensis, subsp. tularensis (Tip A) i subsp. holartica (Tip B), opisane su kao najčešći uzročnici bolesti u ljudi (Kingry and Petersen, 2014; Kuehn et al., 2013). Tip A i Tip B razlikuju se po svojim biokemijskim značajkama, patogenosti, ekologiji, epidemiologiji te geografskoj rasprostranjenosti. Rasprostranjenost Tipa A uglavnom je ograničena na sjevernoamerički kontinent, za razliku od Tipa B, koji se javlja duž cijele sjeverne polutke, a ujedno je i najčešći uzročnik tularemije u Europi(Keim et al., 2007; Kuehn et al., 2013). No ekologija i kruženje ove bakterije u prirodi do danas još nisu u potpunosti razjašnjeni. Različiti glodavci (voluharice, miševi, tekunice, bizantski štakori, dabrovi) te dvojezupci (kunić i zec) opisani su kao mogući rezervoari F.tularensis. Zadnja epidemiološka i epizootiološka istraživanja tularemije u Hrvatskoj datiraju iz šezdesetih i sedamdesetih godina prošloga stoljeća(Borcić et al., 1975). Stoga je cilj ovoga rada bio prikupiti nove podatke o prevalenciji tularemije u populaciji sitnih sisavaca u Hrvatskoj. Ukupno 444 uzoraka sitnih glodavaca i kukcojeda sakupljeno je u razdoblju od dvije godine na osam različitih lokaliteta u šumama kontinentalne Hrvatske: Lipovljani, Nova Subocka, Velika Gorica, Stara Gradiška, Županja, Sunja, Koprivnica i Čakovec (Slika 1). Pretraženi su uzorci slezene od: 197 Apodemus agrarius (poljski miš), 78 Apodemus sylvaticus (šumski miš), 92 Apodemus flavicollis (žutogrli miš), 17 Myodes glareolus (šumska voluharica), 27 Mycrotus agrestis (livadna voluharica), 20 Microtus arvalis (poljska voluharica) te 13 Sorex araneus (rovka). Uzorcisu pretraženi na prisutnost DNA Francisella spp. koristeći qRT-PCR metodu. Dobiveni rezultati pokazuju da su od ukupno 444 prikupljene životinje tri uzorka (0.67%), od kojih dva poljska miša te jedan šumski miš, bili pozitivni su na francizelu (Tablica 1). Sva tri pozitivna uzorka prikupljena su na istom području – lokalitetu Lipovljani. Tularemija je bolest koja se primarno povezuje s „nizinskim“ i „vodenim“ ekosustavima (Borcić, 1973). Područje duž toka rijeke Save (Posavina) opisuje se kao prirodno žarište tularemije u Hrvatskoj (Borcic et al., 1976), akao glavni rezervoar tularemije na tom području navodi se poljska voluharica (Borcic et al., 1976). Trimiša pozitivna na F. tularensis upućuju da je ova bakterija i dalje prisutna u populaciji sitnih glodavaca u Hrvatskoj. Nadalje, svi pozitivni uzorci prikupljeni su na lokalitetu Lipovljani, smještenom u srednjem dijelu toka rijeke Save, stoga ova regija zadržava obilježje prirodnog žarišta tularemije u Hrvatskoj.


Chromosoma ◽  
1989 ◽  
Vol 98 (6) ◽  
pp. 450-455 ◽  
Author(s):  
Ulrike Hirning ◽  
Wolfgang A. Schulz ◽  
Walter Just ◽  
Sabine Adolph ◽  
Walter Vogel

Sign in / Sign up

Export Citation Format

Share Document