scholarly journals MicroRNAs και Long non-coding RNAs ως βιοδείκτες στην πρόβλεψη της φαρμακευτικής ανταπόκρισης ασθενών με μεταστατικό ορθοκολικό καρκίνο

2021 ◽  
Author(s):  
Δήμητρα-Ιωάννα Λαμπροπούλου
Keyword(s):  
Fragment Length Polymorphism ◽  
Chain Reaction ◽  
Specific Pcr ◽  
Non Coding Rna ◽  
Allele Specific ◽  
Non Coding Rnas ◽  
Polymerase Chain ◽  
Long Non Coding Rna ◽  
Allele Specific Pcr ◽  
Restriction Fragment Length

Σκοπός της παρούσας διδακτορικής διατριβής ήταν η διερεύνηση πιθανής συσχέτισης ανάμεσα στο προφίλ έκφρασης non coding RNA μονονουκλεοτιδικών πολυμορφισμών και στην ανταπόκριση στη θεραπεία ασθενών με μεταστατικό καρκίνο παχέος εντέρου-ορθού (ΚΠΕ-Ο) που λαμβάνουν χημειοθεραπευτικά σχήματα που περιλαμβάνουν την ιρινοτεκάνη, με απώτερο σκοπός την ανάδειξη νέων βιοδεικτών.Ασθενείς, Υλικά και Μέθοδοι: Η διερεύνηση των microRNA πολυμορφισμών έγινε σε γενωμικό DNA που απομονώθηκε από περιφερικό αίμα 105 ασθενών, ενώ η διερεύνηση των lncRNA πολυμορφισμών σε γενωμικό DNA που απομονώθηκε από περιφερικό αίμα 98 ασθενών με μεταστατικό ΚΠΕ-Ο. Η απομόνωση του γενωμικού DNA πραγματοποιήθηκε με τη χρήση του NucleoSpin Blood Kit (Macherey-Nagel, Germany). Η γονοτύπηση των πολυμορφισμών rs11134527 miR-218 και rs1834306 miR-100 έγινε με την τεχνική PCR (Polymerase chain Reaction)-RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism). H γονοτύπηση long non-coding RNA πολυμορφισμών HOTAIR rs4759314 και MALAT1 rs3200401 πραγματοποιήθηκε με την τεχνική AS (Allele Specific)-PCR. Ακολούθησε στατιστική ανάλυση κατά την οποία οι συχνότητες των γονοτύπων συγκρίθηκαν με τη δοκιμασία χ2 με διόρθωση κατά Yates (Yate’s correction). Η απλοτυπική ανάλυση πραγματοποιήθηκε με τη χρήση της διαδικτυακής πλατφόρμας https://www.snpstats.net/preproc.php. Αποτελέσματα: Υπομελέτη microRNA πολυμορφισμών-Δεν παρατηρήθηκαν στατιστικά σημαντικές συσχετίσεις ανάμεσα στην αντικειμενική ανταπόκριση και τους υπο μελέτη γονότυπους. Ωστόσο, οι GA και ΑΑ miR-218 rs11134527 και οι CT και TT του miR-100 rs1834306 συσχετίστηκαν στατιστικώς σημαντικά με την υποομάδα ασθενών που εμφάνισε πρόοδο νόσου. Δεν παρατηρήθηκαν στατιστικώς σημαντικές συσχετίσεις ανάμεσα τους υπό μελέτη γονότυπους και τον κίνδυνο εμφάνισης τοξικότητας. Οι γονότυποι GA και AA rs11134527 συνδέθηκαν στατιστικά περισσότερο με χειρότερη πρόγνωση. Ομοίως, οι rs1834306 CT και TT συσχετίστηκαν με στατιστικά μικρότερη συνολική επιβίωση. Από πολυπαραγοντική ανάλυση αναφορικά με την επίδραση στην επιβίωση, προκύπτει ότι η παρουσία των rs1834306 CT και TT γονοτύπων μπορεί να θεωρηθεί ως ανεξάρτητος προγνωστικός παράγοντας συνολικής επιβίωσης. Υπομελέτη Long non-coding RNA πολυμορφισμών- Δεν ανευρέθηκαν σημαντικές συσχετίσεις μεταξύ της ανταπόκρισης και τους rs4759314 και rs3200401 γονότυπους και απλότυπους. Φορείς των AG και GG γονοτύπων του rs4759314 φαίνεται ότι είναι στατιστικά πιθανότερο να φέρουν KRAS μεταλλάξεις. Ανευρέθηκε μια στατιστικά σημαντική συσχέτιση μεταξύ φορέων των rs3200401 CT/TT αλληλόμορφων και ανάπτυξης τοξικότητας. Δεν παρατηρήθηκαν στατιστικώς σημαντικές συσχετίσεις μεταξύ του πολυμορφισμού rs4759314 και συνολικής επιβίωσης. Ωστόσο, οι CT και TT γονότυποι του rs3200401 συνδέθηκαν σημαντικά με μικρότερη συνολική επιβίωση.Συμπεράσματα: Στην παρούσα μελέτη φάνηκε για πρώτη φορά πιθανή συσχέτιση μεταξύ των πολυμορφισμών miR-218 rs11134527 και miR-100 rs1834306 και ανταπόκρισης σε θεραπευτικά σχήματα που περιλαμβάνουν ιρινοτεκάνη. Επίσης, φάνηκε ότι φορείς του μεταλλαγμένου Α αλληλόμορφου του miR-218 rs11134527 και του μεταλλαγμένου T αλληλόμορφου του miR-100 rs1834306 είναι πιθανό να μην ανταποκριθούν σε σχήματα με ιρινοτεκάνη. Επιπλέον, οι GA/AA γονότυποι του rs11134527 και οι CT/TT του rs1834306 CT/TT συσχετίστηκαν στατιστικώς σημαντικά με μικρότερη συνολική επιβίωση. Αναφορικά με τον πολυμορφισμό rs3200401 MALAT1, φάνηκε για πρώτη φορά πιθανή συσχέτιση με την ανάπτυξη τοξικότητας και τη συνολική επιβίωση των ασθενών. Τέλος, η ανάλυση γονιδιακής έκφρασης έδειξε ότι φορείς του μεταλλαγμένου G αλληλόμορφου του rs4759314 HOTAIR είναι πιθανό να φέρουν επίσης KRAS μεταλλάξεις. Τα αποτελέσματα της μελέτης μας πρέπει να ενισχυθούν από μεγαλύτερης κλίμακας έρευνες με μεγαλύτερα πληθυσμιακά δείγματα, ώστε οι εν λόγω πολυμορφισμοί να μπορέσουν να χρησιμοποιηθούν για θεραπευτικούς και προγνωστικούς σκοπούς στο μέλλον.

scholarly journals Detection of „Hotspot Mutations in Catalytic Subunit of Phosphatidylinositol 3-Kinase (Pik3ca) by Allele-Specific Polymerase Chain Reaction

2014 ◽  
Vol 14 (2) ◽  
pp. 10-15 ◽  
Author(s):  
Mendelova A. ◽  
Holubekova V. ◽  
Zubor P. ◽  
Jezkova E. ◽  
Gemzova K. ◽  
...  
Keyword(s):  
Breast Cancer ◽  
Direct Sequencing ◽  
Chain Reaction ◽  
Pik3ca Gene ◽  
Specific Polymerase Chain Reaction ◽  
Specific Pcr ◽  
Allele Specific ◽  
Hotspot Mutations ◽  
Polymerase Chain ◽  
Allele Specific Pcr

Abstract The phosphatidylinositol 3-kinases (PI3Ks) are a family of proteins involved in the regulation of cell survival, growth, metabolism, and glucose homeostasis. Increased PI3K activity is associated with many cancers. PIK3CA gene (encoding p110 , the catalytic subunit of PI3K) is commonly mutated in breast cancer. In our study we focused on the detection of “hotspot” mutations in exons 9 and 20 of the PIK3CA gene in paraffin-embedded tissue of patients with breast cancer. We optimized conditions of allele specific polymerase chain reaction (PCR) and we used direct sequencing to verify our results. Overall, three “hotspot” mutations in PIK3CA gene in paraffin-embadded tissue from breast cancer were detected by allele-specific PCR. All results were verified by direct sequencing of PCR products and we observed 100% agreement between those two methods. We confirmed that allele-specific PCR assay is low cost method usefull for accurate detection of PIK3CA mutations.

Evaluation of b-casein variants in Egyptian goat, sheep and cattle by allele specific PCR and relevance to b- casomorphin

2018 ◽  
Author(s):  
Ahmed M. Darwish ◽  
Ghada H. H. El Nady ◽  
Neama I. Ali ◽  
Aly Z. E. Abdelsalam
Keyword(s):  
Polymerase Chain Reaction ◽  
Genetic Variants ◽  
Chain Reaction ◽  
Specific Polymerase Chain Reaction ◽  
Specific Pcr ◽  
Sheep Milk ◽  
Beta Casein ◽  
Allele Specific ◽  
Polymerase Chain ◽  
Allele Specific Pcr

The beta casein gene (CSNS2) has 12 genetic variants divided into two groups: the first group (A1, B, and G) which differ from the second group (A2, A3 C, D, E, F, H, H2 and I) where A base replaces C base, this leads to potential liberation of a bioactive peptide, b-casomorphin, upon digestion where a histidine replaces a proline at position 67. The allele specific polymerase chain reaction (AS-PCR) was evaluated to distinguish between the beta casomorphin releasing variants (A1 and B) and the non-releasing variants. The sequence analysis was used to determine these variants and confirm it in goat, sheep and cattle. The results showed that cattle carrying allele A1 either homozygous or heterozygous more than sheep and goats. The allele frequency of A1 and A2 is 0.44, 0.56 in goats, 0.43, 0.57 in sheep and 0.54, 0.46 in cattle, respectively. The sequence results reported changing of C base to A base in goat, sheep and cattle. Therefore, this study reported that goat and sheep milk was more safe than cattle milk.

scholarly journals A Novel Assay for the Identification of NOTCH1 PEST Domain Mutations in Chronic Lymphocytic Leukemia

2016 ◽  
Vol 2016 ◽  
pp. 1-5 ◽  
Author(s):  
Paulo Vidal Campregher ◽  
Roberta Cardoso Petroni ◽  
Nair Hideko Muto ◽  
Roberta Sitnik ◽  
Flavia Pereira de Carvalho ◽  
...  
Keyword(s):  
Chronic Lymphocytic Leukemia ◽  
Lymphocytic Leukemia ◽  
Chain Reaction ◽  
Fragment Analysis ◽  
Insertions And Deletions ◽  
Specific Pcr ◽  
Trisomy 12 ◽  
Allele Specific ◽  
Polymerase Chain ◽  
Allele Specific Pcr

Aims.To develop a fast and robust DNA-based assay to detect insertions and deletions mutations in exon 34 that encodes the PEST domain ofNOTCH1in order to evaluate patients with chronic lymphocytic leukemia (CLL).Methods.We designed a multiplexed allele-specific polymerase chain reaction (PCR) combined with a fragment analysis assay to detect specifically the mutation c.7544_7545delCT and possibly other insertions and deletions in exon 34 ofNOTCH1.Results.We evaluated our assay in peripheral blood samples from two cohorts of patients with CLL. The frequency ofNOTCH1mutations was 8.4% in the first cohort of 71 unselected CLL patients. We then evaluated a second cohort of 26 CLL patients with known cytogenetic abnormalities that were enriched for patients with trisomy 12.NOTCH1mutations were detected in 43.7% of the patients with trisomy 12.Conclusions.We have developed a fast and robust assay combining allele-specific PCR and fragment analysis able to detectNOTCH1PEST domain insertions and deletions.

Sign in / Sign up

Export Citation Format

Share Document