Pulse Field Gel Electrophoresis for the Detection of Facioscapulohumeral Muscular Dystrophy Gene Rearrangements

Neurogenetics ◽  
2003 ◽  
pp. 153-164
Author(s):  
Luciano Felicetti ◽  
Giuliana Galluzzi
Keyword(s):  
Muscular Dystrophy ◽  
Gel Electrophoresis ◽  
Facioscapulohumeral Muscular Dystrophy ◽  
Pulse Field ◽  
Gene Rearrangements ◽  
Pulse Field Gel Electrophoresis

scholarly journals New approach for diagnostic of Facioscapulohumeral muscular dystrophy based on PCR

2019 ◽  
pp. 3-9
Author(s):  
Н.В. Зернов ◽  
А.А. Гуськова ◽  
М.Ю. Скоблов
Keyword(s):  
Muscular Dystrophy ◽  
Molecular Genetic ◽  
Facioscapulohumeral Muscular Dystrophy ◽  
Diagnostic Methods ◽  
Pulse Field ◽  
Agarose Gel ◽  
New Approach ◽  
Pulse Field Gel Electrophoresis ◽  
Pcr Products ◽  
The Moment

Актуальность. Миодистрофия Ландузи-Дежерина (МЛД) является одной из наиболее часто встречающихся мышечных дистрофий. В 95% случаев заболевание связано с частичной делецией массива повторов D4Z4 на одном из аллелей 4-й хромосомы. Существующие диагностические методики гибридизации по Саузерну и молекулярного комбинга являются ресурсо- и времязатратными. В настоящее время в Российской Федерации молекулярно-генетическая диагностика МЛД не проводится. Цель. Поиск новых подходов к диагностике МЛД для использования в молекулярно-генетических лабораториях. Методы. ДНК выделялась в агарозных блоках и подвергалась обработке эндонуклеазой EcoRI. Полученные фрагменты ДНК разделялись методом пульс-электрофореза в агарозном геле, после этого агарозный гель фрагментировался согласно маркеру молекулярного веса и использовался в качестве матрицы для полимеразной цепной реакции (ПЦР). Принадлежность полученных ПЦР-продуктов к последовательностям повторов D4Z4 4-й хромосомы подтверждалась секвенированием по Сэнгеру. Результаты. Протокол пульс-электрофореза оптимизирован таким образом, что после всех этапов ДНК в агарозном геле пригодна для использования в качестве матрицы для ПЦР. Разработана ПЦР-система специфичной амплификации контрольных ДНК-матриц 4-й хромосомы и подтверждена секвенированием принадлежность получаемых ПЦР-продуктов к последовательности повторов D4Z4 4-й хромосомы. Выводы. Показана возможность использования ДНК в агарозном геле после пульс-электрофореза в качестве матрицы для детекции повторов D4Z4 методом ПЦР. Представленная ПЦР-система специфично амплифицирует последовательности D4Z4 4-й хромосомы. Используя данную ПЦР-систему и геномную ДНК пациента с известной длиной массива повторов D4Z4 проведена успешная диагностика МЛД. Таким образом разработан новый подход к диагностике МЛД для использования в молекулярно-генетических лабораториях. Relevance. Facioscapulohumeral muscular dystrophy (FSHD) is one of the most common muscular dystrophies. In 95% of cases, the disease is associated with partial deletion of the array of the D4Z4 repeats on one of the alleles of the 4th chromosome. The existing diagnostic methods of Southern blotting and molecular combing are quite resource-and time-consuming. At the moment, molecular genetic diagnostic of FSHD is not provided on the territory of the Russian Federation. Aim: to find new approaches for molecular genetic diagnostic of FSHD acceptable for use in standard molecular genetic laboratories Materials and methods: DNA isolated in agarose plugs and treated by the EcoRI restriction enzyme. DNA fragments then were separated by pulse field gel electrophoresis (PFGE) in agarose gel. After PFGE, the agarose gel was fragmented and used as a matrix for PCR. The identity of the obtained PCR products to the sequence of the D4Z4 repeats of the 4th chromosome was confirmed by sequencing by Sanger. Results. The PFGE protocol is optimized in such a way that, after all stages, DNA in agarose gel is suitable for use as a matrix for PCR. We achieve a specific amplification of the control DNA matrices of the 4th chromosome and confirm belonging of the PCR products to the sequence of D4Z4 repeats of the 4th chromosome by the Senger sequencing. Conclusions. This paper shows the possibility of using DNA in agarose gel after PFGE as a matrix for detection of D4Z4 repeats by PCR. The presented PCR system specifically amplify sequence of the 4th chromosome D4Z4 repeats. Using this PCR system and genomic DNA of a patient with a known length of the D4Z4 repeats array, a successful diagnosis of FSHD was performed. Thus, we propose a new approach for FSHD diagnostic, acceptable for use in standard molecular genetic laboratories.

scholarly journals A simple and ranid method for preparing yeast chromosomes for Pulse Field Gel Electrophoresis

1987 ◽  
Vol 15 (16) ◽  
pp. 6749-6749 ◽  
Author(s):  
Michel Bellis ◽  
Michel Pagès ◽  
Gérard Roizès
Keyword(s):  
Gel Electrophoresis ◽  
Pulse Field ◽  
Pulse Field Gel Electrophoresis

scholarly journals Chromosomal transformation in Saccharomyces cerevisiae with DNA isolated by pulse field gel electrophoresis.

1990 ◽  
Vol 54 (6) ◽  
pp. 1499-1504 ◽  
Author(s):  
Kuniyasu GOTO ◽  
Tohru MOTOYOSHI ◽  
Gakuzo TAMURA ◽  
Takaji OBATA ◽  
Shodo HARA
Keyword(s):  
Saccharomyces Cerevisiae ◽  
Gel Electrophoresis ◽  
Pulse Field ◽  
Pulse Field Gel Electrophoresis

scholarly journals Molecular Typing of Klebsiella pneumoniae Isolated from Medical Centers in Kermanshah Using Pulse Field Gel Electrophoresis

2019 ◽  
Vol In Press (In Press) ◽  
Author(s):  
Azam Elahi ◽  
Alisha Akya ◽  
Roya Chegene Lorestani ◽  
Keyghobad Ghadiri ◽  
Shokofe Baakhshii
Keyword(s):  
Klebsiella Pneumoniae ◽  
Molecular Typing ◽  
Gel Electrophoresis ◽  
Pulse Field ◽  
Pulse Field Gel Electrophoresis ◽  
Medical Centers

scholarly journals Optimization of Pulse-Field Gel Electrophoresis for Subtyping of Klebsiella pneumoniae

2013 ◽  
Vol 10 (7) ◽  
pp. 2720-2731 ◽  
Author(s):  
Hui Han ◽  
Haijian Zhou ◽  
Haishan Li ◽  
Yuan Gao ◽  
Zhi Lu ◽  
...  
Keyword(s):  
Klebsiella Pneumoniae ◽  
Gel Electrophoresis ◽  
Pulse Field ◽  
Pulse Field Gel Electrophoresis

Κλινική σημασία του αποικισμού του εντέρου με στελέχη Klebsiella pneumoniae που παράγουν καρβαπενεμάσες σε ασθενείς της μονάδας εντατικής θεραπείας

2019 ◽  
Author(s):  
Κωνσταντίνα Κοντοπούλου
Keyword(s):  
Klebsiella Pneumoniae ◽  
Gel Electrophoresis ◽  
Pulse Field ◽  
Diagnostic Systems ◽  
Pulse Field Gel Electrophoresis ◽  
Vitek 2

Σκοπός: Η ανάδειξη της κλινικής σημασίας αποικισμού του ορθού με στελέχη Klebsiella pneumoniae ανθεκτικών στις καρβαπενέμες (CRKP), με την εφαρμογή μοριακών μεθόδων στα στελέχη CRKP που απομονώθηκαν από το ορθό και το αίμα ασθενών της Μονάδας Εντατικής Θεραπείας.Υλικό – μέθοδοι: Πρόκειται για προοπτική μελέτη η οποία διεξήχθη στο Γ.Ν.Θ. «Γ.ΓΕΝΝΗΜΑΤΑΣ» κατά την διάρκεια μιας τριετίας (2011-2014). Το υλικό αποτέλεσαν 498 ασθενείς οι οποίοι νοσηλεύτηκαν το συγκεκριμένο διάστημα στην Μονάδα Εντατικής Θεραπείας. Διενεργήθηκε μονοπαραγοντική και πολυπαραγοντική ανάλυση πιθανών παραγόντων κινδύνου αποικισμού και επακόλουθης σηψαιμίας με CRKP στελέχη. Η συλλογή των επιχρισμάτων ορθού γίνονταν την ημέρα εισαγωγής και στη συνέχεια δύο φορές την εβδομάδα μέχρι την έξοδό του ασθενούς απ΄ την Μ.Ε.Θ (Θάνατος ή μεταφορά σε άλλη κλινική). Καλλιέργειες αίματος λαμβάνονταν από τους ασθενείς με κλινική υποψία σηψαιμίας σε φιαλίδια BACTEC Plus Aerobic/F, Plus Anaerobic/F and Mycosis IC/F,τα οποία επωάζονταν στο αυτοματοποιημένο σύστημα BACTEC 9120 (BD Diagnostic Systems, Sparks, MD, USA). Στα δείγματα ορθού γίνονταν έλεγχος για την ύπαρξη CRKP, με επίστρωση των δειγμάτων σε χρωμοάγαρ (chromIDCARBAprototypemedium –bioMérieux). Η ταυτοποίηση κι ο έλεγχος ευαισθησίας στους αντιμικροβιακούς παράγοντες των στελεχών CRKP ορθού και αίματος έγινε με το αυτοματοποιημένο σύστημα VITEK 2 (bioMerieux, Marcy l'Etoile, France). Σε όλα τα υποτιθέμενα απομονωμένα στελέχη CRKP, οι καρβαπενεμάσες ανιχνεύθηκαν με φαινοτυπικά τεστ (φαινυλοβορονικό οξύ και EDTA) και επιβεβαιώθηκαν με μοριακές τεχνικές PCR για γονίδια KPC, IMP και VIM, NDM και ΟΧΑ-48. Η γενετική συγγένεια στελεχών ορθού και αίματος ελέγχθηκε με ηλεκτροφόρηση παλλόμενου ηλεκτρικού πεδίου (PFGE-pulse-field gel electrophoresis) και MLST(multilocussequencetyping). Αποτελέσματα: Από το σύνολο των ασθενών, 226 αποικίστηκαν στο ορθό με στελέχη CRKP,48 από τους οποίους ανέπτυξαν σηψαιμία από αντίστοιχα στελέχη. Η διάρκεια παραμονής στη ΜΕΘ, η αναλογία ασθενών/νοσηλευτή και η προηγούμενη χρήση αντιμικροβιακών παραγόντων με αντιαναερόβια δράση, συσχετίστηκαν με τον αποικισμό οθού.Κανένας συγκεκριμένος παράγοντας δεν συσχετίστηκε με την επακόλουθη εμφάνιση σηψαιμίας.Το γονίδιο blaKPC-2 ανιχνεύθηκε σε όλα τα εξεταζόμενα στελέχη (48 ορθού και 48 αίματος) και όλα ανήκαν στον κλώνο ST-258. Με βάση τα αποτελέσματα της ηλεκτροφόρησης, τα στελέχη του αίματος ήταν γενετικά όμοια με τα αντίστοιχα του ορθού για κάθε ασθενή. Συμπεράσματα: Η μελέτη υποστηρίζει την ισχυρή συσχέτιση μεταξύ αποικισμού και σηψαιμίας, δεδομένου ότι 48 ασθενείς εμφάνισαν λοίμωξη με τα ίδια στελέχη CRKP που είχαν αποικιστεί. Ο περιορισμός της χορήγησης αντιμικροβιακών παραγόντων με αντιαναερόβια δράση, η μείωση της διάρκειας παραμονής στην ΜΕΘ και η διατήρηση ενός χαμηλού λόγου ασθενών/νοσηλευτή, είναι πιθανές στρατηγικές για τον περιορισμό του αποικισμού του ορθού με CRKP στελέχη και την μείωση της διασποράς των στελεχών αυτών.

scholarly journals In vivo selection of porin-deficient mutants of Klebsiella pneumoniae with increased resistance to cefoxitin and expanded-spectrum-cephalosporins.

1996 ◽  
Vol 40 (2) ◽  
pp. 342-348 ◽  
Author(s):  
L Martínez-Martínez ◽  
S Hernández-Allés ◽  
S Albertí ◽  
J M Tomás ◽  
V J Benedi ◽  
...  
Keyword(s):  
Klebsiella Pneumoniae ◽  
Gel Electrophoresis ◽  
Dna Analysis ◽  
Pulse Field ◽  
Transfer Resistance ◽  
Beta Lactamases ◽  
Pulse Field Gel Electrophoresis ◽  
Gene Coding ◽  
Selection Of

Four Klebsiella pneumoniae isolates (LB1, LB2, LB3, and LB4) with increased antimicrobial resistance were obtained from the same patient. The four isolates were indistinguishable in biotype, plasmid content, lipopolysaccharide, and DNA analysis by pulse-field gel electrophoresis. Isolate LB1 made TEM-1 and SHV-1 beta-lactamases. Isolates LB2, LB3, and LB4 produced SHV-5 in addition to TEM-1 and SHV-1. MICs of cefoxitin, ceftazidime, and cefotaxime against LB1 were 4, 1, and 0.06 micrograms/ml, respectively. MICs of ceftazidime against K. pneumoniae LB2, LB3, and LB4 were > 256 micrograms/ml, and those of cefotaxime were 2, 4, and 64 micrograms/ml, respectively. MICs of cefoxitin against K. pneumoniae LB2 and LB3 were 4 micrograms/ml, but that against K. pneumoniae LB4 was 128 micrgrams/ml. K. pneumoniae LB4 could transfer resistance to ceftazidime and cefotaxime, but not that to cefoxitin, to Escherichia coli. Isolate LB4 and cefoxitin-resistant laboratory mutants lacked an outer membrane protein of about 35 kDa whose molecular mass, mode of isolation, resistance to proteases, and reaction with a porin-specific antiserum suggested that it was a porin. MICs of cefoxitin and cefotaxime reverted to 4 and 2 micrograms/ml, respectively, when isolate LB4 was transformed with a gene coding for the K. pneumoniae porin OmpK36. We conclude that the increased resistance to cefoxitin and expanded-spectrum cephalosporins of isolate LB4 was due to loss of a porin channel for antibiotic uptake.

scholarly journals Genotypic Characterization of Coagulase-negative Staphylococci Isolated from Sheep Milk in Slovakia

2010 ◽  
Vol 79 (2) ◽  
pp. 269-275 ◽  
Author(s):  
Ivana Pilipčincová ◽  
Mangesh Bhide ◽  
Eva Dudriková ◽  
Milan Trávniček
Keyword(s):  
Molecular Characterization ◽  
Gel Electrophoresis ◽  
Biochemical Characterization ◽  
Pulse Field ◽  
Coagulase Negative Staphylococci ◽  
Pulse Field Gel Electrophoresis ◽  
Milk Samples ◽  
Sheep Milk ◽  
Epidemiological Situation

Hitherto very few reports are available presenting identification and molecular characterization of the coagulase negative staphylococci (CNS) from sheep milk in the subclinical stage of mastitis. Furthermore, very scanty data are available on the epidemiological status of CNS in different Slovak provinces. Milk samples from 54 sheep farms located in eastern Slovak region were screened. A total 240 CNS were identified with series of biochemical testes (STAPH-API) and subjected further for genotyping with the help of pulse field gel electrophoresis (PFGE). The most frequently occurring CNS species according the biochemical characterization were:S. epidermidis(36.3 %),S. caprae(21.3 %),S. hominis(6.6 %),S. chromogenes(6.3 %),S. xylosus(5.8 %),S. warneri(5.0 %) andS. capitis(4.6 %). Further PFGE-based characterization of these isolates revealed six pulsotypes of theS. epidermidis, two ofS. caprae, three ofS. chromogenes, nine ofS. hominis, five ofS. capitisand seven ofS. xylosus. These results contribute to knowledge of the epidemiological situation of the CNS from the subclinical form of mastitis in Slovakia.

Sign in / Sign up

Export Citation Format

Share Document