scholarly journals Genome sequence of a divergent Colombian isolate of potato virus V (PVV) infecting Solanum phureja

2016 ◽  
Vol 60 (01) ◽  
pp. 49-54 ◽  
Author(s):  
P. GUTIÉRREZ ◽  
H. JARAMILLO MESA ◽  
M. MARÍN MONTOYA
2013 ◽  
Vol 158 (10) ◽  
pp. 2205-2208 ◽  
Author(s):  
Pablo A. Gutiérrez ◽  
Juan Fernando Alzate ◽  
Mauricio A. Marín-Montoya

2018 ◽  
Vol 7 (18) ◽  
Author(s):  
Ian P. Adams ◽  
Jorge Abad ◽  
Cesar E. Fribourg ◽  
Neil Boonham ◽  
Roger A. C. Jones

We present the complete genomic sequence of a Potato virus T (PVT) isolate originally obtained from a Bolivian potato sample collected in 1976, and we compare it with the genome of the PVT type isolate from Peru. There is an 81% nucleotide identity between the two genomes of this Andean potato virus.


Author(s):  
Daniela García Ruíz ◽  
Manuel Andrés Olarte Quintero ◽  
Pablo Andrés Gutiérrez Sánchez ◽  
Mauricio Alejandro Marín Montoya

<p>El Potato virus (PVX) es uno de los virus más limitantes del cultivo de la papa en el mundo. Es transmitido solamente por contacto y por tubérculo-semilla. Su control se fundamenta en la siembra de tubérculos certificados por su sanidad viral y en la disponibilidad de metodologías de diagnóstico altamente sensibles. En este trabajo se evaluó la prevalencia del PVX en cuatro diferentes tejidos de tubérculos de Solanum tuberosum subsp. andigena var. Diacol-Capiro y S. phureja var. Criolla Colombia utilizando pruebas de DAS-ELISA para 128 submuestras y de RT-qPCR para 32 grupos de submuestras (4 submuestras/grupo). Los resultados de las pruebas serológicas  indicaron la presencia de PVX en el 6,25 y 50% de las submuestras analizadas para la variedad Diacol-Capiro y Criolla Colombia, respectivamente; mientras que los niveles de prevalencia del PVX utilizando la detección por RT-qPCR fueron del 93,75%, independientemente de la variedad de papa y del tejido evaluado. Los valores promedio del ciclo umbral (Ct) en las RT-qPCR fueron de 25,6 (Ct=18,02 a 34,49) y el análisis de las curvas de desnaturalización permitió identificar dos variantes del virus con valores de Tm de 79,5±1°C y 83,7±1°C. La secuenciación de los amplicones obtenidos por RT-qPCR para los controles positivos y para dos de las muestras, confirmó su naturaleza viral. Estos resultados señalan unos muy altos niveles de prevalencia de PVX en el material de siembra de papa en Antioquia y la necesidad de fortalecer los programas de certificación de semilla con pruebas de detección como RT-qPCR.</p>


2018 ◽  
Vol 7 (23) ◽  
Author(s):  
Ian P. Adams ◽  
Neil Boonham ◽  
Roger A. C. Jones

A Potato virus U isolate detected in a Peruvian potato sample collected in 1977 produced the first genome sequence of this virus. When this genome sequence was compared with those of other nepoviruses, the amino acid sequences of RNA1 and RNA2 were most similar to those of subgroup C nepoviruses.


Virus Genes ◽  
2009 ◽  
Vol 39 (1) ◽  
pp. 141-145 ◽  
Author(s):  
Neda Esfandiari ◽  
Mina Kohi-Habibi ◽  
Thomas Hohn ◽  
Mikhail M. Pooggin

2019 ◽  
Vol 164 (11) ◽  
pp. 2891-2894 ◽  
Author(s):  
Hironobu Yanagisawa ◽  
Yosuke Matsushita ◽  
Aleksandr Khiutti ◽  
Nina Mironenko ◽  
Yasuo Ohto ◽  
...  

2016 ◽  
Vol 11 (2) ◽  
pp. 26 ◽  
Author(s):  
Jenny Paola Alfaro García ◽  
Liliana Franco-Lara

Observaciones anteriores en cultivos de papa (<em>Solanum tuberosum</em> y <em>Solanum phureja</em>) mostraron síntomas llamados atípicos en este trabajo, que consistían en hojas con manchas irregulares verde oscuro sobre un fondo amarillo intenso, que sugieren la presencia de virus. Estos síntomas no correlacionan con ningún virus descrito para papa en Colombia. En plantas, existen reportes de infecciones virales con dos o más virus que llevan a interacciones como sinergismo o antagonismo. En este trabajo se evaluó la hipótesis de que los síntomas atípicos podrían ser resultado de infecciones mixtas entre PYVV (<em>Potato yellow vein virus) (Crinivirus) </em>y PVY (<em>Potato virus Y</em>) (<em>Potyirus)</em>, pues ambos virus son comunes en cultivos de papa en Colombia. Se reportan resultados de RT-PCR (reacción en cadena de la polimerasa mediada por retrotranscripción) para la detección de PYVV y PVY, y de ELISA para PVX, PVS, PVM y PRLV en 57 plantas con y sin síntomas atípicos provenientes de campo. Los resultados no apoyan la hipótesis planteada, pues de 10 plantas con síntomas atípicos evaluadas solo una estaba infectada con los dos virus.  Por otro lado, coinfecciones de PVY y PYVV se observaron en plantas sin síntomas aparentes (4 plantas de 5 evaluadas) y en plantas con síntomas característicos de PYVV (17 plantas de 37 evaluadas). Del total de 20 plantas evaluadas por ELISA, 18 presentaban infección por PVX aunque no se observaron síntomas asociados a este virus. Ocho de estas plantas, además de PVX estaban infectadas también con PVY y PYVV, pero mostraban síntomas de característicos de PYVV, lo que sugiere que PVX tampoco correlaciona con los síntomas atípicos. Se sugiere la presencia de un virus no reportado infectando el cultivo de papa en Colombia.


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