Diversité génétique de six populations de Heterobranchus longifilis de Côte d’Ivoire

La structuration génétique de Heterobranchus longifilis de côte d’ivoire a été étudiée à travers six populations. L’objectif de cette étude est d’identifier une ou des souches d’élevage de Heterobranchus. longifilis en Côte d’Ivoire, en vue de leur valorisation et vulgarisation. Ainsi, 116 échantillons provenant de 4 bassins versants (Agneby, Bandama, Cavally et Sassandra), ont été génotypes à l’aide de 6 marqueurs microsatellites isolés de Clarias gariepinus (Cga01, Cga03, Cga05, Cga06, Cga09 et Cga10). Une grande variabilité génétique intra population a été observée chez les différentes populations de Heterobranchus longifilis étudiées avec une diversité génétique élevée (HS=0,454) et un nombre moyen d’allèles observés de 8 ± 5,90. Sous l’hypothèse de Hardy-Weinberg, toutes les populations de Heterobranchus longifilis ont montré un déficit significatif à la panmixie, à l’exception de celle du Cavally. Les valeurs de FST (0,037 ; 0,078 ; 0,095 et 0,096) ont montré une différenciation génétique modérée entre les populations de Agneby nord, Agneby sud, Bandama et Cavally. Cependant, une forte différentiation génétique a été révélée entre les populations du Sassandra (nord et sud) et celles des autres (Agneby nord, Agneby sud, Bandama et Cavally). Les valeurs des FST se situent entre 0,16 et 0,27. Les regroupements des populations réalisés à partir de la matrice des distances génétiques de Cavalli-Sforza & Edwards ont révélé une faible structuration génétique. Cependant, ces résultats indiquent l’existence de deux groupes bien distincts ; l’un composé de Agneby nord, Agneby sud, Bandama et Cavally et l’autre de Sassandra Nord et Sud.

Adiposité et génétique chez le porc : état des lieux et nouveaux enjeux pour la qualité des produits

L’adiposité des carcasses des porcs abattus en France s’est réduite en moyenne de 45 % entre 1977 et 2016. La production d’animaux de plus en plus maigres a été initiée dans les années 1950-1960 avec la mise en place des grilles de classement commercial des carcasses et de paiement différencié en fonction de leur teneur en tissus maigres, au détriment des tissus gras. Cette évolution a conduit à une standardisation de la production, entraînant des difficultés pour répondre à la demande qualitative de certains segments de marché. Toutefois, le gras connait actuellement un regain d’intérêt au sein de la filière porcine française. Les tissus gras présentent en effet de nombreux atouts, tant pour l’aptitude à la transformation en produits de charcuterie et salaison que pour les qualités sensorielles et nutritionnelles des produits. Cette synthèse fait le point sur les évolutions de l’amélioration génétique du porc en France en lien avec l’adiposité et la qualité des produits. Après un rappel des caractéristiques des tissus gras et leur intérêt pour les qualités des viandes et produits du porc, les facteurs de variation de l’adiposité et les caractères de quantité de gras pris en compte dans les programmes d’amélioration génétique sont présentés. Un état des lieux de la variabilité génétique de l’adiposité qui demeure au sein des populations porcines françaises (races sélectionnées et races locales) est dressé. Ce bilan permettra de définir les futures stratégies de sélection, afin de mieux répondre aux diverses attentes des industriels et des consommateurs.

Genetic variation in wild populations and farmed stocks of Nile tilapia (Oreochromis niloticus) in Madagascar

Quatre stocks issus de piscicultures et quatre populations sauvages de tilapias du Nil (Oreochromis niloticus), espèce qui a été introduite initialement à Madagascar il y a soixante ans, ont été évalués pour leurs variations génétiques à partir de l’analyse de neuf locus microsatellites pour déterminer les niveaux de variabilité génétique au sein des populations et les relations génétiques entre ces populations. La diversité allélique recoupait celle qui a été rapportée dans d’autres populations africaines. Il n’y avait ni évidence d’écart dans les fréquences alléliques attendues dans les conditions d’équilibre de Hardy-Weinberg ni de consanguinité dans les populations étudiées. Trois groupes génotypiques distincts ont montré trois introductions séparées (à partir d’Egypte et de l’île Maurice en 1956, et du Japon en 2011) et la présence de génotypes issus de plus d’un groupe dans une même population a fourni la preuve de mélanges. Il y avait des différences significatives entre les populations qui ne provenaient pas du même milieu (sauvage ou d’élevage) ou qui n’étaient pas géographiquement reliées. De par leur diversité génétique, les populations sauvages pourraient être des ressources intéressantes dans la perspective d’un développement de la pisciculture du tilapia du Nil à Madagascar.

La sélection génomique des ovins laitiers en France

Après une présentation du contexte de la sélection ovine laitière française et de la stratégie de sélection génomique qui en découle, cet article retrace l’ensemble des travaux de recherche et développement entrepris depuis 2009 pour mettre en oeuvre cette stratégie et qui débouchent sur le déploiement de la sélection génomique en 2015. Sont abordés successivement la constitution des populations de référence, les investissements en méthodes et stratégies de calcul d’index génomique, les résultats de précision des index génomiques en ovins laitiers, l’expérimentation génomique originale mise en oeuvre en race Lacaune, la conception, la modélisation et l’optimisation de schémas de sélection génomique adaptés aux spécificités des races ovines laitières, les choix opérés par les entreprises et organismes de sélection et leurs conséquences organisationnelles et contractuelles. Les perspectives ouvertes par la sélection génomique sont évoquées : inclusion de nouveaux caractères, plus grande flexibilité, meilleure gestion de la variabilité génétique. La sélection génomique est effective depuis 2015 en race Lacaune et devrait être déployée en 2017 dans les races Pyrénéennes.

Bilan et perspectives de la gestion de la variabilité génétique des ovins laitiers en France

La variabilité génétique est la marge de progression, le carburant de la sélection, et il apparaît d’autant plus important d’en réaliser un état des lieux que l’arrivée de la sélection génomique chez les ovins laitiers en France devrait s’accompagner d’une diminution de l’intervalle de génération et d’une augmentation du progrès génétique. Une analyse rétrospective de la gestion de la variabilité génétique des races ovines laitières françaises en sélection à partir des informations généalogiques a été réalisée sur les 40 dernières années. La variabilité génétique est bien maîtrisée dans les races Lacaune (LL) et Manech Tête Rousse (MTR) : accroissement de consanguinité respectivement de + 0,29 et + 0,42% par génération entre 2000 et 2009, avec toutefois la possibilité d’améliorer la gestion de l’équilibre entre familles élites en MTR. En revanche, la situation apparaît moins favorable en races Basco-Béarnaise (BB) et Manech Tête Noire (MTN) : accroissement de consanguinité respectivement de + 0,74 et + 1,02% par génération entre 2000 et 2009. Cette situation résulte du nombre au moins deux fois trop faible de familles de Pères à Béliers (PAB) par rapport au nombre permis par la taille des noyaux de sélection BB et MTN. Elle est imputable à un trop fort déséquilibre dans l’usage des familles de PAB, qui découle pour partie de la durée très courte de la période d’Insémination Artificielle (IA) (semence fraîche), et de la moindre fertilité à l’IA. Des travaux ont été menés avec les gestionnaires de ces schémas pour augmenter dès 2015 le nombre de familles de PAB, et fournir, à chaque étape de sélection, des indicateurs de variabilité génétique pour gérer de façon plus équilibrée ces familles de PAB. La profondeur des pedigrees de la race Corse est insuffisante pour permettre une analyse pertinente des indicateurs issus des généalogies. Des travaux sont en cours dans les cinq races afin d’étudier la variabilité génétique à partir des données SNP (« Single Nucleotid Polymorphism ») des quelques 18 500 génotypages disponibles pour la sélection génomique des races LL, BB, MTR et MTN, ou réalisés spécifiquement pour cet objectif en race Corse.

Analyse généalogique des races bovines laitières françaises

Cet article présente un bilan de la variabilité génétique dans les huit principales races bovines laitières françaises établi à partir de l’information généalogique. La stratégie d’ouverture diffère entre populations, les races Normande et Tarentaise étant fermées, les races Prim’Holstein, Pie Rouge des Plaines, Brune et Simmental Française faisant largement appel à des gènes extérieurs, tandis que les races Montbéliarde et Abondance ont procédé à une légère infusion de gènes Holstein rouge. Lorsque la qualité des généalogies et la structure de la population permet de le calculer correctement, le niveau de consanguinité est faible mais il s’accroît assez rapidement, de l’ordre de 1 % par génération, ce qui correspond à un effectif génétique réalisé de quelques dizaines de reproducteurs. Le nombre d’ancêtres efficace, dérivé des probabilités d’origine de gènes, est compris entre 17 et 64 et n’est pas corrélé avec le nombre de femelles dans la population. Les races bovines laitières, du fait de l’efficacité de l’insémination artificielle, sont donc des populations extrêmement réduites en terme d’origines génétiques. Des études plus approfondies devront rapidement proposer des solutions visant à préserver la variabilité génétique, mais restant compatibles avec les programmes de sélection actuels. Sans préjuger des réponses à apporter, il semble cependant nécessaire, d’une part, de maintenir toutes les populations existantes et, d’autre part, d’augmenter le nombre de pères à taureaux.