scholarly journals ClassicalGSG : Prediction of log P using classical molecular force fields and geometric scattering for graphs

Author(s):  
Nazanin Donyapour ◽  
Matthew Hirn ◽  
Alex Dickson
Keyword(s):  
Log P ◽  
2021 ◽  
Author(s):  
Tom Young ◽  
Tristan Johnston-Wood ◽  
Volker L. Deringer ◽  
Fernanda Duarte

Predictive molecular simulations require fast, accurate and reactive interatomic potentials. Machine learning offers a promising approach to construct such potentials by fitting energies and forces to high-level quantum-mechanical data, but...


1950 ◽  
Vol 46 (0) ◽  
pp. 137-146 ◽  
Author(s):  
D. F. Heath ◽  
J. W. Linnett ◽  
P. J. Wheatley

2008 ◽  
Vol 19 (3) ◽  
pp. 421-428 ◽  
Author(s):  
Yurii N. Panchenko ◽  
Charles W. Bock ◽  
Joseph D. Larkin ◽  
Alexander V. Abramenkov ◽  
Frank Kühnemann

1970 ◽  
Vol 25 (4) ◽  
pp. 566-569
Author(s):  
M. N. Avasthi ◽  
M. L. Mehta

Abstract Wilson's GF matrix method has been used to evaluate all the seven independent force constants of some XY6 type ions using Müller's mathematical constraint. Mean amplitudes of vibration and Bastiansen-Morino shrinkages have also been calculated for these ions.


Author(s):  
Cheryl Aharon ◽  
Fernando G. Guijarro ◽  
Samara Medina Rivero ◽  
Francisco J. Ramírez ◽  
Rubén Caballero ◽  
...  
Keyword(s):  

2018 ◽  
Vol 8 (1) ◽  
Author(s):  
Pascal Friederich ◽  
Manuel Konrad ◽  
Timo Strunk ◽  
Wolfgang Wenzel

2019 ◽  
Vol 4 (2) ◽  
pp. 79
Author(s):  
Matheus Nunes da Rocha ◽  
Othon Souto Campos ◽  
Márcia Machado Marinho ◽  
Emmanuel Silva Marinho

A indústria moderna utiliza-se dos produtos naturais para diversos fins, desde os alimentícios até os farmacêuticos. Muitas vezes a própria indústria é interessada na biossíntese de determinados compostos naturalmente disponíveis, sendo que certas propriedades físico-químicas não estão reportadas. Uma dessas biomoléculas é o ácido giberélico (GA3), que atua modificando a forma de vegetais e acelerando seu metabolismo, cuja biossíntese tem baixo rendimento. Nesse contexto, as técnicas computacionais auxiliam na predição de propriedades físico-químicas, dentre elas a técnica do campo de força clássico MMFF94 (do inglês Merck Molecular Force Field 94). Desse modo, o presente trabalho tem como objetivo realizar um estudo inicial de caracterização eletrônica e estrutural do GA3 através do método dos cálculos de campo de força clássico MMFF94. Os cálculos de química computacional realizados foram determinantes na obtenção das propriedades físico-químicas do GA3, além do cálculo do coeficiente de partição log P, cálculos esses essenciais para futuros testes de docking molecular ou dinâmica molecular. A otimização eletrônica e estrutural do GA3 atingiu o ponto de menor energia potencial mais estável de valor 100,087 kJ mol-1 através do algoritmo MMFF94. Deste modo, propõe-se uma metodologia de otimização molecular para futuras simulações in silico para docking molecular.


2019 ◽  
Vol 59 (10) ◽  
pp. 4278-4288 ◽  
Author(s):  
James L. McDonagh ◽  
Ardita Shkurti ◽  
David J. Bray ◽  
Richard L. Anderson ◽  
Edward O. Pyzer-Knapp

2019 ◽  
Vol 240 ◽  
pp. 38-45 ◽  
Author(s):  
Stefan Chmiela ◽  
Huziel E. Sauceda ◽  
Igor Poltavsky ◽  
Klaus-Robert Müller ◽  
Alexandre Tkatchenko

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