In order to look at changes in coral and reef fish communities during the period of 2006 to 2013, this research was carried out at Bunaken National Park (BNP) with 26 observation sites. The existing data and information of reef fish communities in the park generally could not be used as representative for describing the whole region. Percentage of coral cover and fish abundance during the study period shows that Bunaken Island is more similar to other locations. Reef fish community structure as seen from ecological index (H' at all sites being categorized, E category labile and low category C) shows the condition of the reef fish community is still good. Changes in the structure of reef fish communities showed declining conditions compared to 2006, and coral cover continued to decrease compared to 1998 and 2007. Good overall reef fish and coral cover have decreased; it is thought to be related to the pressure in BNP. Some of the pressures in the region were (i) increasing numbers of domestic as well as foreign visitors, (ii) increasing number of residents in the region, as well as the burden of waste and trash from the Bay of Manado. Penelitian dilakukan di Taman Nasional Bunaken (Utara dan Selatan) pada 26 lokasi pengamatan untuk menganalisis perubahan struktur komunitas ikan karang melalui kajian dari suatu time series data dari beberapa penelitian sebelumnya. Data primer mengenai ikan-ikan karang diperoleh melalui visual sensus bawah air yang bersamaan dengan observasi terumbu karang menggunakan point intercept transect. Nilai persentase tutupan karang dan kelimpahan ikan menunjukkan bahwa pada lokasi pengamatan Pulau Bunaken paling baik dibandingan lokasi lainnya. Struktur komunitas ikan karang yang dianalisis dengan indeks ekologi menunjukkan indeks keanekaragaman (H’) di semua site masuk kategori sedang, indeks kesamaan (E) kategori labil dan indeks Dominansi (C) kategori rendah. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa kondisi komunitas ikan karang masih baik, sekalipun perubahan struktur komunitas ikan karang menunjukkan kondisi yang menurun dibandingkan tahun 2006, begitu juga tutupan karang yang terus turun dibandingkan tahun 1998 dan 2007. Secara keseluruhan baik ikan karang maupun tutupan karang mengalami penurunan, hal ini diduga terkait dengan tekanan yang dialami kawasan TN. Bunaken. Salah satu tekanan terhadap kawasan adalah jumlah turis dari dalam maupun luar negeri yang semakin meningkat tiap tahunnya, penambahan jumlah penduduk di dalam kawasan, serta beban limbah dan sampah dari Teluk Manado.
