scholarly journals Bayesian tools for uncertainty quantification and propagation in structural dynamics simulations

2021 ◽  
Author(s):  
Τζιά Σινού

Η παρούσα διατριβή επικεντρώνεται στην ανάπτυξη τεχνικών κατά Bayes για την ποσοτικοποίηση και διαχείριση αβεβαιοτήτων (Uncertainty Quantification and Propagation - UQP) σε μηχανικές προσομοιώσεις που βασίζονται σε μοντέλα φυσικής δυναμικών συστημάτων και δεδομένα μετρήσεων που συλλέγονται κατά τη λειτουργία τους. Εισάγει ένα πλαίσιο ιεραρχικής μοντελοποίησης κατά Bayes (Hierarchical Bayesian Modelling - HBM) για να ληφθεί υπόψη η αβεβαιότητα λόγω της μεταβλητότητας που προκύπτει από σφάλματα μοντέλου, πειραματικά δεδομένα, διαδικασία κατασκευής, διαδικασία συναρμολόγησης, καθώς και μη γραμμικότητες που ενεργοποιούνται υπό διαφορετικές συνθήκες φόρτισης. Αρχικά, επεκτείνει το πλαίσιο HBM αναπτύσσοντάς το περαιτέρω για εκτίμηση παραμέτρων φυσικών μοντέλων με βάση τα ιδιομορφικά χαρακτηριστικά. Στη συνέχεια, γενικεύει το πλαίσιο σε μη γραμμικά δυναμικά συστήματα για βαθμονόμηση και ποσοτικοποίηση των αβεβαιοτήτων των παραμέτρων μη γραμμικών μοντέλων. Τέλος, διαμορφώνει το πλαίσιο ώστε να λαμβάνει υπόψη μοντελοποίηση συστημάτων πολλαπλών επιπέδων με βάση τη φυσική, καθώς και μοντέλα αβεβαιοτήτων πολλαπλών επιπέδων χρησιμοποιώντας πειραματικά δεδομένα πολλαπλών επιπέδων. Εισάγονται, αναπτύσσονται και ενσωματώνονται ασυμπτωτικές προσεγγίσεις στο πλαίσιο HBM προκειμένου να αποκτηθούν περισσότερες γνώσεις σχετικά με την ερμηνεία διαφορετικών πηγών αβεβαιότητας. Η εισαγωγή τέτοιων προσεγγίσεων μπορεί να μειώσει σημαντικά τον υπολογιστικό φόρτο του πλαισίου HBM σε σύγκριση με το υψηλό υπολογιστικό φόρτο που απαιτείται σε μια πλήρως δειγματοληπτική μέθοδο. Διεξάγονται προσομοιώσεις και πειραματικές μελέτες για την επαλήθευση της αποτελεσματικότητας των προτεινόμενων μεθοδολογιών. Αποδεικνύεται ότι το προτεινόμενο πλαίσιο HBM παρέχει καλύτερη περιγραφή για τις αβεβαιότητες των παραμέτρων, διακρίνοντας μεταξύ αβεβαιοτήτων πού δεν δύναται να μειωθούν και αβεβαιοτήτων που δύναται να μειωθούν, ενώ το συμβατικό πλαίσιο μοντελοποίησης Bayes (CBM) συχνά υποτιμά τις αβεβαιότητες για τις παραμέτρους και συγκεντρώνει αυτές τις αβεβαιότητες στον όρο του σφάλματος μοντέλου. Επιπλέον, αυτή η διατριβή επανεξετάζει θέματα υποεκτίμησης των αβεβαιοτήτων μέσα στο συμβατικό πλαίσιο μοντελοποίησης, αναπτύσσοντας περαιτέρω μοντέλα που βασίζονται σε χαρακτηριστικά δεδομένων και παρουσιάζοντας νέες διατυπώσεις για τον καθορισμό της συνάρτησης πιθανότητας. Διευκρινίζεται ότι οι προτεινόμενες μέθοδοι προσφέρουν συστηματικές αβεβαιότητες παραμέτρων που είναι ανεξάρτητες από το ρυθμό δειγματοληψίας που χρησιμοποιείται για την ακριβή αναπαράσταση των χρονοιστοριών απόκρισης. Επιπλέον, για τις εφαρμογές στις οποίες είναι διαθέσιμες οι κατανομές πιθανότητας ή τα στατιστικά στοιχεία των μετρήσεων, αυτή η διατριβή παρουσιάζει μια εναλλακτική μεθοδολογία υπό μια σκοπιά ιεραρχικής μοντελοποίησης για τις παραμέτρους του μοντέλου για να ληφθεί υπόψη η αβεβαιότητα λόγω μεταβλητότητας. Αυτή η εναλλακτική προσέγγιση της μεθόδου HBM εφαρμόζεται με επιτυχία σε ένα παράδειγμα ενός δυναμικού συστήματος καθώς και στην ανάλυση καμπύλης κόπωσης S-N για την εκτίμηση παραμέτρων και προβλέψεων μέσω των διαθέσιμων στατιστικών των μετρούμενων ποσοτήτων. Οι προτεινόμενες μεθοδολογίες σε αυτή τη διατριβή παρουσιάζουν μεγάλη ευελιξία και δυνατότητα να εφαρμοστούν και σε άλλους κλάδους της μηχανικής και της επιστήμης.

2019 ◽  
Vol 47 (5) ◽  
pp. 1247-1257 ◽  
Author(s):  
Mateusz Dyla ◽  
Sara Basse Hansen ◽  
Poul Nissen ◽  
Magnus Kjaergaard

Abstract P-type ATPases transport ions across biological membranes against concentration gradients and are essential for all cells. They use the energy from ATP hydrolysis to propel large intramolecular movements, which drive vectorial transport of ions. Tight coordination of the motions of the pump is required to couple the two spatially distant processes of ion binding and ATP hydrolysis. Here, we review our current understanding of the structural dynamics of P-type ATPases, focusing primarily on Ca2+ pumps. We integrate different types of information that report on structural dynamics, primarily time-resolved fluorescence experiments including single-molecule Förster resonance energy transfer and molecular dynamics simulations, and interpret them in the framework provided by the numerous crystal structures of sarco/endoplasmic reticulum Ca2+-ATPase. We discuss the challenges in characterizing the dynamics of membrane pumps, and the likely impact of new technologies on the field.


2020 ◽  
Author(s):  
Anuradha Pallipurath ◽  
Francesco Civati ◽  
Jonathan Skelton ◽  
Dean Keeble ◽  
Clare Crowley ◽  
...  

X-ray pair distribution function analysis is used with first-principles molecular dynamics simulations to study the co-operative H<sub>2</sub>O binding, structural dynamics and host-guest interactions in the channel hydrate of diflunisal.


2021 ◽  
Vol 15 (3) ◽  
Author(s):  
Athena Economides ◽  
Georgios Arampatzis ◽  
Dmitry Alexeev ◽  
Sergey Litvinov ◽  
Lucas Amoudruz ◽  
...  

2018 ◽  
Vol 141 (6) ◽  
Author(s):  
Jiho You ◽  
Jinmo Lee ◽  
Seungpyo Hong ◽  
Donghyun You

A computational methodology, which combines a computational fluid dynamics (CFD) technique and a computational structural dynamics (CSD) technique, is employed to design a deformable foil whose kinematics is inspired by the propulsive motion of the fin or the tail of a fish or a cetacean. The unsteady incompressible Navier–Stokes equations are solved using a second-order accurate finite difference method and an immersed-boundary method to effectively impose boundary conditions on complex moving boundaries. A finite element-based structural dynamics solver is employed to compute the deformation of the foil due to interaction with fluid. The integrated CFD–CSD simulation capability is coupled with a surrogate management framework (SMF) for nongradient-based multivariable optimization in order to optimize flapping kinematics and flexibility of the foil. The flapping kinematics is manipulated for a rigid nondeforming foil through the pitching amplitude and the phase angle between heaving and pitching motions. The flexibility is additionally controlled for a flexible deforming foil through the selection of material with a range of Young's modulus. A parametric analysis with respect to pitching amplitude, phase angle, and Young's modulus on propulsion efficiency is presented at Reynolds number of 1100 for the NACA 0012 airfoil.


2019 ◽  
Vol 29 ◽  
pp. S192-S193
Author(s):  
T.V. Lim ◽  
R.N. Cardinal ◽  
P.S. Jones ◽  
T.W. Robbins ◽  
K.D. Ersche

Sign in / Sign up

Export Citation Format

Share Document