Ecological Ordination Methods-Principal Component Analysis, Principal Coordinate Analysis, Redundancy Analysis and Canonical Correspondence Analysis

1982 ◽  
Vol 60 (9) ◽  
pp. 1761-1770 ◽  
Author(s):  
Bernard R. Baum ◽  
A. P. Tulloch

Characteristics of ultrastructural morphology and chemical composition of epicuticular waxes on glumes of Triticeae were combined for two series of numerical taxonomic analyses. The first, incorporating within-genus variability, utilized frequencies and information radius. The information radius matrix was subjected to Jardine–Sibson Bk clustering, then transformed to Euclidean distances for distance Wagner and principal-coordinate analyses. The second series employed a table of average character values for each genus which was subjected to four ordinations: (i) principal-component analysis of the correlation matrix, (ii) principal-component analysis of the variance-covariance matrix, (iii) principal-coordinate analysis, and (iv) nonmetric multidimensional scaling. The results are compared and general inferences are drawn. Occurrence of wax filaments on the glumes was highly correlated with presence of appreciable amounts of β-diketones in wax from the whole plant. While some genera, such as Triticum and Aegilops, appeared less closely related than expected from classification based on morphology, this procedure has suggested relationships between other genera, such as Roegneria and Hordeum and Secale and Elymus. The genera Leymus, Elymus, and Aneurolepidium were also closely related to each other and more distantly to Elytrigia, Triticum, and Agropyron. A relatively close relationship was also shown between the seven genera, Crithopsis, Eremopyron, Heteranthelium, Hordelymus, Psathyrostachys, Sitanion, and Taeniatherum, which have waxes which do not contain any β-diketones.


2021 ◽  
Vol 5 (3) ◽  
pp. 315
Author(s):  
Febrianti Lestari ◽  
Syahrial Syahrial ◽  
Rika Anggraini ◽  
Yudho Andika ◽  
Cut Meurah Nurul 'Akla ◽  
...  

Fauna makrobentik sering digunakan sebagai bioindikator kualitas lingkungan dan informasi tentang karakteristik lingkungan maupun keberadaan fauna makrobentik di kawasan reboisasi mangrove masih sangat terbatas. Kajian profil kawasan reboisasi mangrove Kepulauan Seribu berdasarkan karakteristik lingkungan dan fauna makrobentiknya telah dilakukan pada bulan Maret 2014. Kajian ini bertujuan untuk mengetahui kondisi ekologi perairan di sekitar kawasan reboisasi mangrove Kepulauan Seribu. Untuk mengetahui keterkaitan karakteristik lingkungan dan fauna makrobentik dengan stasiun pengamatan dilakukan dengan statistik Correspondence Analysis (CA), sedangkan karakteristik lingkungan penentu fauna makrobentik serta hubungannya dilakukan dengan statistik Principal Component Analysis (PCA) dan regresi linier sederhana. Hasil kajian memperlihatkan bahwa konsentrasi karakteristik lingkungan yang diukur tidak begitu berbeda antar stasiun dan tidak melebihi ambang baku mutu untuk kehidupan biota laut. Selanjutnya fauna makrobentik yang ditemukan terdiri dari 6 spesies dengan kepadatan tertingginya berada di Stasiun 3 (05.00 ind/m2) dan terendahnya di Stasiun 1 (02.00 ind/m2). Pada Stasiun 1 konsentrasi pH dan suhunya sangat tinggi, sedangkan Stasiun 2 dan 3 konsentrasi salinitasnya yang tinggi. Fauna makrobentik Atilia (Columbella) scripta, Metopograpsus latifrons, Littoraria scabra, Saccostrea cucculata dan Cardisoma carnifex dapat berasosiasi dengan mangrove di semua stasiun. Selain itu, karakteristik lingkungan yang menentukan keberadaan fauna makrobentik C. carnifex adalah parameter pH, dimana semakin tinggi konsentrasi pH, maka kepadatan C. carnifex semakin menurun. Selain itu, karakteristik lingkungan yang menentukan keberadaan fauna makrobentik S. cucculata, M. latifrons dan A. scripta ditentukan oleh parameter DO dan salinitas yakni semakin rendah konsentrasi DO dan salinitas, maka kepadatan S. cucculata, M. latifrons maupun A. scripta akan semakin tinggi.


2019 ◽  
Vol 19 (2) ◽  
pp. 118
Author(s):  
John Paul V. Quindo ◽  
Lilibeth A. Bucol ◽  
Abner A. Bucol ◽  
Billy T. Wagey

This study aimed to: 1) identify fish species found in Bayawan River; 2) determine fish abundance and species composition in three segments of  the river; 3) characterize physico-chemical and hydrological parameters of the river; and 4) correlate fish abundance and diversity with the physico-chemical and hydrological characteristics of Bayawan River.  The fishes of Bayawan River in Negros Oriental, central Philippines were assessed for three sampling months (December 2018-February 2019). Abundance and diversity of fishes were quantified in relation to physico-chemical and hydrological parameters. The data were analyzed using Shannon-Wiener Diversity Index (Hˈ), Margalef’s Index (species richness), Principal Component Analysis (PCA), and Canonical Correspondence Analysis (CCA). The Shannon-Weiner Diversity Index (Hˈ) across sampling months ranged from 2.3-3 showing a relatively diverse ecosystem. However, the number of species decreased from December 2018 to February 2019 (27 to 15 species). Twenty six (92.9%) of the fish species are marine species that spend only part of their life in freshwater while two species (7.1%) are truly freshwater species. Generally, the ichthyofauna consists of 28 species belonging to 20 families and were dominated by families Leiognathidae and Carangidae (14.3%). Most abundant species were Deveximentum megalolepis (125), Eubleekeria jonesi (107) followed by Oreochromis niloticus (48) and the rest were represented by 40 individuals and below. It is recommended that future studies should cover temporal differences, covering the wet and dry season.Keywords: diversity;  fishes;  limnology;  lotic; Negros Island KELIMPAHAN DAN KEANEKARAGAMAN IKAN DI SUNGAI BAYAWAN, NEGROS ORIENTAL, FILIPINAABSTRAKPenelititan ini bertujuan untuk: 1) mengidentifikasi spesies ikan yang ditemukan di Sungai Bayawan; 2) menentukan kelimpahan ikan dan komposisi spesies di tiga segmen sungai; 3) mengkarakterisasi parameter fisika-kimia dan hidrologis sungai; dan 4) mengkorelasikan kelimpahan dan keanekaragaman ikan dengan karakteristik fisika-kimia dan hidrologis Sungai Bayawan. Kajian mengenai ikan-ikan di Sungai Bayawan di Provinsi Negros Oriental, Filipina ini dilakukan selama tiga bulan yaitu pada bulan Desember 2018 sampai bulan Februari 2019. Kelimpahan dan keanekaragaman ikan dikuantifikasi dalam kaitannya dengan parameter fisika-kimia dan hidrologi. Data dianalisis menggunakan Shannon-Wiener Diversity Index (Hˈ), Margalef's Index (kekayaan spesies), Principal Component Analysis (PCA), dan Canonical Correspondence Analysis (CCA) Indeks Keragaman Shannon-Weiner (Hˈ) selama waktu pengambilan sampel berkisar antara 2,3-3 yang menunjukkan ekosistem yang relatif beragam. Namun, jumlah spesies menurun dari Desember 2018 hingga Februari 2019 (27 menjadi 15 spesies). Dua puluh enam (92,9%) dari spesies ikan adalah spesies laut yang hanya menghabiskan sebagian hidupnya di air tawar sementara dua spesies (7,1%) adalah spesies yang benar-benar air tawar. Umumnya, ichthyofauna terdiri dari 28 spesies yang termasuk dalam 20 famili dan didominasi oleh famili Leiognathidae dan Carangidae (14,3%). Spesies yang paling banyak adalah Deveximentum megalolepis (125), Eubleekeria jonesi (107) diikuti oleh Oreochromis niloticus (48) dan sisanya diwakili oleh 40 individu dan di bawahnya. Disarankan bahwa penelitian di kemudian hari harus mencakup perbedaan temporal yang meliputi musim hujan dan kemarau.Kata kunci: keanekaragaman;  ikan;  limnologi; lotic; Pulau Negros


Sign in / Sign up

Export Citation Format

Share Document