This paper attempts to analyze the development of integrative science at two Islamic universities, namely UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta and UIN Malang. The changes are not just ordinary administrative changes, but based on the epistemological basis of integrated scientific development between science and Islam. The changing of IAIN Sunan Kalijaga and STAIN Malang also showed a new relationship between science (general sciences) and Islam, which requiresmutual relations, mutual dialogue, mutual reinforcement to solve the problems of postmodern human life. The purpose of this relation is to create the graduates who are capable of competing in the postmodern world that increasingly sophisticated and advanced science and technology, in addition, the value of religionbased morality is not abandoned, so they become the holistic human being. Tulisan ini mencoba menganalisis pengembangan keilmuan integratif pada dua universitas Islam negeri, yaitu UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta dan UIN Malang. Perubahan keduanya bukanlah hanya perubahan administrasi biasa, tapi didasari oleh basis epistemologi pengembangan keilmuan terintegrasi antara sains dan Islam. Perubahan IAIN Sunan Kalijaga dan STAIN Malang juga menunjukkan adanya relasi baru antara sains (ilmu-ilmu umum) dan Islam, yaitu relasi saling membutuhkan, saling berdialog, saling menguatkan untuk menyelesaikan problema kehidupan manusia postmodern ini. Tujuan relasi ini untuk mewujudkan lulusan yang mampu bersaing di dunia postmodern yang semakin canggih dan maju ilmu pengetahuan dan teknologinya, selain itu nilai moralitas yang berbasis agama tidak ditinggalkan, sehingga menjadi manusia yang utuh.
