In den letzten Jahren wurde eine Assoziation zwischen Migräne und kardialen Shunts (z.B. persistierendes Foramen ovale, PFO) beschrieben. Aus zumeist retrospektiven Fallserien ergaben sich Hinweise, dass der Verschluss eines PFO eine Migräne verbessern kann. Umgekehrt kann es nach Verschluss eines Atriumseptumdefektes (ASD) zu einem vermehrten Auftreten von Migräne oder eine de-novo-Migräne kommen. Tierexperimentell konnte gezeigt werden, dass Mikroembolien eine sogenannte «cortical spreading depression», die wahrscheinlich einer Migräneaura zugrunde liegt, auslösen können. Eine randomisierte kontrollierte Studie zum PFO-Verschluss bei therapieresistenter Migräne mit Aura war aber negativ. Es wird aktuell diskutiert, ob gewisse Subgruppen von Migränepatienten, die ein hohes Risiko paradoxer Embolien haben, von einem PFO-Verschluss profitieren könnten.