Keanekaragaman Jenis Katak dan Kodok (Amphibia: Anura) di Sungai Gadjah Wong, Daerah Istimewa Yogyakarta

Penelitian mengenai keanekaragaman katak dan kodok di sepanjang daerah sungai di Yogyakarta telah dilaksanakan oleh Yudha, dkk (2013) di Sungai Code dan Yudha, dkk (2014) di Sungai Opak oleh. Sungai Gadjah Wong merupakan salah satu sungai besar dan penting di Propinsi Daerah Istimewa Yogyakarta. Penelitian mengenai keanekaragaman katak dan kodok di Sungai Gadjah Wong belum banyak dipublikasikan. Penelitian ini bertujuan mengetahui keanekaragaman jenis katak dan kodok (Amphibia: Anura) yang menempati Sungai Gadjah Wong sebagai habitatnya. Pengambilan sampel di sepanjang Sungai Gadjah Wong dari hulu hingga hilir menggunakan metode: VES (Visual Encounter Survey), river bank cruising, dan transek. Sampling secara umum dibagi menjadi tiga bagian, bagian hulu, tengah dan hilir. Hasil yang diperoleh yaitu 6 jenis katak dan kodok (Amphibia: Anura), terdiri dari Chalcorana chalconota, Occidozyga sumatrana, Fejervarya limnocharis, Polypedates leucomystax, Duttaphrynus melanostictus, dan Ingerophrynus biporcatus. Semua katak dan kodok yang dijumpai tersebut adalah jenis yang umum dijumpai. Dari keenam katak tersebut dapat diketahui habitatnya yaitu: 3 jenis katak akuatik dan semi-akuatik, dan 1 jenis katak arboreal serta 2 jenis katak terrestrial. Berdasarkan hasil tersebut dapat diketahui bahwa Sungai Gadjah Wong merupakan habitat yang cukup sesuai bagi sebagian jenis katak dan kodok.

Resolusi Spasial Optimum pada Citra Drone untuk Klasifikasi Spesies Mangrove dengan Metode Maximum Likelihood

Drone adalah salah satu alat baru dalam penelitian berbasis remote sensing pada studi ekologi hutan mangrove, drone dapat terbang jauh lebih rendah dibandingkan pesawat pemetaan, sehingga citra yang ditangkap akan lebih detail atau memiliki resolusi spasial yang tinggi; citra drone dapat mencapai resolusi spasial dibawah 1cm. Penelitian tentang klasifikasi spesies mangrove dengan citra drone masih terbatas, juga belum ada referensi apakah bila pada citra drone resolusi dan ukuran datanya dikurangi, ketepatan klasifikasi datanya akan berkurang, dan sejauh mana pengurangan itu terjadi. Disini kami berhipotesis bahwa akan ada hubungan linear antara resolusi dan ketepatan klasifikasi spesies bakau, dimana pengurangan resulusi akan mengurangi akurasi klasifikasi. Akan tetapi, hasil percobaan berulang (9 iterasi) dengan 8 resolusi spasial yang berbeda, yaitu 2.5cm, 5cm, 10cm, 20 cm, 40cm, 60cm, 80cm dan 100cm menunjukkan tidak signifikannya penurunan akurasi klasifikasi saat resolusi spatial, mematahkan hipotesis awal tersebut. Overall Accuracy (OA) pada resolusi 2.5cm adalah 84.97±2.37%, sedangkan pada 60cm adalah 88.61±3.6%. Alih -alih menunjukkan pengurangan, malah menunjukkan peningkatan walaupun tidak signifikan. Pada resolusi 100cm, akurasi menurun drastis (OA=20.72±1.24%). Berdasarkan hasil tersebut, kami merekomendasikan dalam mengidentifikasi spesies mangrove dengan citra drone, resolusi yang optimum adalah 60cm, resolusi ini dapat memberikan pengurangan waktu klasifikasi yang signifikan (dari 15 menit ke 2.5 detik) serta yang terpenting adalah memberikan ketepatan tertinggi untuk spesies dengan heterogenitas penampakan yang tinggi seperti palem N. fruticans, tanpa mengurangi ketepatan akurasi pada spesies pohon seperti R. apiculata dan A. alba.

Hubungan Filogenetik Intraspesies Cucumis melo L. berdasarkan DNA Barcode Gen matK

Rekonstruksi hubungan evolusi (evolutionary relationship) dari kelompok organisme, salah satunya yaitu hubungan filogenetik, merupakan hal penting dalam kajian sistematika yang dapat digunakan sebagai landasan untuk melakukan penelitian-penelitian komparatif. Pemikiran dasar penggunaan sekuen DNA dalam studi filogenetika (DNA Barcode) adalah bahwa terjadi perubahan basa nukleotida menurut waktu, sehingga akan dapat diperkirakan kecepatan evolusi yang terjadi dan akan dapat direkonstruksi hubungan evolusi antara satu kelompok organisme dengan yang lainnya. Gen MatK adalah gen populer yang digunakan dalam DNA Barcode tanaman di dunia, maka penyusunan DNA barcode berdasarkan gen MatK diharapkan dapat menunjukkan karakter molekuler yang spesifik dari melon. Analisis filogenetik dilakukan oleh paket perangkat lunak MEGA (Molecular Evolutionary Genetics Analysis) berdasarkan metode Maximum Parsimony (MP). Gen matK dalam melon mengandung lebih banyak basa A dan T daripada basa G dan C. Hasil analisis menunjukkan ada 43 situs variatif dan 6 situs Parsimony dari 576 bp gen matK yang diaggregasi. Indeks konsistensi adalah (0,777778), indeks retensi adalah (0,777778), dan indeks komposit adalah 0,744681 (0,604938) untuk semua situs dan situs parsimoni-informatif (dalam kurung). Genus Cucumis adalah kelompok monofiletik. Analisis karakter molekuler berdasarkan barcode DNA dari gen matK menunjukkan bahwa gen ini mampu membedakan variasi intraspesies dalam melon.

Identifikasi dan Keragaman Genetik Bakteri Asam Laktat dari Tapai Singkong berdasarkan Sekuen Gen 16S rRNA

Bakteri asam laktat (BAL) adalah kelompok bakteri gram-positif yang tidak membentuk spora dan dapat memfermentasikan karbohidrat untuk menghasilkan asam laktat. BAL berperan penting pada fermentasi bahan pangan dan penting bagi kesehatan. Tapai merupakan salah satu jenis pangan fermentasi tradisional Indonesia yang mengandung BAL. Namun, informasi tentang BAL dari Tapai masih terbatas. Oleh karena itu, tujuan penelitian ini adalah untuk mengidentifikasi dan mengkaji keragaman genetik BAL pada Tapai berdasarkan sekuen gen 16S ribosomal ribonucleic acid (rRNA). Media DeMan Rogosa and Sharp Agar (MRSA) digunakan untuk menumbuhkan BAL. Pasangan primer 63f dan 1387r digunakan untuk mengamplifikasi sekuen gen 16S rRNA. Sebayak 31 isolat BAL telah berhasil diisolasi. Berdasarkan sekuen gen 16S rRNA, 31 isolat BAL tersebut terdiri atas Lactobacillus fermentum (21 isolat), Weissella cibaria (3 isolat), W. confusa (6 isolat), dan W. paramesenteroides (1 isolat) dengan similaritas 95%-100%. Pohon filogenetik yang dikonstruksi berdasarkan sekuen gen 16S rRNA dapat menunjukkan hubungan keragaman BAL hingga tingkat spesies, namun tidak dapat membedakan hingga tingkat strain.

Pengaruh Pakan Berbeda pada Induk Terhadap Jumlah Larva Ikan Guppy (Poecilia reticulata)

Ikan Guppy (Poecilia reticulata) merupakan salah satu jenis ikan hias yang cukup diminati, selain karena jenisnya beragam, karena pemeliharaann dan budidayanya terbilang cukup mudah. Efektifitas pakan terhadap pertumbuhan ikan budidaya, telah banyak diteliti. Namun, informasi terkait pengaruh pemberian pakan berbeda terhadap jumlah larva masih sangat jarang. Oleh sebab itu peru dilakukan penelitian terkait pengaruh pakan alami jentik nyamuk dan pakan buatan (pelet) terhadap jumlah larva ikan Guppy. Rancangan percobaan yang digunakan dalam penelitian ini adalah Rancangan Acak Lengkap dengan 2 perlakuan (pakan jentik nyamuk dan pakan buatan) dengan masing-masing 3 ulangan. Prosedur penelitian meliputi tahap adaptasi, tahap pemeliharaan dan tahap pengumpulan data. Total larva ikan Guppy yang diberi pakan jentik nyamuk dari 3 ulangan adalah 115 ekor, sementara yang diberi pakan buatan (pelet) sebanyak 16 ekor. Uji hipotesis dengan One Way Anova menunjukkan pemberian pakan yang berbeda pada Induk tidak menghasilkan jumlah larva yang berbeda nyata. Data suhu yang diperoleh selama penelitian menunjukkan suhu ada pada kisaran 26-27OC, pH ada pada kisaran 6-7. Kandungan oksigen pada air yang digunakan untuk pemelihaaraan masih ada dalam rentang yang baik yaitu pada kisaran 4,66-7,61mg/L.

Biogrouting: Produksi Urease dari Bakteri Laut (Oceanobacillus sp.) Pengendap Karbonat

Biogrouting adalah teknologi yang mensimulasi proses diagenesis yaitu transformasi butiran pasir menjadi batuan pasir (calcarinite/sandstone). Permasalahan penelitian ini bagaimana mengoptimasi produk urease dengan melakukan uji aktifitas, mengisolasi, mempurifikasi dan mengkarakterisasi serta mengaplikasikannya sebagai material grout. Uji aktifitas dan optimasi dilakukan dengan menumbuhkan isolat Oceanobacillus sp. pada dua variasi medium (B4 urea dan B4 urin), lima variasi pH (4-8) dan dua variasi suhu (25°C dan 29°C). Hasil uji aktifitas dan optimasi selanjutnya dipurifikasi menggunakan ammonium sulfat dan dicari titik isoelektriknya. Kemudian hasil protein presipitat dikarakterisasi menggunakan SDS-PAGE. Berdasarkan hasil penelitian diketahui bahwa aktifitas urease paling tinggi adalah 203,32 unit/ml. Urease optimal dihasilkan pada isolat yang ditumbuhkan pada B4 urea pada pH 7 suhu 25°C. Berat molekul urease yang dikarakterisasi menggunakan SDS-PAGE adalah 440 kDa, sedangkan titik isoelektriknya pada pH 6. Urease dapat dijadikan material grout karena memiliki kemampuan untuk melakukan sementasi pada aplikasi sederhana biogrouting.

Aspek Molekuler Hubungan Asupan Zinc dan Selenium dengan Hemoglobin Glikosilasi pada Pasien Diabetes Mellitus Tipe 2

Diabetes mellitus (DM) adalah penyakit metabolik yang ditandai hiperglikemik kronis. HbA1c merupakan hasil pemeriksaan untuk melihat kontrol glikemik. Zinc dan Selenium merupakan faktor metaloenzim, berperan dalam mekanisme regulasi dan sintesis insulin. Penelitian ini bertujuan untuk mengeksplorasi hubungan antara Zinc dan Selenium dengan HbA1C pada pasien DMT2. Desain cross sectional terhadap pasien DMT2. Sampel berjumlah 108 orang pasien di beberapa Rumah sakit di Bandung dari tahun 2011 s/d 2013. Sampel dilakukan secara purposive sampling. Zinc dan Selenium dikumpulkan dengan Semi Quantitative Food Frequency (SQFF). HbA1c diukur dengan metode afinitas kromatografi. Data dianalisis dengan Fisher Exact dan uji korelasi Spearman (p<0,05). Penelitian ini telah mendapat persetujuan Komite Etik. Penelitian menunjukkan bahwa ada hubungan bermakna antara Zinc, Selenium dan HbA1c (p<0,001). Ada hubungan antara Zinc dan Selenium dengan HbA1c, sehingga penatalaksanaan diit dengan asupan Zinc dan Selenium sangat diperlukan dalam regulasi pasien DMT2.

Isolasi, Seleksi, dan Identifikasi Kapang Kitinolitik yang Diisolasi dari Tanah Pembuangan Limbah Udang dan Rizosfer Solanaceae

Kapang kitinolitik mampu mendegradasi kitin dengan mensekresikan enzim kitinase. Tujuan penelitian ini untuk mendapatkan kapang kitinolitik indigenous yang unggul dalam menghasilkan enzim kitinase. Isolasi kapang dilakukan dengan metode spread plate pada colloidal chitin agar. Seleksi kualitatif isolat berdasarkan indeks kitinolitik yang diperoleh dengan membagi diameter zona jernih di sekeliling koloni dengan diameter koloni. Seleksi kuantitatif berdasarkan aktivitas spesifik kitinase yang diukur berdasarkan pengurangan substrat koloidal kitin menggunakan metode spektrofotometer. Hasil isolasi memperoleh 70 (tujuh puluh) isolat kapang kitinolitik. Delapan belas isolat dari 70 isolat kapang kitinolitik mempunyai indeks kitinolitik ≥ 2,00. Berdasarkan seleksi kuantitatif diperoleh 10 (sepuluh) isolat yang mempunyai aktivitas enzim kitinase lebih tinggi daripada aktivitas enzim kitinase Trichoderma viride FNCC 6128 (210,14 U/mg) yang digunakan sebagai isolat acuan. Isolat KUP2 mempunyai aktivitas spesifik kitinase tertinggi 744,20 U/mg. Isolat KUP2 teridentifikasi sebagai Trichoderma sp.

Respon Pertumbuhan Kencur (Kaempferia galanga L.) terhadap Pemberian IBA dan BAP secara In Vitro

Kaempferia galanga L. adalah salah satu tanaman obat terpenting karena khasiatnya sebagai ekspetoransia, diuretika, dan stimulansia. Budidaya secara konvensional belum dapat memenuhi permintaan kencur di pasaran, sehingga budidaya secara in vitro dapat digunakan sebagai alternatif untuk menyediakan benih kencur yang cepat dan seragam. Eksplan yang digunakan diambil dari rimpang dan dikulturkan dalam medium MS yang dikombinasikan dengan IBA (Indole Butiric Acid) dan BAP (Benzyl Amino Purin) dengan konsentrasi 0, 1, 2, 3 dan 4 ppm. Variable pengamatan yang utama adalah jumlah tunas yang muncul pada eksplan. Induksi tunas tertinggi terdapat pada eksplan yang dikulturkan pada perlakuan IBA 0 ppm dan BAP 3 ppm. Kebanyakan akar muncul pada 12 HST (Hari Setelah Tanam), dan akar paling cepat muncul pada 7 HST yang terdapat pada perlakuan IBA 2 ppm dan BAP 4 ppm.

Keanekaragaman Jenis Kadal dan Ular (Squamata: Reptilia) di Sepanjang Sungai Code, Daerah Istimewa Yogyakarta

Kadal dan ular adalah dua kelompok hewan anggota Ordo Squamata, Kelas Reptilia. Dua kelompok hewan reptil ini secara umum hidupnya dekat dengan air, mereka sering sekali ditemukan di dalam dan di sekitar sungai. Beberapa jenis ular dan kadal tersebut sering dimanfaatkan untuk dijadikan hewan peliharaan dan kadang dikonsumsi. Sungai Code merupakan salah satu sungai yang melewati Kota Yogyakarta. Hulu Sungai Code disebut Sungai Boyong dan hilir sungai Code menyatu dengan Sungai Opak di daerah Bantul. Permasalahan yang diangkat dalam penelitian ini adalah bagaimanakah keanekaragaman jenis anggota Ordo Squamata di sepanjang Sungai Boyong-Code wilayah Propinsi D.I. Yogyakarta? Berdasarkan permasalahan yang timbul, maka penelitian ini bertujuan mengetahui keanekaragaman jenis reptil anggota Ordo Squamata penghuni tepian Sungai Code. Pengambilan sampel di sepanjang Sungai Boyong-Code dari hulu hingga hilir menggunakan gabungan beberapa metode, yaitu VES (Visual Encounter Survey), River bank cruising, dan transek. Sampling secara umum dibagi tiga bagian yaitu bagian hulu, tengah dan hilir. Hasil yang diperoleh adalah 8 spesies anggota Subordo Lacertilia (kadal) dan 10 spesies anggota Subordo Serpentes (ular). Berdasarkan hasil tersebut dapat diketahui bahwa Sungai Boyong-Code merupakan habitat yang cocok bagi anggota Ordo Squamata.