Phylogenetic relationships of a rabies virus isolate in Costa Rica

Introduction: The sylvatic cycle of rabies is a significant sanitary burden in Central America. The Costa Rican government monitors cases since 1985 and infections from bats are still reported for wild animals, livestock, and humans, generating a need of further pathogen characterization in the region. Objective: To compare rabies phylogenetic analyses from complete genomes with nucleoprotein gene studies. Methods: For the phylogenetic analyses we used four rabies tissue samples collected in 2018, and generated complete genomes by Next-Generation sequencing (NGS). We also extracted RNA from tissues of confirmed cases and generated ssDNA using several primers. Double-stranded DNA was generated and used to generate genomic libraries. Results: We describe, for the first-time, the complete genome of four sequences of the rabies virus isolated in Costa Rica in 2018. Complete genome trees resembled the topology of nucleoprotein gene trees. All isolates were related to Desmodus rotundus. One sample group into Lineage (L)2, and the remaining samples group in L1, matched previous reports from regional rabies viruses. Conclusion: Our method produces valid viral assemblies from clinical specimens without target enrichment or viral isolation.

Influencia de la altitud sobre la composición florística, estructura y carbono de bosques del Chocó

Introducción: A pesar de la amplia diversidad sugerida para el Chocó, a la fecha es poco lo que se ha documentado sobre la influencia de la altitud en la composición florística, estructura, diversidad, biomasa y carbono arbóreo. Objetivo: evaluar la influencia de la altitud sobre la composición florística, estructura y carbono almacenado en bosques del gradiente altitudinal Quibdó-Carmen de Atrato en el Chocó biogeográfico. Métodos: se establecieron 18 parcelas (20×20 m) distribuidas en un gradiente de 100–1700 m de altitud comprendida entre Quibdó y Carmen de Atrato, Chocó. Se identificaron todas las especies y se contabilizaron todos los individuos. La composición florística fue analizada mediante el método de Ward. Se realizó una regresión lineal simple para observar la relación entre la altitud y las variables estructurales y de biomasa. La diversidad fue estimada a través de los índices de Shannon y Simpson. Se calculó la biomasa empleando una ecuación alométrica desarrollada para este tipo de bosque. El carbono fue estimado con una fracción de carbono de 0,5. Resultados: Se registró un total de 33 familias botánicas, 90 especies y 773 individuos. Los sitios de menor altitud presentaron mayor riqueza. Las familias con mayor número de especies arbóreas fueron: Fabaceae, Malvaceae, Lauraceae y Clusiaceae. El análisis de Ward permitió separar a los sitios en dos grupos diferentes estadísticamente (p ˂ 0,05), el primero de menor altitud dominado por las especies Pouteria amygdalicarpa, Iryanthera tricornis Ducke, Brosimum utile (Kunth) Pittier. y Pithecellobium sp. y el segundo de mayor altitud dominado por Aniba puchury-minor (Mart.) Mez. A nivel de densidad se destacan pocas diferencias entre los sitios muestreados, mientras que para el área basal se aprecia que su valor disminuye conforme aumenta la altitud. Para las variables riqueza de especie, área basal, diversidad y biomasa se obtuvieron relaciones y correlaciones negativas con la altitud, mientras que para la densidad esta fue positiva. En promedio se obtuvo un carbono almacenado en la biomasa aérea de 68,28 Mg h-1 para el gradiente altitudinal Quibdó – Carmen de Atrato, el cual disminuye conforme aumenta la altitud y difiere estadísticamente entre los sitios muestreados (p ˂ 0,05). Conclusión: Se evidencia que la altitud ejerce una fuerte influencia negativa en la composición florística (riqueza de especie y recambio florístico), la estructura (área basal e Índice de Valor de Importancia) biomasa y carbono de los ecosistemas estudiados.

INDUCTION OF MACROCYTIC-NORMOCHROMIC ANAEMIA IN Clarias gariepinus –Siluriform- EXPOSED TO SUB-LETHAL CONCENTRATIONS OF 1, 1-DIMETHYL 4, 4-BIPIRIDILLIUM DICHLORIDE (PARAQUAT) UNDER LABPRATORY CONDITIONS

Introduction: Macrocytic-normochromic anaemia was induced in Clarias gariepinus at intervals of 1, 7 and 14 days. Experimental fish were exposed to test water separately diluted with sub-lethal concentrations of paraquat of 0, 0.03, 0.05, 0.07 and 0.09mg/L. 14 days. No in-depth work has been carried out on Macrocytic-normochromic anaemia in Nigeria. Objective: to evaluate macrocytic-normochromic anaemia in Clarias gariepinus exposed to sublethal concentrations of paraquat. Methods: Blood were collected at intervals of 1, 7 and 14 days .Results: Blood dyscrasias was observed with a significant (p<0.05) decrease in haemoglobin, haematocrit, red blood cells, white blood cells, lymphocytes and monocytes. Mean corpuscular volume (MCV), Mean corpuscular haemoglobin (MCH), Neutrophils, Eosinophil and Basophil increased significantly (p<0.05) with increasing concentrations of the toxicant while Mean corpuscular haemoglobin concentration (MCHC) remained normal. Conclusion: Sublethal concentrations of paraquat induced macrocytic-normochromic anaemia in the exposed Clarias gariepinus.

Soft corals (Cnidaria, Alcyonacea) from the Gulf of Nicoya estuary, Pacific of Costa Rica: a checklist

Introduction: The Gulf of Nicoya is the most important estuary on the Pacific coast of Costa Rica. Information on the presence of soft corals is scattered in the literature and in museum collections. Objective: To provide a list of soft corals reported for the estuary. Methods: We compiled the literature (2002-2020) and of the specimens deposited at the Museum of Zoology, University of Costa Rica. Results: Thirty species have been reported for the estuary (Clavulariidae, Gorgoniidae and Plexauridae). Most were collected on the eastern coast of the Nicoya Peninsula, and several species were described based on estuary specimens. Conclusion: The 30 species represent 79 % of those reported for Costa Rica. Despite this relatively high percentage, the sampling effort has been modest and other sites within the estuary should be explored.

Áreas de recarga hídrica potencial en las microcuencas del distrito de Cachí, Cartago, Costa Rica

Introducción: La precipitación es la fuente más importante en las zonas recarga hídrica y para asegurar su disponibilidad y manejo es importante evaluar los cambios de uso de la tierra. Objetivo: Medir el potencial de recarga hídrica en seis microcuencas cartaginesas. Métodos: Determinamos unidades hidrogeológicas con galgas, y propiedades físicas e hidráulicas directamente en campo. Usamos curvas topográficas para generar un modelo de elevación digital y perfiles longitudinales. Además, produjimos un mapa de cambio de uso de la tierra y determinamos el balance hídrico del suelo. Resultados: El área presenta buenas condiciones hidrogeológicas en cuanto a manantiales, señalando la conexión hidráulica de las unidades, y el suelo favorece la recarga de agua en las partes altas. Arriba, donde se ubican los manantiales, la mitad del terreno tiene cobertura forestal, lo que facilita la infiltración. El resto sustenta actividades agrícolas (39% en la parte media y baja de las cuencas). Las áreas forestales presentan menores valores de recarga potencial (aprox. <611.4mm) que las áreas de cultivos y pastos (792.32-796.29mm). Conclusión: El sitio presenta buenas condiciones hidrogeológicas y las áreas de cultivos y pastos tienen valores de recarga potencial más altos que los bosques.

Evaluación del bienestar de pollos con el protocolo Welfare Quality® Project a nivel comercial en Costa Rica

Introducción: Medir el bienestar de las aves bajo condiciones comerciales intensivas es complejo. El tipo de alojamiento, la naturaleza del estímulo, el tipo y tiempo de exposición, la edad, el sexo, el tiempo que tarda la evaluación y las diferencias individuales afectan los resultados. Objetivo: Evaluar el bienestar animal bajo condiciones intensivas, en galeras con ventilación natural y con ambiente controlado mediante el protocolo Welfare Quality® Project (2009). Métodos: Evaluamos 22 granjas comerciales diferentes, 11 galeras con ambiente controlado y 11 galeras con ventilación natural durante el 2018 y 2019. Se aplicó el protocolo Welfare Quality® Project con modificación en el principio de buena salud, por el método de transectos. Para cada criterio, aplicamos diferentes pruebas que transformamos en calificaciones mediante fórmulas proporcionadas por el instrumento denominado Spline funtions Welfare Quality®. Resultados: El 54% de las granjas obtuvo calificaciones excelentes y el 46% se calificaron como buenas. Las puntuaciones más bajas las obtuvimos en las pruebas de calidad de la cama, porcentaje de cojeras, porcentaje de pododermatitis y en la prueba cualitativa de comportamiento. Encontramos diferencias estadísticamente significativas p≤0,05 entre galeras abiertas con ventilación natural y de ambiente controlado, en la calidad de la cama, porcentaje de cojeras, densidad y ausencia prolongada de hambre. Conclusiones: Todas las granjas evaluadas, en ambos sistemas de alojamiento, propiciaron el bienestar de los pollos de acuerdo con el protocolo Welfare Quality® Project.

Distribución altitudinal de la riqueza y diversidad de aves en turberas de altura, Costa Rica.

Introducción: Las turberas de altura juegan un papel importante en el mantenimiento de la biodiversidad y funcionamiento de los procesos ecológicos locales. En Costa Rica, la información sobre la riqueza y diversidad de aves en turberas de altura es escasa. Objetivo: Analizar la distribución altitudinal de la riqueza y diversidad de aves en turberas de altura. Métodos: Muestreamos cuatro sitios entre 2 400 y 3 100 m de altitud. Establecimos tres puntos de observación en cada sitio, separados por 100 m. El muestreo incluyó la estación seca, transición a lluviosa, lluviosa, y transición a seca (setiembre de 2018 a setiembre de 2019). El horario de muestreo fue entre las 06:00 y las 09:00 y utilizamos dos métodos: recuento de puntos y búsqueda en área. Resultados: Identificamos 75 especies (25 familias, 11 órdenes), en ocho turberas. Encontramos la mayor diversidad (H '= 3,12) y riqueza de aves (49 especies observadas y 56 esperadas) en turberas a 2 400 m de altitud, y la menor a 2 600 y 2 800 m. Encontramos que el 43% de las especies en todos los gradientes son endémicas, el 34% residentes de y el 14% migrantes latitudinales. Conclusiones: La gran diversidad de aves en estas turberas de altura demuestra que son ecosistemas necesarios para la supervivencia y mantenimiento del endemismo local. Recomendamos monitorear las aves a largo plazo para detectar cambios en las comunidades de aves, particularmente con el cambio climático actual.

Echinoderm research perspectives: A Central American bibliometric review

Introduction: Central America, a narrow strip of land dividing the Atlantic and Pacific oceans, has a high diversity of marine and terrestrial species. Echinoderms are one of the most diverse marine groups with 420 reported species. Objective: To summarize echinoderm research in Central America. Methods: We compiled the literature from SCOPUS, Web of Science, SciELO, Google Scholar, Biodiversity Heritage Library, the Internet Archive and the Smithsonian Library. Results: We found 324 publications dating from 1840 to 2020; the early studies had a strong taxonomic focus, but after the 1970s, ecology, evolution and reproduction gained prominence. Echinoidea is the most studied class (38% of publications) due to its use in evolutionary studies as well as the importance of the genus Diadema in reef ecology and dynamics. Conclusion: We recommend more research on fisheries management, conservation and environmental education; and greater integration of local and international research.

Diversidad y patrones de actividad de mamíferos silvestres medianos y grandes en la Cordillera de Talamanca, Costa Rica.

Introducción: La Cordillera de Talamanca en el sureste de Costa Rica, es una región prioritaria para la conservación, posee ecosistemas y especies poco conocidas. El estudio de mamíferos silvestres permite comprender la estructura y estado de conservación de los bosques tropicales: uno de los ecosistemas más diversos del planeta. Objetivo: Evaluar la riqueza, abundancia relativa y patrones de actividad de los mamíferos terrestres medianos y grandes en el Parque Internacional de La Amistad y el Corredor Biológico el Quetzal Tres Colinas. Métodos: Entre el 12 de julio del 2018 al 18 de abril del 2021, instalamos 18 estaciones de fototrampeo, cada una conformada por una cámara trampa y un atrayente olfativo. Resultados: Con un esfuerzo de muestreo de 15 335 días cámara trampa, obtuvimos 36 667 registros en los cuales detectamos 27 especies de mamíferos silvestres medianos y grandes; todas están en alguna categoría de riesgo nacional o internacional. Sciurus granatensis, Tapirus bairdii, Sylvilagus dicei y Mazama temama mostraron la distribución más amplia y la mayor abundancia relativa. Ateles geoffroyi, Cebus imitator y Microsciurus alfari tuvieron la menor abundancia y la distribución más restringida. Registramos cinco especies diurnas, seis nocturnas-crepusculares y 14 catemerales. Las especies únicas las detectamos en los pisos altitudinales Subalpino, Premontano y Montano bajo, los dos últimos registraron la mayor riqueza. Ocho especies mostraron fobia lunar, seis mostraron filia lunar y seis no mostraron afinidad al brillo lunar. Conclusión: Estas áreas protegen importantes poblaciones premontanas a subalpinas de mamíferos terrestres medianos y grandes, muchos catemerales o con fobia a la luna, y deben seguir siendo monitoreadas.

Alimentos de origen animal y Enfermedades de Transmisión Alimentaria en Costa Rica: 2015- 2020

Introducción: Las Enfermedades de Transmisión Alimentaria (conocidas comúnmente con el acrónimo de ETAs), impactan significativamente en los sistemas de salud de los países. Objetivo: Realizar una búsqueda temática que identifica los principales peligros de tipo biológico causantes de ETAs descritos en Costa Rica, y relacionar los principales alimentos de origen animal con los cuales se vinculan. Metodología: Realizamos una búsqueda de información científica bajo la modalidad de revisión literaria de cohorte narrativo y descriptivo, desde junio de 2015 hasta diciembre de 2020. Seleccionamos para la presente revisión bibliográfica, únicamente artículos con descripción de uno o varios organismos patógenos que estuvieran vinculados con matrices alimentarias de origen animal, en el territorio costarricense. Resultados: Identificamos 27 tipos de organismos biológicos asociados con cuadros de ETAs, aislados de distintas matrices de origen animal en Costa Rica. Conclusión: Existe una pluralidad de organismos frecuentemente asociados con infecciones, toxoinfecciones e infestaciones en el ser humano. Con un panorama creciente de incremento en el consumo de productos de origen animal para hacer frente al crecimiento poblacional al año 2050, estos retos se incrementan en paralelo. Para ello es imperativo la implementación del concepto UnaSalud en los esquemas productivos de los países.