O gênero Physalis L., pertence à família das solanáceas, e corresponde a um grupo com espécies economicamente importantes como o tomate (Lycopersicon esculentum Mill.) e a batata (Solanum tuberosum L.). As espécies, pertencentes ao gênero, são importantes porque fornecem frutos comestíveis e uma grande diversidade de bio-produtos, que têm um amplo espectro de atividades biológicas. Diante da importância da cultura tornam-se necessários estudos moleculares para analisar a diversidade genética, pois a quantificação da variabilidade genética auxilia no planejamento de estratégias mais eficazes que venham a maximizar a utilização dos recursos genéticos com vista a sua conservação (SILVA, 2014).No entanto, estudos moleculares dependem diretamente da qualidade do DNA extraído, portanto a otimização e estabelecimento de protocolos de extração são necessários visto que, um bom procedimento de extração deve produzir DNA de qualidade e quantidades adequadas para manipulação (ROMANO, 1998). As técnicas de quantificação fornecem informações importantes, tendo em vista que podem revelar a qualidade da amostra de DNA, isenta ou não de contaminação por proteínas. A otimização de protocolos de extração de DNA para caracterização genética é um passo necessário no campo da biologia molecular. Segundo Chiari et al. (2009), os métodos convencionais de extração de DNA são executáveis em todas as espécies, sendo necessário adaptações e modificações de acordo com o organismo trabalhado. Os ajustes de protocolo são feitos para que a extração de DNA seja simples, rápida e de baixo custo e obtenham-se DNA de qualidade para análises moleculares (DANNER et al., 2011). A extração de DNA é a primeira etapa para a utilização de genomas em diferentes técnicas da genética molecular, e a sua pureza e qualidade são sempre os pré-requisitos principais (ARBI et al., 2010).Assim, o trabalho proposto tem por objetivo testar protocolos de extração de DNA e estabelecer o que apresente uma maior quantidade e qualidade de DNA genômico de Physalis, para fins de análise de divergência genética via marcadores moleculares.