Avaliou-se a influência do uso de dejetos de suínos e cama de aves sobre o conteúdo de carbono orgânico total (COT) e particulado (COP) e a sua distribuição nas frações granulométricas e em classes de agregados de um Nitossolo Vermelho Eutróférrico. As áreas analisadas foram milho para silagem (M7 anos); milho para silagem (M20 anos); pastagem de azevém (P3 anos); pastagem de azevém (P15 anos); pastagem perene (PP20 anos); erva mate (EM20 anos); mata nativa (MN) e pastagem nativa sem aplicação de dejetos (P0 anos). Os estoques de COT e COP foram maiores na área de mata nativa. A MN teve os maiores teores de C-agregados do que todos os tratamentos nas três classes de agregados avaliados, e M7 teve os menores teores. A aplicação de fertilizantes orgânicos de suínos e aves não aumentou os teores de carbono orgânico do solo.