Fusariumes un género fúngico amplio y diverso de diferentes complejos deespecies, causante de una gran variedad de enfermedades en plantas, productor dediversas toxinas y representa un importante patógeno oportunista en humanos. Laidentificación de las especies de Fusarium ha sido por mucho tiempo una tareacompleja y controversial. Esto es debido principalmente a la aplicación de diferentessistemas taxonómicos y la inherente variabilidad morfológica de algunas de estasespecies. Estas características requieren de la revisión por parte de un expertomicólogo, con el fin de lograr un acertado y confiable diagnóstico, el cual es crucialen el manejo de enfermedades o infecciones y estudios de diversidad genética. EnColombia, se ha reportado un incremento anual del 317 % de casos de infeccionescausadas por Fusarium, entre 1995 y 2003, sin embargo en centros especializados anivel nacional en micología médica, no se lleva a cabo un diagnóstico a nivel deespecie. El objetivo de este estudio fue el de establecer la identidad de aislamientosclínicos de Fusarium, mediante el uso de un marcador molecular. Para lograr esteobjetivo se llevó a cabo la identificación de los 59 aislamientos mediante consulta enla base de datos Fusarium-ID con base en secuencias codificantes del factor deelongación de la traducción EF-1a. Los resultados obtenidos permitieron observar laagrupación de los 59 aislamientos en tres complejos de especies: Fusariumoxysporum(FOSC), Fusarium solani (FSSC) y Fusarium incarnanatum-equiseti(FIESC). Basado en los resultados, se observa que el uso de las secuenciascodificantes para el factor de elongación de traducción permiten una confiableclasificación de los aislamientos de origen clínico y permite ratificar la utilidad queposee este marcador molecular en los distintos complejos de Fusarium.