P124 LinkSe¯q™ wipe test, a real-time PCR detection system for amplification products contamination

2016 ◽  
Vol 77 ◽  
pp. 128
Author(s):  
Zachary Antovich ◽  
Ngoc Ly ◽  
Thierry Viard ◽  
Komal Singh
2001 ◽  
Vol 47 (3) ◽  
pp. 378-383 ◽  
Author(s):  
Chieko Matsumoto ◽  
Rieko Shiozawa ◽  
Shigeki Mitsunaga ◽  
Akiko Ichikawa ◽  
Rika Ishiwatari ◽  
...  

2016 ◽  
Vol 77 ◽  
pp. 127
Author(s):  
Zachary Antovich ◽  
Thierry Viard ◽  
Roland Russnak ◽  
Queenie Ko ◽  
Komal Singh ◽  
...  

2008 ◽  
Vol 46 (6) ◽  
pp. 649-654 ◽  
Author(s):  
J.S. Kim ◽  
G.G. Lee ◽  
J. Kim ◽  
J.Y. Kwon ◽  
S.-T. Kwon

2017 ◽  
Vol 79 (3) ◽  
pp. 517-523 ◽  
Author(s):  
Mai KISHIMOTO ◽  
Shinobu TSUCHIAKA ◽  
Sayed Samim RAHPAYA ◽  
Ayako HASEBE ◽  
Keiko OTSU ◽  
...  

2021 ◽  
Vol 13 (1) ◽  
pp. 35-57
Author(s):  
Alexander I. Katyshev ◽  
Natalia B. Katysheva ◽  
Irina V. Fedoseeva ◽  
Anatoly V. Pomortsev ◽  
Nikolay V. Dorofeev

Обоснование. Одной из наиболее ценных в хозяйственном отношении сельскохозяйственных культур является соя (Glycine max (L.) Merr.). Интерес к этой культуре у аграриев связан с тем, что соя широко используется как продовольственная, кормовая и техническая культура. Соя является короткодневным растением, чувствительным к интенсивности освещения и продолжительности дня. В связи с этим сорта сои занимают ограниченный ареал возделывания и имеют высокую продуктивность в узком диапазоне агроклиматических условий. Поскольку для условий Иркутской области на сегодняшний день нет рекомендованных сортов сои к возделыванию, представляется важным разработать маркеры скороспелых сортов и сортообразцов сои, способных давать стабильный урожай в условиях длинного светового режима и сниженной суммы активных температур. Цель. Целью данной работы был сравнительный анализ уровней экспрессии генов – потенциальных молекулярных маркеров скороспелости сои в различающихся по скороспелости сортах и сортообразцах сои. В исследование были взяты представляющие на наш взгляд наиболее перспективные с этой точки зрения гены на основе полученных нами ранее данных, а также на основе литературных данных. Материалы и методы. Растения сои сортообразцов №15, 3169/14 и сортов Алтом и Вилана для экспериментов выращивались в контролируемых условиях станции искусственного климата «Фитотрон» на базе СИФИБР СО РАН. Растения выращивались индивидуально в вегетационных сосудах при температурном режиме: день/ночь – 22/16°С; фотопериод – день/ночь - 16,5/7,5 часов; освещенность – 500 µmol*m-2*s-1; влажность – 60%. Для выделения РНК отбирали не развитые до конца вторые тройчатые листья  растений сои. РНК с помощью реактивов из набора GeneJET Plant RNA Purification Mini Kit (ThermoScientific, Литва), согласно инструкции производителя. Синтез первой цепи кДНК осуществляли с использованием набора реак-тивов ThermoScientific (Литва), согласно рекомендациям фирмы производителя. ПЦР-РВ проводили на приборе CFX96™ Real-Time PCR Detection System (Bio-Rad, США), используя набор реактивов qPCR mix-HS SYBR (Евроген, Россия), согласно инструкции производителя. Анализ данных ПЦР-РВ проводили с помощью программного обеспечения SFX Manager (Bio-Rad, Германия). Все эксперименты проводились  в двух аналитических и трех биологических повторностях. В качестве референсного гена использовали ген, кодирующий актин – Act11. Результаты. С помощью метода ПЦР в реальном времени показано, что из числа исследованных нами генов повышенные уровни экспрессии в скороспелых сортообразцах сои по сравнению с таковыми на стадии V2 – начала развития второго тройчатого листа  сои – в позднеспелых сортах наблюдаются преимущественно для генов, кодирующих транскрипционные факторы, преимущественно, содержащие MADS-box. Из этой группы генов в качестве потенциальных маркеров скороспелости сои  наиболее перспективными представляются  гены, кодирующие ортологи SEP3 арабидопсиса. Отдельно стоит отметить наблюдаемую в нашей работе повышенную в тысячи раз экспрессию гена с неизвестной функцией – ортолога MEE18 арабидопсиса в более скороспелых генотипах сои. Такая гиперэкспрессия этого гена должна определять фенотипические различия между сортами и сортообразцами сои, возможно, и скороспелость растений. Помимо показанной более высокой экспрессии в скороспелых сортообразцах сои хорошо известных регуляторных генов, вовлеченных в реализацию перехода растений от вегетативной к генеративной фазе развития, отдельный интерес представляет выявленная нами повышенное содержание транскрипта гена, возможное участие которого в созревании растений сои пока не показано – гена секойсоларицирезинол дегидрогеназы. Все вышеперечисленные гены являются потенциальными кандидатами в молекулярные маркеры селекции скороспелых сортов и сортообразцов сои, выращиваемых в условиях длинного светового дня Иркутской области. Заключение. Таким образом, в результате проведенных исследований выявлены гены сои, экспрессия которых достоверно повышена в более скороспелых сортах и сортообразцах сои на стадии V2 развития растений, предшествующей стадии бутонизации, Очевидно, что те гены, функция которых по литературным данным связана с регуляцией процессов цветения, являются перспективными молекулярными маркерами скороспелости растений сои.


Author(s):  
А. П. Власов ◽  
Н. С. Шейранов ◽  
И. В. Федосейкин ◽  
О. В. Маркин ◽  
Ш. С. Аль-Кубайси ◽  
...  

Целью исследования явилось изучение эффективности ремаксола у больных механической желтухой неопухолевого происхождения в зависимости от генетических полиморфизмов генов антиоксидантных ферментов. Обследованы 78 пациентов, оперированных по поводу механической желтухи (МЖ) неопухолевого происхождения. Выделены 2 группы: первая (n = 39) — пациентам в раннем послеоперационном периоде проводилось базисное лечение и вторая (n = 39) — в терапию включены и инфузии ремаксола (400 мл). В динамике проведены лабораторные и биохимические исследования: оценивали функциональные показатели печени, интенсивность перекисного окисления мембранных липидов, активность фосфолипазы A2, выраженность гипоксии и др. Также проведен молекулярно-генетический тест полиморфизмов генов супероксиддисмутазы (SOD2, C47T), каталазы (CAT, -262C/T) и глутатион-S-трансферазы (GSTP1, C114T), выделенных из венозной крови при помощи модернизированного метода Laura-Lee Boodram. Анализ генетических локусов произведен с помощью наборов DNA-Extran-1 при использовании полимеразной цепной реакции в реальном времени (CFX96 Touch™ Real-Time PCR Detection System, США). Установлено, что применение ремаксола на раннем периоде развития механической желтухи способствовало ингибированию липопереокисления, фосфолипазной активности, восстановлению функционально-метаболического состояния печени. Результаты генетического исследования показали, что полиморфизмы SOD2, каталазы и GSTP1 играют важную роль не только в прогрессировании патологии, но и эффективности терапии. Оказалось, что в группе пациентов с высокой частотой встречаемости редких генетических маркеров (C/T и T/T составили 28,2 и 33,3 %) полиморфизмов генов антиоксидантных ферментов выраженность оксидативного стресса выше. Об этом свидетельствует повышение содержания диеновых конъюгатов (ДК) на весь период исследования на 24,5 – 33,1 % (p = 0,01), малонового диальдегида (МДА) — на 22,6 – 32,6 % (p = 0,01) и значения индекса гипоксии (ИГ) — на 12,6 – 14,9 % (p = 0,01), активирование фосфолипазы (ФЛ) A2 на 23,6 – 35,6 % (p = 0,01), и ингибирование интенсификации антиоксидантной супероксиддисмутазы (СОД) на 19,8 – 26,5 % (p = 0,01). При этом эффективность ремаксола проявляется в большей степени (интенсивность ДК, МДА и ИГ уменьшалась на 29,6 – 35,6, 28,4 – 38,5 и 22,2 – 26,7 % (p = 0,02), активность ФЛ A2 падала на 39,6 – 42,5 % (p = 0,01), а СОД возрастала на 18,8 – 23,7 % (p = 0,01). Таким образом, результаты исследования являются основанием для своевременного проведения тестов на определение частоты встречаемости патологических генотипов полиморфизмов генов антиоксидантной ферментной системы при МЖ и установление их сопряженности с гомеостатическими показателями, что позволит персонифицировано прогнозировать течение патологии и оценить схему лечения больных механической желтухой.


2020 ◽  
Vol 82 (2) ◽  
pp. 217-223 ◽  
Author(s):  
Fujiko SUNAGA ◽  
Shinobu TSUCHIAKA ◽  
Mai KISHIMOTO ◽  
Hiroshi AOKI ◽  
Mari KAKINOKI ◽  
...  

2016 ◽  
Vol 835 ◽  
pp. 333-337
Author(s):  
Chu Shu Zhang ◽  
Jie Sun ◽  
Li Na Yu ◽  
Jie Bi ◽  
Wei Wei Zhao

In this study, a set of real-time PCR primers for the detection of aflatoxin in peanut was successfully designed according to the AFLR gene of Aspergillus niger. Upstream primer was 5'-AACCTGATGACGACTGATAT-3'; Downstream primer was 5'-AGCACCTTGAGAACGATAA-3'; The real-time PCR detection system established in this study had good specificity, and the sensitivity of DNA detection can reach 3×10-13 ng/ul. The correlation coefficient between the contents of aflatoxin in peanut samples and PCR Ct of Real-time was-0.718, and the correlation coefficient was significantly negative.


Sign in / Sign up

Export Citation Format

Share Document