The Establishment of Real-Time PCR Detection System of Aspergillus Niger in Peanut

2016 ◽  
Vol 835 ◽  
pp. 333-337
Author(s):  
Chu Shu Zhang ◽  
Jie Sun ◽  
Li Na Yu ◽  
Jie Bi ◽  
Wei Wei Zhao

In this study, a set of real-time PCR primers for the detection of aflatoxin in peanut was successfully designed according to the AFLR gene of Aspergillus niger. Upstream primer was 5'-AACCTGATGACGACTGATAT-3'; Downstream primer was 5'-AGCACCTTGAGAACGATAA-3'; The real-time PCR detection system established in this study had good specificity, and the sensitivity of DNA detection can reach 3×10-13 ng/ul. The correlation coefficient between the contents of aflatoxin in peanut samples and PCR Ct of Real-time was-0.718, and the correlation coefficient was significantly negative.

2001 ◽  
Vol 47 (3) ◽  
pp. 378-383 ◽  
Author(s):  
Chieko Matsumoto ◽  
Rieko Shiozawa ◽  
Shigeki Mitsunaga ◽  
Akiko Ichikawa ◽  
Rika Ishiwatari ◽  
...  

2016 ◽  
Vol 77 ◽  
pp. 127
Author(s):  
Zachary Antovich ◽  
Thierry Viard ◽  
Roland Russnak ◽  
Queenie Ko ◽  
Komal Singh ◽  
...  

2001 ◽  
Vol 67 (6) ◽  
pp. 2766-2774 ◽  
Author(s):  
K. Tajima ◽  
R. I. Aminov ◽  
T. Nagamine ◽  
H. Matsui ◽  
M. Nakamura ◽  
...  

ABSTRACT A set of PCR primers was designed and validated for specific detection and quantification of Prevotella ruminicola,Prevotella albensis, Prevotella bryantii,Fibrobacter succinogenes, Selenomonas ruminantium-Mitsuokella multiacida, Streptococcus bovis, Ruminococcus flavefaciens,Ruminobacter amylophilus, Eubacterium ruminantium, Treponema bryantii,Succinivibrio dextrinosolvens, and Anaerovibrio lipolytica. By using these primers and the real-time PCR technique, the corresponding species in the rumens of cows for which the diet was switched from hay to grain were quantitatively monitored. The dynamics of two fibrolytic bacteria, F. succinogenesand R. flavefaciens, were in agreement with those of earlier, culture-based experiments. The quantity of F. succinogenes DNA, predominant in animals on the hay diet, fell 20-fold on the third day of the switch to a grain diet and further declined on day 28, with a 57-fold reduction in DNA. TheR. flavefaciens DNA concentration on day 3 declined to approximately 10% of its initial value in animals on the hay diet and remained at this level on day 28. During the transition period (day 3), the quantities of two ruminal prevotella DNAs increased considerably: that of P. ruminicola increased 7-fold and that ofP. bryantii increased 263-fold. On day 28, the quantity of P. ruminicola DNA decreased 3-fold, while P. bryantii DNA was still elevated 10-fold in comparison with the level found in animals on the initial hay diet. The DNA specific for another xylanolytic bacterium, E. ruminantium, dropped 14-fold during the diet switch and was maintained at this level on day 28. The concentration of a rumen spirochete, T. bryantii, decreased less profoundly and stabilized with a sevenfold decline by day 28. The variations in A. lipolytica DNA were not statistically significant. After an initial slight increase in S. dextrinosolvens DNA on day 3, this DNA was not detected at the end of the experiment. S. bovis DNA displayed a 67-fold increase during the transition period on day 3. However, on day 28, it actually declined in comparison with the level in animals on the hay ration. The amount of S. ruminantium-M. multiacida DNA also increased eightfold following the diet switch, but stabilized with only a twofold increase on day 28. The real-time PCR technique also uncovered differential amplification of rumen bacterial templates with the set of universal bacterial primers. This observation may explain why some predominant rumen bacteria have not been detected in PCR-generated 16S ribosomal DNA libraries.


2008 ◽  
Vol 46 (6) ◽  
pp. 649-654 ◽  
Author(s):  
J.S. Kim ◽  
G.G. Lee ◽  
J. Kim ◽  
J.Y. Kwon ◽  
S.-T. Kwon

2017 ◽  
Vol 79 (3) ◽  
pp. 517-523 ◽  
Author(s):  
Mai KISHIMOTO ◽  
Shinobu TSUCHIAKA ◽  
Sayed Samim RAHPAYA ◽  
Ayako HASEBE ◽  
Keiko OTSU ◽  
...  

2016 ◽  
Vol 51 (7) ◽  
pp. 1680-1688 ◽  
Author(s):  
Begoña Martín-Fernández ◽  
Joana Costa ◽  
Maria Beatriz Prior Pinto Oliveira ◽  
Beatriz López-Ruiz ◽  
Isabel Mafra

2009 ◽  
Vol 55 (7) ◽  
pp. 849-858 ◽  
Author(s):  
Tarja Pitkänen ◽  
Juliane Bräcker ◽  
Ilkka T. Miettinen ◽  
Anneli Heitto ◽  
Jouni Pesola ◽  
...  

An enhanced enrichment using the Portable Microbe Enrichment Unit (PMEU) with the microaerobic bubbling of broths was applied for the detection of thermotolerant Campylobacter species from water. This PMEU enrichment was compared with the conventional static enrichment of the international standard ISO 17995:2005. In addition, Campylobacter detection after enrichment using a real-time PCR detection was compared with colony counts. The tests with stressed Campylobacter jejuni cells in drinking water indicated that the PMEU enrichment yielded a significantly higher number of Campylobacter cells in the Bolton broth compared with the conventional static incubation. Application of the real-time PCR technique shortened the Campylobacter detection time. This combination of method modifications can be used for Campylobacter detection from water and adds methodological repertoire for the rapid survey and management of waterborne outbreaks.


2021 ◽  
Vol 13 (1) ◽  
pp. 35-57
Author(s):  
Alexander I. Katyshev ◽  
Natalia B. Katysheva ◽  
Irina V. Fedoseeva ◽  
Anatoly V. Pomortsev ◽  
Nikolay V. Dorofeev

Обоснование. Одной из наиболее ценных в хозяйственном отношении сельскохозяйственных культур является соя (Glycine max (L.) Merr.). Интерес к этой культуре у аграриев связан с тем, что соя широко используется как продовольственная, кормовая и техническая культура. Соя является короткодневным растением, чувствительным к интенсивности освещения и продолжительности дня. В связи с этим сорта сои занимают ограниченный ареал возделывания и имеют высокую продуктивность в узком диапазоне агроклиматических условий. Поскольку для условий Иркутской области на сегодняшний день нет рекомендованных сортов сои к возделыванию, представляется важным разработать маркеры скороспелых сортов и сортообразцов сои, способных давать стабильный урожай в условиях длинного светового режима и сниженной суммы активных температур. Цель. Целью данной работы был сравнительный анализ уровней экспрессии генов – потенциальных молекулярных маркеров скороспелости сои в различающихся по скороспелости сортах и сортообразцах сои. В исследование были взяты представляющие на наш взгляд наиболее перспективные с этой точки зрения гены на основе полученных нами ранее данных, а также на основе литературных данных. Материалы и методы. Растения сои сортообразцов №15, 3169/14 и сортов Алтом и Вилана для экспериментов выращивались в контролируемых условиях станции искусственного климата «Фитотрон» на базе СИФИБР СО РАН. Растения выращивались индивидуально в вегетационных сосудах при температурном режиме: день/ночь – 22/16°С; фотопериод – день/ночь - 16,5/7,5 часов; освещенность – 500 µmol*m-2*s-1; влажность – 60%. Для выделения РНК отбирали не развитые до конца вторые тройчатые листья  растений сои. РНК с помощью реактивов из набора GeneJET Plant RNA Purification Mini Kit (ThermoScientific, Литва), согласно инструкции производителя. Синтез первой цепи кДНК осуществляли с использованием набора реак-тивов ThermoScientific (Литва), согласно рекомендациям фирмы производителя. ПЦР-РВ проводили на приборе CFX96™ Real-Time PCR Detection System (Bio-Rad, США), используя набор реактивов qPCR mix-HS SYBR (Евроген, Россия), согласно инструкции производителя. Анализ данных ПЦР-РВ проводили с помощью программного обеспечения SFX Manager (Bio-Rad, Германия). Все эксперименты проводились  в двух аналитических и трех биологических повторностях. В качестве референсного гена использовали ген, кодирующий актин – Act11. Результаты. С помощью метода ПЦР в реальном времени показано, что из числа исследованных нами генов повышенные уровни экспрессии в скороспелых сортообразцах сои по сравнению с таковыми на стадии V2 – начала развития второго тройчатого листа  сои – в позднеспелых сортах наблюдаются преимущественно для генов, кодирующих транскрипционные факторы, преимущественно, содержащие MADS-box. Из этой группы генов в качестве потенциальных маркеров скороспелости сои  наиболее перспективными представляются  гены, кодирующие ортологи SEP3 арабидопсиса. Отдельно стоит отметить наблюдаемую в нашей работе повышенную в тысячи раз экспрессию гена с неизвестной функцией – ортолога MEE18 арабидопсиса в более скороспелых генотипах сои. Такая гиперэкспрессия этого гена должна определять фенотипические различия между сортами и сортообразцами сои, возможно, и скороспелость растений. Помимо показанной более высокой экспрессии в скороспелых сортообразцах сои хорошо известных регуляторных генов, вовлеченных в реализацию перехода растений от вегетативной к генеративной фазе развития, отдельный интерес представляет выявленная нами повышенное содержание транскрипта гена, возможное участие которого в созревании растений сои пока не показано – гена секойсоларицирезинол дегидрогеназы. Все вышеперечисленные гены являются потенциальными кандидатами в молекулярные маркеры селекции скороспелых сортов и сортообразцов сои, выращиваемых в условиях длинного светового дня Иркутской области. Заключение. Таким образом, в результате проведенных исследований выявлены гены сои, экспрессия которых достоверно повышена в более скороспелых сортах и сортообразцах сои на стадии V2 развития растений, предшествующей стадии бутонизации, Очевидно, что те гены, функция которых по литературным данным связана с регуляцией процессов цветения, являются перспективными молекулярными маркерами скороспелости растений сои.


2016 ◽  
Vol 77 ◽  
pp. 128
Author(s):  
Zachary Antovich ◽  
Ngoc Ly ◽  
Thierry Viard ◽  
Komal Singh

Author(s):  
А. П. Власов ◽  
Н. С. Шейранов ◽  
И. В. Федосейкин ◽  
О. В. Маркин ◽  
Ш. С. Аль-Кубайси ◽  
...  

Целью исследования явилось изучение эффективности ремаксола у больных механической желтухой неопухолевого происхождения в зависимости от генетических полиморфизмов генов антиоксидантных ферментов. Обследованы 78 пациентов, оперированных по поводу механической желтухи (МЖ) неопухолевого происхождения. Выделены 2 группы: первая (n = 39) — пациентам в раннем послеоперационном периоде проводилось базисное лечение и вторая (n = 39) — в терапию включены и инфузии ремаксола (400 мл). В динамике проведены лабораторные и биохимические исследования: оценивали функциональные показатели печени, интенсивность перекисного окисления мембранных липидов, активность фосфолипазы A2, выраженность гипоксии и др. Также проведен молекулярно-генетический тест полиморфизмов генов супероксиддисмутазы (SOD2, C47T), каталазы (CAT, -262C/T) и глутатион-S-трансферазы (GSTP1, C114T), выделенных из венозной крови при помощи модернизированного метода Laura-Lee Boodram. Анализ генетических локусов произведен с помощью наборов DNA-Extran-1 при использовании полимеразной цепной реакции в реальном времени (CFX96 Touch™ Real-Time PCR Detection System, США). Установлено, что применение ремаксола на раннем периоде развития механической желтухи способствовало ингибированию липопереокисления, фосфолипазной активности, восстановлению функционально-метаболического состояния печени. Результаты генетического исследования показали, что полиморфизмы SOD2, каталазы и GSTP1 играют важную роль не только в прогрессировании патологии, но и эффективности терапии. Оказалось, что в группе пациентов с высокой частотой встречаемости редких генетических маркеров (C/T и T/T составили 28,2 и 33,3 %) полиморфизмов генов антиоксидантных ферментов выраженность оксидативного стресса выше. Об этом свидетельствует повышение содержания диеновых конъюгатов (ДК) на весь период исследования на 24,5 – 33,1 % (p = 0,01), малонового диальдегида (МДА) — на 22,6 – 32,6 % (p = 0,01) и значения индекса гипоксии (ИГ) — на 12,6 – 14,9 % (p = 0,01), активирование фосфолипазы (ФЛ) A2 на 23,6 – 35,6 % (p = 0,01), и ингибирование интенсификации антиоксидантной супероксиддисмутазы (СОД) на 19,8 – 26,5 % (p = 0,01). При этом эффективность ремаксола проявляется в большей степени (интенсивность ДК, МДА и ИГ уменьшалась на 29,6 – 35,6, 28,4 – 38,5 и 22,2 – 26,7 % (p = 0,02), активность ФЛ A2 падала на 39,6 – 42,5 % (p = 0,01), а СОД возрастала на 18,8 – 23,7 % (p = 0,01). Таким образом, результаты исследования являются основанием для своевременного проведения тестов на определение частоты встречаемости патологических генотипов полиморфизмов генов антиоксидантной ферментной системы при МЖ и установление их сопряженности с гомеостатическими показателями, что позволит персонифицировано прогнозировать течение патологии и оценить схему лечения больных механической желтухой.


Sign in / Sign up

Export Citation Format

Share Document