A Comparison of Ribosomal Gene and Transcript Abundance during High and Low Nitrite Oxidizing Activity Using a Newly Designed Real-Time PCR Detection System Targeting theNitrobacterspp. 16S–23S Intergenic Spacer Region

2006 ◽  
Vol 23 (3) ◽  
pp. 521-532 ◽  
Author(s):  
Shawn A. Hawkins ◽  
Kevin G. Robinson ◽  
Alice C. Layton ◽  
Gary S. Sayler
2005 ◽  
Vol 88 (2) ◽  
pp. 536-546 ◽  
Author(s):  
Cécile Collonnier ◽  
Alexandra Schattner ◽  
Georges Berthier ◽  
Francine Boyer ◽  
Géraldine Coué-Philippe ◽  
...  

Abstract T25 is one of the 4 maize transformation events from which commercial lines have so far been authorized in Europe. It was created by polyethylene glycol-mediated transformation using a construct bearing one copy of the synthetic pat gene associated with both promoter and terminator of the 35S ribosomal gene from cauliflower mosaic virus. In this article, we report the sequencing of the whole T25 insert and the characterization of its integration site by using a genome walking strategy. Our results confirmed that one intact copy of the initial construct had been integrated in the plant genome. They also revealed, at the 5′ junction of the insert, the presence of a second truncated 35S promoter, probably resulting from rearrangements which may have occurred before or during integration of the plasmid DNA. The analysis of the junction fragments showed that the integration site of the insert presented high homologies with the Huck retrotransposon family. By using one primer annealing in the maize genome and the other in the 5′ end of the integrat ed DNA, we developed a reliable event-specific detection system for T25 maize. To provide means to comply with the European regulation, a real-time PCR test was designed for specific quantitation of T25 event by using Taqman® chemistry.


2001 ◽  
Vol 47 (3) ◽  
pp. 378-383 ◽  
Author(s):  
Chieko Matsumoto ◽  
Rieko Shiozawa ◽  
Shigeki Mitsunaga ◽  
Akiko Ichikawa ◽  
Rika Ishiwatari ◽  
...  

2019 ◽  
Vol 32 (6) ◽  
pp. 793-801 ◽  
Author(s):  
Rebecca L. Tallmadge ◽  
Renee Anderson ◽  
Patrick K. Mitchell ◽  
Zachary C. Forbes ◽  
Brenda Werner ◽  
...  

Mycoplasma cynos is recognized as an emerging causative pathogen of canine infectious respiratory disease (CIRD) worldwide. We developed a new open-source real-time PCR (rtPCR) assay for M. cynos that performs well under standard rtPCR conditions. Primers and probes were designed to target the M. cynos tuf gene. Reaction efficiencies for the M. cynos tuf gene assay on 2 platforms were based on amplification of standard curves spanning 8 orders of magnitude: ABI 7500 platform, 94.3–97.9% ( r2 ≥ 0.9935); QuantStudio OpenArray platform, 119.1–122.5% ( r2 = 0.9784). The assay performed very well over a range of template input, from 109 copies to the lower limit of quantification at 4 copies of the M. cynos genome on the ABI 7500 platform. Diagnostic performance was estimated by comparison with an in-house legacy assay on clinical specimens as well as testing isolates that were characterized previously by intergenic spacer region (ISR) sequencing. Exclusivity was established by testing 12 other Mycoplasma species. To substantiate the high specificity of the M. cynos tuf gene assay, sequence confirmation was performed on ISR PCR amplicons obtained from clinical specimens. One ISR amplicon sequence revealed M. mucosicanis rather than M. cynos. The complete protocol of the newly developed M. cynos tuf assay is provided to facilitate assay harmonization.


2016 ◽  
Vol 77 ◽  
pp. 127
Author(s):  
Zachary Antovich ◽  
Thierry Viard ◽  
Roland Russnak ◽  
Queenie Ko ◽  
Komal Singh ◽  
...  

2008 ◽  
Vol 46 (6) ◽  
pp. 649-654 ◽  
Author(s):  
J.S. Kim ◽  
G.G. Lee ◽  
J. Kim ◽  
J.Y. Kwon ◽  
S.-T. Kwon

2017 ◽  
Vol 79 (3) ◽  
pp. 517-523 ◽  
Author(s):  
Mai KISHIMOTO ◽  
Shinobu TSUCHIAKA ◽  
Sayed Samim RAHPAYA ◽  
Ayako HASEBE ◽  
Keiko OTSU ◽  
...  

2021 ◽  
Vol 13 (1) ◽  
pp. 35-57
Author(s):  
Alexander I. Katyshev ◽  
Natalia B. Katysheva ◽  
Irina V. Fedoseeva ◽  
Anatoly V. Pomortsev ◽  
Nikolay V. Dorofeev

Обоснование. Одной из наиболее ценных в хозяйственном отношении сельскохозяйственных культур является соя (Glycine max (L.) Merr.). Интерес к этой культуре у аграриев связан с тем, что соя широко используется как продовольственная, кормовая и техническая культура. Соя является короткодневным растением, чувствительным к интенсивности освещения и продолжительности дня. В связи с этим сорта сои занимают ограниченный ареал возделывания и имеют высокую продуктивность в узком диапазоне агроклиматических условий. Поскольку для условий Иркутской области на сегодняшний день нет рекомендованных сортов сои к возделыванию, представляется важным разработать маркеры скороспелых сортов и сортообразцов сои, способных давать стабильный урожай в условиях длинного светового режима и сниженной суммы активных температур. Цель. Целью данной работы был сравнительный анализ уровней экспрессии генов – потенциальных молекулярных маркеров скороспелости сои в различающихся по скороспелости сортах и сортообразцах сои. В исследование были взяты представляющие на наш взгляд наиболее перспективные с этой точки зрения гены на основе полученных нами ранее данных, а также на основе литературных данных. Материалы и методы. Растения сои сортообразцов №15, 3169/14 и сортов Алтом и Вилана для экспериментов выращивались в контролируемых условиях станции искусственного климата «Фитотрон» на базе СИФИБР СО РАН. Растения выращивались индивидуально в вегетационных сосудах при температурном режиме: день/ночь – 22/16°С; фотопериод – день/ночь - 16,5/7,5 часов; освещенность – 500 µmol*m-2*s-1; влажность – 60%. Для выделения РНК отбирали не развитые до конца вторые тройчатые листья  растений сои. РНК с помощью реактивов из набора GeneJET Plant RNA Purification Mini Kit (ThermoScientific, Литва), согласно инструкции производителя. Синтез первой цепи кДНК осуществляли с использованием набора реак-тивов ThermoScientific (Литва), согласно рекомендациям фирмы производителя. ПЦР-РВ проводили на приборе CFX96™ Real-Time PCR Detection System (Bio-Rad, США), используя набор реактивов qPCR mix-HS SYBR (Евроген, Россия), согласно инструкции производителя. Анализ данных ПЦР-РВ проводили с помощью программного обеспечения SFX Manager (Bio-Rad, Германия). Все эксперименты проводились  в двух аналитических и трех биологических повторностях. В качестве референсного гена использовали ген, кодирующий актин – Act11. Результаты. С помощью метода ПЦР в реальном времени показано, что из числа исследованных нами генов повышенные уровни экспрессии в скороспелых сортообразцах сои по сравнению с таковыми на стадии V2 – начала развития второго тройчатого листа  сои – в позднеспелых сортах наблюдаются преимущественно для генов, кодирующих транскрипционные факторы, преимущественно, содержащие MADS-box. Из этой группы генов в качестве потенциальных маркеров скороспелости сои  наиболее перспективными представляются  гены, кодирующие ортологи SEP3 арабидопсиса. Отдельно стоит отметить наблюдаемую в нашей работе повышенную в тысячи раз экспрессию гена с неизвестной функцией – ортолога MEE18 арабидопсиса в более скороспелых генотипах сои. Такая гиперэкспрессия этого гена должна определять фенотипические различия между сортами и сортообразцами сои, возможно, и скороспелость растений. Помимо показанной более высокой экспрессии в скороспелых сортообразцах сои хорошо известных регуляторных генов, вовлеченных в реализацию перехода растений от вегетативной к генеративной фазе развития, отдельный интерес представляет выявленная нами повышенное содержание транскрипта гена, возможное участие которого в созревании растений сои пока не показано – гена секойсоларицирезинол дегидрогеназы. Все вышеперечисленные гены являются потенциальными кандидатами в молекулярные маркеры селекции скороспелых сортов и сортообразцов сои, выращиваемых в условиях длинного светового дня Иркутской области. Заключение. Таким образом, в результате проведенных исследований выявлены гены сои, экспрессия которых достоверно повышена в более скороспелых сортах и сортообразцах сои на стадии V2 развития растений, предшествующей стадии бутонизации, Очевидно, что те гены, функция которых по литературным данным связана с регуляцией процессов цветения, являются перспективными молекулярными маркерами скороспелости растений сои.


Plant Disease ◽  
2021 ◽  
Author(s):  
M. Belén Suárez ◽  
Marta Diego ◽  
F. J. Feria ◽  
M J Martín-Robles ◽  
Sergio Moreno ◽  
...  

Soft rot on potato tuber is a destructive disease caused by pathogenic bacterial species of the genera Pectobacterium and Dickeya. Accurate identification of the causal agent is necessary to ensure adequate disease management, since different species may have distinct levels of aggressiveness and host range. One of the most important potato pathogens is P. carotovorum, a highly heterogeneous species capable of infecting multiple hosts. The complexity of this species, until recently divided into several subspecies, has made it difficult to develop precise diagnostic tests. This study proposes a PCR assay based on the new pair of primers Pcar1F/R to facilitate the identification of potato isolates of P. carotovorum according to the most recent taxonomic description of this species. The new primers were designed on a variable segment of the 16S rRNA gene and the intergenic spacer region (ITS) of available DNA sequences from classical and recently established species in the genus Pectobacterium. The results of the PCR analysis of genomic DNA from 32 Pectobacterium and Dickeya strains confirmed that the Pcar1F/R primers have sufficient nucleotide differences to discriminate between P. carotovorum and other Pectobacterium species associated with damage to potato crops, with the exception of P. versatile, which improves the specificity of the currently available primers. The proposed assay was originally developed as a conventional PCR but was later adapted to the real-time PCR format for application in combination with the existing real-time PCR test for the potato-specific pathogen P. parmentieri. This should be useful for the routine diagnosis of potato soft rot.


2016 ◽  
Vol 77 ◽  
pp. 128
Author(s):  
Zachary Antovich ◽  
Ngoc Ly ◽  
Thierry Viard ◽  
Komal Singh

Author(s):  
А. П. Власов ◽  
Н. С. Шейранов ◽  
И. В. Федосейкин ◽  
О. В. Маркин ◽  
Ш. С. Аль-Кубайси ◽  
...  

Целью исследования явилось изучение эффективности ремаксола у больных механической желтухой неопухолевого происхождения в зависимости от генетических полиморфизмов генов антиоксидантных ферментов. Обследованы 78 пациентов, оперированных по поводу механической желтухи (МЖ) неопухолевого происхождения. Выделены 2 группы: первая (n = 39) — пациентам в раннем послеоперационном периоде проводилось базисное лечение и вторая (n = 39) — в терапию включены и инфузии ремаксола (400 мл). В динамике проведены лабораторные и биохимические исследования: оценивали функциональные показатели печени, интенсивность перекисного окисления мембранных липидов, активность фосфолипазы A2, выраженность гипоксии и др. Также проведен молекулярно-генетический тест полиморфизмов генов супероксиддисмутазы (SOD2, C47T), каталазы (CAT, -262C/T) и глутатион-S-трансферазы (GSTP1, C114T), выделенных из венозной крови при помощи модернизированного метода Laura-Lee Boodram. Анализ генетических локусов произведен с помощью наборов DNA-Extran-1 при использовании полимеразной цепной реакции в реальном времени (CFX96 Touch™ Real-Time PCR Detection System, США). Установлено, что применение ремаксола на раннем периоде развития механической желтухи способствовало ингибированию липопереокисления, фосфолипазной активности, восстановлению функционально-метаболического состояния печени. Результаты генетического исследования показали, что полиморфизмы SOD2, каталазы и GSTP1 играют важную роль не только в прогрессировании патологии, но и эффективности терапии. Оказалось, что в группе пациентов с высокой частотой встречаемости редких генетических маркеров (C/T и T/T составили 28,2 и 33,3 %) полиморфизмов генов антиоксидантных ферментов выраженность оксидативного стресса выше. Об этом свидетельствует повышение содержания диеновых конъюгатов (ДК) на весь период исследования на 24,5 – 33,1 % (p = 0,01), малонового диальдегида (МДА) — на 22,6 – 32,6 % (p = 0,01) и значения индекса гипоксии (ИГ) — на 12,6 – 14,9 % (p = 0,01), активирование фосфолипазы (ФЛ) A2 на 23,6 – 35,6 % (p = 0,01), и ингибирование интенсификации антиоксидантной супероксиддисмутазы (СОД) на 19,8 – 26,5 % (p = 0,01). При этом эффективность ремаксола проявляется в большей степени (интенсивность ДК, МДА и ИГ уменьшалась на 29,6 – 35,6, 28,4 – 38,5 и 22,2 – 26,7 % (p = 0,02), активность ФЛ A2 падала на 39,6 – 42,5 % (p = 0,01), а СОД возрастала на 18,8 – 23,7 % (p = 0,01). Таким образом, результаты исследования являются основанием для своевременного проведения тестов на определение частоты встречаемости патологических генотипов полиморфизмов генов антиоксидантной ферментной системы при МЖ и установление их сопряженности с гомеостатическими показателями, что позволит персонифицировано прогнозировать течение патологии и оценить схему лечения больных механической желтухой.


Sign in / Sign up

Export Citation Format

Share Document