Polymerase Chain Reaction-Free Variable-Number Tandem Repeat Typing Using Gold Nanoparticle–DNA Monoconjugates

ACS Nano ◽  
2013 ◽  
Vol 7 (3) ◽  
pp. 2627-2633 ◽  
Author(s):  
Jong Young Choi ◽  
Yong Tae Kim ◽  
Tae Seok Seo
Keyword(s):  
Polymerase Chain Reaction ◽  
Gold Nanoparticle ◽  
Tandem Repeat ◽  
Variable Number Tandem Repeat ◽  
Free Variable ◽  
Variable Number ◽  
Chain Reaction ◽  
Polymerase Chain

scholarly journals Επιδημιολογική και εργαστηριακή διερεύνηση του κοκκύτη στα παιδιά

2019 ◽  
Author(s):  
Ευαγγελία Πετρίδου
Keyword(s):  
Polymerase Chain Reaction ◽  
Real Time ◽  
Tandem Repeat ◽  
Variable Number Tandem Repeat ◽  
Variable Number ◽  
Chain Reaction ◽  
Repeat Analysis ◽  
Mlva Type ◽  
Promotor Region ◽  
Polymerase Chain

ΠΕΡΙΛΗΨΗ Ο κοκκύτης είναι μια εξαιρετικά μεταδοτική λοίμωξη του αναπνευστικού, η οποία οφείλεται κυρίως στην B. pertussis. Παρά τη μακροχρόνια εφαρμογή προγραμμάτων εμβολιασμού στις αναπτυγμένες χώρες, η λοίμωξη από B. pertussis έχει αναζωπυρωθεί από τις αρχές του 21ου αιώνα. Πιθανά αίτια για την εν λόγω επανεμφάνιση αποτελούν η βελτίωση της επιτήρησης και της διάγνωσης της λοίμωξης, η φθίνουσα ανοσία, η ποικίλη αποτελεσματικότητα των ακυτταρικών εμβολίων, αλλά και η προσαρμογή του βακτηριδίου στην επαγόμενη από το εμβόλιο ανοσία. Σκοπός: Σκοπός της μελέτης ήταν η διερεύνηση της επιδημιολογικής συμπεριφοράς του κοκκύτη καθώς και η μοριακή τυποποίηση της B. pertussis με σύγχρονες τεχνικές στην πενταετία 2010 - 2015, χρονική περίοδο όπου ο εμβολιασμός στη χώρα μας για τη νόσο ήταν υποχρεωτικός και η εμβολιαστική κάλυψη υψηλή. Ασθενείς - Μέθοδοι: Η διάγνωση και η μοριακή τυποποίηση της B. pertussis έγινε σε ρινοφαρυγγικά δείγματα παιδιών, που νοσηλεύτηκαν στο Γενικό Νοσοκομείο Παίδων ‘Η Αγία Σοφία’ κατά την περίοδο 2010 - 2015. Με την real - time Polymerase Chain Reaction (PCR) ανιχνεύθηκαν οι DNA στόχοι IS481 / IS1001 / recA των B. pertussis / parapertussis / holmesii αντίστοιχα. Ο πολυμορφισμός της B. pertussis μελετήθηκε με multi - locus variable number tandem repeat analysis (MLVA) και με sequence - based typing της toxin promotor region (ptP) σε DNA θετικών δειγμάτων. Αποτελέσματα: Από τα 1150 δείγματα στα οποία διενεργήθηκε PCR, 300 ήταν θετικά για B. pertussis, 32 για B. parapertussis, ενώ κανένα δεν ήταν θετικό για B. holmesii. Το 88% των θετικών περιπτώσεων για B. pertussis ήταν νεογνά μικρότερα του ενός έτους και μόνο 12% ήταν μεταξύ 1 - 14 ετών. Η πλειονότητα των παιδιών ελληνικής εθνικότητας ήταν μικρότερα των 2 μηνών, μην έχοντας φτάσει την ηλικία εμβολιασμού, όπως ορίζεται από το Εθνικό Σύστημα Δημόσιας Υγείας της χώρας μας. Οι μειονότητες των Roma και των μεταναστών αντιπροσωπεύουν ένα μικρό ποσοστό του πληθυσμού της χώρας μας αλλά αποτέλεσαν το 50% του εξετασθέντος πληθυσμού της μελέτης μας. Και οι δύο ομάδες χαρακτηρίζονταν από χαμηλό δείκτη εμβολιαστικής κάλυψης. Ένα ολοκληρωμένο MLVA προφίλ έδωσαν 66 από τα 153 δείγματα που αναλύθηκαν. Ο B. pertussis MLVA type 27 (MT27) (n = 55/66) ήταν ο κυρίαρχος γενετικός τύπος. Το αλλήλιο ptP3 βρέθηκε σε όλα τα δείγματα που εξετάστηκαν με ptP sequencing (n = 25). Συμπεράσματα: H B. pertussis προσβάλλει με μεγάλη συχνότητα ηλικιακές και πληθυσμιακές ομάδες που είναι εμβολιαστικά ακάλυπτες. Oι ομάδες αυτές ήταν ανεμβολίαστα νεογνά < 2 μηνών καθώς και παιδιά Roma και μεταναστών, πιθανώς λόγω έλλειψης εμβολιασμού και χαμηλών κοινωνικοοικονομικών συνθηκών διαβίωσης. Κατά την περίοδο 2010 - 2015, δεν ανιχνεύθηκε καμία περίπτωση B. holmesii. Ο B. pertussis MT27 σε συνδυασμό με τον ptP3 γονότυπο είναι ο κυρίαρχος κλώνος που απαντάται μεταξύ νοσηλευόμενων Ελλήνων, Roma και μεταναστών. Τα αποτελέσματα αυτά είναι παρόμοια με άλλων χωρών που κάνουν χρήση του ακυτταρικού εμβολίου. Η γενετική ποικιλομορφία του μικροβίου είναι μικρή, λόγω της επιλεκτικής πίεσης που ασκούν σε αυτό τα ακυτταρικά εμβόλια, σε συνδυασμό με την υψηλή εμβολιαστική κάλυψη.

scholarly journals Quantitative determination of bone marrow transplant engraftment using fluorescent polymerase chain reaction primers for human identity markers

Blood ◽  
1995 ◽  
Vol 85 (7) ◽  
pp. 1954-1963 ◽  
Author(s):  
SJ Scharf ◽  
AG Smith ◽  
JA Hansen ◽  
C McFarland ◽  
HA Erlich
Keyword(s):  
Polymerase Chain Reaction ◽  
Tandem Repeat ◽  
Variable Number Tandem Repeat ◽  
Marrow Transplant ◽  
Host Cells ◽  
Mixed Chimerism ◽  
Chain Reaction ◽  
Standard Curve ◽  
Polymerase Chain ◽  
Fluorescent Polymerase Chain Reaction

We have developed a quantitative, nonisotopic method using variable number tandem repeat (VNTR) and short tandem repeat (STR) markers for monitoring donor cell engraftment in marrow transplant recipients. Posttransplant DNA from the recipient is amplified with fluorescent polymerase chain reaction (PCR) primers for polymorphic markers that distinguish donor alleles from recipient alleles. The fluorescent PCR products are then separated on agarose or acrylamide gels on the Applied Biosystems 373A Sequencer (Foster City, CA). Using GeneScan 672 software (Applied Biosystems) to analyze the separated alleles, we can correlate allele peak areas to the percentage of donor or recipient DNA. We quantitate engraftment in a mixed chimeric sample by mixing pretransplant recipient and donor DNAs in a range of percentages and amplifying the mixtures to produce a standard curve. By amplifying and analyzing the posttransplant sample DNA(s), we can determine the extent of engraftment by interpolating the percent peak area of the informative allele(s) from this standard curve. This approach provides a precision of measurement ranging, depending on the marker, from 3.5% to 8.0% (percent coefficient of variation) and an accuracy of engraftment determination ranging from 97% to 99%, with a sensitivity of detection of 1% donor or recipient DNA. We retrospectively analyzed a panel of 32 patients and found seven to be informative for some degree of mixed chimerism, indicative of either residual normal host cells or leukemic relapse. An analysis of different cell lineages obtained posttransplant showed different degrees of engraftment in myeloid and T-cell populations. In summary, this method can provide an accurate, quantitative assessment of mixed chimerism in patients posttransplant. Such information may be useful in the future in guiding early implementation of additional treatment designed to circumvent graft failure or suppress relapse.

Family studies and prenatal diagnosis in severe von Willebrand disease by polymerase chain reaction amplification of a variable number tandem repeat region of the von Willebrand factor gene

Blood ◽  
1990 ◽  
Vol 76 (3) ◽  
pp. 555-561 ◽  
Author(s):  
IR Peake ◽  
D Bowen ◽  
P Bignell ◽  
MB Liddell ◽  
JE Sadler ◽  
...  
Keyword(s):  
Polymerase Chain Reaction ◽  
Prenatal Diagnosis ◽  
Variable Number Tandem Repeat ◽  
Variable Number ◽  
Von Willebrand Disease ◽  
Repeat Region ◽  
Chain Reaction ◽  
Polymerase Chain ◽  
Von Willebrand ◽  
Willebrand Factor

Abstract We have previously demonstrated within intron 40 of the von Willebrand factor (vWF) gene a region of ATCT repeats that was shown to vary in length between two different DNA clones from unrelated individuals. The polymerase chain reaction (PCR) was used to examine the variability in length of this variable number tandem repeat (VNTR) in 53 normal individuals, using primers to DNA sequence flanking the repeat region. Overall, eight different length allelic bands were seen. These were individually sequenced and shown to contain from 6 to 14 ATCT repeats (a nine-repeat band was not seen). Seventy-five percent of individuals were shown to be heterozygous for this vWF.VNTR, and family studies showed Mendelian inheritance with allelic frequencies from 1% (vWF.VNTR [8] and vWF.VNTR [14]) to 39% (vWF.VNTR [7]). In the family of a patient with type III severe von Willebrand disease (vWD), vWF.VNTR results mirrored the phenotypic data and results with previously reported intragenic vWF restriction fragment length polymorphisms (RFLP). The patient was shown to be a compound heterozygote. In a family with a child with severe type III vWD, prenatal diagnosis by vWF.VNTR analysis on DNA obtained by chorionic villus sampling at 10 weeks gestation during a subsequent pregnancy indicated a severely affected fetus. This diagnosis was confirmed by fetal blood sampling at 18 weeks.

scholarly journals Family studies and prenatal diagnosis in severe von Willebrand disease by polymerase chain reaction amplification of a variable number tandem repeat region of the von Willebrand factor gene

Blood ◽  
1990 ◽  
Vol 76 (3) ◽  
pp. 555-561 ◽  
Author(s):  
IR Peake ◽  
D Bowen ◽  
P Bignell ◽  
MB Liddell ◽  
JE Sadler ◽  
...  
Keyword(s):  
Polymerase Chain Reaction ◽  
Prenatal Diagnosis ◽  
Variable Number Tandem Repeat ◽  
Variable Number ◽  
Von Willebrand Disease ◽  
Repeat Region ◽  
Chain Reaction ◽  
Polymerase Chain ◽  
Von Willebrand ◽  
Willebrand Factor

We have previously demonstrated within intron 40 of the von Willebrand factor (vWF) gene a region of ATCT repeats that was shown to vary in length between two different DNA clones from unrelated individuals. The polymerase chain reaction (PCR) was used to examine the variability in length of this variable number tandem repeat (VNTR) in 53 normal individuals, using primers to DNA sequence flanking the repeat region. Overall, eight different length allelic bands were seen. These were individually sequenced and shown to contain from 6 to 14 ATCT repeats (a nine-repeat band was not seen). Seventy-five percent of individuals were shown to be heterozygous for this vWF.VNTR, and family studies showed Mendelian inheritance with allelic frequencies from 1% (vWF.VNTR [8] and vWF.VNTR [14]) to 39% (vWF.VNTR [7]). In the family of a patient with type III severe von Willebrand disease (vWD), vWF.VNTR results mirrored the phenotypic data and results with previously reported intragenic vWF restriction fragment length polymorphisms (RFLP). The patient was shown to be a compound heterozygote. In a family with a child with severe type III vWD, prenatal diagnosis by vWF.VNTR analysis on DNA obtained by chorionic villus sampling at 10 weeks gestation during a subsequent pregnancy indicated a severely affected fetus. This diagnosis was confirmed by fetal blood sampling at 18 weeks.

Sign in / Sign up

Export Citation Format

Share Document