Multiple-locus variable-number tandem repeat analysis using multiplex polymerase chain reaction and next-generation sequencing - A novel high-throughput method for subtyping Listeria strains

Food Control ◽  
2018 ◽  
Vol 93 ◽  
pp. 235-240 ◽  
Author(s):  
Chirapiphat Phraephaisarn ◽  
Yurika Kitai ◽  
Rabuesak Khumthong ◽  
Hajime Takahashi ◽  
Chihiro Ohshima ◽  
...  
Keyword(s):  
Polymerase Chain Reaction ◽  
Next Generation Sequencing ◽  
Multiplex Polymerase Chain Reaction ◽  
Variable Number Tandem Repeat ◽  
Variable Number ◽  
Chain Reaction ◽  
Repeat Analysis ◽  
High Throughput Method ◽  
Polymerase Chain ◽  
Generation Sequencing

scholarly journals Επιδημιολογική και εργαστηριακή διερεύνηση του κοκκύτη στα παιδιά

2019 ◽  
Author(s):  
Ευαγγελία Πετρίδου
Keyword(s):  
Polymerase Chain Reaction ◽  
Real Time ◽  
Tandem Repeat ◽  
Variable Number Tandem Repeat ◽  
Variable Number ◽  
Chain Reaction ◽  
Repeat Analysis ◽  
Mlva Type ◽  
Promotor Region ◽  
Polymerase Chain

ΠΕΡΙΛΗΨΗ Ο κοκκύτης είναι μια εξαιρετικά μεταδοτική λοίμωξη του αναπνευστικού, η οποία οφείλεται κυρίως στην B. pertussis. Παρά τη μακροχρόνια εφαρμογή προγραμμάτων εμβολιασμού στις αναπτυγμένες χώρες, η λοίμωξη από B. pertussis έχει αναζωπυρωθεί από τις αρχές του 21ου αιώνα. Πιθανά αίτια για την εν λόγω επανεμφάνιση αποτελούν η βελτίωση της επιτήρησης και της διάγνωσης της λοίμωξης, η φθίνουσα ανοσία, η ποικίλη αποτελεσματικότητα των ακυτταρικών εμβολίων, αλλά και η προσαρμογή του βακτηριδίου στην επαγόμενη από το εμβόλιο ανοσία. Σκοπός: Σκοπός της μελέτης ήταν η διερεύνηση της επιδημιολογικής συμπεριφοράς του κοκκύτη καθώς και η μοριακή τυποποίηση της B. pertussis με σύγχρονες τεχνικές στην πενταετία 2010 - 2015, χρονική περίοδο όπου ο εμβολιασμός στη χώρα μας για τη νόσο ήταν υποχρεωτικός και η εμβολιαστική κάλυψη υψηλή. Ασθενείς - Μέθοδοι: Η διάγνωση και η μοριακή τυποποίηση της B. pertussis έγινε σε ρινοφαρυγγικά δείγματα παιδιών, που νοσηλεύτηκαν στο Γενικό Νοσοκομείο Παίδων ‘Η Αγία Σοφία’ κατά την περίοδο 2010 - 2015. Με την real - time Polymerase Chain Reaction (PCR) ανιχνεύθηκαν οι DNA στόχοι IS481 / IS1001 / recA των B. pertussis / parapertussis / holmesii αντίστοιχα. Ο πολυμορφισμός της B. pertussis μελετήθηκε με multi - locus variable number tandem repeat analysis (MLVA) και με sequence - based typing της toxin promotor region (ptP) σε DNA θετικών δειγμάτων. Αποτελέσματα: Από τα 1150 δείγματα στα οποία διενεργήθηκε PCR, 300 ήταν θετικά για B. pertussis, 32 για B. parapertussis, ενώ κανένα δεν ήταν θετικό για B. holmesii. Το 88% των θετικών περιπτώσεων για B. pertussis ήταν νεογνά μικρότερα του ενός έτους και μόνο 12% ήταν μεταξύ 1 - 14 ετών. Η πλειονότητα των παιδιών ελληνικής εθνικότητας ήταν μικρότερα των 2 μηνών, μην έχοντας φτάσει την ηλικία εμβολιασμού, όπως ορίζεται από το Εθνικό Σύστημα Δημόσιας Υγείας της χώρας μας. Οι μειονότητες των Roma και των μεταναστών αντιπροσωπεύουν ένα μικρό ποσοστό του πληθυσμού της χώρας μας αλλά αποτέλεσαν το 50% του εξετασθέντος πληθυσμού της μελέτης μας. Και οι δύο ομάδες χαρακτηρίζονταν από χαμηλό δείκτη εμβολιαστικής κάλυψης. Ένα ολοκληρωμένο MLVA προφίλ έδωσαν 66 από τα 153 δείγματα που αναλύθηκαν. Ο B. pertussis MLVA type 27 (MT27) (n = 55/66) ήταν ο κυρίαρχος γενετικός τύπος. Το αλλήλιο ptP3 βρέθηκε σε όλα τα δείγματα που εξετάστηκαν με ptP sequencing (n = 25). Συμπεράσματα: H B. pertussis προσβάλλει με μεγάλη συχνότητα ηλικιακές και πληθυσμιακές ομάδες που είναι εμβολιαστικά ακάλυπτες. Oι ομάδες αυτές ήταν ανεμβολίαστα νεογνά < 2 μηνών καθώς και παιδιά Roma και μεταναστών, πιθανώς λόγω έλλειψης εμβολιασμού και χαμηλών κοινωνικοοικονομικών συνθηκών διαβίωσης. Κατά την περίοδο 2010 - 2015, δεν ανιχνεύθηκε καμία περίπτωση B. holmesii. Ο B. pertussis MT27 σε συνδυασμό με τον ptP3 γονότυπο είναι ο κυρίαρχος κλώνος που απαντάται μεταξύ νοσηλευόμενων Ελλήνων, Roma και μεταναστών. Τα αποτελέσματα αυτά είναι παρόμοια με άλλων χωρών που κάνουν χρήση του ακυτταρικού εμβολίου. Η γενετική ποικιλομορφία του μικροβίου είναι μικρή, λόγω της επιλεκτικής πίεσης που ασκούν σε αυτό τα ακυτταρικά εμβόλια, σε συνδυασμό με την υψηλή εμβολιαστική κάλυψη.

scholarly journals Predominance of Dystrophinopathy Genotypes in Mexican Male Patients Presenting as Muscular Dystrophy with A Normal Multiplex Polymerase Chain Reaction DMD Gene Result: A Study Including Targeted Next-Generation Sequencing

Genes ◽  
2019 ◽  
Vol 10 (11) ◽  
pp. 856 ◽  
Author(s):  
Miguel Angel Alcántara-Ortigoza ◽  
Miriam Erandi Reyna-Fabián ◽  
Ariadna González-del Angel ◽  
Bernardette Estandia-Ortega ◽  
Cesárea Bermúdez-López ◽  
...  
Keyword(s):  
Polymerase Chain Reaction ◽  
Next Generation Sequencing ◽  
Muscular Dystrophy ◽  
Multiplex Polymerase Chain Reaction ◽  
Pediatric Age ◽  
Chain Reaction ◽  
Male Patients ◽  
Polymerase Chain ◽  
Dmd Gene ◽  
Generation Sequencing

The complete mutational spectrum of dystrophinopathies and limb-girdle muscular dystrophy (LGMD) remains unknown in Mexican population. Seventy-two unrelated Mexican male patients (73% of pediatric age) with clinical suspicion of muscular dystrophy and no evidence of DMD gene deletion on multiplex polymerase chain reaction (mPCR) analysis were analyzed by multiplex ligation-dependent probe amplification (MLPA). Those with a normal result were subjected to Sanger sequencing or to next-generation sequencing for DMD plus 10 selected LGMD-related genes. We achieved a diagnostic genotype in 80.5% (n = 58/72) of patients with predominance of dystrophinopathy-linked genotypes (68%, n = 49/72), followed by autosomal recessive LGMD-related genotypes (types 2A-R1, 2C-R5, 2E-R4, 2D-R3 and 2I-R9; 12.5%, n = 9/72). MLPA showed 4.2% of false-negatives for DMD deletions assessed by mPCR. Among the small DMD variants, 96.5% (n = 28/29) corresponded to null-alleles, most of which (72%) were inherited through a carrier mother. The FKRP p.[Leu276Ile]; [Asn463Asp] genotype is reported for the first time in Mexican patients as being associated with dilated cardiomyopathy. Absence of dysferlinopathies could be related to the small sample size and/or the predominantly pediatric age of patients. The employed strategy seems to be an affordable diagnosis approach for Mexican muscular dystrophy male patients and their families.

Next-generation sequencing ofHLA-Gbased on long-range polymerase chain reaction

HLA ◽  
2018 ◽  
Vol 92 (3) ◽  
pp. 144-153 ◽  
Author(s):  
L. L. Nilsson ◽  
T. Funck ◽  
N. D. Kjersgaard ◽  
T. V. F. Hviid
Keyword(s):  
Polymerase Chain Reaction ◽  
Next Generation Sequencing ◽  
Long Range ◽  
Next Generation ◽  
Chain Reaction ◽  
Polymerase Chain ◽  
Generation Sequencing

scholarly journals Targeted polymerase chain reaction-based enrichment and next generation sequencing for diagnostic testing of congenital disorders of glycosylation

2011 ◽  
Vol 13 (11) ◽  
pp. 921-932 ◽  
Author(s):  
Melanie A. Jones ◽  
Shruti Bhide ◽  
Ephrem Chin ◽  
Bobby G. Ng ◽  
Devin Rhodenizer ◽  
...  
Keyword(s):  
Polymerase Chain Reaction ◽  
Next Generation Sequencing ◽  
Diagnostic Testing ◽  
Congenital Disorders ◽  
Congenital Disorders Of Glycosylation ◽  
Next Generation ◽  
Chain Reaction ◽  
Polymerase Chain ◽  
Generation Sequencing

Polymerase Chain Reaction-Free Variable-Number Tandem Repeat Typing Using Gold Nanoparticle–DNA Monoconjugates

ACS Nano ◽  
2013 ◽  
Vol 7 (3) ◽  
pp. 2627-2633 ◽  
Author(s):  
Jong Young Choi ◽  
Yong Tae Kim ◽  
Tae Seok Seo
Keyword(s):  
Polymerase Chain Reaction ◽  
Gold Nanoparticle ◽  
Tandem Repeat ◽  
Variable Number Tandem Repeat ◽  
Free Variable ◽  
Variable Number ◽  
Chain Reaction ◽  
Polymerase Chain

P135 Determination of the whole HLA-DQB1 ∗ 06:37 sequence by the combination of long range polymerase chain reaction, next generation sequencing and phasing

2016 ◽  
Vol 77 ◽  
pp. 137
Author(s):  
Marco Schäfer ◽  
Wolfgang Peter ◽  
Anna-Lena Hansen ◽  
Uwe Kordes ◽  
Hartmut Kabisch ◽  
...  
Keyword(s):  
Polymerase Chain Reaction ◽  
Next Generation Sequencing ◽  
Long Range ◽  
Next Generation ◽  
Chain Reaction ◽  
Polymerase Chain ◽  
Generation Sequencing
Sign in / Sign up

Export Citation Format

Share Document