scholarly journals Utilization of a SARS-CoV-2 Variant Assay for the Rapid Differentiation of Omicron and Delta

2021 ◽  
Author(s):  
Nicholas Jacob Barasch ◽  
James Iqbal ◽  
Marvin Coombs ◽  
Sofia Kazi ◽  
Jessica Wang-Rodriguez ◽  
...  
Keyword(s):  
Next Generation Sequencing ◽  
Severe Acute Respiratory Syndrome ◽  
Therapeutic Intervention ◽  
Next Generation ◽  
Rt Pcr ◽  
Pcr Assay ◽  
Spike Gene ◽  
Next Generation Sequencing Ngs ◽  
Generation Sequencing

The emergence of the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) Omicron variant (B.1.1.529), creates a diagnostic vacuum, since differentiation of Omicron from Delta relies on relatively slow next generation sequencing (NGS) technology delaying epidemiologic understanding and therapeutic intervention. The RUO SARS-CoV-2 Variant Set 1 Test (RSCov2V1) RT-PCR for detection of spike gene N501Y, E484K and del69-70 was designed to differentiate Alpha from Beta and Gamma variants. While Delta lacks these three variants, Omicron has the N501Y and del69-70 mutation. We submitted 88 samples for RSCov2V1 identifying 9 samples with the N501Y and del69-70 mutations while all other samples (79) were negative for all three variants. 9/9 samples with the del69-70 and N501Y were identified by NGS to be Omicron while 47/47 other samples assessed by NGS were confirmed to be Delta family variants. We demonstrate here that an immediately available RT-PCR assay for detection of spike gene N501Y and del69-70 can be utilized to rapidly differentiate Omicron from Delta variants in the proper epidemiologic context

scholarly journals SARS-CoV-2 as a Trigger in the Development of Tourette’s-Like Symptoms: A Case Report

2021 ◽  
Author(s):  
Sabine Hazan ◽  
Sheldon Jordan
Keyword(s):  
Case Report ◽  
Next Generation Sequencing ◽  
Gut Microbiota ◽  
Dramatic Improvement ◽  
Next Generation ◽  
Rt Pcr ◽  
Gastrointestinal Microbiota ◽  
Next Generation Sequencing Ngs ◽  
The Impact ◽  
Generation Sequencing

Abstract Background: Reports have been surfacing surrounding CNS-associated symptoms in individuals affected by coronavirus disease 19 (COVID-19). Tourette syndrome is a neuropsychiatric disorder with usual onset in childhood. Gut microbiota can affect central physiology and function via the microbiota-gut-brain axis. The authors of this case report describe Tourette’s-like symptoms in a patient resulting from severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) infection disrupting gut microbiota. Case Presentation: This case involves a 16-year-old female that developed acute onset Tourette’s-like symptoms along with neuropsychiatric symptoms after exposure to and infection from SARS-CoV-2. The patient had negative nasopharyngeal (NP) real-time reverse transcription-PCR (RT-PCR) tests for SARS-CoV-2 on five occasions from August of 2020 through June of 2021. The patient’s symptoms continued to worsen over the next six months until next-generation sequencing (NGS) revealed SARS-CoV-2 in her stool. Her treatment was adjusted as NGS revealed SARS-CoV-2 in her stool. Repair of the gastrointestinal microbiota, treatment with nutraceutical and pharmaceutical agents, as well as alterations in her surroundings resulted in dramatic improvement in the microbiome and a significant reduction of symptoms.Discussion: The use of (RT-PCR) testing to determine the presence or absence of SARS-CoV-2 may be inadequate and inaccurate for individuals that have been exposed to the virus. In addition, the impact of SARS-CoV-2 infection of the GI tract may cause significant havoc in the gut microbiota. Additional testing, eradication of infectious agents, as well as restoration of the gut microbiome are needed to effectively manage and treat this condition. The patient’s symptoms worsened over the next six months until next-generation sequencing (NGS) revealed SARS-CoV-2 in her stool and her treatment was adjusted. Treatment with nutraceuticals and alterations in her surroundings was followed by a more normal microbiome and a dramatic reduction in symptoms.

scholarly journals Μοριακός χαρακτηρισμός, μελέτη των εξελικτικών σχέσεων και ανίχνευση ιών της οικογένειας Closteroviridae που σχετίζονται με την ασθένεια μικροκαρπίας της κερασιάς

2015 ◽  
Author(s):  
Ασημίνα Κατσιάνη
Keyword(s):  
Next Generation Sequencing ◽  
Real Time ◽  
Next Generation ◽  
Rt Pcr ◽  
Next Generation Sequencing Ngs ◽  
Generation Sequencing

Στόχος της παρούσας εργασίας ήταν η διερεύνηση της παρουσίας της ασθένειας της μικροκαρπίας της κερασιάς (LChD) στην Ελλάδα και ο χαρακτηρισμός των ιών που σχετίζονται με αυτήν. Για το σκοπό αυτό πραγματοποιήθηκε επισκόπηση οπωρώνων κερασιάς και άλλων ειδών πυρηνοκάρπων για την παρουσία των Little cherry virus 1 και -2 (LChV-1 και -2). Στην περίπτωση του LChV-1, οι διαθέσιμες στη βιβλιογραφία δοκιμές RT-PCR παρουσίασαν περιορισμένη ευαισθησία ανίχνευσης και για το λόγο αυτό αναπτύχθηκε μία νέα εστιασμένη RT-PCR δοκιμή η οποία και χρησιμοποιήθηκε για την ανίχνευση του ιού στο φυτικό υλικό που συλλέχθηκε. Κατά τον έλεγχο δεν διαπιστώθηκε η παρουσία του LChV-2 σε κερασιά και βυσσινιά. Αντίθετα, ο LChV-1 είναι αρκετά διαδεδομένος στην κερασιά, ενώ ανιχνεύθηκε για πρώτη φορά στην Ελλάδα σε βυσσινιά, δαμασκηνιά και ροδακινιά. Επιπλέον, μελετήθηκε η γενετική διαφοροποίηση του LChV-1 και προσδιορίστηκαν οι εξελικτικοί μηχανισμοί που διαμορφώνουν τη δομή του πληθυσμού του. Για το σκοπό αυτό συλλέχτηκαν απομονώσεις από διάφορους ξενιστές και περιοχές της Ελλάδος και προσδιορίστηκαν οι αλληλουχίες τμημάτων των γονιδίων RdRp, HSP70h και CP. Οι φυλογενετικές αναλύσεις των περιοχών αυτών κατέταξαν τις Ελληνικές και τις κατατεθειμένες απομονώσεις σε τέσσερις διακριτούς κλάδους ανεξάρτητα από τον ξενιστή ή τη γεωγραφική τους προέλευση. Περαιτέρω ανάλυση θετικής επιλογής με τον υπολογισμό της αναλογίας των μη-συνώνυμων αντικαταστάσεων ανά μη-συνώνυμη θέση (dN) προς τις συνώνυμες αντικαταστάσεις ανά συνώνυμη θέση (dS) έδειξε ότι οι τρεις γονιδιακές περιοχές που μελετήθηκαν υπόκεινται σε ισχυρή πίεση αρνητικής επιλογής. Επιπλέον, προσδιορίστηκε ένα σημείο ανασυνδυασμού στο 3΄ άκρο της RdRp μίας Ελληνικής απομόνωσης (Νο2 ISTO). Μία εκ των απομονώσεων του LChV-1 (G15 3) ήταν γενετικά απομακρυσμένη και στα τρία γονίδια που μελετήθηκαν και επιλέχθηκε να χαρακτηριστεί μοριακά με την πλατφόρμα αλληλούχησης νέας γενιάς (Next Generation Sequencing, NGS). Η συγκριτική ανάλυση της αλληλουχίας της έδειξε ότι η νέα απομόνωση είναι αρκετά διαφοροποιημένη από τις ήδη γνωστές με την παραλλακτικότητα σε νουκλεοτίδια στο σύνολο του γονιδιώματος της να κυμαίνεται από 26-27%, ενώ παρατηρήθηκαν σε σημαντικό αριθμό θέσεων πολυμορφισμοί τύπου προσθήκης ή/και απαλοιφής. Επιπλέον, προσδιορίστηκε τμήμα μήκους 10.794 νουκλεοτιδίων της αλληλουχίας μίας ακόμη διαφοροποιημένης Ελληνικής απομόνωσης (GR), η οποία παρουσίασε υψηλή εξελικτική συγγένεια με μία δημοσιευμένη απομόνωση. Στις απομονώσεις G15 3 και GR παρατηρήθηκε πολυμορφισμός στις ίδιες ακριβώς θέσεις μέσα στα ΑΠΑ που ενδέχεται να επηρεάζουν το μέγεθος των κωδικοποιούμενων πρωτεϊνών p4, HSP70h και CPm με πρόωρο τερματισμό της έκφρασής τους. Επιπλέον, αναπτύχθηκε μία δοκιμή πραγματικού χρόνου αντίστροφης μεταγραφής-αλυσιδωτής αντίδρασης της πολυμεράσης (Real Time RT-qPCR) για την αξιόπιστη ανίχνευση και τον ποσοτικό προσδιορισμό του LChV-1. Για το σκοπό αυτό σχεδιάστηκαν εξειδικευμένοι εκκινητές και ιχνηλάτης Taqman από συντηρημένες περιοχές του γονιδίου της καψιδιακής πρωτεΐνης (CP) και το εύρος ανίχνευσής τους αξιολογήθηκε με τη χρήση γενετικά διαφοροποιημένων απομονώσεων του ιού. Η απόδοση της αντίδρασης που αναπτύχθηκε ήταν 96,7%, ενώ το δυναμικό εύρος του ποσοτικού προσδιορισμού της ήταν 100-108 αντίγραφα RNA. Η μέθοδος αυτή εφαρμόστηκε για τη μελέτη της διακύμανσης της συγκέντρωσης του ιού στη διάρκεια του έτους σε βλαστό και φύλλα και προσδιορίστηκαν οι καταλληλότερες περίοδοι και φυτικοί ιστοί για δειγματοληψία.

scholarly journals SARS-CoV-2 NO ESGOTO: MÉTODOS DE DETECÇÃO E TRATAMENTO

2020 ◽  
Vol 6 (1) ◽  
pp. 15-22
Author(s):  
André Diego Da Silva Ferreira ◽  
Caroline Pereira Pimentel ◽  
Alexia Moscon ◽  
Thais Neves Curty ◽  
MARIANGELA DUTRA DE OLIVEIRA
Keyword(s):  
Next Generation Sequencing ◽  
Next Generation ◽  
Rt Pcr ◽  
Next Generation Sequencing Ngs ◽  
Generation Sequencing

O final do ano de 2019 ficou marcado pelo surgimento do novo coronavírus humano: o SARS-CoV-2, vírus que causa a doença COVID-19. Pacientes que são diagnosticados com a COVID-19 contêm em suas fezes o RNA viral, indicando um alerta da possibilidade de transmissão fecal-oral. Este trabalho tem como objetivo avaliar o impacto do SARS-CoV-2 no meio ambiente (recursos hídricos) e no saneamento. O estudo é uma revisão sistemática sobre o tema, baseado em dezessete documentos técnico-científicos de maior origem da China, como língua base o inglês, explicitando a importância de um maior número de publicações em português. Salienta-se que a maioria das pesquisas apresenta como formas de identificação da carga viral a técnica Transcrição Reversa – Reação em cadeia da Polimerase (RT-PCR) e a Next Generation Sequencing (NGS), sendo a primeira a mais empregada. Quanto à forma de desinfecção, observou-se a utilização de hipocloritos e ultravioleta (UV), sendo esta última amplamente utilizada em estações de tratamento de esgoto brasileiras. Os estudos ainda acendem um alerta para a possibilidade de contaminação das pessoas em regiões onde o nível de saneamento é muito baixo.

Initial Next-Generation Sequencing (NGS) Results of Alport Syndrome

2019 ◽  
Author(s):  
Altuğ Koç ◽  
Elçin Bora ◽  
Tayfun Cinleti ◽  
Gizem Yıldız ◽  
Meral Torun Bayram ◽  
...  
Keyword(s):  
Next Generation Sequencing ◽  
Alport Syndrome ◽  
Next Generation ◽  
Next Generation Sequencing Ngs ◽  
Generation Sequencing

The applications of next-generation sequencing (NGS) in drug development for cancer therapy

2020 ◽  
Vol 16 ◽  
Author(s):  
Pelin Telkoparan-Akillilar ◽  
Dilek Cevik
Keyword(s):  
Next Generation Sequencing ◽  
Drug Discovery ◽  
Cancer Therapy ◽  
Target Identification ◽  
Rapid Development ◽  
Next Generation ◽  
Biomedical Sciences ◽  
Dna And Rna ◽  
Next Generation Sequencing Ngs ◽  
Generation Sequencing

Background: Numerous sequencing techniques have been progressed since the 1960s with the rapid development of molecular biology studies focusing on DNA and RNA. Methods: a great number of articles, book chapters, websites are reviewed, and the studies covering NGS history, technology and applications to cancer therapy are included in the present article. Results: High throughput next-generation sequencing (NGS) technologies offer many advantages over classical Sanger sequencing with decreasing cost per base and increasing sequencing efficiency. NGS technologies are combined with bioinformatics software to sequence genomes to be used in diagnostics, transcriptomics, epidemiologic and clinical trials in biomedical sciences. The NGS technology has also been successfully used in drug discovery for the treatment of different cancer types. Conclusion: This review focuses on current and potential applications of NGS in various stages of drug discovery process, from target identification through to personalized medicine.

Sign in / Sign up

Export Citation Format

Share Document