scholarly journals Differential distribution of a SINE element in the Entamoeba histolytica and Entamoeba dispar genomes: Role of the LINE-encoded endonuclease

BMC Genomics ◽  
2011 ◽  
Vol 12 (1) ◽  
Author(s):  
Vandana Kumari ◽  
Rahul Sharma ◽  
Vijay P Yadav ◽  
Abhishek K Gupta ◽  
Alok Bhattacharya ◽  
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2009 ◽  
Vol 3 (4) ◽  
pp. e415 ◽  
Author(s):  
Paul H. Davis ◽  
Minghe Chen ◽  
Xiaochun Zhang ◽  
C. Graham Clark ◽  
R. Reid Townsend ◽  
...  

2007 ◽  
Vol 6 (6) ◽  
pp. 940-948 ◽  
Author(s):  
Carrie A. Davis ◽  
Michael P. S. Brown ◽  
Upinder Singh

ABSTRACT Pre-mRNA splicing is essential to ensure accurate expression of many genes in eukaryotic organisms. In Entamoeba histolytica, a deep-branching eukaryote, approximately 30% of the annotated genes are predicted to contain introns; however, the accuracy of these predictions has not been tested. In this study, we mined an expressed sequence tag (EST) library representing 7% of amoebic genes and found evidence supporting splicing of 60% of the testable intron predictions, the majority of which contain a GUUUGU 5′ splice site and a UAG 3′ splice site. Additionally, we identified several splice site misannotations, evidence for the existence of 30 novel introns in previously annotated genes, and identified novel genes through uncovering their spliced ESTs. Finally, we provided molecular evidence for the E. histolytica U2, U4, and U5 snRNAs. These data lay the foundation for further dissection of the role of RNA processing in E. histolytica gene expression.


2009 ◽  
Vol 25 (1) ◽  
pp. 151-159 ◽  
Author(s):  
Zulbey Rivero ◽  
Ángela Bracho ◽  
Marinella Calchi ◽  
Iris Díaz ◽  
Ellen Acurero ◽  
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La identificación diferencial de Entamoeba histolytica y Entamoeba dispar es esencial para un tratamiento adecuado del paciente y con fines epidemiológicos. Para determinar la prevalencia de E. histolytica y E. dispar se estandarizó y aplicó un ensayo de PCR, utilizando oligonucleótidos específicos para cada especie. 204 muestras de heces de individuos de la comunidad de Santa Rosa de Agua (Municipio Maracaibo, Estado Zulia, Venezuela), fueron analizadas a través del examen directo con SSF (0,85%) y lugol, concentrado de formol-éter y PCR. Al examen microscópico, 42 individuos (20,58%) presentaron formas evolutivas del complejo E. histolytica/E. dispar; mientras que la técnica de PCR evidenció un total de 47 casos positivos a estas amibas; de los cuales 22 eran portadores de E. histolytica (10,78%), 16 (7,84%) de E. dispar y 9 (4,41%) presentaron infección mixta. No hubo diferencia significativa al relacionar las variables sexo y presencia de E. histolytica y/o E. dispar, ni con los grupos etarios. No existieron casos de estas amibas, en los menores de 2 años. La frecuencia observada de E. histolytica (31/204), demuestra el carácter endémico de la amibiasis en esta comunidad.


Infection ◽  
2011 ◽  
Vol 39 (6) ◽  
pp. 527-535 ◽  
Author(s):  
K.-H. Herbinger ◽  
E. Fleischmann ◽  
C. Weber ◽  
P. Perona ◽  
T. Löscher ◽  
...  

2012 ◽  
Vol 140 (4) ◽  
pp. 476-483 ◽  
Author(s):  
Omaira Y López ◽  
Myriam C López ◽  
Vladimir Corredor ◽  
M. Clara Echeverri ◽  
Análida E Pinilla

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