scholarly journals Ανάπτυξη και εφαρμογή μοριακών μεθόδων στη γενετική ταυτοποίηση ειδών και τροφίμων ζωικής παραγωγής

2021 ◽  
Author(s):  
Στυλιανή Μηνούδη
Keyword(s):  
Real Time ◽  
Dna Barcoding ◽  
Real Time Pcr ◽  
Limanda Aspera

Στην παρούσα διδακτορική διατριβή αναπτύχθηκαν και επικυρώθηκαν μέθοδοι για την ταυτοποίηση ζωικών ειδών και των προϊόντων τους. Αποτελεί την πιο εκτεταμένη γενετική ανάλυση της αυθεντικότητας των τροφίμων στην Ελληνική αγορά, επιλέγοντας δύο από τις κυριότερες κατηγορίες τροφίμων, τα προϊόντα κρέατος και τα ιχθυηρά και ακολουθώντας και τις κατευθυντήριες γραμμές της ΕΕ μετά το διατροφικό σκάνδαλο του 2013. Έτσι, για την ταυτοποίηση ειδών κρέατος χρησιμοποιήθηκαν ειδο-ειδικές προσεγγίσεις απλής και real-time PCR, οι οποίες εφαρμόστηκαν σε 100 εμπορικά προϊόντα. Το ποσοστό νοθείας που υπολογίστηκε ήταν 11%. Επιπλέον, σε πολλές περιπτώσεις ανιχνεύτηκαν αδήλωτα είδη σε μικρές ποσότητες (<1%) και δεν συμπεριλήφθηκαν στις περιπτώσεις νοθείας (Σύσταση ΕΕ 2014/180). Η ανίχνευση αυτών των μη δηλωμένων ειδών οφείλεται πιθανόν στον μη επαρκή καθαρισμό του εξοπλισμού κατά την παραγωγή των προϊόντων. DNA αλόγου δεν ανιχνεύτηκε σε κανένα προϊόν, ούτε σε πολύ μικρές ποσότητες, υποδεικνύοντας συμμόρφωση της αγοράς μετά το διατροφικό σκάνδαλο του 2013. Για πρώτη φορά γίνεται εκτεταμένος έλεγχος της ορθότητας στην ποσοτική δήλωση της ετικέτας με DNA αναλύσεις. Βρέθηκε ότι τα αναγραφόμενα ποσοστά σύστασης ενός είδους συμφωνούσαν με τα αποτελέσματα της παρούσης εργασίας σε μικρό αριθμό δειγμάτων. Τέλος, παρατηρήθηκε ότι κάποιες εταιρείες είναι περισσότερο συμμορφούμενες, σε σχέση με κάποιες άλλες. Για τον έλεγχο της ακριβούς επισήμανσης στη δεύτερη βασική κατηγορία τροφίμων που επιλέχτηκε, τα ιχθυηρά χρησιμοποιήθηκε η τεχνική DNA barcoding. Η τεχνική αυτή εφαρμόστηκε σε 332 εμπορικά προϊόντα ιχθυηρών από την Ελλάδα (285) και τη Βουλγαρία (47). Το ποσοστό παραπλανητικής επισήμανσης που καταγράφηκε στην ελληνική αγορά τα έτη 2015-2018, ήταν 12,9%. Οι συνεχόμενοι έλεγχοι φαίνεται να είχαν αποτέλεσμα, καθώς το 2018 παρατηρήθηκε το μικρότερο ποσοστό αντικατάστασης (4,7%). Οι πιο κοινές περιπτώσεις παραπλανητικής επισήμανσης είναι αυτή της αντικατάστασης του είδους Limanda aspera από το είδος Lepidopsetta polyxystra και οι υποκαταστάσεις μεταξύ των ειδών του γένους Merluccius. Κάποιες περιπτώσεις αντικατάστασης ειδών φαίνεται να έχουν οικονομικό κίνητρο, ενώ κάποιες άλλες οφείλονται σε κοινά μορφολογικά χαρακτηριστικά, ή σε περιπτώσεις μικτής αλιείας. Το ποσοστό παραπλανητικής επισήμανσης στην αγορά της Βουλγαρίας ήταν της τάξης του 4,7%. Η ταυτοποίηση ειδών εκτός από την αυθεντικότητα των τροφίμων είναι σημαντική και για την προστασία και τη διαχείριση των οικοσυστημάτων. Για αυτό το λόγο η μέθοδος DNA barcoding που αναπτύχθηκε χρησιμοποιήθηκε και για την ταυτοποίηση εισβολικών ειδών ιχθυηρών, σε δύο περιπτώσεις, το οποίο ήταν σημαντικό για τη λήψη αποφάσεων όσον αφορά τη διαχείριση αυτών των ειδών στην εκάστοτε περιοχή. Η πρώτη περίπτωση αφορούσε την ταυτοποίηση ενός ατόμου που ανήκει στο είδος P. miles και η συγκεκριμένη καταγραφή του είδους, αποτελεί τη βορειότερη επέκταση του είδους στη Μεσόγειο. Η δεύτερη περίπτωση αφορούσε την ταυτοποίηση ατόμων από δύο διαφορετικές περιοχές στην πολιτεία του Κοννέκτικατ, ανιχνεύοντας την παρουσία του εισβολικού είδους C. immaculatus. Η παρούσα διατριβή συντελεί στην ενδυνάμωση του πεδίου των αναγνωρισμένων επαγγελματικών δικαιωμάτων των βιολόγων όσον αφορά τις αναλύσεις τροφίμων. Η νομοθεσία σε συνδυασμό με την ολοένα και αυξανόμενη απαίτηση για διαφάνεια στον τομέα των τροφίμων φαίνεται να καθιστούν τις γενετικές αναλύσεις αναγκαίες. Οι συγκεκριμένες μέθοδοι, όπως αποδείχτηκε, μπορούν να χρησιμοποιηθούν για την ταυτοποίηση ειδών με σημαντικές εφαρμογές.

Molecular identification of dried squid products sold in China using DNA barcoding and SYBR green real time PCR

2020 ◽  
Vol 37 (7) ◽  
pp. 1061-1074
Author(s):  
Rongzhen Shi ◽  
Manhong Huang ◽  
Jing Wang ◽  
Chuhan He ◽  
Xiaoguo Ying ◽  
...  
Keyword(s):  
Real Time ◽  
Dna Barcoding ◽  
Molecular Identification ◽  
Real Time Pcr ◽  
Sybr Green

Real-Time PCR Quantification of Chloroplast DNA Supports DNA Barcoding of Plant Species

2016 ◽  
Vol 58 (3) ◽  
pp. 212-219 ◽  
Author(s):  
Hitomi S. Kikkawa ◽  
Kouichiro Tsuge ◽  
Ritsuko Sugita
Keyword(s):  
Chloroplast Dna ◽  
Real Time ◽  
Dna Barcoding ◽  
Plant Species ◽  
Real Time Pcr

scholarly journals SNP Typing Using Multiplex Real-Time PCR Assay for Species Identification of Forensically Important Blowflies and Fleshflies Collected in South Korea (Diptera: Calliphoridae and Sarcophagidae)

2019 ◽  
Vol 2019 ◽  
pp. 1-11 ◽  
Author(s):  
Hari Jang ◽  
Sang Eon Shin ◽  
Kwang soo Ko ◽  
Seong Hwan Park
Keyword(s):  
South Korea ◽  
Real Time ◽  
Dna Barcoding ◽  
Real Time Pcr ◽  
Coi Gene ◽  
Nucleotide Sequencing ◽  
Morphological Identification ◽  
Growth Data ◽  
Important Species ◽  
Species Specific

Medicolegal entomology—a subfield of forensic entomology—is mainly used in medicolegal investigations to estimate the postmortem interval (PMI). The minimum PMI of a corpse invaded by necrophagous immature insects can be estimated because the PMI is near to or earlier than the oviposition time of the larvae that hatched and fed on the corpse. As the growth speeds of larvae differ depending on temperature and species, species-specific growth data are used to estimate the minimum PMI. While morphological identification of adult necrophagous flies can be done by a well-trained entomologist, identification of larvae is relatively difficult. Larvae can only be identified up to the family level and developmental stage by observing the posterior spiracles. For these reasons, the molecular biology method of DNA barcoding has been developed. DNA barcoding that targets the mitochondrial cytochrome c oxidase subunit I (COI) gene is commonly used. COI sequences are currently acquired using polymerase chain reaction (PCR) and Sanger sequencing, which are too time-consuming and complex for practical use in medicolegal investigations. To compensate for these limitations and facilitate the use of entomology for medicolegal investigation, we designed a multiplex real-time PCR system to identify nineteen forensically important species of Calliphoridae and Sarcophagidae flies collected in South Korea. In contrast to the Sanger nucleotide sequencing process, this technology only requires a one-step real-time PCR with melt curve analysis of amplicons generated by primers targeting species-specific single nucleotide polymorphisms (SNPs). Multiplex real-time PCR was performed for twelve species of Calliphoridae (four reactions) and for seven species of Sarcophagidae (three reactions). This assay is expected to make it easier and faster for investigating authorities to identify major species of necrophagous flies at beginning of investigation and to increase the utilization of entomological evidence in forensic investigations.

scholarly journals Identification of plant materials containing ephedrine alkaloids based on DNA barcoding and TaqMan real-time PCR assay

2021 ◽  
Vol 43 (11) ◽  
Author(s):  
Yaqin Zheng ◽  
Han Gao ◽  
Ming Song ◽  
Yunhan Lin ◽  
Jiajia Fan ◽  
...  
Keyword(s):  
Real Time ◽  
Dna Barcoding ◽  
Real Time Pcr ◽  
Sequence Comparison ◽  
Internal Transcribed Spacer ◽  
Its2 Region ◽  
Neighbor Joining ◽  
Pcr Assay ◽  
Plant Materials ◽  
Target Dna

AbstractAn intentional or inadvertent mixing of plant materials containing ephedrine alkaloids, especially Ephedra, is illegal. In order to better detect plant materials containing ephedrine alkaloids in export and smuggling, DNA barcoding combined with a TaqMan real-time PCR-based assay were used in this study. We collected 201 samples from 18 species belonging to four genera distributed in three families to amplify two barcoding markers, internal transcribed spacer 2 (ITS2) and psbA-trnH. 175 ITS2 sequences and 136 psbA-trnH sequences were obtained. Alignments and the neighbor-joining tree indicated that ITS2 showed a better discrimination of species than psbA-trnH. In addition, based on the sequence comparison of the ITS2 region from 18 species, three sets of primer/probes were designed using the real-time PCR assay platform. A sensitivity test showed the above primer/probe sets were specific and sensitive (as little as 0.0050 ng/μL target DNA) to identify species containing ephedrine alkaloids. Hence, the combination of novel DNA barcoding and the TaqMan real-time PCR-based technique are promising tools for the identification of plant materials containing ephedrine alkaloids. It is beneficial to standardize market circulation and detection of plant materials containing ephedrine alkaloids.

Sign in / Sign up

Export Citation Format

Share Document