Human coronavirus ocurrence in different populations of Sao Paulo: a comprehensive nine-year study using a pancoronavirus RT-PCR assay

Rocio virus (ROCV) was responsible for an explosive encephalitis epidemic in the 1970s affecting about 1,000 residents of 20 coastland counties in São Paulo State, Brazil. ROCV was first isolated in 1975 from the cerebellum of a fatal human case of encephalitis. Clinical manifestations of the illness are similar to those described for St. Louis encephalitis. ROCV shows intense antigenic cross-reactivity with Japanese encephalitis complex (JEC) viruses, particularly with Ilheus (ILHV), St. Louis encephalitis, Murray Valley and West Nile viruses. In this study, we report a specific RT-PCR assay for ROCV diagnosis and the molecular characterization of the SPAn37630 and SPH37623 strains. Partial nucleotide sequences of NS5 and E genes determined from both strains were used in phylogenetic analysis. The results indicated that these strains are closely related to JEC viruses, but forming a distinct subclade together with ILHV, in accordance with results recently reported by Medeiros et al. (2007).

Download Full-text

THE FIRST CASE OF Angiostrongylus cantonensis EOSINOPHILIC MENINGITIS DIAGNOSED IN THE CITY OF SÃO PAULO, BRAZIL

Revista do Instituto de Medicina Tropical de São Paulo ◽

10.1590/s0036-46652013000200012 ◽

2013 ◽

Vol 55 (2) ◽

pp. 129-132 ◽

Cited By ~ 20

Author(s):

Maria Cristina Carvalho do Espírito-Santo ◽

Pedro Luiz Silva Pinto ◽

Dan Jesse Gonçalves da Mota ◽

Ronaldo César Borges Gryschek

Keyword(s):

Pediatric Emergency ◽

Sao Paulo ◽

Angiostrongylus Cantonensis ◽

Eosinophilic Meningitis ◽

São Paulo ◽

Rt Pcr ◽

Pcr Assay ◽

Csf Analysis ◽

First Case ◽

The City

Introduction:Angiostrongylus cantonensis is a natural parasite found in lung arteries of rats, which in humans may cause eosinophilic meningitis. Objective: To report the first case of eosinophilic meningitis caused by Angiostrongylus cantonensis in the city of São Paulo, Brazil. Case report: A male patient, 11 years old, living in the southern area of São Paulo, was admitted to the Pediatric Emergency Department with ongoing headaches for three days, but no fever or any other complaint. The presence of snails and rodents was reported in the peridomicile. The child was awake, lucid, oriented; muscular strength preserved, isochoric, photo reagent pupils and terminal nuchal rigidity - Glasgow Coma Scale (GCS) = 15. The laboratory tests showed a mild leukocytosis with 1736 eosinophils/mm3 and the CSF analysis disclosed 160 leukocytes/mm3 with 36% of eosinophils. The bacterial culture was negative. Computed Cerebral Tomography showed no alterations. The RT-PCR assay for detecting Angiostrongylus cantonensis larvae and DNA was negative. ELISA antibodies for IgG anti-A. cantonensis was negative in serum and undetermined in CSF and samples collected five days after the onset of symptoms. Seroconversion was observed in the sample collected 135 days later. Conclusion: the epidemiological and clinical data, the CSF alterations with eosinophilia and the seroconversion strongly suggest Angiostrongylus cantonensis eosinophilic meningitis.

Download Full-text

Caracterização do Tomato chlorotic spot virus isolado de jiló no Vale do Paraíba, Estado de São Paulo

Fitopatologia Brasileira ◽

10.1590/s0100-41582002000300008 ◽

2002 ◽

Vol 27 (3) ◽

pp. 285-291 ◽

Cited By ~ 9

Author(s):

MARCELO EIRAS ◽

ALEXANDRE L. R. CHAVES ◽

ADDOLORATA COLARICCIO ◽

RICARDO HARAKAVA ◽

JANSEN DE ARAUJO ◽

...

Keyword(s):

Tomato Spotted Wilt Virus ◽

Sao Paulo ◽

Ringspot Virus ◽

São Paulo ◽

Rt Pcr ◽

Spot Virus ◽

Chlorotic Spot ◽

Tomato Spotted Wilt ◽

Wilt Virus ◽

Das Elisa

Os tospovírus são responsáveis por perdas significativas em diversas culturas, principalmente solanáceas. No município de São José dos Campos (SP), plantas de jiló (Solanum gilo) apresentando sintomas de mosaico, bolhosidades, nanismo e queda acentuada da produção foram coletadas para análise. Visando a caracterização do agente causador dos sintomas, testes biológicos, elétrono microscópicos, sorológicos e moleculares foram realizados. Através de inoculação mecânica em plantas indicadoras das famílias Amaranthaceae, Chenopodiaceae e Solanaceae obtiveram-se resultados típicos aos esperados para tospovírus. Ao microscópio eletrônico de transmissão, observaram-se, em contrastação negativa, partículas pleomórficas com diâmetro entre 80 e 110 nm e em cortes ultra-finos partículas presentes em vesículas do retículo endoplasmático. Através de DAS-ELISA, identificou-se o Tomato chlorotic spot virus (TCSV). A partir de RNA total extraído de folhas infetadas, amplificaram-se, via RT-PCR, fragmentos correspondentes ao gene da proteína do capsídeo (cp) os quais foram seqüenciados e comparados com outros depositados no "GenBank". A homologia de nucleotídeos e aminoácidos deduzidos foi respectivamente de 99 e 95% quando comparada com seqüências de isolados de TCSV. A comparação com as outras espécies do gênero Tospovirus apresentou valores de homologia entre 72 e 84%. Estes resultados confirmam a identidade deste vírus como pertencente à espécie TCSV, que é predominante no Estado de São Paulo e importante patógeno de outras plantas cultivadas. Além disso, variedades de jiló quando inoculadas foram susceptíveis tanto ao TCSV como às espécies Tomato spotted wilt virus (TSWV) e Groundnut ringspot virus (GRSV).

Download Full-text

Isolado do vírus do mosaico do pepino obtido de bananeira no Estado de São Paulo pertence ao subgrupo Ia

Fitopatologia Brasileira ◽

10.1590/s0100-41582001000100009 ◽

2001 ◽

Vol 26 (1) ◽

pp. 53-59 ◽

Cited By ~ 1

Author(s):

MARCELO EIRAS ◽

ADDOLORATA COLARICCIO ◽

ALEXANDRE L.R. CHAVES

Keyword(s):

Mosaic Virus ◽

Vigna Unguiculata ◽

Sao Paulo ◽

São Paulo ◽

Rt Pcr ◽

Nicotiana Glutinosa ◽

Musa Sp ◽

De Se ◽

Pcr Rflp ◽

Das Elisa

Em 1996, foi feita a caracterização parcial de um isolado do vírus do mosaico do pepino (Cucumis mosaic virus, CMV) obtido de bananeira (Musa sp.) proveniente do município de Miracatu, SP. Com o objetivo de se determinar o subgrupo do isolado de CMV, recorreu-se às técnicas de ELISA, RT-PCR, RFLP e seqüenciamento de fragmentos de RNA genômico. Amostras de folhas infetadas, desidratadas com cloreto de cálcio e armazenadas à -20 °C desde 1994 na viroteca do Laboratório de Fitovirologia e Fisiopatologia, foram inoculadas em plantas de Nicotiana glutinosa. Dez dias após a inoculação, folhas apresentando mosaico foram utilizadas para DAS-ELISA e extração de RNAs totais. Em ELISA, houve reação apenas contra o anti-soro específico para CMV subgrupo I. Através de RT-PCR com primers desenhados para anelar em regiões conservadas da porção terminal 3' do gene da capa protéica, foi amplificado um fragmento de DNA com 486 pares de bases. O produto obtido via RT-PCR foi submetido à digestão com as enzimas EcoRI, HindIII, BamHI e MspI, obtendo-se um padrão de restrição esperado para o subgrupo I. Estes resultados foram confirmados através do seqüenciamento do produto de PCR, o qual apresentou homologia de 96% a 98% com os isolados do CMV pertencentes ao subgrupo I. Pelos sintomas observados na hospedeira diferencial Vigna unguiculata, o isolado foi confirmado como sendo do subgrupo Ia.

Download Full-text

Variabilidade genética de Sugarcane mosaic virus, causando mosaico em milho no Brasil

Pesquisa Agropecuária Brasileira ◽

10.1590/s0100-204x2011000400004 ◽

2011 ◽

Vol 46 (4) ◽

pp. 362-369 ◽

Cited By ~ 10

Author(s):

Marcos Cesar Gonçalves ◽

Diogo Manzano Galdeano ◽

Ivan de Godoy Maia ◽

César Martins Chagas

Keyword(s):

Mosaic Virus ◽

Sao Paulo ◽

Sugarcane Mosaic Virus ◽

Maize Dwarf Mosaic Virus ◽

São Paulo ◽

Rt Pcr ◽

Das Elisa

O objetivo deste trabalho foi caracterizar biológica e molecularmente três isolados de Sugarcane mosaic virus (SCMV) de lavouras de milho, analisá-los filogeneticamente e discriminar polimorfismos do genoma. Plantas com sintomas de mosaico e nanismo foram coletadas em lavouras de milho, no Estado de São Paulo e no Município de Rio Verde, GO, e seus extratos foliares foram inoculados em plantas indicadoras e submetidos à análise sorológica com antissoros contra o SCMV, contra o Maize dwarf mosaic virus (MDMV) e contra o Johnsongrass mosaic virus (JGMV). Mudas de sorgo 'Rio' e 'TX 2786' apresentaram sintomas de mosaico após a inoculação dos três isolados, e o DAS-ELISA confirmou a infecção pelo SCMV. O RNA total foi extraído e usado para amplificação por transcriptase reversa seguida de reação em cadeia de polimerase (RT-PCR). Fragmentos específicos foram amplificados, submetidos à análise por polimorfismo de comprimento de fragmento de restrição (RFLP) e sequenciados. Foi possível discriminar os genótipos de SCMV isolados de milho de outros isolados brasileiros do vírus. Alinhamentos múltiplos e análises dos perfis filogenéticos corroboram esses dados e mostram diversidade nas sequências de nucleotídeos que codificam para a proteína capsidial, o que explica o agrupamento separado desses isolados e sugere sua classificação como estirpes distintas, em lugar de simples isolados geográficos.

Download Full-text

St. Louis encephalitis vírus: first isolation from a human in São Paulo state, Brasil

Revista do Instituto de Medicina Tropical de São Paulo ◽

10.1590/s0036-46652005000500008 ◽

2005 ◽

Vol 47 (5) ◽

pp. 281-285 ◽

Cited By ~ 48

Author(s):

Iray M. Rocco ◽

Cecília L.S. Santos ◽

Ivani Bisordi ◽

Selma M.C.N. Petrella ◽

Luiz E. Pereira ◽

...

Keyword(s):

Cell Culture ◽

Human Case ◽

Sao Paulo ◽

Encephalitis Virus ◽

Cell Culture Supernatant ◽

São Paulo ◽

Rt Pcr ◽

Igg Antibody ◽

Paulo State ◽

São Paulo State

This paper reports the isolation of St. Louis encephalitis virus (SLEV) from a febrile human case suspected to be dengue, in São Pedro, São Paulo State. A MAC-ELISA done on the patient's acute and convalescent sera was inconclusive and hemagglutination inhibition test detected IgG antibody for flaviviruses. An indirect immunofluorescent assay done on the C6/36 cell culture inoculated with the acute serum was positive for flaviviruses but negative when tested with dengue monoclonal antibodies. RNA extracted from the infected cell culture supernatant was amplified by RT-PCR in the presence of NS5 universal flavivirus primers and directly sequenced. Results of BLAST search indicated that this sequence shares 93% nucleotide similarity with the sequence of SLEV (strain-MSI.7), confirmed by RT-PCR performed with SLEV specific primers. Since SLEV was identified as the cause of human disease, it is necessary to improve surveillance in order to achieve early detection of this agent in the state of São Paulo and in Brazil. This finding is also an alert to health professionals about the need for more complete clinical and epidemiological investigations of febrile illnesses as in the reported case. SLEV infections can be unrecognized or confused with other ones caused by an arbovirus, such as dengue.

Download Full-text

Reemergence of yellow fever: detection of transmission in the State of São Paulo, Brazil, 2008

Revista da Sociedade Brasileira de Medicina Tropical ◽

10.1590/s0037-86822011005000041 ◽

2011 ◽

Vol 44 (3) ◽

pp. 290-296 ◽

Cited By ~ 24

Author(s):

Eduardo Stramandinoli Moreno ◽

Iray Maria Rocco ◽

Eduardo Sterlino Bergo ◽

Roosecelis Araujo Brasil ◽

Melissa Mascheratti Siciliano ◽

...

Keyword(s):

Cell Culture ◽

Yellow Fever ◽

Virus Isolation ◽

Yellow Fever Virus ◽

Sao Paulo ◽

São Paulo ◽

Rt Pcr ◽

Epidemiological Evaluation ◽

Entomological Research ◽

Virus Strains

INTRODUCTION: Following yellow fever virus (YFV) isolation in monkeys from the São José do Rio Preto region and two fatal human autochthonous cases from the Ribeirão Preto region, State of São Paulo, Brazil, two expeditions for entomological research and eco-epidemiological evaluation were conducted. METHODS: A total of 577 samples from humans, 108 from monkeys and 3,049 mosquitoes were analyzed by one or more methods: virus isolation, ELISA-IgM, RT-PCR, histopathology and immunohistochemical. RESULTS: Of the 577 human samples, 531 were tested by ELISA-IgM, with 3 positives, and 235 were inoculated into mice and 199 in cell culture, resulting in one virus isolation. One sample was positive by histopathology and immunohistochemical. Using RT-PCR, 25 samples were processed with 4 positive reactions. A total of 108 specimens of monkeys were examined, 108 were inoculated into mice and 45 in cell culture. Four virus strains were isolated from Alouattacaraya. A total of 931 mosquitoes were captured in Sao Jose do Rio Preto and 2,118 in Ribeirão Preto and separated into batches. A single isolation of YFV was derived from a batch of 9 mosquitoes Psorophoraferox, collected in Urupês, Ribeirão Preto region. A serological survey was conducted with 128 samples from the municipalities of São Carlos, Rincão and Ribeirão Preto and 10 samples from contacts of patients from Ribeirão Preto. All samples were negative by ELISA-IgM for YFV. CONCLUSIONS: The results confirm the circulation of yellow fever, even though sporadic, in the Sao Paulo State and reinforce the importance of vaccination against yellow fever in areas considered at risk.

Download Full-text

Identificação e controle do Alternanthera mosaic virus isolado de Torenia sp. (Scrophulariaceae).

Revista Brasileira de Horticultura Ornamental ◽

10.14295/rbho.v14i1.232 ◽

2008 ◽

Vol 14 (1) ◽

Cited By ~ 1

Author(s):

Lígia Maria Lembo Duarte ◽

Ana Nóbrega Toscano Maria Amélia Vaz Ale ◽

Eliana Borges Rivas ◽

Ricardo Harakava

Keyword(s):

Mosaic Virus ◽

Sao Paulo ◽

São Paulo ◽

Rt Pcr ◽

Chenopodium Amaranticolor ◽

Mirabilis Jalapa

O mercado de flores e plantas ornamentais vem crescendo consideravelmente nos últimos anos, no Brasil. É importante destacar que, paralelamente ao crescimento das exportações, um aumento na importação de flores e plantas ornamentais vem sendo observado. Porém, apesar da introdução de novas espécies e variedades, são poucos os relatos de doenças causadas por vírus, possivelmente porque alguns induzem infecção latente, dificultando sua identificação. Assim, este trabalho teve como objetivo identificar biológica, sorológica e molecularmente o vírus presente em plantas de Torenia sp. assintomáticas, provenientes de região produtora do Estado de São Paulo. Além disso, uma medida de controle alternativo foi proposta. Verificou-se que o vírus isolado de torênia induziu, em hospedeiras experimentais, sintomas semelhantes aos causados por espécies do gênero Potexvirus. Este resultado foi confirmado por RT-PCR, utilizandose oligonucleotídeos específicos para potexvirus. Testes sorológicos, bem como análises das seqüências obtidas e filogenéticas foram fundamentais para a identificação do Alternanthera mosaic virus (AltMV), denominado de AltMV-T. Convém salientar que este vírus, assim como os potexvirus, de modo geral, são disseminados na cultura por instrumentos de poda e por contato. Visando um controle eficiente e de baixo custo, extrato foliar de Mirabilis jalapa foi pulverizado em plantas de Chenopodium amaranticolor, antes do corte das folhas com lâmina previamente imersa em inóculo viral. Verificou-se uma inibição da infecção causada pelo AltMV-T em 83%. Esse resultado viabiliza a utilização de extrato foliar de M. jalapa, antes dos procedimentos de desbaste das plantas, minimizando-se a disseminação do vírus pela cultura.

Download Full-text

Ocorrência de animais persistentemente infectados pelo vírus da diarréia viral bovina em rebanhos bovinos nos Estados de Minas Gerais e São Paulo

Pesquisa Veterinária Brasileira ◽

10.1590/s0100-736x2010001100006 ◽

2010 ◽

Vol 30 (11) ◽

pp. 933-939 ◽

Cited By ~ 3

Author(s):

Fabio C Dias ◽

Kerlei C Médici ◽

Bruna Alexandrino ◽

Andréa S.R Medeiros ◽

Amauri A Alfieri ◽

...

Keyword(s):

Minas Gerais ◽

Sao Paulo ◽

São Paulo ◽

Rt Pcr

A pesquisa de animais persistentemente infectados (PI) pelo vírus da diarréia viral bovina (BVDV) foi realizada em 26 rebanhos bovinos, não vacinados contra o BVDV, localizados nos Estados de Minas Gerais e São Paulo, Brasil. Utilizando uma estratégia de amostragem, de cada rebanho foram obtidas cinco amostras de sangue de bezerros, entre 6 e 12 meses de idade, e os soros sanguíneos foram submetidos ao teste de virusneutralização (VN) para o BVDV-1 e o BVDV-2. Os rebanhos que apresentaram pelo menos três das cinco amostras reagentes a um dos genótipos do BVDV, e com títulos de anticorpos superiores a 128, foram selecionados para a pesquisa de animais PI. Em três rebanhos que apresentaram tal condição, foram colhidas amostras pareadas de sangue de todos os bovinos do rebanho, com intervalo de 30 dias entre as colheitas, e o soro sanguíneo foi submetido ao teste de VN para o BVDV-1 e o BVDV-2. Nas amostras não reagentes a pelo menos um dos genótipos do BVDV e naquelas provenientes de bovinos com menos de seis meses de idade, realizou-se a pesquisa do BVDV pela reação em cadeia da polimerase precedida pela transcrição reversa (RT-PCR). Dos rebanhos analisados, foram detectados dois animais PI a partir de amostras obtidas nas colheitas pareadas provenientes de um rebanho localizado no Estado de Minas Gerais.

Download Full-text