Для выявления генетических мутаций широко используют достаточно трудоемкий и дорогостоящий метод полимеразной цепной реакции (ПЦР). Целью работы было оценить возможность применения двух схем метода аллель-специфичной изотермической петлевой амплификации (loop-mediated isothermal amplification, LAMP) для выявления мутации TCG/TTG (S450L) в гене rpoB Mycobacterium tuberculosis. Использовали 48 клинических изолятов M. tuberculosis и 11 образцов мокроты, выбранных случайным образом и полученных в микробиологической лаборатории г. Новосибирска от пациентов с впервые выявленным заболеванием. Показано, что применение схемы анализа с использованием аллель-специфичного праймера FIP по сравнению с F3 имеет лучшую разрешающую способность: разница между временем амплификации мутации и аллеля дикого типа составила 22 ± 2,4 против 13 ± 4,1 мин (p = 0,0011). При использовании 100 геном-эквивалентов ДНК истинно положительный сигнал (амплификация гена rpoB с мутацией при использовании соответствующего аллель-специфического праймера) детектировался после 29,4 ± 3,4 мин. Положительный сигнал визуализировался после добавления в реакцию SYBR Green I, как при освещении дневным светом, так и при использовании трансиллюминатора с УФ-излучением. С помощью разработанного нами метода была проанализирована выборка ДНК 20 RIFR изолятов M. tuberculosis, несущих мутацию Ser450Leu в гене rpoB, 10 RIFR изолятов, несущих другие мутации в гене rpoB, а также 18 RIFs изолятов без мутаций; наличие мутаций в образцах было определено с помощью классического секвенирования по Сенгеру. Чувствительность и специфичность LAMP для выявления мутации Ser450Leu в гене rpoB составили 100%. Данный подход позволяет использовать в качестве ДНК грубые лизаты микобактерий, что сокращает тотальное время анализа до 1,5 ч.
Sensitivity Evaluation of SYBR Green I, SYBR Safe and Calcein Dyes for Detection of Human Papillomavirus 16 by Loop-Mediated Isothermal Amplification
