scholarly journals Providing Adverse Outcome Pathways from the AOP-Wiki in Semantic Web Format to Increase Usability and Accessibility of the Content

2021 ◽  
Author(s):  
Marvin Martens ◽  
Chris Evelo ◽  
Egon Willighagen
Keyword(s):  
Resource Description Framework ◽  
Adverse Outcome ◽  
Semantic Annotation ◽  
Adverse Outcome Pathway ◽  
Dublin Core ◽  
Description Framework ◽  
Federated Queries ◽  
Key Events ◽  
Adverse Outcome Pathways ◽  
Resource Description

<div>The AOP-Wiki is the main environment for the development and storage of Adverse Outcome Pathways. These Adverse Outcome Pathways describe mechanistic information about toxicodynamic processes and can be used to develop effective risk assessment strategies. However, it is challenging to automatically and systematically parse, filter, and use its contents. We explored solutions to better structure the AOP-Wiki content and to link it with chemical and biological resources. Together this allows more detailed exploration which can be automated.</div><div><br></div><div>We converted the complete AOP-Wiki content into Resource Description Framework. We used over twenty ontologies for the semantic annotation of property-object relations, including the ChemInformatics Ontology, Dublin Core, and the Adverse Outcome Pathway Ontology. The latter was used over 8,000 times. Furthermore, over 3,500 link-outs were added to twelve chemical databases and over 6,500 link-outs to four gene and protein databases. </div><div><br></div><div>SPARQL queries can be used against the Resource Description Framework to answer biological and toxicological questions, such as listing measurement methods for all Key Events leading to an Adverse Outcome of interest. The full power that the use of this new resource provides becomes apparent when combining the content with external databases using federated queries. For example, we can link genes related to Key Events with molecular pathway on WikiPathways in which they occur and find all Adverse Outcome Pathways caused by stressors that are part of a particular chemical group. Overall, the AOP-Wiki Resource Description Framework allows new ways to explore the rapidly growing Adverse Outcome Pathway knowledge and makes the integration of this database in automated workflows possible.</div>

scholarly journals Providing Adverse Outcome Pathways from the AOP-Wiki in Semantic Web Format to Increase Usability and Accessibility of the Content

2021 ◽  
Author(s):  
Marvin Martens ◽  
Chris Evelo ◽  
Egon Willighagen
Keyword(s):  
Resource Description Framework ◽  
Adverse Outcome ◽  
Semantic Annotation ◽  
Adverse Outcome Pathway ◽  
Dublin Core ◽  
Description Framework ◽  
Federated Queries ◽  
Key Events ◽  
Adverse Outcome Pathways ◽  
Resource Description

<div>The AOP-Wiki is the main environment for the development and storage of Adverse Outcome Pathways. These Adverse Outcome Pathways describe mechanistic information about toxicodynamic processes and can be used to develop effective risk assessment strategies. However, it is challenging to automatically and systematically parse, filter, and use its contents. We explored solutions to better structure the AOP-Wiki content and to link it with chemical and biological resources. Together this allows more detailed exploration which can be automated.</div><div><br></div><div>We converted the complete AOP-Wiki content into Resource Description Framework. We used over twenty ontologies for the semantic annotation of property-object relations, including the ChemInformatics Ontology, Dublin Core, and the Adverse Outcome Pathway Ontology. The latter was used over 8,000 times. Furthermore, over 3,500 link-outs were added to twelve chemical databases and over 6,500 link-outs to four gene and protein databases. </div><div><br></div><div>SPARQL queries can be used against the Resource Description Framework to answer biological and toxicological questions, such as listing measurement methods for all Key Events leading to an Adverse Outcome of interest. The full power that the use of this new resource provides becomes apparent when combining the content with external databases using federated queries. For example, we can link genes related to Key Events with molecular pathway on WikiPathways in which they occur and find all Adverse Outcome Pathways caused by stressors that are part of a particular chemical group. Overall, the AOP-Wiki Resource Description Framework allows new ways to explore the rapidly growing Adverse Outcome Pathway knowledge and makes the integration of this database in automated workflows possible.</div>

Enriching the trustworthiness of health-related web pages

2011 ◽  
Vol 17 (2) ◽  
pp. 116-126 ◽  
Author(s):  
Arnaud Gaudinat ◽  
Sarah Cruchet ◽  
Celia Boyer ◽  
Pravir Chrawdhry
Keyword(s):  
Resource Description Framework ◽  
Quality Criteria ◽  
Web Pages ◽  
Web Content ◽  
Quality Model ◽  
Dublin Core ◽  
Health Related ◽  
Description Framework ◽  
Resource Description ◽  
Element Set

We present an experimental mechanism for enriching web content with quality metadata. This mechanism is based on a simple and well-known initiative in the field of the health-related web, the HONcode. The Resource Description Framework (RDF) format and the Dublin Core Metadata Element Set were used to formalize these metadata. The model of trust proposed is based on a quality model for health-related web pages that has been tested in practice over a period of thirteen years. Our model has been explored in the context of a project to develop a research tool that automatically detects the occurrence of quality criteria in health-related web pages.

Application Profiles

2017 ◽  
pp. 1-15
Author(s):  
Karen Coyle
Keyword(s):  
Resource Description Framework ◽  
World Wide ◽  
Xml Schema ◽  
Dublin Core ◽  
Xml Documents ◽  
Framework Model ◽  
The World ◽  
Description Framework ◽  
Machine Readable ◽  
Resource Description

Application profiles fulfill similar functions to other forms of metadata documentation, such as data dictionaries. The preference is for application profiles to be machine-readable and machine-actionable, so that they can provide validation and processing instructions, not unlike XML schema does for XML documents. These goals are behind the work of the Dublin Core Metadata Initiative in the work that has been done over the last decade to develop application profiles for data that uses the Resource Description Framework model of the World Wide Web Consortium.

scholarly journals A representação descritiva no contexto da web semântica

2012 ◽  
Vol 24 (2) ◽  
pp. 77-90 ◽  
Author(s):  
Maria Elisabete Catarino ◽  
Terezinha Batista de Souza
Keyword(s):  
Resource Description Framework ◽  
Steering Committee ◽  
Library Of Congress ◽  
Dublin Core ◽  
Word Wide Web ◽  
Description Framework ◽  
Resource Description

Este artigo contém o resultado de uma pesquisa bibliográfica, cujo objetivo foi verificar como as práticas da representação descritiva estão relacionadas com a proposta de organização dos recursos da Web no contexto da Web Semântica. A pesquisa foi desenvolvida a partir de duas temáticas: uma que abarcou os conceitos referentes à Web Semântica, com o objetivo de compreender os procedimentos e as tecnologias a eles relacionados; outra que focou a representação descritiva, com o intuito de entender como a práxis da catalogação poderá auxiliar na inserção dos dados bibliográficos no contexto da Web Semântica, bem como averiguar ações que estão sendo realizadas nesse sentido. O levantamento foi feito nos idiomas português e inglês, em periódicos e livros das áreas de Ciência da Informação, Internet e Web, bem como em documentos disponíveis no site do Word Wide Web Consortium. O texto discorre sobre a Web Semântica e os conceitos básicos a ela relacionados: dados lincados, vocabulários, busca, inferência e aplicações verticais. Destaca o Resource Description Framework como modelo de descrição de recursos, que é o fundamento da Web Semântica. Com base na análise dos textos, nos exemplos apontados de ações que estão sendo desenvolvidas por algumas instituições, tais como Library of Congress, Dublin Core Metadata Initiative e Joint Steering Committee, e tendo como foco os objetivos acima explicitados, pôde-se inferir que as práticas da representação descritiva estão relacionadas com a Web Semântica na medida em que poderão ser aplicadas para tornar os dados bibliográficos em dados lincados da Web.

scholarly journals Advanced Adverse Outcome Pathways Potentially Bridging the Pathogenesis of COVID-19

2021 ◽  
Author(s):  
Youngjun kim ◽  
Chang Gyun Park ◽  
Sang Rak Lim ◽  
Indong Jun ◽  
Yong Oh Lee
Keyword(s):  
Adverse Outcome ◽  
Viral Disease ◽  
New Drugs ◽  
Adverse Outcome Pathway ◽  
Limited Information ◽  
Angiotensin Converting Enzyme 2 ◽  
Global Concern ◽  
Toxicity Mechanisms ◽  
Key Events ◽  
Adverse Outcome Pathways

Increasing global concern over COVID-19 has recently brought greater attention to studies due to the ease of person-to-person transmission and the current lack of effective antiviral therapy. Here, we proposed the application of the adverse outcome pathway (AOP) framework to support re-search on the pathogenesis of viral disease. We first constructed adverse outcome pathways (AOPs) applicable to COVID-19 management to understand whether the infection causes severe acute respiratory distress. Based on the AOP framework where mechanistic elucidation of the pathway from the interaction of chemicals (or viruses) to apical endpoints is represented, our COVID-19 AOP indicated that the molecular initiating event (MIE) was angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) interaction, and the key events (KEs) were the increased pro-inflammatory cytokines in immune cells, with increased mortality as an apical adverse outcome (AO). However, there is still limited information on the toxicity mechanisms of AOPs in COVID-19; therefore, detailed KEs and AOs on toxicity mechanisms will be required to fill these gaps in the data. This study demonstrated that the COVID-19 AOP framework is a suitable tool to design new drugs and to integrate crowded-sourced information for the battle against the COVID-19 pandemic.

scholarly journals Modelo de dados abertos conectados para informação legislativa

2018 ◽  
Vol 28 (2) ◽  
Author(s):  
Mariana Baptista Brandt ◽  
Silvana Aparecida Borsetti Gregorio Vidotti ◽  
José Eduardo Santarem Segundo
Keyword(s):  
Resource Description Framework ◽  
Linked Data ◽  
World Wide ◽  
Open Data ◽  
Linked Open Data ◽  
Dublin Core ◽  
Description Framework ◽  
E Mail ◽  
Resource Description ◽  
Rdf Schema

A presente pesquisa objetiva propor um modelo de dados abertos conectados (linked open data - LOD), para um conjunto de dados abertos legislativos da Câmara dos Deputados. Para tanto, procede-se à revisão de literatura sobre os conceitos de dados abertos, dados abertos governamentais, dados conectados (linked data), e dados abertos conectados (linked open data), seguido de pesquisa aplicada, com a modelagem de dados legislativos no modelo LOD. Para esta pesquisa foi selecionado o conjunto de dados "Deputados", que contém informações como partido político, unidade federativa, e-mail, legislatura, entre outras, sobre os parlamentares. Desse modo, observa-se que a estruturação do conjunto de dados em RDF (Resource Description Framework) é possível com reuso de vocabulários e padrões já estabelecidos na Web Semântica como Dublin Core, Friend of a Friend (FOAF), RDF e RDF Schema, além de vocabulários de áreas correlatas, como a Ontologia da Câmara dos Deputados italiana e a da Assembleia Nacional Francesa. Conforme recomendação do padrão Linked Data, os recursos foram relacionados também a outros conjuntos de LOD para enriquecimento semântico, como as bases Geonames e DBpedia. O estudo que permite concluir que a disponibilização dos dados governamentais, em especial, dados legislativos, pode ser feita seguindo as recomendações da W3C (World Wide Web Consortium) e, assim, integrar os dados legislativos à Web de Dados e ampliar as possibilidades de reuso e aplicações dos dados em ações de transparência e fiscalização, aproximando os cidadãos do Congresso e de seus representantes.

scholarly journals Os Functional Requirements for Bibliographic Records no contexto da Web Semântica: as contribuições de Paul Otlet

2017 ◽  
Vol 12 (1) ◽  
Author(s):  
Elisabete Gonçalves de Souza ◽  
Darlene Alves Bezerra
Keyword(s):  
Resource Description Framework ◽  
Functional Requirements ◽  
Uniform Resource Identifier ◽  
Dublin Core ◽  
Bibliographic Records ◽  
Description Framework ◽  
Resource Description

Este trabalho examina como o modelo conceitual Functional Requirements for Bibliographic Records se aproxima da noção de unidade documentária atribuída a Paul Otlet e presente no Traité de Documentation, cujos princípios são aplicados ao fundamentar as bases do Repertório Bibliográfico Universal. Em termos teóricos e metodológicos, trata-se de pesquisa exploratória de caráter histórico e documental, cujo objetivo é averiguar os pressupostos clássicos da representação e organização da informa- ção, relacionando-os com o contexto da Web Semântica. Avança analisando os resultados de simulações acerca da aplicação dos Functional Requirements for Bibliographic Records no repositório Acesso Livre à Informação Científica da Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária, de modo a ilustrar como as teses de Otlet se aplicam a essas ferramentas bibliográficas. Mostra as vantagens dos repositórios nos processos de modelagem, pois o formato Dublin Core permite a descrição de metadados usando linguagens como a Resource Description Framework, o que potencializa a recuperação de informações. Finaliza demonstrando como os princípios - monográfico, da continuidade e da pluralidade -, se expressam nas entidades do Grupo I do modelo conceitual Functional Requirements for Bibliographic Records, o que revela as afinidades metodológicas entre o modelo e as teses de Otlet. Ressalta que ações direcionadas no sentido de incentivar a descrição dos metadados bibliográficos em declarações em Resource Description Framework permitirá, num futuro bem próximo, que cada recurso seja identificado de forma pertinente por meio de um identificador universal - Uniform Resource Identifier -, possibilitando que os registros das bases de dados sejam interligados, permitindo ao usuário acesso a uma massa informacional há séculos estocada, tal como preconizou Otlet ao criar o Repertório Bibliográfico Universal.Palavras-chave: Registros bibliográficos. Paul Otlet. Representação descritiva. Web Semântica.Link: http://periodicos.puc-campinas.edu.br/seer/index.php/transinfo/article/view/2783/2257

scholarly journals A gênese do Repositório Filatélico Brasileiro: uma experiência interdisciplinar nas Humanidades Digitais

2018 ◽  
Vol 28 (3) ◽  
Author(s):  
Diego Salcedo ◽  
Vinícius Cabral Accioly Bezerra
Keyword(s):  
Resource Description Framework ◽  
Linked Data ◽  
Dublin Core ◽  
Description Framework ◽  
Resource Description

Apresenta o projeto em andamento intitulado “Repositório Filatélico Brasileiro – REFIBRA”. Explica as ações de curadoria digital realizadas pelo Grupo de Pesquisa IMAGO vinculado  ao Departamento de Ciência da Informação da Universidade Federal de Pernambuco. De forma inédita no país, o projeto tem como objetivo desenvolver um repositório digital do conjunto de documentos filatélicos brasileiros produzidos desde 1843. O artigo indica aplicações de tecnologias computacionais articuladas à interdisciplinaridade das humanidades digitais. Como metodologia faz a revisão bibliográfica desde alguns elementos propostos na literatura científica especializada da Biblioteconomia, Ciência da Informação, Computação e Filatelia. Aponta os critérios utilizados até então para a escolha da tecnologia computacional mais eficaz e eficiente. Ilustra uma proposta preliminar de aplicação web semântica para o tratamento informacional de 32 selos postais comemorativos brasileiros. Utiliza o padrão de metadados Dublin Core, com necessárias adequações, o sistema de visualização Linked Data e o Resource Description Framework. Os resultados obtidos e divulgados neste artigo colaboram com o avanço da pesquisa e são evidência de que o campo das humanidades digitais articula-se com outras áreas, enaltecendo sua faceta interdisciplinar, mas, também aprendendo como certa articulação de tecnologias computacionais com demandas informacionais podem resultar em modelos de alta qualidade

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