scholarly journals Bioprospecção e caracterização de bactérias produtoras de celulase a partir do solo do Cerrado brasileiro

2021 ◽  
Vol 10 (8) ◽  
pp. e34010817426
Author(s):  
Bianca Aguiar Alves ◽  
Isabela Sguilla Rotta ◽  
Alessandra Barbosa Ferreira-Machado ◽  
Aline Dias Paiva
Keyword(s):  
16S Rrna ◽  
Bacillus Methylotrophicus ◽  
Gene 16S Rrna ◽  
Bacillus Toyonensis

Este trabalho descreve a bioprospecção e a caracterização de bactérias produtoras de celulase isoladas de solo obtido em uma região preservada do bioma Cerrado, em Uberaba, Brasil. A atividade celulolítica foi confirmada em 14 das 84 linhagens bacterianas isoladas. De acordo com a quantificação enzimática, cinco isolados foram selecionados como os melhores produtores de celulase e com base no sequenciamento parcial do gene 16S rRNA foram identificadas como Bacillus siamensis (isolado AB-9; 5.000U/mL), Bacillus toyonensis (isolado AB-1; 4.630U/mL), Bacillus methylotrophicus (isolados MB-3; 4.236U/mL e MP-7; 4.282U/mL) e Bacillus drentensis (isolado ME-2; 4.444U/mL). O extrato enzimático obtido de B. siamensis AB-9 foi o mais estável em diferentes valores de pH (2-8), mantendo sua atividade celulolítica, enquanto B. toyonensis AB-1 e B. methylotrophicus MP-7 produziram celulases com atividade máxima em pH 7 e 8. As celulases produzidas por B. siamensis AB-9 e B. toyonensis AB-1 apresentaram alta atividade enzimática em todas as temperaturas analisadas (10-80°C), enquanto as celulases de B. methylotrophicus MB-3 apresentaram atividade máxima na faixa de 20-70°C. Até o momento, esta é a primeira vez que bactérias produtoras de celulase isoladas do bioma Cerrado brasileiro na região do Triângulo Mineiro com potencial aplicação biotecnológica são descritas.

scholarly journals Metabolic pathways inferred from a bacterial marker gene illuminate ecological changes across South Pacific frontal boundaries

2021 ◽  
Vol 12 (1) ◽  
Author(s):  
Eric J. Raes ◽  
Kristen Karsh ◽  
Swan L. S. Sow ◽  
Martin Ostrowski ◽  
Mark V. Brown ◽  
...  
Keyword(s):  
16S Rrna ◽  
Metabolic Pathways ◽  
Low Cost ◽  
Marker Gene ◽  
South Pacific ◽  
Rrna Gene ◽  
South Pacific Ocean ◽  
Bacterial Marker ◽  
Gene 16S Rrna ◽  
Gene Data

AbstractGlobal oceanographic monitoring initiatives originally measured abiotic essential ocean variables but are currently incorporating biological and metagenomic sampling programs. There is, however, a large knowledge gap on how to infer bacterial functions, the information sought by biogeochemists, ecologists, and modelers, from the bacterial taxonomic information (produced by bacterial marker gene surveys). Here, we provide a correlative understanding of how a bacterial marker gene (16S rRNA) can be used to infer latitudinal trends for metabolic pathways in global monitoring campaigns. From a transect spanning 7000 km in the South Pacific Ocean we infer ten metabolic pathways from 16S rRNA gene sequences and 11 corresponding metagenome samples, which relate to metabolic processes of primary productivity, temperature-regulated thermodynamic effects, coping strategies for nutrient limitation, energy metabolism, and organic matter degradation. This study demonstrates that low-cost, high-throughput bacterial marker gene data, can be used to infer shifts in the metabolic strategies at the community scale.

scholarly journals Molecular Detection of Borrelia Bacteria in Cerebrospinal Fluid-Optimisation of Pre-Analytical Sample Handling for Increased Analytical Sensitivity

Diagnostics ◽  
2021 ◽  
Vol 11 (11) ◽  
pp. 2088
Author(s):  
Malin Lager ◽  
Peter Wilhelmsson ◽  
Andreas Matussek ◽  
Per-Eric Lindgren ◽  
Anna J. Henningsson
Keyword(s):  
Cerebrospinal Fluid ◽  
16S Rrna ◽  
Clinical Diagnostics ◽  
Systematic Evaluation ◽  
Clinical Samples ◽  
Rrna Gene ◽  
Analytical Sensitivity ◽  
Gene 16S Rrna ◽  
Pcr Targeting ◽  
The 16S Rrna Gene

The main tools for clinical diagnostics of Lyme neuroborreliosis (LNB) are based on serology, i.e., detection of antibodies in cerebrospinal fluid (CSF). In some cases, PCR may be used as a supplement, e.g., on CSF from patients with early LNB. Standardisation of the molecular methods and systematic evaluation of the pre-analytical handling is lacking. To increase the analytical sensitivity for detection of Borrelia bacteria in CSF by PCR targeting the 16S rRNA gene, parameters were systematically evaluated on CSF samples spiked with a known amount of cultured Borrelia bacteria. The results showed that the parameters such as centrifugation time and speed, the use of complementary DNA as a template (in combination with primers and a probe aiming at target gene 16S rRNA), and the absence of inhibitors (e.g., erythrocytes) had the highest impact on the analytical sensitivity. Based on these results, a protocol for optimised handling of CSF samples before molecular analysis was proposed. However, no clinical evaluation of the proposed protocol has been done so far, and further investigations of the diagnostic sensitivity need to be performed on well-characterised clinical samples from patients with LNB.

scholarly journals Phân lập và tuyển chọn một số dòng vi khuẩn từ lá thực vật có khả năng kích thích sinh trưởng cây trồng

2021 ◽  
Vol 57 (2) ◽  
pp. 94-103
Author(s):  
Thanh Nhàn Ung ◽  
Thị Kiều Oanh Nguyễn ◽  
Nguyễn Khởi Nghĩa
Keyword(s):  
16S Rrna ◽  
Mineral Salt ◽  
Rosa Chinensis ◽  
Arachis Pintoi ◽  
Coccinia Grandis ◽  
Gene 16S Rrna

Nghiên cứu thực hiện nhằm phân lập vi khuẩn kích thích sinh trưởng cây trồng từ lá thực vật. Môi trường nuôi cấy ammonium mineral salt (AMS) được sử dụng để phân lập vi khuẩn. Kết quả đã phân lập được 28 dòng vi khuẩn từ lá của 6 loài thực vật khác nhau gồm mồng tơi (Basella rubra L.), hoa hồng (Rosa chinensis Jacq.), chiều tím (Ruellia brittoniana), cỏ đậu (Arachis pintoi), cơm nguội (Ardisia quinquegona Blume) và bình bát dây (Coccinia grandis (L) Voigt) dựa trên hình thái và màu sắc của khuẩn lạc. Các chỉ tiêu về tỉ lệ nảy mầm, chiều dài rễ, chiều cao chồi và số rễ của hạt bắp được khảo sát để đánh giá khả năng kích thích sinh trưởng của các dòng vi khuẩn phân lập. Các dòng vi khuẩn phân lập có hình thái khuẩn lạc và tế bào rất đa dạng. Hai dòng vi khuẩn ký hiệu HH5 và MT6 làm gia tăng tỉ lệ nảy mầm và sinh trưởng của hạt bắp tốt nhất trong các dòng vi khuẩn phân lập. Bên cạnh đó, nghiên cứu còn cho thấy ở mật số 106 CFU.mL-1 cả hai dòng vi khuẩn giúp gia tăng tỉ lệ nảy mầm và sinh trưởng của cây bắp tốt hơn so với mật số 107, 108 và 109 CFU.mL-1. Kết giải mã trình tự đoạn gene 16S rRNA cho thấy hai dòng vi khuẩn HH5 và MT6 lần lượt có mối quan hệ gần...

scholarly journals Isolamento de linhagens bacterianas degradadoras de hidrocarbonetos BTEX proveniente do setor petroquímico

2017 ◽  
Vol 13 (9) ◽  
Author(s):  
Tielly De Mattos Padilha ◽  
Jamilla Sampaio ◽  
Letícia Longoni ◽  
Anelise Beneduzi
Keyword(s):  
16S Rrna ◽  
Pseudomonas Sp ◽  
Gene 16S Rrna

O petróleo e seus derivados são responsáveis por impactos ambientais significativos e a fração dos hidrocarbonetos aromáticos BTEX é amplamente utilizada, mesmo sendo considerada altamente tóxica. Sabendo que áreas com histórico de contaminação de hidrocarbonetos possuem microrganismos capazes de sobreviver ao contaminante e que a biodegradação pode ser utilizada para minimizar ou remover estes poluentes do ambiente, o objetivo deste trabalho foi isolar e identificar linhagens bacterianas degradadoras de hidrocarbonetos do tipo BTEX, provenientes de um solo com histórico de vinte e dois anos de contaminação do setor petroquímico em Triunfo/RS. Para isso foram coletadas amostras de solo em células de landfarming, com histórico de disposição de compostos derivados do petróleo e estas foram preparadas em três concentrações de BTEX (0,5%; 1%; 1,5%) como única fonte de carbono. Foram obtidos 122 isolados e estes foram testados quanto à sua capacidade de biodegradação de 5%, 10% e 20% do contaminante, sendo selecionados onze isolados promissores (linhagens 8, 10, 15, 17, 23, 24, 62, 64, 99, 126 e 128), destacando-se a linhagem 62 (Pseudomonas sp.) que cresceu em 20% de BTEX. Através do sequenciamento do gene 16S rRNA foi possível identificar principalmente isolados dos gêneros Bacillus (linhagens 8, 10, 15, 17 e 23), Pseudomonas (linhagens 24,62, 64, 99 e 128) e um isolado de Paenibacillus jamilae (linhagem 126).O petróleo e seus derivados são responsáveis por impactos ambientais significativos e a fração dos hidrocarbonetos aromáticos BTEX é amplamente utilizada, mesmo sendo considerada altamente tóxica. Sabendo que áreas com histórico de contaminação de hidrocarbonetos possuem microrganismos capazes de sobreviver ao contaminante e que a biodegradação pode ser utilizada para minimizar ou remover estes poluentes do ambiente, o objetivo deste trabalho foi isolar e identificar linhagens bacterianas degradadoras de hidrocarbonetos do tipo BTEX, provenientes de um solo com histórico de vinte e dois anos de contaminação do setor petroquímico em Triunfo/RS. Para isso foram coletadas amostras de solo em células de landfarming, com histórico de disposição de compostos derivados do petróleo e estas foram preparadas em três concentrações de BTEX (0,5%; 1%; 1,5%) como única fonte de carbono. Foram obtidos 122 isolados e estes foram testados quanto à sua capacidade de biodegradação de 5%, 10% e 20% do contaminante, sendo selecionados onze isolados promissores (linhagens 8, 10, 15, 17, 23, 24, 62, 64, 99, 126 e 128), destacando-se a linhagem 62 (Pseudomonas sp.) que cresceu em 20% de BTEX. Através do sequenciamento do gene 16S rRNA foi possível identificar principalmente isolados dos gêneros Bacillus (linhagens 8, 10, 15, 17 e 23), Pseudomonas (linhagens 24,62, 64, 99 e 128) e um isolado de Paenibacillus jamilae (linhagem 126).<w:LsdException Locked="false" Priority="72" Na

MICOPLASMAS HEMOTRÓPICOS EM GAMBÁS-DE-ORELHA-BRANCA (DIDELPHIS ALBIVENTRIS) DO MUNICÍPIO DE CURITIBA, PARANÁ – DADOS PRELIMINARES

2020 ◽  
Vol 15 (5) ◽  
Author(s):  
Maria Joana Farias ◽  
Vanessa Dos Santos Coradi ◽  
Nathália De Albuquerque Soares ◽  
Rafaella Martini ◽  
André Saldanha ◽  
...  
Keyword(s):  
16S Rrna ◽  
Didelphis Virginiana ◽  
Gene 16S Rrna ◽  
Didelphis Albiventris

Micoplasmas hemotrópicos (hemoplasmas) são bactérias gram-negativas e pleomórficas que se aderem a superfície dos eritrócitos de mamíferos, incluindo seres humanos. Em gambás, duas espécies de hemoplasmas já foram descritas ‘Candidatus Mycoplasma haemodidelphidis’ em gambás (Didelphis virginiana) da Vírginia (EUA) e ‘Candidatus Mycoplasma haemoalbiventris’ em gambás-de-orelha-branca (Didelphis albiventris) do Sul e Centro-Oeste do Brasil. Apesar de os hemoplasmas terem o potencial de causar anemia hemolítica nos animais infectados, ainda não está estabelecido o potencial clínico da infecção em gambás do Brasil. Assim, o objetivo deste estudo foi avaliar os gambás (Didelphis spp.) do município de Curitiba (Paraná) para hemoplasmas. Para isso, foi realizada a captura de marsupiais de acordo com protocolos de contenção e anestesia específicos, coleta e identificação de carrapatos e coleta de sangue de sete gambás-de-orelha-branca. DNA foi extraído das amostras de sangue e posteriormente triado, utilizando um protocolo de PCR para o gene 16S rRNA de hemoplasmas. Três dos sete (42,85%) gambás estavam infestados por carrapatos adultos das espécies Ixodes loricatus (2 F) e Amblyomma dubitatum (1 F). Todas as amostras foram positivas para o gene endógeno de mamíferos gapdh e negativas para hemoplasma. O estudo envolverá ainda a triagem dos animais e carrapatos por PCR em tempo real.

scholarly journals CONFRONTO TRA I METODI TRADIZIONALI FENOTIPICI ED IL SEQUENZIAMENTO DEL GENE 16S rRNA PER L’IDENTIFICAZIONE DEI BATTERI

2006 ◽  
Vol 21 (3) ◽  
Author(s):  
M. Arosio ◽  
A. Raglio ◽  
F. Nozza ◽  
F. Vailati ◽  
M. Passera ◽  
...  
Keyword(s):  
16S Rrna ◽  
Gene 16S Rrna

scholarly journals Perfil de resistência antimicrobiana de Klebsiella pneumoniae isoladas de animais domésticos e silvestres

2019 ◽  
Vol 71 (2) ◽  
pp. 584-593 ◽  
Author(s):  
A.T.H.I. Sousa ◽  
H. Makino ◽  
V.C.M. Bruno ◽  
S.L. Candido ◽  
B.S. Nogueira ◽  
...  
Keyword(s):  
16S Rrna ◽  
Klebsiella Pneumoniae ◽  
Gene 16S Rrna

RESUMO Klebsiella pneumoniae é um patógeno oportunista, responsável por diversos tipos de infecções nosocomiais, e é considerado um microrganismo multirresistente. Dados na literatura que forneçam informações a respeito da resistência desse microrganismo a antimicrobianos em amostras de animais são escassos. Dessa forma, o objetivo deste trabalho foi avaliar o perfil e o seu aumento das resistências a antimicrobianos dentro da medicina veterinária. Um total de 67 isolados de K. pneumoniae, provenientes de diferentes sítios de isolamento de animais domésticos (39/67) e silvestres (28/67), foi confirmado por sequenciamento do gene 16S rRNA. O maior percentual de isolamento de K. pneumoniae foi de amostras de urina, com 16% (11/67), fezes, com 15% (10/67), e pulmão, com 13,5% (09/67). No perfil de resistência, foram testadas 11 categorias de antibióticos, sendo a maior taxa de resistência ao metronidazol 97% (65/67), à ampicilina 94% (63/67), à amoxicilina 93% (62/67), às sulfonamidas 93% (62/67), à colistina 93% (62/67) e à nitrofurantoína 88% (59/67). Aqueles que apresentaram menor taxa de resistência foram: meropenem 3% (2/67), imipenem 6% (4/67) e amicacina 16% (11/67). Todos os isolados foram considerados bactérias multirresistentes (MRD), com o índice de resistência múltipla aos antibióticos (IRMA) variando de 0,15 a 0,85 e com 60 tipos de padrões de resistência. O resultado deste estudo reforça que os animais são reservatórios de K. pneumoniae multirresistentes.

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