scholarly journals Metodologia molecular de identificação de proteínas Cry em bioinseticidas através de PCR (Polymerase Chain Reaction) / Molecular methodology of identification of Cry proteins in bioinsecticides through PCR (Polymerase Chain Reaction)

2021 ◽  
Vol 4 (2) ◽  
pp. 1708-1714
Author(s):  
Daniele Tasior ◽  
Adriana Micheli ◽  
Elderson Ruthes
Keyword(s):  
Polymerase Chain Reaction ◽  
Bacillus Thuringiensis ◽  
Chain Reaction ◽  
Cry Proteins ◽  
Pcr Polymerase Chain Reaction ◽  
Polymerase Chain

Bacillus thuringiensis, apresenta atividade tóxica contra espécies das ordens Lepidoptera, Diptera, Hymenoptera e Coleoptera, dentre outras. Dentre as principais características das toxinas produzidas pelo B. thuringiensis tem-se a especificidade aos insetos e biodegradação, tornando a utilização deste microrganismo viável economicamente e ecologicamente, uma vez que evita a contaminação do meio ambiente, e adicionalmente, preserva os inimigos naturais. De acordo com a literatura especializada, estirpes de B. thuringiensis apresentam grande variabilidade genética e neste sentido a utilização da PCR (Polymerase Chain Reaction) apresenta grande destaque, pois auxilia na identificação e caracterização de genes codificadores de δ-endotoxinas, direcionando os trabalhos de bioensaios. Desta forma, o presente trabalho tem como objetivo desenvolver uma metodologia de identificação das principais proteínas (Cry) que compõem os produtos comerciais. Para isso foram selecionados dois produtos comerciais (P1 e P2). Cerca de 1 ml de cada produto foi depositado em placas de petri contendo meio de cultura, e espalhados com uma alça de Drigalski, estas placas foram acondicionadas a temperatura de 28°C por um período de 3 dias para crescimento das colônias bacterianas. Em seguida, realizou-se a obtenção de DNA para identificação das proteínas Cry. Seis proteínas Cry de B. thuringiensis (Cry1Aa, Cry1Ab, Cry1Ac, Cry1C, Cry1D e Cry1F) foram selecionadas para identificação nos bioinseticidas escolhidos. Quando submetidos ao teste com o primer geral Gray-cry1, o qual confirma a presença de genes Cry1, somente o P1 apresentou amplificação molecular, ou seja, presença de proteínas Cry em sua formulação. Diferentemente, de P1, P2 não demostrou presença de nenhuma banda em gel de agarose, o que nos permite concluir que não há presença de proteínas Cry, mesmo estas estando teoricamente presentes na formulação de P2. Este dado é de extrema importância uma vez que molecularmente foi possível comprovar a formulação proteica do bioinseticida P1, pois o perfil molecular foi condizente com a presença/ausência de bandas referentes as proteínas do produto. Os resultados deste trabalho vêm somar com predição de resultados a campo no que diz respeito a efetividade do bioinseticida.

scholarly journals Deleções do DNA Mitocondrial no Envelhecimento: Efeito da Disfunção na Fosforilação Oxida tiva

1999 ◽  
Vol 5 (3) ◽  
pp. 65-66
Author(s):  
Celia Harumi Tengan
Keyword(s):  
Polymerase Chain Reaction ◽  
Chain Reaction ◽  
Pcr Polymerase Chain Reaction ◽  
Polymerase Chain

Vários estudos descreveram o acúmulo de uma deleção do DNA mitocondrial (DNAmt), denominada de deleção comum, em tecidos pós-mitóticos durante o processo de envelhecimento. Esses achados levaram A hipótese de que radicais livres, gerados dentro da mitocandria, poderiam lesar o DNAmt durante a vida normal. Acredita-se que um defeito no funciomento da cadeia respirat6ra, decorrente da lesão do DNAmt, levaria a um aumento na produção de radicais livres, que por sua vez, lesariam o DNAmt, criando um ciclo vicioso é um fator importante no acúmulo de deleções do DNAmt, pacientes com deficiência da função oxidativa (independente do defeito primário) deveriam apresentar um acúmulo acelerado de deleções do DNAmt. Nós testamos esta hipótese através de três analises: (a) comparação dos níveis de deleção comum em controles normais e pacientes com doenças mitocondriais geneticamente caracterizadas e associadas com uma mutação do DNAmt; (b) análise da cosegregação da deleção comum (associada com o envelhecimento) com uma mutação de ponto patogênica do DNAmt; e (c) detecção de deleções múltiplas do DNAmt através de PCR (polymerase chain reaction) longo em controles e pacientes com doenças mitocondriais. Observamos uma correlação positiva entre a idade e MN/6s de deleção comum em controles (r = 0,80) e pacientes (r = 0,69). As inclinações das curvas eram semelhantes, sugerindo que a taxa de acúmulo da deleção comum associada com a idade era a mesma em ambos os grupos. Não conseguimos observar a co-segregação das moléculas de DNAmt contendo a mutação de ponto com a deleção comum e nem aumento no número de deleções em pacientes. Nossos resultados não suportam a hipótese de que o ciclo vicioso (lesão do DNAmt afeta a função da cadeia respiratória, levando a uma maior produção de radicais livres que, por sua vez, provocaria mais lesão do DNAmt) é um fator importante no acúmulo de deleções do DNAmt no processo de envelhecimento.

Diagnostic biologique précoce de la leptospirose par PCR (polymerase chain reaction)

1993 ◽  
Vol 14 (6) ◽  
pp. 578
Author(s):  
B. Dell'isola ◽  
I. Saint Girons ◽  
P. Amouriaux ◽  
G. Baranton ◽  
A.M. El Maleh ◽  
...  
Keyword(s):  
Polymerase Chain Reaction ◽  
Chain Reaction ◽  
Pcr Polymerase Chain Reaction ◽  
Polymerase Chain ◽  
Diagnostic Biologique

Characterization ofBacillus thuringiensismutants and natural isolates by molecular methods

1997 ◽  
Vol 43 (5) ◽  
pp. 403-410 ◽  
Author(s):  
Yong Chul Jung ◽  
Sung Uk Kim ◽  
Song Hae Bok ◽  
Ho Yong Park ◽  
Jean-Charles Côté ◽  
...  
Keyword(s):  
Polymerase Chain Reaction ◽  
Bacillus Thuringiensis ◽  
Polyacrylamide Gel Electrophoresis ◽  
Sodium Dodecyl ◽  
Rice Grain ◽  
Chain Reaction ◽  
Hyphantria Cunea ◽  
Natural Isolates ◽  
Grain Dust ◽  
Polymerase Chain

Two Bacillus thuringiensis var. kurstaki HD-1 mutants, two Bacillus thuringiensis var. israelensis HD-500 mutants, and four rice grain dust isolates were characterized using microscopic examination and protein profiles of purified crystals on sodium dodecyl sulfate – polyacrylamide gel electrophoresis. Specific detection of cryI- and cryIV-type genes was performed in a polymerase chain reaction using cryI and cryIV-specific oligonucleotide primers. The cry-type genes under study consisted of cryIA(a), cryI(A)b, cryI(A)c, cryIB, and cryIV. Presence or absence of the cryI- and cryIV-type genes was further confirmed by Southern blotting followed by hybridization with specific cryI and cryIV gene fragments. A genetically modified strain of B. thuringiensis var. kurstaki HD-1, called OZK-13 and obtained following mutagenesis with ozone, was shown to contain cryIA(a), cryIA(b), and cryIA(c) genes. Another kurstaki HD-1 mutant, called NGK-13 and obtained following treatment with N-methyl-N′-nitro-N-nitrosoguanidine (MNNG), was shown to have lost the cryIA(b) gene while retaining the cryIA(a) and cryIA(c) genes. NGI-23-1, an oligosporogenous–multicrystalliferous mutant of B. thuringiensis var. israelensis (Bti) HD-500, obtained following treatment with MNNG contained cryIV-type genes. NGI-22, an oligosporogenous–acrystalliferous mutant of Bti HD-500, contained no cryI- nor cryIV-type genes. The rice grain dust isolate BT-285 contained the cryIA(a) and cryIA(c) genes. Isolate BT-14 contained only the cryIA(c) gene, whereas isolate BT-209 contained cryIA(a), cryIA(b), and cryIB genes. Isolate BT-205 contained no cryI- nor cryIV-type genes. Bacillus thuringiensis mutants and natural isolates shown to contain cryI-type genes were tested for their insecticidal activities in a series of bioassays against Hyphantria cunea Drury (Lepidoptera: Arctiidae). All cryI-carrying strains were toxic against the insect larvae. BT-205 was also tested and exhibited no toxicity against the insect larvae.Key words: Bacillus thuringiensis, δ-endotoxin crystal, cry-type genes, polymerase chain reaction.

scholarly journals OPTIMALISASI PCR IKAN TONGKOL KRAI (Auxis thazard) DAN LISONG (Auxis rochei) PADA ANALISIS KERAGAMAN GENETIK

2019 ◽  
Vol 11 (2) ◽  
pp. 95
Author(s):  
Raymon Rahmanov Zedta ◽  
Bram Setyadji
Keyword(s):  
Genetic Diversity ◽  
Polymerase Chain Reaction ◽  
Chain Reaction ◽  
Temperature Range ◽  
Pcr Polymerase Chain Reaction ◽  
Fisheries Resources ◽  
Pcr Product ◽  
Tuna Fishing ◽  
Polymerase Chain

Ikan tongkol lisong dan krai merupakan salah satu jenis tuna yang berperan nyata untuk usaha perikanan tangkap di Indonesia. Pengelolaan sumberdaya ikan tersebut harus selalu dapat dilakukan untuk menjaga tingkat pemanfaatannya supaya tidak lebih tangkap. Kajian keragaman genetik merupakan salah satu teknik dalam pengelolaan pemanfaatan sumberdaya perikanan dengan cara mengetahui tingkat keragaman genetik pada suatu struktur populasi. Kajian keragaman genetik ini diharapkan dapat menjadi basis kajian stok dan opsi dalam pengelolaan sumberdaya perikanan tongkol agar pemanfaatannya dapat dilakukan secara berkelanjutan. Awal mula analisis keragaman genetik dilakukan dengan memperbanyak DNA secara in vitro menggunakan teknik PCR (Polymerase Chain Reaction). Keberhasilan proses PCR dipengaruhi oleh beberapa faktor seperti suhu dan waktu penempelan oligonukleotida primer. Berdasarkan hal tersebut, penelitian ini bertujuan untuk mengetahui suhu dan waktu optimal pada primer Aro2-38. Sampel penelitian diperoleh dari hasil tangkapan pukat cincin yang didaratkan di PPN Palabuhanratu, Jawa Barat. Optimasi PCR menggunakan 12 suhu dan 2 waktu penempelan yang berbeda yaitu : 520C; 52,80C; 540C; 55,50C; 57,20C; 59,10C; 60,90C; 62,80C; 64,50C; 65,90C; 67,20C dan 680C, dan suhu penempelan 30 dan 15 detik. Hasil analisis menunjukkan bahwa produk PCR optimum (menghasilkan pita alel DNA) pada ikan tongkol krai berhasil waktu penempelan 30 detik dengan rentang suhu 52-540C. Sedangkan pada sampel ikan tongkol lisong, produk PCR yang optimum muncul pada waktu penempelan 15 dan 30 detik, dengan rentang suhu 52-60,90C.Frigate and bullet tuna constitute one of tuna species that plays a significant role in Indonesian fishing business. Management of fisheries resources must always be done to maintain the level of utilization so that it is not excessive. Genetic study is one of techniques in managing fisheries resource utilization by knowing the level of genetic diversity in a population structure. This genetic diversity study is expected to be the basis and option in the management of tuna fishing resources so that their utilization can be carried out sustainably. Genetic diversity analysis is start by multiplying fish DNA using PCR (Polymerase Chain Reaction) technique. The success of the PCR process is influenced by several factors such as temperature and time of primary oligonucleotide attachment. Based on this, this study aims to determine the optimal temperature and time in primers Aro2-38. The research sample was obtained from the catch of purse seine landed in PPN Palabuhanratu, West Java. PCR optimization uses 12 temperatures and 2 different annealing times: 520C; 52.80C; 54ÚC; 55,50C; 57.20C; 59.10C; 60.90C; 62.80C; 64,50C; 65,90C; 67.20C and 680C, and the annealing times are 30 and 15 seconds. The results of the analysis showed that the optimum PCR product (producing DNA allele bands) on the cretaceous tuna was successfully pasted for 30 seconds with a temperature range of 52-540C. Whereas in the sample of tuna lisong, the optimum PCR product appeared at the time of attachment of 15 and 30 seconds, with a temperature range of 52-60.90C.

scholarly journals PCR(Polymerase Chain Reaction) Detection of Phytoplasma in Phloem Sap Collected by Laser Stylectomy.

1996 ◽  
Vol 62 (2) ◽  
pp. 177-180
Author(s):  
Mamoru SATO ◽  
Shigetou NAMBA ◽  
Maki KATSUHARA ◽  
Hiromu KAWAKITA ◽  
Wataru MITSUHASHI ◽  
...  
Keyword(s):  
Polymerase Chain Reaction ◽  
Polymerase Chain Reaction Detection ◽  
Chain Reaction ◽  
Phloem Sap ◽  
Pcr Polymerase Chain Reaction ◽  
Polymerase Chain

scholarly journals DESAIN PRIMER SPESIFIK UNTUK DETEKSI DINI PENYAKIT VIBRIOSIS PADA UDANG PENAEID

2014 ◽  
Vol 8 (1) ◽  
pp. 131 ◽  
Author(s):  
Ince Ayu Khairana Kadriah ◽  
Endang Susianingsih ◽  
Sukenda Sukenda ◽  
Munti Yuhana ◽  
Enang Harris
Keyword(s):  
Polymerase Chain Reaction ◽  
Vibrio Harveyi ◽  
Chain Reaction ◽  
Pcr Polymerase Chain Reaction ◽  
Polymerase Chain

Serangan Vibriosis, yang disebabkan oleh Vibrio harveyi berpendar pada budidaya udang telah menyebabkan penurunan yang signifikan dalam produksi, baik pada pembenihan maupun di tambak pembesaran. Pengembangan metode deteksi cepat berbasis PCR (Polymerase Chain Reaction) sangat penting untuk mencegah penularan vibriosis. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengembangkan metode cepat deteksi vibriosis pada udang penaeid dengan menggunakan penanda molekuler yang spesifik. PCR berbasis deteksi gen spesifik dilakukan menggunakan primer spesifik toxR, haemolysin (vvh), dan gyrB. Dari 35 isolat, 22 isolat yang terdeteksi memiliki gen spesifik toxR, haemolysin (vvh) dan gen gyrB dan 9 isolat terdeteksi memiliki dua gen tertentu. Penanda molekuler spesifik telah dirancang menggunakan data urutan gen penyandi protein haemolysin dan gyrase. Desain pasangan primer yang didasarkan pada program perangkat lunak dari Primer3 dan secara manual menggunakan program perangkat lunak Bioedit. Tiga pasangan primer untuk gen haemolysin dan dua primer gyrase telah diperoleh dan dipilih sebagai primer.

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