Bacillus thuringiensis, apresenta atividade tóxica contra espécies das ordens Lepidoptera, Diptera, Hymenoptera e Coleoptera, dentre outras. Dentre as principais características das toxinas produzidas pelo B. thuringiensis tem-se a especificidade aos insetos e biodegradação, tornando a utilização deste microrganismo viável economicamente e ecologicamente, uma vez que evita a contaminação do meio ambiente, e adicionalmente, preserva os inimigos naturais. De acordo com a literatura especializada, estirpes de B. thuringiensis apresentam grande variabilidade genética e neste sentido a utilização da PCR (Polymerase Chain Reaction) apresenta grande destaque, pois auxilia na identificação e caracterização de genes codificadores de δ-endotoxinas, direcionando os trabalhos de bioensaios. Desta forma, o presente trabalho tem como objetivo desenvolver uma metodologia de identificação das principais proteínas (Cry) que compõem os produtos comerciais. Para isso foram selecionados dois produtos comerciais (P1 e P2). Cerca de 1 ml de cada produto foi depositado em placas de petri contendo meio de cultura, e espalhados com uma alça de Drigalski, estas placas foram acondicionadas a temperatura de 28°C por um período de 3 dias para crescimento das colônias bacterianas. Em seguida, realizou-se a obtenção de DNA para identificação das proteínas Cry. Seis proteínas Cry de B. thuringiensis (Cry1Aa, Cry1Ab, Cry1Ac, Cry1C, Cry1D e Cry1F) foram selecionadas para identificação nos bioinseticidas escolhidos. Quando submetidos ao teste com o primer geral Gray-cry1, o qual confirma a presença de genes Cry1, somente o P1 apresentou amplificação molecular, ou seja, presença de proteínas Cry em sua formulação. Diferentemente, de P1, P2 não demostrou presença de nenhuma banda em gel de agarose, o que nos permite concluir que não há presença de proteínas Cry, mesmo estas estando teoricamente presentes na formulação de P2. Este dado é de extrema importância uma vez que molecularmente foi possível comprovar a formulação proteica do bioinseticida P1, pois o perfil molecular foi condizente com a presença/ausência de bandas referentes as proteínas do produto. Os resultados deste trabalho vêm somar com predição de resultados a campo no que diz respeito a efetividade do bioinseticida.