protein truncation test
Recently Published Documents


TOTAL DOCUMENTS

77
(FIVE YEARS 1)

H-INDEX

18
(FIVE YEARS 0)

2016 ◽  
Vol 101 (12) ◽  
pp. 4611-4617 ◽  
Author(s):  
Shinya Uchino ◽  
Hideki Ishikawa ◽  
Akira Miyauchi ◽  
Mitsuyoshi Hirokawa ◽  
Shiro Noguchi ◽  
...  

Context: The cribriform-morula variant of papillary thyroid carcinoma (CMV-PTC) is a rare variant of PTC and is associated with familial adenomatous polyposis (FAP). However, the incidence and the nature of CMV-PTC among FAP patients have not been well characterized. Objective: The aim of this study was to determine the incidence and characteristics of thyroid cancer screened by neck ultrasonography for FAP patients. Design, Patients, and Intervention: A total of 129 FAP patients were included in this study. Neck ultrasonography was performed using a 12.0-MHz transducer probe. Germline APC gene mutation was examined for by the protein truncation test or DNA sequencing methods. Results: Twenty-one patients (16.3%) had solid nodules, and 24 patients (18.6%) had benign cystic nodules. In total, PTC was found in 11 patients (16% of the women and 0% of the men), 8 of which were CMV-PTC and the rest were classical PTC. In 17 female patients with thyroid nodules, CMV-PTC occurred in 8 of 9 patients who were 35 years age or younger but in none of the 8 patients who were older than 35 (P = .0004 by Fisher’s exact test). The APC germline mutations in 8 patients with CMV-PTC were present at the 5′ side of the profuse type of FAP region (codons 1249–1330). Conclusions: The prevalence of CMV-PTC in FAP patients was higher than previously reported and this type of tumor was found preferentially in younger (under age 35) female patients with FAP in this cohort.


2015 ◽  
Author(s):  
Νικολέτα Πουμπουρίδου

Πρόσφατες μελέτες συμπεριλαμβάνουν το γονίδιο PALB2 (Partner and localizer ofBRCA2) στην συνεχώς αυξανόμενη λίστα των γονιδίων κληρονομούμενου καρκίνου του μαστού. Εντοπίζεται στη χρωμοσωμική περιοχή 16p12.1 και αποτελείται από 13 εξόνια που μεταγράφουν mRNA περίπου 3,5 Kb που κωδικοποιεί μια πρωτεΐνη 1186 αμινοξέων. Τα εξόνια 4 και 5 είναι αισθητά μεγαλύτερα από όλα τα άλλα (65 % του γονιδίου). Οι παθογνωμικές μεταλλάξεις του προσδίδουν έναν σοβαρό κίνδυνο καρκίνου του μαστού στους ετεροζυγώτες και αναιμία Fanconi στους φορείς διαλληλικών μεταλλάξεων (γι’ αυτό αλλιώς ονομάζεται και FANCN). Οι μεταλλάξεις του είναι σπάνιες και έχουν ανιχνευθεί στο 1-2 % των BRCA αρνητικών γυναικών με καρκίνο του μαστού. Η πρωτεΐνη PALB2 αποτελεί τον συνδετικό κρίκο των BRCA2 και BRCA1 που εντοπίζονται στον πυρήνα και συμμετέχει στην επιδιόρθωση των σπασιμάτων της διπλής έλικας του DNA μέσω του αλάθητου ομόλογου ανασυνδυασμού. Η σημαντική του συνεισφορά θα μπορούσε να περιοριστεί αρκετά,εκτός από την ύπαρξη μεταλλάξεων, εάν επηρεαζόταν από επιγενετικούς μηχανισμούς όπως την μεθυλίωση των CpG νησίδων του υποκινητή. Σ’ αυτή την περίπτωση, οι ασθενείς θα μπορούσαν να ωφεληθούν από θεραπευτική αγωγή μεPARP αναστολείς.Σκοπός της εργασίας ήταν: Α) η πλήρη γενετική μελέτη του γονιδίου PALB2 για την εύρεση τυχόν μεταλλάξεων σε δείγματα DNA περιφερικού αίματος ασθενών με κληρονομούμενο καρκίνο του μαστού και των ωοθηκών Β) η ανάλυση έκφρασης του γονιδίου PALB2 σε δείγματα ιστού ασθενών με σποραδικό καρκίνο του μαστού για τον εντοπισμό τυχόν επιγενετικών μηχανισμών που να εμποδίζουν την έκφρασή του. Μέθοδοι. Για τη γενετική ανάλυση των μεγάλων εξονίων του γονιδίου (εξόνιο 4 και 5)αναπτύχθηκε νέα μεθοδολογία PTT (Protein Truncation Test) ενώ για τα υπόλοιπα μικρά εξόνια του γονιδίου εφαρμόστηκε μεθοδολογία HRMA. Τα αποτελέσματα επιβεβαιώθηκαν σ’ όλα τα δείγματα με την μεθοδολογία DNA Sequencing που είχε αναπτυχθεί από την ομάδα μας. Επιπλέον, το γονίδιο ελέγχθηκε και για μεγάλες γενωμικές αναδιατάξεις με την μέθοδο MLPA. Για την ανάλυση έκφρασης του γονιδίου PALB2, αναπτύχθηκαν και επικυρώθηκαν μεθοδολογίες pyrosequencing για την μελέτη μεθυλίωσης του υποκινητή του γονιδίου και RT-qPCR με ανιχνευτή TaqMan στο Light Cycler για την ποσοτικοποίηση τωνPALB2 mRNA μεταγράφων. Απομονώθηκε RNA από 91 καρκινικά δείγματα (και 4 φυσιολογικά) και παράχθηκε cDNA. Στην συνέχεια έγινε προσπάθεια επιβεβαίωσης των αποτελεσμάτων έκφρασης με PALB2 πολυκλωνικό αντίσωμα με την μέθοδο της ανοσοϊστοχημείας (IHC).Αποτελέσματα – Συμπεράσματα γενετικής ανάλυσης PALB2 γονιδίου. Κατά τη γενετική ανάλυση 57 δειγμάτων (ανάμεσά τους 15 με μυελοειδή καρκίνο του μαστού) βρέθηκε σε δύο δείγματα η παρανοηματική μετάλλαξη Q599R, σε πέντε η συνώνυμη μετάλλαξη Τ1100Τ και σε ένα μια νέα ιντρονική μετάλλαξη. Όλες θεωρούνται πολυμορφισμοί και δεν ανιχνεύθηκε παθογνωμική μετάλλαξη. Η MLPAανάλυση απέβηκε αρνητική σ’ όλα τα δείγματα. Η μελέτη αυτή είναι η πρώτη καταγεγραμμένη PALB2 γενετική ανάλυση στον σπάνιο υπότυπο των μυελοειδών καρκινωμάτων μαστού.Αποτελέσματα – συμπεράσματα έκφρασης PALB2 γονιδίου. Κατά τη μελέτη μεθυλίωσης του υποκινητή του γονιδίου δε βρέθηκε κανένα δείγμα που να είναι μεθυλιωμένο, συνεπώς η μεθυλίωση του DNA δεν φαίνεται να είναι ένας πιθανός μηχανισμός αποσιώπησης του γονιδίου. Κατά την ανάλυση έκφρασης με RTqPCR,4 δείγματα από τα 91 δεν εμφάνισαν έκφραση. Το γεγονός αυτό διερευνήθηκε περαιτέρω με πειράματα ανοσοϊστοχημείας. Κατέδειξαν μόνο κυτταροπλασματική χρώση της PALB2 πρωτεΐνης και καθόλου πυρηνική όπως αναμενόταν γεγονός που πιθανόν οφείλεται σε ελαττωματικό αντίσωμα και συνεπώς δεν μπορούσε να εξαχθεί συμπέρασμα για τον λόγο μη έκφρασης του γονιδίου. O μέσος όρος των αντιγράφων ήταν 7,23×104copies/μg ολικού RNA, ενώ η μέση τιμή ήταν 1,34×104copies/μg(εύρος 3,51×10 to 1,23×106copies/μg). Έγινε προσπάθεια συσχέτισης των επιπέδωνPALB2 mRNA με τα κλινικά και ιστοπαθολογικά χαρακτηριστικά των όγκων που αναλύθηκαν (μέγεθος όγκου, βαθμός, λεμφαδένες, μετάσταση, ορμονικούς υποδοχείς, C-ERBB2 έκφραση) ωστόσο δεν βρέθηκε κάποιος στατιστικά σημαντικός συσχετισμός. Δεν φαίνεται λοιπόν να αποτελεί η PALB2 έκφραση καλό προγνωστικό και προβλεπτικό δείκτη.


2015 ◽  
pp. 6-10
Author(s):  
Alex M. Garvin ◽  
Hj. M�ller ◽  
Rodney J. Scott

2012 ◽  
Vol 2012 ◽  
pp. 1-11 ◽  
Author(s):  
Rebecca Schüle ◽  
Christine Dictus ◽  
Benito Campos ◽  
Feng Wan ◽  
Jörg Felsberg ◽  
...  

Aberrantwntpathway activation through cytoplasmic stabilization ofβ-catenin is crucial for the development of various human malignancies. In gliomagenesis, the role of canonical (i.e.,β-catenin-dependent) signalling is largely unknown. Here, we studied canonicalwntpathway activation in 15 short-term cultures from high-grade gliomas and potential pathomechanisms leading to cytoplasmicβ-catenin accumulation. Furthermore, we assessed the prognostic relevance ofβ-catenin expression in a tissue microarray comprising 283 astrocytomas. Expression ofβ-catenin, its transcriptional cofactors TCF-1 and TCF-4 as well as GSK-3βand APC, constituents of theβ-catenin degradation complex was confirmed by RT-PCR in all cultures. A cytoplasmicβ-catenin pool was detectable in 13/15 cultures leading to some transcriptional activity assessed by luciferase reporter gene assay in 8/13. Unlike other malignancies, characteristic mutations ofβ-catenin and APC leading to cytoplasmic stabilization ofβ-catenin were excluded by direct sequencing or protein truncation test. In patient tissues,β-catenin expression was directly and its degradation product's (β-catenin-P654) expression was inversely correlated with WHO grade. Increasedβ-catenin expression and lowβ-catenin-P654 expression were associated with shorter survival. Altogether, we report on potential canonicalwntpathway activation in high-grade gliomas and demonstrate thatβ-catenin expression in astrocytomas is associated with increased malignancy and adverse outcome.


2010 ◽  
Vol 12 (5) ◽  
Author(s):  
Mark J Lim ◽  
Gabriel J Foster ◽  
Sadanand Gite ◽  
Heather P Ostendorff ◽  
Steven Narod ◽  
...  

2010 ◽  
Vol 132 (14) ◽  
pp. 5091-5095 ◽  
Author(s):  
Evangelos C. Petrakis ◽  
Ioannis A. Trantakis ◽  
Despina P. Kalogianni ◽  
Theodore K. Christopoulos

Sign in / Sign up

Export Citation Format

Share Document