Utilisation des proprits de PCR en temps rel pour estimer la charge virale

La quantité de virus présent dans un tissu ou un fluide biologique, appelée charge virale, est devenue un paramètre biologique essentiel pour le diagnostic, le pronostic et le suivi thérapeutique des infections virales comme le COVID-19.

Evidence of virological failure in patients on second-line anti-retroviral therapy in Southwestern Nigeria: An indication for HIV drug resistance testing

Background: In sub-Saharan Africa where genotypic anti-retroviral (ARV) drug resistance testing is rarely performed and poor adherence is blamed for the inability to achieve viral suppression and treatment failure, programmatic approaches to preventing and handling these are essential. This study was aimed at assessing the virological outcomes among HIV patients receiving second-line anti-retroviral therapy (ART) in Southwestern Nigeria.Methodology: This was a 5-year observational retrospective study of randomly selected people living with HIV (PLWHIV) who have been switched to second-line ART for at least six months before the commencement of the study in multiple comprehensive ART sites across the three levels of care, in Ondo and Ekiti States, Southwestern Nigeria, from January 2015 to December 2019. Quantitative viral load analysis was done using polymerase chain reaction (PCR) assay. Data were analyzed using the Statistical Package for Social Sciences (SPSS) version 24.0.Results: A total of 249 (71 males and 178 females) subjects eligible for the study were recruited using simple random sampling technique. The mean age (± SD) of the subjects was 44.21 ± 11.45 years. The mean number of years the patients have been on ART regimen was 7.92 ± 2.68 years. The mean number of years the patients were on first line ART regimen before being switched to second line was 4.27 ± 2.63 years. Patients with viral load <1000 RNA copies/ml (suppressed viral load) were 216 (86.7%) out of which 113 (45.4%) had viral load <20 RNA copies/ml while 33 (13.3%) had viral load >1000 RNA copies/ml (unsuppressed viral load or virological failure).Conclusion: About 13% of the patients on second line ART had unsuppressed viral load of more than 1000 RNA copies/ml indicating virological failure. Thus, critical factors such as poor adherence to ART and drug resistance chiefly contributing to virological failure have to be routinely checked. Keywords: suppression, ART, resistance, virological, failure, Nigeria French title: Preuve d'échec virologique chez les patients sous traitement antirétroviral de deuxième intention dans le sud-ouest du Nigeria: une indication pour le test de résistance aux médicaments contre le VIH Contexte: En Afrique subsaharienne, où les tests génotypiques de résistance aux antirétroviraux (ARV) sont rarement effectués et où une mauvaise observance est imputée à l'incapacité d'obtenir la suppression virale et l'échec du traitement, des approches programmatiques pour les prévenir et les gérer sont essentielles. Cette étude visait à évaluer les résultats virologiques chez les patients VIH recevant un traitement antirétroviral (TAR) de deuxième intention dans le sud-ouest du Nigeria. Méthodologie: Il s'agissait d'une étude rétrospective d'observation de 5 ans portant sur des personnes vivant avec le VIH (PVVIH) sélectionnées au hasard et passées à un TAR de deuxième intention pendant au moins six mois avant le début de l'étude dans plusieurs sites de TAR complets aux trois niveaux. de soins, dans les États d'Ondo et d'Ekiti, dans le sud-ouest du Nigéria, de janvier 2015 à décembre 2019. L'analyse quantitative de la charge virale a été effectuée à l'aide d'un test de réaction en chaîne par polymérase (PCR). Les données ont été analysées à l'aide du logiciel Paquet statistique pour les sciences sociales (SPSS) version 24.0. Résultats: Un total de 249 (71 hommes et 178 femmes) sujets éligibles à l'étude ont été recrutés à l'aide d'une technique d'échantillonnage aléatoire simple. L'âge moyen (± ET) des sujets était de 44,21±11,45 ans. Le nombre moyen d'années pendant lesquelles les patients ont été sous traitement antirétroviral était de 7,92±2,68 ans. Le nombre moyen d'années pendant lesquelles les patients étaient sous traitement antirétroviral de première ligne avant de passer en deuxième ligne était de 4,27 ± 2,63 ans. Les patients avec une charge virale <1000 copies d'ARN/ml (charge virale supprimée) étaient 216 (86,7%) dont 113 (45,4%) avaient une charge virale <20 copies d'ARN/ml tandis que 33 (13,3%) avaient une charge virale >1000 ARN copies/ml (charge virale non supprimée ou échec virologique). Conclusion: Environ 13 % des patients sous TAR de deuxième ligne avaient une charge virale non supprimée de plus de 1000 copies d'ARN/ml indiquant un échec virologique. Ainsi, les facteurs critiques tels qu'une mauvaise adhésion au TARV et la résistance aux médicaments contribuant principalement à l'échec virologique doivent être systématiquement vérifiés. Mots clés: suppression, TAR, résistance, virologique, échec, Nigeria

Long term outcomes of highly active antiretroviral therapy in HIV infected Nigerians and those co-infected with hepatitis B and C viruses

Background: HIV co-infection with hepatitis B (HBV) and/or hepatitis C virus (HCV) is common, largely due to shared routes of transmission, but paucity of data exists for long term treatment outcomes of HIV infected patients, and those co-infected with HBV and HCV despite the high burden in Nigeria. The aim of study was to describe the longterm treatment outcomes in HIV infected Nigerians and to assess the effect of HBV and HCV co-infections on longterm response to antiretroviral therapy (ART).Methodology: This was a retrospective study of HIV infected adults (> 18 years old) consecutively initiating ART between July 2004 and December 2007, who were followed up for 7 years (2011 and 2014). HBV and HCV infections were diagnosed by detection of serum hepatitis B surface antigen (HBsAg) and HCV antibody (HCVAb) respectively. HIV viral load and CD4 count were monitored 3-monthly after initiating ART, and treatment outcomes based on these were compared between patients with HIV mono-infection, HIV/HBV, HIV/HCV and HIV/HBV/HCV co-infections. Clinical and laboratory data of the patients were abstracted from the medical databases, FileMaker Pro, v 10, entered into Microsoft Excel, and analyzed using SPSS version 20.0.Results: A total of 2,800 adults were evaluated (median age of 35.5 years; 64.2% female), of whom 197 (7.0%) were co-infected with HBV, 53 (1.9%) with HCV, and 15 (0.5%) with HBV and HCV. During the 7-year period, 369 (13.2%) patients were lost to follow up. Immune reconstitution, measured by CD4 recovery, was lower in both HBV and HCV co-infections compared to HIV mono-infection, but this was not statistically significant (p>0.05). Median baseline HIV viral load was 4.63 log copies/ml for all groups, which decreased to undetectable level at a median time of 6 months and remained so for the study duration.Conclusion: This study revealed a higher virologic failure among HIV/HCV co-infected group compared to other groups. No immunological difference in ART treatment outcomes between HIV mono-infected and those co-infected with HBV and HCV after 7-year follow-up. Gradual rise in CD4 was found to be an immunological evidence of the body’s recovery from HIV, buttressed by the drop in viral load over the 7-year period. Keywords: ART, HIV, HBV, HCV co-infection, long term outcomes English title: Résultats à long terme du traitement antirétroviral hautement actif chez les Nigérians infectés par le VIH et ceux co-infectés par les virus des hépatites B et C Contexte: La co-infection par le VIH avec l'hépatite B (VHB) et/ou le virus de l'hépatite C (VHC) est courante, engrande partie en raison des voies de transmission partagées, mais il existe peu de données sur les résultats dutraitement à long terme des patients infectés par le VIH, et ceux co -infectés par le VHB et le VHC malgré le fardeau élevé au Nigéria. Le but de l'étude était de décrire les résultats du traitement à long terme chez les Nigérians infectés par le VIH et d'évaluer l'effet des co-infections par le VHB et le VHC sur la réponse à long terme au traitement antirétroviral (TAR).Méthodologie: Il s'agissait d'une étude rétrospective sur des adultes infectés par le VIH (>18 ans) ayant commencé un traitement antirétroviral consécutivement entre juillet 2004 et décembre 2007, suivis pendant 7 ans (2011 et 2014). Les infections par le VHB et le VHC ont été diagnostiquées par détection de l'antigène de surface sérique de l'hépatite B (AgHBs) et des anticorps anti-VHC (HCVAb) respectivement. La charge virale du VIH et la numération des CD4 ont été surveillées tous les trois mois après le début du TAR, et les résultats du traitement basés sur ceuxci ont été comparés entre les patients atteints de mono-infection VIH, VIH/VHB, VIH/VHC et VIH/VHB/VHC. Les données cliniques et de laboratoire des patients ont été extraites des bases de données médicales, FileMaker Pro, v 10, saisies dans Microsoft Excel et analysées à l'aide de SPSS version 20.0.Résultats: Un total de 2800 adultes ont été évalués (âge médian de 35,5 ans; 64,2% de femmes), dont 197 (7,0%) étaient co-infectés par le VHB, 53 (1,9%) par le VHC et 15 (0,5%) par le VHB et VHC. Au cours de la période de 7 ans, 369 (13,2%) patients ont été perdus de vue. La reconstitution immunitaire, mesurée par la récupération des CD4, était plus faible dans les co-infections par le VHB et le VHC que dans la mono-infection par le VIH, mais cela n'était pas statistiquement significatif (p>0,05). La charge virale VIH de base médiane était de 4,63 log copies / ml pour tous les groupes, ce qui a diminué à un niveau indétectable à une période médiane de 6 mois et le reste pendant toute la durée de l'étude.Conclusion: Cette étude a révélé un échec virologique plus élevé parmi le groupe co-infecté par le VIH / VHC par rapport aux autres groupes. Aucune différence immunologique dans les résultats du traitement TAR entre le VIH mono-infecté et ceux co-infectés par le VHB et le VHC après un suivi de 7 ans. L’augmentation progressive des CD4 s’est avérée être une preuve immunologique de la guérison du corps du VIH, étayée par la baisse de la charge virale au cours de la période de 7 ans. Mots clés: TAR, VIH, VHB, co-infection par le VHC, résultats à long terme

Diagnostic de la primo-infection à VIH dans les centres de santé du District de Bamako, Mali

Introduction Le diagnostic de primo-infection reste insuffisamment évoqué compte tenu des moyens de diagnostic limités dans le contexte des pays à ressources limitées. Ce travail a pour but d'identifier les cas d'infection aigüe à VIH dans le district de Bamako au Mali. Méthodologie Il s'agit d'une étude prospective transversale et descriptive réalisée chez les tout-venants en consultation dans 12 centres de santé, de conseil et de dépistage volontaire de Bamako. La démarche du diagnostic consistait à utiliser une approche clinique combinée à un counseling permettant d'obtenir les symptômes et les comportements à risque et une approche biologique consistant à réaliser les tests de diagnostic du VIH. Les marqueurs biologiques recherchés et la détermination des stades de l'infection aigüe ont été faits comme décrits par Fiebig et al. Résultats Sur 29130 sujets dépistés dans les 12 centres tous cas confondus, 19 avaient une infection aigue avec une anomalie hématologique associée (thrombopénie, lymphopénie ou neutropénie). La charge virale médiane était de 58108 copies/ml (4,8Log10), le CD4 médian de 339 cellules/mm3 et le CD8 médian de 772 cellules/mm3. Les stades d'infection aigues étaient les suivants : stade 1 (5 cas), stade II (1 cas), stade III (6 cas) et stade IV (7 cas). Le facteur d'exposition le plus fréquent était le rapport sexuel non protégé retrouvé dans 14 cas. Conclusion Dans le renforcement du dépistage, un accent particulier devrait être mis sur l'identification des infections aigues avec un renforcement du counseling dans les groupes à risque d'exposition élevé