Phenotypic identification of soil bacterial and fungal communities inhabiting an archaeological monument at Augustine University, Ilara Epe, southwest Nigeria

Background: The Sungbo Eredo Monument is an ancient public work with a system of defensive walls and ditches located in Eredo Local Council Development Area of Epe, Lagos State, southwest Nigeria. A huge section of the monument cuts through the Augustine University campus, forming two-sided vertical walls with a deep ridge in-between. The objective of this investigative study is to determine the microbial profile of soil samples from the monument in the University campus. Methodology: Soil samples were collected from the topsoil at a depth of 7.5cm from four randomly selected points along the edge of the monument. The samples were transported to the microbiology laboratory of the Department of Biological Sciences of Augustine University for analysis. Samples were cultured on Nutrient agar (NA) and incubated aerobically for 24-48 hours for bacteria isolation and on Sabouraud’s Dextrose agar (SDA) for 72 hours for fungi isolation. Bacterial colonies on NA were preliminarily identified to genus level by Gram reaction and conventional biochemical test scheme for Gram-positive (catalase, coagulase, starch hydrolysis) and Gram-negative isolates (oxidase, urease test, indole, methyl red, Voges Proskauer and sugar fermentation tests). Fungi colonies on SDA were identified using conventional macroscopic and microscopic characteristics. Antibiotic susceptibility test of the bacterial isolates to selected antibiotics was done using the Kirby Bauer disc diffusion method. Results: A total of twenty-three bacterial isolates in four genera; Bacillus, Staphylococcus, Cellobiococcus and Micrococcus and nine fungal isolates in three genera; Saccharomyces, Aspergillus and Botrytis were identified from the cultures. The bacterial isolates were sensitive (>50% sensitivity) to only gentamicin and ofloxacin, with 65.2% and 78.3% sensitivity rates respectively, while they were largely resistant to all other antibiotics such as ceftriaxone, erythromycin, cefuroxime, cloxacillin, ceftazidime and augmentin, with resistance rates of 65.2%, 65.2%, 73.9%, 82.6%, 86.9%, 91.3% respectively. Conclusion: The results of this investigative study revealed the presence of antibiotic-resistant bacteria (mainly Gram-positive) and fungi on the archaeological monument of Augustine University, adding to the existing data on microbial spectrum of archaeological monuments that could be useful for unraveling human cultural habits and microbe-related human diseases. However, further studies on molecular identification of these microbial spectrum will be required to ascertain their genetic relatedness and ancestral phylogeny, which will be useful for archaeologists in their study of the Sungbo-Eredo ancestral monument. French title: Identification phénotypique des communautés bactériennes et fongiques du sol habitant un monument archéologique à l'Université Augustine, Ilara Epe, sud-ouest du Nigeria Contexte: Le monument Sungbo Eredo est un ancien ouvrage public doté d'un système de murs défensifs et de fossés situé dans la zone de développement du conseil local d'Eredo à Epe, dans l'État de Lagos, au sud-ouest du Nigéria. Une énorme section du monument traverse le campus de l'Université Augustine, formant des murs verticaux à deux côtés avec une crête profonde entre les deux. L'objectif de cette étude d'investigation est de déterminer le profil microbien d'échantillons de sol provenant du monument du campus universitaire. Méthodologie: Des échantillons de sol ont été prélevés dans la couche arable à une profondeur de 7,5 cm à partir de quatre points choisis au hasard le long du bord du monument. Les échantillons ont été transportés au laboratoire de microbiologie du Département des sciences biologiques de l'Université Augustine pour analyse. Les échantillons ont été cultivés sur gélose nutritive (NA) et incubés en aérobie pendant 24 à 48 heures pour l'isolement des bactéries et sur gélose au dextrose de Sabouraud's(SDA) pendant 72 heures pour l'isolement des champignons. Les colonies bactériennes sur NA ont été préalablement identifiées au niveau du genre par réaction de Gram et schéma de test biochimique conventionnel pour les isolats Gram-positif (catalase, coagulase, hydrolyse de l'amidon) et Gram-négatif (oxydase, test à l'uréase, indole, rouge de méthyle, Voges Proskauer et sucre essais de fermentation). Les colonies de champignons sur SDA ont été identifiées en utilisant des caractéristiques macroscopiques et microscopiques conventionnelles. Le test de sensibilité aux antibiotiques des isolats bactériens à des antibiotiques sélectionnés a été effectué en utilisant la méthode de diffusion sur disque de Kirby Bauer. Résultats: Un total de vingt-trois isolats bactériens dans quatre genres; Bacillus, Staphylococcus, Cellobiococcus et Micrococcus et neuf isolats fongiques de trois genres; Saccharomyces, Aspergillus et Botrytis ont été identifiés à partir des cultures. Les isolats bactériens étaient sensibles (sensibilité >50%) uniquement à la gentamicine et à l'ofloxacine, avec des taux de sensibilité de 65,2 % et 78,3 % respectivement, alors qu'ils étaient largement résistants à tous les autres antibiotiques comme la ceftriaxone, l'érythromycine, la céfuroxime, la cloxacilline, la ceftazidime et l'augmentine avec des taux de résistance de 65,2%, 65,2%, 73,9%, 82,6%, 86,9%, 91,3% respectivement. Conclusion: Les résultats de cette étude d'investigation ont révélé la présence de bactéries résistantes aux antibiotiques (principalement à Gram positif) et de champignons sur le monument archéologique de l'Université Augustine, ajoutant aux données existantes sur le spectre microbien des monuments archéologiques qui pourraient être utiles pour démêler l'homme. les habitudes culturelles et les maladies humaines liées aux microbes. Cependant, d'autres études sur l'identification moléculaire de ces spectres microbiens seront nécessaires pour déterminer leur parenté génétique et leur phylogénie ancestrale, ce qui sera utile aux archéologues dans leur étude du monument ancestral Sungbo-Eredo.

Prevalence of carbapenemase production in Pseudomonas aeruginosa isolates causing clinical infections in Lagos University Teaching Hospital, Nigeria

Background: Pseudomonas aeruginosa has been highly associated with carbapenem resistance in which carbapenemases has been suggested to be a major contributory factor. Hence the objective of this study was to phenotypically detect KPC-type carbapenemase, metallo-β-lactamase and OXA-48 carbapenemase production in clinical isolates of P. aeruginosa in Lagos University Teaching Hospital (LUTH), NigeriaMethodology: One hundred and seventy-one P. aeruginosa isolates consecutively recovered from clinical specimens of patients with infections at the Medical Microbiology and Parasitology laboratory of the hospital were identified using MicrobactTM 24E kit. Preliminary screening for carbapenem resistance was determined by the disc diffusion method on Mueller-Hinton agar using single discs of meropenem and imipenem. Phenotypic detection of carbapenemase production among carbapenem-resistant isolates was performed by the combination disc test of meropenem-phenylboronic acid (MRPBO) and meropenem-dipicolinic acid (MRPDP) as recommended by EUCAST 2013 guideline. Results: Out of the 171 P. aeruginosa isolates, 35 (20.5%) were carbapenem non-susceptible (resistant) while carbapenemase production was detected in 27 (77.1%) of these carbapenem resistant isolates, and no enzyme was detected in 8 (22.9%). Of the 27 carbapenemase producing isolates, 22 (81.5%) produced MBL, 1 (3.7%) produced KPC, while 4 (14.8%) produced both KPC and MBL enzymes. Conclusion: This study revealed that carbapenem resistance among P. aeruginosa clinical isolates in our institution is gradually increasing. The mechanism for this rise is associated with carbapenemases, with MBL being the major carbapenemase involved. There is the need to ensure strict compliance with the LUTH infection control guidelines in order to check the rising incidence of infection caused by carbapenem resistant P. aeruginosa. French title: Prévalence de la production de carbapénémases dans les isolats de Pseudomonas aeruginosa causant des infections cliniques à l'hôpital universitaire de Lagos, Nigéria Contexte: Pseudomonas aeruginosa a été fortement associé à la résistance aux carbapénèmes dans laquelle les carbapénèmases ont été suggérées comme étant un facteur contributif majeur. Par conséquent, l'objectif de cette étude était de détecter phénotypiquement la production de carbapénémase de type KPC, de métallo-β-lactamase et de carbapénémase OXA-48 dans des isolats cliniques de P. aeruginosa au Lagos University Teaching Hospital (LUTH), Nigeria. Méthodologie: Cent soixante et onze isolats de P. aeruginosa récupérés consécutivement à partir d'échantillons cliniques de patients infectés au laboratoire de microbiologie médicale et de parasitologie de l'hôpital ont été identifiés à l'aide du kit MicrobactTM 24E. Le dépistage préliminaire de la résistance aux carbapénèmes a été déterminé par la méthode de diffusion sur disque sur gélose Mueller-Hinton en utilisant des disques uniques de méropénème et d'imipénème. La détection phénotypique de la production de carbapénèmes parmi les isolats résistants aux carbapénèmes a été réalisée par le test de disque combiné d'acide méropénème-phénylboronique (MRPBO) et d'acide méropénème-dipicolinique (MRPDP) tel que recommandé par la directive EUCAST 2013. Résultats: Sur les 171 isolats de P. aeruginosa, 35 (20,5%) étaient des carbapénèmes non sensibles (résistants) tandis que la production de carbapénèmes a été détectée dans 27 (77,1%) de ces isolats résistants aux carbapénèmes, et aucune enzyme n'a été détectée dans 8 (22,9%). Sur les 27 isolats producteurs de carbapénémases, 22 (81,5%) produisaient des MBL, 1 (3,7%) produisaient des KPC, tandis que 4 (14,8%) produisaient à la fois des enzymes KPC et MBL. Conclusion: Cette étude a révélé que la résistance aux carbapénèmes parmi les isolats cliniques de P. aeruginosa dans notre institution augmente progressivement. Le mécanisme de cette augmentation est associé aux carbapénémases, la MBL étant la principale carbapénémase impliquée. Il est nécessaire de garantir le strict respect des directives de contrôle des infections LUTH afin de contrôler l'incidence croissante des infections causées par P. aeruginosa résistant aux carbapénèmes.

The role of Escherichia coli in the etiology of piglet diarrhea in selected pig producing districts of central Uganda

Background: Pig production in Uganda is highly constrained by rampant piglet mortalities with diarrhea being a key feature. The present study was conducted to determine possible involvement of Escherichia coli (E. coli) as agents of diarrhea in piglets and elucidate the factors for their spread and virulence, towards development of mitigation strategies in the smallholder pig value chains in Uganda. Methodology: This was a cross-sectional study carried out from January to August 2020 on pre- and post-weaned piglets from households in Kayunga and Mityana districts of Central Uganda, selected by snowballing method to redundancy. Data about herd management and risk factors for colibacillosis were collected from selected farmers in the two districts. A total of 179 faecal samples were collected from randomly selected neonatal and pre-weaning piglets for bacteriological isolation of Escherichia coli. Virulence (enterotoxin and fimbrial) genes from the isolates were detected by multiplex polymerase chain reaction (PCR) assay. Results: From the 179 faecal samples, a total of 158 (88.3%) E. coli isolates were obtained. Virulence gene markers were detected in 18.4% (29/158) of the isolates. Among the investigated genes encoding for enterotoxin production, STb was the most prevalent (16/158, 10.13%), followed by STa (12/158, 7.59%), while gene for LT was not detected. The gene coding for F4 adhesin was the only one detected while F18 adhesin was not detected from the isolates. On multiple logistic regression analysis, only tertiary educational level (OR=0.141; 95% CI=0.30-0.666; p=0.013) and infrequent use of antibiotics (OR=0.231, 95% CI=0.062-0.859; p=0.029) among the farmers, were the two factors significantly protective of the piglets from diarrhoea. Conclusion: This study reports a high prevalence of enterotoxin gene markers among E. coli isolates in piglets and revealed the potential role of these bacteria in the aetiology of piglet diarrhoea and mortalities in Uganda. Additionally, this study identified risk factors that can be useful in formulating treatment and control strategies of infection caused by these bacteria. Further studies are needed to identify more adhesins these E. coli isolates employ for intestinal colonization, a step that will help inform vaccine development. French title: Le rôle d'Escherichia coli dans l'étiologie de la diarrhée des porcelets dans certains districts producteurs de porcs du centre de l'Ouganda Contexte: La production porcine en Ouganda est fortement limitée par la mortalité généralisée des porcelets, la diarrhée étant une caractéristique clé. La présente étude a été menée pour déterminer l'implication possible Escherichia coli piglet diarrhea in Uganda d'Escherichia coli (E. coli) en tant qu'agents de diarrhée chez les porcelets et élucider les facteurs de leur propagation et de leur virulence, vers le développement de stratégies d'atténuation dans les chaînes de valeur des petits producteurs de porcs en Ouganda. Méthodologie: Il s'agit d'une étude transversale réalisée de janvier à août 2020 sur des porcelets pré- et post-sevrés issus de ménages des districts de Kayunga et Mityana du centre de l'Ouganda, sélectionnés par la méthode boule de neige jusqu'à la redondance. Les données sur la gestion du troupeau et les facteurs de risque de colibacillose ont été recueillies auprès d'éleveurs sélectionnés dans les deux districts. Au total, 179 échantillons de matières fécales ont été prélevés sur des porcelets néonatals et en pré-sevrage sélectionnés au hasard pour l'isolement bactériologique d'Escherichia coli. Les gènes de virulence (entérotoxine et fimbrial) des isolats ont été détectés par une amplification en chaîne par polymérase (PCR) multiplex. Résultats: À partir des 179 échantillons de matières fécales, un total de 158 (88,3%) isolats d'E. coli ont été obtenus. Des marqueurs du gène de virulence ont été détectés dans 18,4% (29/158) des isolats. Parmi les gènes étudiés codant pour la production d'entérotoxines, STb était le plus répandu (16/158, 10,13%), suivi de STa (12/158, 7,59%), tandis que le gène de la LT n'a pas été détecté. Le gène codant pour l'adhésine F4 était le seul détecté alors que l'adhésine F18 n'a pas été détectée dans les isolats. Sur l'analyse de régression logistique multiple, seul le niveau d'enseignement supérieur (OR=0,141; IC à 95%=0,30-0,666; p=0,013) et l'utilisation peu fréquente d'antibiotiques (OR=0,231, IC à 95 %=0,062-0,859; p=0,029) parmi les éleveurs, étaient les deux facteurs de protection significative des porcelets contre la diarrhée. Conclusion: Cette étude rapporte une prévalence élevée de marqueurs génétiques d'entérotoxines parmi les isolats d'E. coli chez les porcelets et a révélé le rôle potentiel de ces bactéries dans l'étiologie de la diarrhée et de la mortalité des porcelets en Ouganda. De plus, cette étude a identifié des facteurs de risque qui peuvent être utiles dans la formulation de stratégies de traitement et de contrôle de l'infection causée par ces bactéries. D'autres études sont nécessaires pour identifier plus d'adhésines que ces isolats d'E. coli utilisent pour la colonisation intestinale, une étape qui aidera à éclairer le développement de vaccins.

Phenotypic and genotypic characterization of plasmid-mediated AmpC beta-lactamases in enteric Gram-negative bacteria from patients with lower respiratory tract infections in a tertiary hospital, southwest Nigeria

Background: AmpC or class C or group 1 beta lactamases are class C cephalosporinases that hydrolyse a wide variety of beta-lactam antibiotics including alpha methoxy beta-lactams (cefoxitin), narrow and broad spectrum cephalosporins. This study was conducted to characterize plasmid-mediated AmpC producing enteric Gram- negative bacteria from patients with lower respiratory tract infections in Obafemi Awolowo University Teaching Hospital Complex (OAUTHC) Ile Ife, Osun State, NigeriaMethodology: A total of 149 patients with clinical features of lower respiratory tract infections (LRTI) were selected by simple random sampling for the study. All Gram-negative isolates recovered from standard microbiological cultures of respiratory specimens of these patients were tested against cefoxitin, third generation cephalosporins (3GCs), and other antibiotics using the disc diffusion AST method, and also screened for production of AmpC beta-lactamases phenotypically by the CLSI method. Plasmid DNA extraction was carried out on twenty-nine cefoxitin-resistant selected isolates using the Kado and Lin method, while genotypic detection of plasmid-mediated AmpC gene was carried out by the polymerase chain reaction (PCR) assay.Results: The results showed that 204 (43.3%) of 471 isolates recovered from the 149 selected patients were resistant to 3GC in the AST assay, among which 121 (59.3%) were resistant to cefoxitin, and 189 of the 471 isolates (40.1%) were AmpC producers. The AmpC producers concurrently showed multiple resistance pattern to other antibiotics tested in this study. Ninety six percent of the 29 selected isolates for plasmid analysis contained plasmids, 45% of which amplified positive on PCR for CMY, 38% for FOX, and 31% for ACC types of AmpC genes.Conclusion: This study showed a high degree of antibiotic resistance among enteric Gram-negative bacteria recovered from patients with LRTIs, as well as high degree of plasmid-encoded AmpC genes responsible for this high antibiotic resistance among the isolates. Proper antibiotic policy and regulation are required to limit the spread of plasmid mediated AmpC β-lactamase producing organisms because they can lead to therapeutic failure in infected patients in the nearest future. French title: Caractérisation phénotypique et génotypique des bêta-lactamases AmpC à médiation plasmidique dans les bactéries entériques Gram-négatives de patients atteints d'infections des voies respiratoires inférieures dans un hôpital tertiaire, sud-ouest du Nigéria Contexte: Les bêta-lactamases AmpC ou de classe C ou de groupe 1 sont des céphalosporinases de classe C qui hydrolysent une grande variété d'antibiotiques bêta-lactamines, y compris les alpha-méthoxy bêta-lactamines (céfoxitine), les céphalosporines à spectre étroit et large. Cette étude a été menée pour caractériser les bactéries à Gram négatif entériques produisant de l'AmpC à médiation plasmidique chez des patients atteints d'infections des voies respiratoires inférieures du complexe hospitalier universitaire d'Obafemi Awolowo (OAUTHC) Ile Ife, État d'Osun, NigériaMéthodologie: Un total de 149 patients présentant des caractéristiques cliniques d'infections des voies respiratoires inférieures (LRTI) ont été sélectionnés par échantillonnage aléatoire simple pour l'étude. Tous les isolats à Gram négatif récupérés à partir de cultures microbiologique standard d'échantillons respiratoires de ces patients ont été testés contre la céfoxitine, les céphalosporines de troisième génération (3GC) et d'autres antibiotiques en utilisant la méthode AST de diffusion sur disque, et également criblés pour la production de bêtalactamases AmpC phénotypiquement par le Méthode CLSI. L'extraction de l'ADN plasmidique a été réalisée sur 29 isolats sélectionnés résistants à la céfoxitine en utilisant la méthode Kado et Lin, tandis que la détection génotypique du gène AmpC à médiation plasmidique a été réalisée par le test de réaction en chaîne par polymérase (PCR).Résultats: Les résultats ont montré que 204 (43,3%) des 471 isolats récupérés des 149 patients sélectionnés étaient résistants à la 3GC dans le test AST, parmi lesquels 121 (59,3%) étaient résistants à la céfoxitine et 189 des 471 isolats (40,1%) étaient des producteurs d'AmpC. Les producteurs d'AmpC ont montré simultanément plusieurs profils de résistance à d'autres antibiotiques testés dans cette étude. Quatre-vingt-seize pour cent des 29 isolats sélectionnés pour l'analyse des plasmides contenaient des plasmides, dont 45% amplifiés positifs par PCR pour CMY, 38% pour FOX et 31% pour les types ACC des gènes AmpC.Conclusion: Cette étude a montré un degré élevé de résistance aux antibiotiques parmi les bactéries entériques Gram-négatives récupérées chez des patients atteints de LRTI, ainsi qu'un degré élevé de gènes AmpC codés par plasmide responsable de cette résistance élevée aux antibiotiques parmi les isolats. Une politique et une réglementation appropriées en matière d'antibiotiques sont nécessaires pour limiter la propagation des organismes producteurs β-lactamase d'AmpC à médiation plasmidique car ils peuvent conduire à un échec thérapeutique chez les patients infectés dans un avenir proche.

Prevalence of symptomatic urinary tract infection and bacterial spectrum of diabetic and non-diabetic patients at the two teaching hospitals in Enugu, Nigeria

Background: Diabetes mellitus is a group of metabolic disorder characterized by relative or absolute lack of insulin. When this condition is not properly managed, it can lead to complications that make diabetic patients vulnerable to urinary tract infections (UTI). The objectives of this study are to determine the prevalence of microbiologically confirmed UTI and the spectrum of uropathogens in diabetic and non-diabetic patients with clinical features of UTI attending the two tertiary hospitals in Enugu State, Nigeria. Methodology: Clean catch specimen of single mid-stream urine sample was collected from each of 60 (22 males, 38 females) diabetic and 60 (22 males, 38 females) non-diabetic patients enrolled using stratified random sampling method. The samples were cultured on standard microbiological culture media (MacConkey and Blood agar plates) and incubated aerobically at 37◦C for 24 hours. Plates with significant bacteria growth (>105 CFU/ml) were processed further for bacterial identification using conventional biochemical test scheme. Antibiotic susceptibility test (AST) of each isolate to 17 selected antibiotics was performed by the modified disc diffusion method. Results: Of the total 120 patients enrolled, 101 had bacterial pathogens isolated from their voided urine samples; 51 of 60 (85.0%) diabetics and 50 of 60 (83.3%) non-diabetics (p=0.802). Bacteria were isolated in 59.1% (13/22) of diabetic and 54.5% (12/22) of non-diabetic male patients compared to 100% (38/38) isolation rate in diabetic and non-diabetic female patients. The most frequently isolated bacteria in the diabetic patients were Proteus spp (18.6%), Klebsiella spp (16.9%) and Escherichia coli (15.5%) while the most frequently isolated bacteria among the non-diabetic patients were E. coli (30.0%), Proteus spp (26.3%) and Enterobacter spp (14.0%). Apart from Klebsiella spp which was more frequently isolated from the diabetic (16.9%) than non-diabetic patients (6%) (p=0.039), the frequency other bacterial pathogen isolation such as Proteus spp, E. coli, Enterobacter spp, Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus and Enterococcus spp was not significantly different between the two population groups (p>0.05). The Gram-positive and Gram-negative bacteria were highly sensitive to imipenem in both diabetic and non-diabetic patients, but the isolates from both study groups exhibited low susceptibility to amoxicillin, nitrofuran- toin, cefixime and cefuroxime. Conclusion: Although the overall frequency of bacterial pathogen isolation in the diabetic and non-diabetic patients was not significantly different, females had a higher pathogen isolation rate than the males, and diabetic females had a higher frequency of polymicrobial infections compared to non-diabetic females and the male population. The high antimicrobial resistance of the isolated bacteria pathogens underscores the need for clinical microbiology laboratory testings to optimize the management of UTI in diabetic patients. French title: Prévalence des infections urinaires symptomatiques et spectre bactérien des patients diabétiques et non diabétiques dans les deux hôpitaux universitaires d'Enugu, au Nigeria Contexte: Le diabète sucré est un groupe de troubles métaboliques caractérisés par un manque relatif ou absolu d'insuline. Lorsque cette condition n'est pas correctement gérée, elle peut entraîner des complications qui rendent les patients diabétiques vulnérables aux infections des voies urinaires (UTI). Les objectifs de cette étude sont de déterminer la prévalence des infections urinaires confirmées microbiologiquement et le spectre des uropathogènes chez les patients diabétiques et non diabétiques présentant des caractéristiques cliniques des infections urinaires fréquentant les deux hôpitaux tertiaires de l'État d'Enugu, au Nigeria. Méthodologie: Un échantillon de capture propre d'un seul échantillon d'urine à mi-jet a été prélevé sur chacun des 60 (22 hommes, 38 femmes) patients diabétiques et 60 (22 hommes, 38 femmes) patients non diabétiques inscrits à l'aide d'une méthode d'échantillonnage aléatoire stratifié. Les échantillons ont été cultivés sur des milieux de culture microbiologiques standard (plaques de gélose MacConkey et Blood) et incubés en aérobie à 37°C pendant 24 heures. Les plaques avec une croissance bactérienne significative (>105 CFU/ml) ont été traitées davantage pour l'identification bactérienne en utilisant un schéma de test biochimique conventionnel. Le test de sensibilité aux antibiotiques (AST) de chaque isolat à 17 antibiotiques sélectionnés a été réalisé par la méthode de diffusion sur disque modifiée. Résultats: Sur un total de 120 patients recrutés, 101 avaient des agents pathogènes bactériens isolés de leurs échantillons d'urine évacués; 51 des 60 (85,0%) diabétiques et 50 des 60 (83,3%) des non-diabétiques (p=0,802). Les bactéries ont été isolées chez 59,1% (13/22) des patients diabétiques et 54,5% (12/22) des hommes non diabétiques contre un taux d'isolement de 100% (38/38) chez les femmes diabétiques et non diabétiques. Les bactéries les plus fréquemment isolées chez les patients diabétiques étaient Proteus spp (18,6%), Klebsiella spp (16,9%) et Escherichia coli (15,5%) tandis que les bactéries les plus fréquemment isolées chez les patients non diabétiques étaient E. coli (30,0%), Proteus spp (26,3%) et Enterobacter spp (14,0%). Hormis Klebsiella spp qui était plus fréquemment isolé chez les diabétiques (16,9%) que les patients non diabétiques (6%) (p=0,039), la fréquence d'isolement d'autres agents pathogènes bactériens tels que Proteus spp, E. coli, Enterobacter spp, Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus et Enterococcus spp n'étaient pas significativement différents entre les deux groupes de population (p>0,05). Les bactéries Gram-positives et Gram-négatives étaient très sensibles à l'imipénème chez les patients diabétiques et non diabétiques, mais les isolats des deux groupes d'étude présentaient une faible sensibilité à l'amoxicilline, à la nitrofurantoïne, au céfixime et à la céfuroxime. Conclusion: Bien que la fréquence globale d'isolement des agents pathogènes bactériens chez les patients diabétiques et non diabétiques n'était pas significativement différente, les femmes avaient un taux d'isolement des agents pathogènes plus élevé que les hommes, et les femmes diabétiques avaient une fréquence plus élevée d'infections polymicrobiennes par rapport aux femmes non diabétiques. et la population masculine. La haute résistance antimicrobienne des bactéries pathogènes isolées souligne la nécessité de tests de laboratoire de microbiologie clinique pour optimiser la gestion des infections urinaires chez les patients diabétiques.

Comparative analysis of the phytochemical and antibacterial activity of the root extracts of Euphorbia heterophylla and Vitellaria paradoxa

Background: Over time, herbal plants and their various components have been major sources of therapeutic medicine for man. A comparative study was carried out to determine the phytochemical components and antibacterial activities of the different crude extracts of Euphorbia heterophylla and Vitellaria paradoxa roots on four enteric bacteria; Salmonella typhi, Shigella flexneri, Escherichia coli and Proteus vulgaris.Methodology: Root samples of E. heterophylla and V. paradoxa were collected, washed, air dried and processed to fine powder in the microbiology laboratory of Federal University of Technology, Minna, Nigeria. Crude extract of the root samples was done by the cold maceration technique using four solvents (chloroform, methanol, petroleum ether and water). Phytochemical analysis of the extracts was done using previously described technique, and in vitro antibacterial activities of different concentrations of the extracts (50-200 mg/ml) and a standard antibiotic (ciprofloxacin) were tested on four enteric bacteria (S. typhi, S. flexneri, E. coli, P. vulgaris) by the agar diffusion test. In vivo antibacterial activities of the two plants were also tested by daily oral administration of 2000 mg/kg bodyweight (for 7 days) of each extract on inbred mice infected through intraperitoneal inoculation of an infective dose of each of the four enteric bacteria. Data were computed as mean ± standard error and analysed by the Statistical Analysis System (SAS) version 9.4. Associations between variables were determined using analysis of variance (ANOVA), with p < 0.05 considered as significant value.Results: Phytochemical analysis of the crude extracts of both plants revealed the presence of cardiac glycosides, saponins, alkaloids, flavonoids, and tannins but V. paradoxa contain more carbohydrates and starch, and less phlobatannins, compared to E. heterophylla. In vitro assay showed dose-dependent antibacterial activity of the methanol, aqueous and chloroform (but not petroleum ether) extracts of the two plant roots. The in vitro antibacterial activities of the different extracts of V. paradoxica extracts were significantly higher (higher mean diameters of inhibition zones) than those of E. heterophylla (p<0.05), and methanol extracts gave the highest antibacterial effects. However, the root extract of E. heterophylla gave a higher antibacterial activity with the in vivo assay on inbred mice than V. paradoxa, and methanol extracts of the two plant extracts gave the highest in vivo activity, followed by aqueous extract and least activity was obtained with the chloroform extract.Conclusion: Crude extracts of E. heterophylla and V. paradoxa roots produce antibacterial activity against enteric Gram-negative bacteria pathogens involved in diarrhoea illnesses. Further researches should be directed towards isolation and characterization of the active compounds in the crude extracts. French title: Analyse comparative de l'activité phytochimique et antibactérienne des extraits de racines d'Euphorbia heterophylla et de Vitellaria paradoxa Contexte: Au fil du temps, les plantes médicinales et leurs divers composants ont été une source majeure de médecine thérapeutique pour l'homme. Une étude comparative a été réalisée pour déterminer les composants phytochimiques et les activités antibactériennes des différents extraits bruts de racines d'Euphorbia heterophylla et de Vitellaria paradoxa sur quatre bactéries entériques; Salmonella typhi, Shigella flexneri, Escherichia coli et Proteus vulgaris. Méthodologie: Des échantillons de racines d'E. heterophylla et de V. paradoxa ont été collectés, lavés, séchés à l'air et transformés en poudre fine dans le laboratoire de microbiologie de l'Université fédérale de technologie, Minna, Nigéria. L'extraction brute des échantillons de racines a été réalisée par la technique de macération à froid en utilisant quatre solvants (chloroforme, méthanol, éther de pétrole et eau). L'analyse phytochimique des extraits a été effectuée en utilisant la technique décrite précédemment, et les activités antibactériennes in vitro de différentes concentrations des extraits (50-200 mg/ml) et d'un antibiotique standard (ciprofloxacine) ont été testées sur quatre bactéries entériques (S. typhi, S. flexneri, E. coli, P. vulgaris) par le test de diffusion sur gélose. Les activités antibactériennes in vivo des deux plantes ont également été testées par administration orale quotidienne de 2000 mg/kg de poids corporel (pendant 7 jours) de chaque extrait sur des souris consanguines infectées par inoculation intrapéritonéale d'une dose infectieuse de chacune des quatre bactéries entériques. Les données ont été calculées en tant que moyenne ± erreur standard et analysées par le système d'analyse statistique (SAS) version 9.4. Les associations entre les variables ont été déterminées à l'aide d'une analyse de variance (ANOVA), avec p < 0,05 considéré comme une valeur significative. Résultats: L'analyse phytochimique des extraits bruts des deux plantes a révélé la présence de glycosides cardiaques, de saponines, d'alcaloïdes, de flavonoïdes et de tanins mais V. paradoxa contient plus de glucides et d'amidon, et moins de phlobatannins, par rapport à E. heterophylla. Un essai in vitro a montré une activité antibactérienne dose-dépendante des extraits au méthanol, aqueux et au chloroforme (mais pas à l'éther de pétrole) des deux racines des plantes. Les activités antibactériennes in vitro des différents extraits d'extraits de V. paradoxica étaient significativement plus élevées (diamètres moyens des zones d'inhibition plus élevés) que celles d'E. heterophylla (p<0,05), et les extraits au méthanol ont donné les effets antibactériens les plus élevés. Cependant, l'extrait de racine d'E. heterophylla a donné une activité antibactérienne plus élevée avec le test in vivo sur des souris consanguines que V. paradoxa, et les extraits au méthanol des deux extraits de plantes ont donné l'activité in vivo la plus élevée, suivie par l'extrait aqueux et l'activité la plus faible a été obtenu avec l'extrait chloroformique. Conclusion: Des extraits bruts de racines d'E. heterophylla et de V. paradoxa produisent une activité antibactérienne contre les bactéries pathogènes entériques à Gram négatif impliquées dans les maladies diarrhéiques. D'autres recherches devraient être dirigées vers l'isolement et la caractérisation des composés actifs dans les extraits bruts.

Prevalence of and factors associated with significant bacteriuria among pregnant women attending the antenatal clinic of Adeoyo Maternity Hospital, Yemetu, Ibadan, Nigeria

Background: Significant bacteriuria is commonly reported in pregnancy which greatly predisposes pregnant women to urinary tract infection (UTI), one of the commonest health challenges in pregnancy worldwide especially in developing countries such as Nigeria. The objectives of this study are to determine the prevalence of and factors associated with significant bacteriuria among pregnant women attending the antenatal clinic (ANC) of Adeoyo Maternity Hospital, Yemetu, Ibadan, Nigeria, as well as determine the bacterial aetiology and antimicrobial susceptibility patterns of the isolates.Methodology: This is a laboratory-based cross-sectional study of 206 pregnant women between the ages of 15 and 47 years attending the ANC of the hospital, selected by simple random sampling method. Demographic and clinical data were obtained from the subjects using a structured questionnaire. Clean-catch specimen of mid-stream voided urine was collected from each subject participant. Urine samples were processed for culture and isolation of significant bacterial pathogens using standard bacteriological methods, and isolates identified to species level by the combination of colony morphology, Gram reaction, conventional biochemical tests and Analytical Profile Index (API) 20E test kits. Antibiotic susceptibility testing of the isolates to selected antibiotics was performed using the disk diffusion method.Results: The prevalence of significant bacteriuria in the study population was 8.7% (18/206), with 27.8% (5/18) symptomatic and 72.2% (13/18) asymptomatic. All isolated bacteria were Gram-negative with the most frequent being Escherichia coli 9 (50.0%), followed by Klebsiella pneumoniae 6 (33.3%), Pseudomonas aeruginosa 1 (5.6%), Acinetobacter haemolyticus 1 (5.6%) and Enterobacter aerogenes 1 (5.6%). The isolates were most sensitive to gentamicin (100%) and nitrofurantoin (94.4%), while they demonstrated highest resistance to amoxicillin-clavulanic acid (33.3%). Significant bacteriuria was associated with pyuria (p=0.01) and past history of UTI (p=0.004).Conclusions: The high prevalence of asymptomatic significant bacteriuria in this study necessitates the need for screening and treatment of pregnant women for this entity to prevent the subsequent development of UTI that may have grave consequences on pregnancy outcome. French title: Prévalence et facteurs associés à une bactériurie significative chez les femmes enceintes fréquentant la clinique prénatale de la maternité Adeoyo, Yemetu, Ibadan, Nigéria Contexte: Une bactériurie importante est couramment signalée pendant la grossesse, ce qui prédispose grandement les femmes enceintes aux infections des voies urinaires (IVU), l'un des problèmes de santé les plus courants pendant la grossesse dans le monde, en particulier dans les pays en développement comme le Nigéria. Les objectifs de cette étude sont de déterminer la prévalence et les facteurs associés à une bactériurie significative chez les femmes enceintes fréquentant la clinique prénatale (CPN) de l'hôpital de maternité Adeoyo, Yemetu, Ibadan, Nigéria, ainsi que de déterminer l'étiologie bactérienne et les modèles de sensibilité aux antimicrobiens de les isolats. Méthodologie: Il s'agit d'une étude transversale en laboratoire portant sur 206 femmes enceintes âgées de 15 à 47 ans fréquentant les CPN de l'hôpital, sélectionnées par une méthode d'échantillonnage aléatoire simple. Les données démographiques et cliniques ont été obtenues auprès des sujets à l'aide d'un questionnaire structuré. Un échantillon propre d'urine évacuée à mi-chemin a été recueilli auprès de chaque participant sujet. Les échantillons d'urine ont été traités pour la culture et l'isolement d'agents pathogènes bactériens importants à l'aide de méthodes bactériologiques standard, et les isolats ont été identifiés au niveau de l'espèce par la combinaison de la morphologie de la colonie, de la réaction de Gram, des tests biochimiques conventionnels et des kits de test de l'indice de profil analytique (API) 20E. Les tests de sensibilité aux antibiotiques des isolats aux antibiotiques sélectionnés ont été effectués à l'aide de la méthode de diffusion sur disque. Résultats: La prévalence de la bactériurie significative dans la population étudiée était de 8,7% (18/206), avec 27,8% (5/18) symptomatique et 72,2% (13/18) asymptomatique. Toutes les bactéries isolées étaient Gram-négatives, la plus fréquente étant Escherichia coli 9 (50,0%), suivie de Klebsiella pneumoniae 6 (33,3%), Pseudomonas aeruginosa 1 (5,6%), Acinetobacter haemolyticus 1 (5,6%) et Enterobacter aerogenes 1 (5,6%). Les isolats étaient les plus sensibles à la gentamicine (100%) et à la nitrofurantoïne (94,4%), alors qu'ils présentaient la résistance la plus élevée à l'amoxicilline-acide clavulanique (33,3%). Une bactériurie significative était associée à une pyurie (p=0,01) et à des antécédents d'infection urinaire (p=0,004). Conclusions: La prévalence élevée de bactériurie significative asymptomatique dans cette étude nécessite le dépistage et le traitement des femmes enceintes pour cette entité afin de prévenir le développement ultérieur d'infections urinaires pouvant avoir de graves conséquences sur l'issue de la grossesse.

Evaluation of the antimicrobial susceptibility testing process in clinical microbiology laboratories at Niamey, Niger

Background: Risk assessment is the means of identifying and evaluating potential errors or problems that may occur in testing process. The aim of this study was to perform risk assessment of antimicrobial susceptibility testing (AST) process in clinical microbiology laboratories of Niamey, Niger Republic.Methodology: We conducted a descriptive cross-sectional study from October 1 to December 31, 2019, to evaluate AST performance in seven clinical microbiology laboratories at Niamey, the capital city of Niger republic. The evaluation focused on the determination of the criticality index (CI) of each critical point (frequency of occurrence of anomalies, severity of the process anomaly, and detectability of the anomaly during the process) in the AST process and the performance of the AST through an observation sheet using two reference strains; Escherichia coli ATCC 25922 and Staphylococcus aureus ATCC 29213.Results: The criticality index (CI) was greater than 6 for most of the critical points related to material, medium, equipment, method and labour for the AST process in all the laboratories. A range of 18-100% errors on the inhibition zone diameters of the reference strains were observed. Major and/or minor categorization (Sensitive S, Intermediate I and Resistance R) discrepancies were found at all the laboratories for either one or both reference strains. The antibiotics most affected by the S/I/R discrepancies were trimethoprim (100%), vancomycin (100%), amoxicillin (80%) and amoxicillin + clavulanic acid (70%).Conclusion: This study showed a deficiency in the control of critical control points that impacts the performance of the AST reported by the laboratories in Niger. Corrective actions are needed to improve the performance of AST in clinical microbiology laboratories in Niger. French title: Evaluation du processus de réalisation de l’antibiogramme dans les laboratoires d’analyses de biologie médicale de la ville de Niamey, Niger Contexte: L'évaluation des risques est le moyen d'identifier et d'évaluer les erreurs ou les problèmes potentiels qui peuvent survenir dans le processus de test. L'objectif de cette étude était de réaliser une évaluation des risques du processus d'antibiogramme (ABG) dans les laboratoires de microbiologie clinique de Niamey, en République du Niger.Méthodologie: Nous avons mené une étude transversale descriptive du 1er octobre au 31 décembre 2019 pour évaluer la performance des ABG dans sept laboratoires de microbiologie clinique à Niamey, capitale de la république du Niger. L'évaluation a porté sur la détermination de l'indice de criticité (IC) de chaque point critique (fréquence d'apparition des anomalies, gravité de l'anomalie du processus et détectabilité de l'anomalie au cours du processus) dans le processus et la performance des AGB à travers une fiche d'observation en utilisant deux souches de référence; Escherichia coli ATCC 25922 et Staphylococcus aureus ATCC 29213.Résultats: L'indice de criticité était supérieur à 6 pour la plupart des points critiques liés au matériel, au milieu, à l'équipement, à la méthode et à la main-d'oeuvre pour le processus AST dans tous les laboratoires. Une fourchette d'erreurs de 18 à 100% sur les diamètres des zones d'inhibition des souches de référence a été observée. Des écarts de catégorisation majeurs et/ou mineurs (Sensible: S, Intermédiaire: I et Résistance: R) ont été constatés dans tous les laboratoires pour l'une ou les deux souches de référence. Les antibiotiques les plus touchés par les écarts S/I/R étaient la triméthoprime (100%), la vancomycine (100%), l'amoxicilline (80%) et l'amoxicilline + acide clavulanique (70%).Conclusion: Cette étude a montré une déficience dans le contrôle des points de contrôle critiques qui a un impact sur la performance de l'antibiogramme rapportée par les laboratoires au Niger. Des actions correctives sont nécessaires pour améliorer la performance des ABG dans les laboratoires de microbiologie clinique au Niger.

Knowledge, attitude and practice of infection prevention and control among healthcare workers: one year after an outbreak of nosocomial Lassa fever in a tertiary hospital in southeast NigeriaKnowledge, attitude and practice of infection prevention and con

Background: With the rise in cases of Lassa fever in recent times in West Africa, the healthcare setting continues to pose significant risk especially among healthcare workers (HCWs) for diseases like Lassa fever that are transmitted via contact with blood and other body fluids. We therefore assessed the knowledge, attitude and practice (KAP) of infection prevention and control (IPC) one year after an outbreak of nosocomial transmission of Lassa fever in the study hospital. Methodology: A cross-sectional study of HCWs was conducted in Alex Ekwueme Federal University Teaching Hospital, Abakaliki, Ebonyi State, a tertiary hospital designated for Lassa fever treatment in southeast Nigeria. A total of 631 HCWs selected by systematic random sampling were surveyed using self-administered questionnaire to determine the KAP of IPC. Data analysis was done with EPI INFO version 7.2 and Microsoft Excel 2016, and Chi square statistic was used to examine relationship between variables at 5% level of significance. Results: Only 287 (51.1%) of the 562 respondent HCWs had good knowledge of IPC, 442 (78.6%) had good attitude towards IPC, and 268 (47.7%) had good practice of IPC. Socio-demographic predictors of IPC knowledge included being a medical laboratory scientist (AOR=0.5; 95% CI=0.29-0.83; p=0.009), tertiary education level (AOR=7.0; 95% CI=1.11-44.60; p=0.038), and work experience of ≥ 7 years (AOR=2.3; 95% CI=1.47-3.57; p<0.001). Male gender (AOR=1.9; 95% CI=1.06-3.42; p=0.031), nurse professional (AOR=6.5; 95% CI=2.67-15.81; p<0.001) and work experience of ≥ 7 years (AOR=2.5; 95% CI=1.37-4.54; p=0.003) were predictors of good attitude towards IPC. Also, nurse professional (AOR=3.1; 95% CI=1.79-5.20; p<0.001) and married status (AOR=1.6; 95% CI=1.05-2.55; p=0.028) were predictors of good practice of IPC among the respondents. Conclusions: The study demonstrated that knowledge and practice of IPC was low in the study location despite the interventions that had been instituted to improve the IPC framework. Therefore, there is need to adapt approaches that will influence behavior change towards IPC in the course of the in-service trainings being conducted in the hospital. French title: Connaissances, attitude et pratique de la prévention et du contrôle des infections chez les agents de santé: un an après une épidémie de fièvre de Lassa nosocomiale dans un hôpital tertiaire du sud-est du Nigeria Contexte: Avec l'augmentation récente des cas de fièvre de Lassa en Afrique de l'Ouest, le milieu de la santé continue de présenter un risque important, en particulier chez les travailleurs de la santé (TS) pour des maladies comme la fièvre de Lassa qui se transmettent par contact avec le sang et d'autres fluides corporels. Nous avons donc évalué les connaissances, l'attitude et la pratique (CAP) de la prévention et du contrôle des infections (PCI) un an après une épidémie de transmission nosocomiale de la fièvre de Lassa dans l'hôpital de l'étude. Méthodologie: Une étude transversale des travailleurs de la santé a été menée à l'hôpital universitaire fédéral Alex Ekwueme, à Abakaliki, dans l'État d'Ebonyi, un hôpital tertiaire désigné pour le traitement de la fièvre de Lassa dans le sud-est du Nigéria. Un total de 631 TS sélectionnés par échantillonnage aléatoire systématique ont été interrogés à l'aide d'un questionnaire auto-administré pour déterminer le CAP de la CIP. L'analyse des données a été effectuée avec EPI INFO version 7.2 et Microsoft Excel 2016, et la statistique du Chi carré a été utilisée pour examiner la relation entre les variables à un niveau de signification de 5 %. Résultats: Seuls 287 (51,1%) des 562 TS interrogés avaient une bonne connaissance de la CIP, 442 (78,6%) avaient une bonne attitude envers la CIP et 268 (47,7%) avaient une bonne pratique de la CIP. Les prédicteurs sociodémographiques des connaissances en CIP comprenaient le fait d'être un scientifique de laboratoire médical (AOR=0,5; IC à 95%=0,29-0,83; p=0,009), le niveau d'études supérieures (AOR=7,0; IC à 95% =1,11-44,60; p=0,038) et une expérience de travail ≥ 7 ans (AOR=2,3; IC à 95%=1,47-3,57; p<0,001). Sexe masculin (AOR=1,9; IC à 95%=1,06-3,42; p=0,031), infirmier professionnel (AOR=6,5; IC à 95%=2,67-15,81; p<0,001) et expérience professionnelle de ≥ 7 ans (AOR=2,5; IC à 95%=1,37-4,54; p=0,003) étaient des prédicteurs d'une bonne attitude envers la CIP. De plus, l'infirmière professionnelle (AOR=3,1; à 95% IC=1,79-5,20; p<0,001) et le statut de personne mariée (AOR=1,6; à 95% IC=1,05-2,55; p=0,028) étaient des prédicteurs de bonne pratique de la CIP parmi les répondants. Conclusions: L'étude a démontré que les connaissances et la pratique de la CIP étaient faibles dans le lieu de l'étude malgré les interventions qui avaient été instituées pour améliorer le cadre de la CIP. Par conséquent, il est nécessaire d'adapter les approches qui influenceront le changement de comportement envers la CIP au cours des formations en cours d'emploi menées à l'hôpital.

Pathologic changes in patients infected with SARS-CoV-2: a review

Severe acute respiratory syndrome–coronavirus-2 (SARS-CoV-2) enters cells using the angiotensin converting enzyme 2 (ACE2), which are expressed by the respiratory tract endothelium, epithelial cells of the stomach, duodenum, ileum, rectum, cholangiocytes, and hepatocytes. Pathological examinations of these organs are not feasible method of diagnosis but can explain pathological changes, pathogenesis of the disease, and the cause of death in COVID-19 cases. In this review, we performed a literature search for COVID-19-related pathological changes seen during post-mortem examinations in different organs of the body including the lungs, gastrointestinal tract, liver, kidney, skin, heart and blood. Our findings showed that SARS-CoV-2 has damaging effects on many organs, probably due to the host immune responses to the presence of the virus. It is recommended that both antiviral and immunomodulatory agents should be considered in the management of COVID-19 patients for better prognosis, and clinical outcome. French title: Changements pathologiques chez les patients infectés par le SRAS-CoV-2: une revue Le syndrome respiratoire aigu sévère-coronavirus-2 (SARS-CoV-2) pénètre dans les cellules à l'aide de l'enzyme de conversion de l'angiotensine 2 (ACE2), qui est exprimée par l'endothélium des voies respiratoires, les cellules épithéliales de l'estomac, du duodénum, de l'iléon, du rectum, des cholangiocytes, et les hépatocytes. Les examens pathologiques de ces organes ne sont pas une méthode de diagnostic réalisable, mais peuvent expliquer les changements pathologiques, la pathogenèse de la maladie et la cause du décès dans les cas de COVID-19. Dans cette revue, nous avons effectué une recherche bibliographique sur les changements pathologiques liés au COVID-19 observés lors d'examens post-mortem dans différents organes du corps, notamment les poumons, le tractus gastro-intestinal, le foie, les reins, la peau, le coeur et le sang. Nos résultats ont montré que le SRAS-CoV-2 a des effets néfastes sur de nombreux organes, probablement en raison des réponses immunitaires de l'hôte à la présence du virus. Il est recommandé que les agents antiviraux et immunomodulateurs soient pris en compte dans la prise en charge des patients COVID-19 pour un meilleur pronostic et des résultats cliniques.