scholarly journals Global Database-Driven Assessment of HIV-1 Adaptation to the Immune Repertoires of Human Populations

2015 ◽  
Vol 89 (20) ◽  
pp. 10693-10695 ◽  
Author(s):  
Aram Karakas ◽  
Zabrina L. Brumme ◽  
Art F. Y. Poon
Keyword(s):  
T Lymphocyte ◽  
Cytotoxic T Lymphocyte ◽  
Human Leukocyte ◽  
Human Populations ◽  
Hla Alleles ◽  
Global Database ◽  
Leukocyte Antigen ◽  
Ctl Escape ◽  
The Relationship ◽  
Hiv 1

Associations between HIV-1 cytotoxic T lymphocyte (CTL) escape mutations and their restricting human leukocyte antigen (HLA) alleles imply that HIV could adapt to divergent HLA repertoires of human populations globally. Using publicly available databases, we examine the relationship between the frequencies of 19 experimentally validated CTL escape mutations in HIV-1 reverse transcriptase and their restricting HLA alleles in 59 countries. From these extensive data, we find evidence of differential HIV adaptations to human populations at only a limited number of the studied epitope sites.

scholarly journals Transmission of HIV-1 Gag immune escape mutations is associated with reduced viral load in linked recipients

2008 ◽  
Vol 205 (5) ◽  
pp. 1009-1017 ◽  
Author(s):  
Paul A. Goepfert ◽  
Wendy Lumm ◽  
Paul Farmer ◽  
Philippa Matthews ◽  
Andrew Prendergast ◽  
...  
Keyword(s):  
Viral Load ◽  
Immune Escape ◽  
Cytotoxic T Lymphocyte ◽  
Human Leukocyte ◽  
Viral Fitness ◽  
Leukocyte Antigen ◽  
Ctl Escape ◽  
The Impact ◽  
Hiv 1

In a study of 114 epidemiologically linked Zambian transmission pairs, we evaluated the impact of human leukocyte antigen class I (HLA-I)–associated amino acid polymorphisms, presumed to reflect cytotoxic T lymphocyte (CTL) escape in Gag and Nef of the virus transmitted from the chronically infected donor, on the plasma viral load (VL) in matched recipients 6 mo after infection. CTL escape mutations in Gag and Nef were seen in the donors, which were subsequently transmitted to recipients, largely unchanged soon after infection. We observed a significant correlation between the number of Gag escape mutations targeted by specific HLA-B allele–restricted CTLs and reduced VLs in the recipients. This negative correlation was most evident in newly infected individuals, whose HLA alleles were unable to effectively target Gag and select for CTL escape mutations in this gene. Nef mutations in the donor had no impact on VL in the recipient. Thus, broad Gag-specific CTL responses capable of driving virus escape in the donor may be of clinical benefit to both the donor and recipient. In addition to their direct implications for HIV-1 vaccine design, these data suggest that CTL-induced viral polymorphisms and their associated in vivo viral fitness costs could have a significant impact on HIV-1 pathogenesis.

scholarly journals Unique Acquisition of Cytotoxic T-Lymphocyte Escape Mutants in Infant Human Immunodeficiency Virus Type 1 Infection

2005 ◽  
Vol 79 (18) ◽  
pp. 12100-12105 ◽  
Author(s):  
Thillagavathie Pillay ◽  
Hua-Tang Zhang ◽  
Jan W. Drijfhout ◽  
Nicola Robinson ◽  
Helen Brown ◽  
...  
Keyword(s):  
Human Immunodeficiency Virus ◽  
Human Immunodeficiency Virus Type ◽  
Virus Type ◽  
T Lymphocyte ◽  
Cytotoxic T Lymphocyte ◽  
Viral Escape ◽  
Immunodeficiency Virus ◽  
Ctl Escape ◽  
Hiv 1

ABSTRACT The role of cytotoxic T-lymphocyte (CTL) escape in rapidly progressive infant human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) infection is undefined. The data presented here demonstrate that infant HIV-1-specific CTL can select for viral escape variants very early in life. These variants, furthermore, may be selected specifically in the infant, despite the same CTL specificity being present in the mother. Additionally, pediatric CTL activity may be compromised both by the transmission of maternal escape variants and by mother-to-child transmission of escape variants that originally arose in the father. The unique acquisition of these CTL escape forms may help to explain the severe nature of some pediatric HIV infections.

scholarly journals ЧАСТОТА ПОЛІМОРФНИХ ВАРІАНТІВ ГЕНІВ У ХВОРИХ НА АВТО-ІМУННИЙ ТИРЕОЇДИТ І АДЕНОМУ ЩИТОПОДІБНОЇ ЗАЛОЗИ

2017 ◽  
Author(s):  
M. I. Sheremet ◽  
L. P. Sidorchuk ◽  
V. A. Shidlovskyi ◽  
A. D. Bedenyuk ◽  
H. S. Kurochkin ◽  
...  
Keyword(s):  
Human Leukocyte Antigen ◽  
T Lymphocyte ◽  
Cytotoxic T Lymphocyte ◽  
Human Leukocyte ◽  
Leukocyte Antigen

На сьогодні питання етіології, патогенезу, діагностики та хірургічного лікування такої поєднаної патології як вузловий зоб і автоімунний тиреоїдит (АІТ) зберігають свою актуальність. Автоімунний тиреоїдит, як фонове захворювання вузлового зоба, при якому практично завжди розвивається гіпотиреоз, на даний час ще вивчено недостатньо. Очевидна роль генетичних факторів у їх розвитку. Своєчасна і точна діагностика вузлових утворень щитоподібної залози (ЩЗ) на фоні АІТ має важливе значення у виборі методу лікування вузлової тиреоїдної патології, показань, обсягу і характеру операційного лікування. Наявність сімейних форм захворювання і дані генеалогічних досліджень є доказом важливої ролі генетичного фактора в патогенезі АІТ. Підтверджують їх думку відомості про те, що в результаті повного генетичного сканування були виявлені деякі локуси, асоційовані з АІТ, при цьому ключову роль у схильності відіграють гени HLA (human leukocyte antigen) системи і протеїн-4, асоційований із цитотоксичними Т-лімфоцитами (Cytotoxic T lymphocyte-associated-protein 4, CTLA4). Але вплив цих генів на загальну генетичну схильність до АІТ становить лише близько 5 %.Мета дослідження – провести аналіз частоти поліморфних варіантів генів BCL-2 (rs17759659), CTLA-4 (rs231775), APO-1/Fas (rs2234767) у хворих з патологією ЩЗ із урахуванням її виду (вузловий колоїдний зоб на фоні автоімунного тиреоїдиту (ВКЗАІТ), аденоми щитоподібної залози (АЩЗ)), змін функціональної активності ЩЗ (еутиреоз, субклінічний та клінічний гіпотиреоз) та ступеня збільшення ЩЗ (ІБ, ІІ і ІІІ ст.).Матеріали і методи. Проведено аналіз частоти поліморфних варіантів генів BCL-2 (rs17759659), CTLA-4 (rs231775), APO-1/ Fas (rs2234767) у 125 хворих, оперованих з приводу вузлової патології ЩЗ із урахуванням її виду – ВКЗАІТ, АЩЗ, змін функціональної активності ЩЗ (еутиреоз, субклінічний та клінічний гіпотиреоз) та ступеня збільшення ЩЗ (ІБ, ІІ і ІІІ ст.). Також обстежено 25 практично здорових донорів. Дослідження поліморфізму генів проводили методом полімеразної ланцюгової реакції у режимі реального часу.Результати досліджень та їх обговорення. Гіперплазія ЩЗ у хворих загалом, а також у таких із ВКЗАІТ асоціює з диким А-алелем гена CTLA-4 (АА- і AG-генотипи): ІБ та ІІІ ступені гіперплазії вірогідно частіше були у носіїв АА-генотипу на 30,13 і 26,35 % (χ2=9,26; р=0,01), а ІІ ступінь збільшення ЩЗ – у хворих із AG-генотипом на 33,52 і 34,04 % (χ2=12,34; р=0,002) відповідно. Патологія ЩЗ загалом має невірогідні шанси на успадкування залежно від поліморфізму генів BCL-2 (rs17759659), CTLA-4 (rs231775) та APO-1/Fas (rs2234767).Висновки. Наявність у геномі хворого AG поліморфного варіанта гена CTLA-4 підвищує ризик гіперплазії ЩЗ ІІ ступеня удвічі (OR=4,69; 95 % СІ OR: 1,60–13,69; p=0,004), тоді як носійство основного алеля у гомозиготному стані (АА-генотип) навпаки є протективним і робить шанси на гіперплазію ЩЗ ІІ ступеня найнижчими в обстеженій популяції (OR=0,46; 95 % СІ OR:0,09– 0,73; p=0,009). Решта поліморфізмів аналізованих генів не асоціюють із ризиком ні АЩЗ, ВКЗАІТ, ні функції ЩЗ, чи ступеня її збільшення.

scholarly journals Immune Selection for Altered Antigen Processing Leads to Cytotoxic T Lymphocyte Escape in Chronic HIV-1 Infection

2004 ◽  
Vol 199 (7) ◽  
pp. 905-915 ◽  
Author(s):  
Rika Draenert ◽  
Sylvie Le Gall ◽  
Katja J. Pfafferott ◽  
Alasdair J. Leslie ◽  
Polan Chetty ◽  
...  
Keyword(s):  
T Lymphocyte ◽  
Antigen Processing ◽  
Cytotoxic T Lymphocyte ◽  
Immune Selection ◽  
Ctl Epitopes ◽  
Leukocyte Antigen ◽  
Human Infections ◽  
Flanking Regions ◽  
Hiv 1 ◽  
Restricted Epitope

Mutations within cytotoxic T lymphocyte (CTL) epitopes impair T cell recognition, but escape mutations arising in flanking regions that alter antigen processing have not been defined in natural human infections. In human histocompatibility leukocyte antigen (HLA)-B57+ HIV-infected persons, immune selection pressure leads to a mutation from alanine to proline at Gag residue 146 immediately preceding the NH2 terminus of a dominant HLA-B57–restricted epitope, ISPRTLNAW. Although N-extended wild-type or mutant peptides remained well-recognized, mutant virus–infected CD4 T cells failed to be recognized by the same CTL clones. The A146P mutation prevented NH2-terminal trimming of the optimal epitope by the endoplasmic reticulum aminopeptidase I. These results demonstrate that allele-associated sequence variation within the flanking region of CTL epitopes can alter antigen processing. Identifying such mutations is of major relevance in the construction of vaccine sequences.

Sign in / Sign up

Export Citation Format

Share Document