Хроническая обструктивная болезнь легких (ХОБЛ) - это многофакторное хроническое воспалительное заболевание респираторной системы. Одной из причин трудностей в идентификации маркеров ХОБЛ является фенотипическая гетерогенность. Цель - идентификация новых молекулярных маркеров патогенетических изменений, связанных с фенотипической гетерогеностью ХОБЛ на основе анализа профиля экспрессии генов вовлеченных в развитие иммунного ответа в мононуклеарных клетках периферической крови и анализа ассоциации полиморфных вариантов новых кандидатных генов с развитием ХОБЛ. Проведен сравнительный анализ профиля экспрессии панели 84 генов, кодирующих цитокины, хемокины в PBMC пациентов с различными фенотипами ХОБЛ: с частыми обострениями N=10 и редкими обострениями N=10 и контрольной группе N=10. Для анализа ассоциации использовали образцы ДНК больных ХОБЛ (N=601) и контроля (N=617), методом ПЦР в реальном времени проведен анализ 56 полиморфных локусов генов JAK/STAT-, NFKB1-сигнального путей, кодирующих белки, вовлеченные в реализацию реакций иммунного ответа и воспаления. Выявлены значимые изменения профиля экспрессии ряда генов в группе больных ХОБЛ с частыми обострениями. Впервые получены данные по вкладу полиморфных локусов генов JAK1, JAK3, STAT3, ICAM1, PECAM1, SAA1, NFKB1, IL17A, CCR2, CCR6, CCL8, CRP, CX3CL1, CXCR2, CXCR1, TNFRSF1A, IL20, IL19, в развитие данного заболевания. Выявлены специфические генетические маркеры развития фенотипа с частыми обострениями: CXCR2, TNFRSF1B, CCR6, TNF, IL1B, IL10, JAK3, PECAM1. Установлена ассоциация полиморфных вариантов генов TNFRSF1B, TNFRSF1A, CCL23, CXCR2, JAK1, NFKB1, PECAM1, ICAM1, STAT1, LTA, CD14, CXCL12, CCL20, ADIPOR1 и CX3CR1 с показателями функции внешнего дыхания. Определена взаимосвязь аллельных вариантов генов: IL17A, JAK1, JAK3, NFKB1, CCL5, CCL11, CCL17, CXCL8, TNFRSF1A, CX3CL1, CCL8, CCR6, CXCR2, IL19, IL20 с индексом курения.
Chronic obstructive pulmonary disease (COPD) is a multifactorial heterogeneous chronic inflammatory disease of the respiratory system predominantly affecting the lower respiratory pathways and the lung parenchyma. One of the reason for difficulties in identifying of COPD markers is phenotypic heterogeneity. The goal of the study is the identification of new molecular markers of pathogenetic changes associated with phenotypic heterogeneity of COPD based on the analysis of the expression profile of genes involved in the development of the immune response in peripheral blood mononuclear cells and analysis of the association of polymorphic variants of new candidate genes with COPD. Methods: to identify differential gene expression in COPD we performed expression profiling of 84 cytokines and chemokines genes in peripheral blood samples from COPD (N=10 with frequent exacerbation phenotype, N=10 rare exacerbation phenotype) and N=10 smoking controls. RNA was isolated from PBMCs, and gene expression was assessed using RT2 Profiler PCR Arrays «Human Cytokines & Chemokines PCR Array»» (Qiagen, Valencia, CA, USA). 56 SNPs of JAK / STAT-, NFKB1-signaling pathway and inflammatory response molecules genes were genotyped by the real-time polymerase chain reaction (TaqMan assays) in a case-control study (601 COPD patients and 617 controls). Results. Significant changes were revealed in the expression profile of several genes in “frequent exacerbator» COPD phenotype. The results indicate a down-regulation of inflammatory molecules in “frequent exacerbator» COPD phenotype. For the first time, we indicated the contribution of JAK1, JAK3, STAT3, ICAM1, PECAM1, SAA1, NFKB1, IL17A, CCR2, CCR6, CCL8, CRP, CX3CL1, CXCR2, CXCR1, TNFRSF1A, IL20, IL19 genes polymorphisms to COPD. Specific genetic markers of “frequent exacerbator” COPD phenotype have been identified, which are modifiers of COPD progression, including polymorphic loci of the CXCR2, TNFRSF1B, CCR6, TNF, IL1B, IL10, JAK3, PECAM1 genes. A significant genotype-dependent variation of lung function parameters was observed for CXCR2, JAK1, NFKB1, PECAM1, ICAM1, STAT1, LTA, CD14, CXCL12, CCL20, ADIPOR1 and CX3CR1 genes. The relationship of IL17A, JAK1, JAK3, NFKB1, CCL5, CCL11, CCL17, CXCL8, TNFRSF1A, CX3CL1, CCL8, CCR6, CXCR2, IL19, IL20 genes with smoking pack-years was found.
Peripheral Blood Gene Expression Signatures of Eosinophilic Chronic Obstructive Pulmonary Disease
