mRNA Expression Analysis and Classification of Colonic Biopsy Samples Using Oligonucleotide and cDNA Microarray Techniques

A vastagbéldaganatok korai diagnosztikája, terápiája, követése napjainkban sem teljesen megoldott. Munkánk során a vastagbéldaganatok biomarker-vizsgálatát, génexpressziós elemzését és osztályozását végeztük. Munkacsoportunk vizsgálatai alapján megállapítható, hogy a biopsziás minták oligonukleotid microarray-vizsgálati módszere az Affymetrix minőségi kritériumoknak messzemenően megfelelő, standardizált és jól reprodukálható. Megállapítottuk továbbá, hogy a Taqman mikrofolyadék-kártyarendszer alkalmas a chipen mért génexpressziós változások nagy teljesítményű, gyors és költséghatékony valós idejű PCR-es megerősítésére. Kimutattuk azt is, hogy az oszteopontin és az oszteonektin fokozatosan emelkedő mRNS- és fehérjeexpressziója erősen korrelál a vastagbél adenoma-dysplasia-carcinoma szekvencia előrehaladásával. Tíz, a colorectalis adenoma-dysplasia-carcinoma átmenettel párhuzamosan fokozódó mRNS-expressziójú, valós idejű PCR-rel is megerősített szöveti markert azonosítottunk, amelyet még nem írtak le az irodalomban. Vizsgálataink során 27, 13, illetve 10 „top” gént azonosítottunk, amelyek mRNS-expressziós mintázata a vastagbél-adenomával, a colorectalis carcinomával, illetve a gyulladásos bélbetegségekkel asszociálódik.

Download Full-text

Functional mRNA expression analysis and classification of colonic biopsy samples using overall cDNA microarray technique

Orvosi Hetilap ◽

10.1556/oh.2008.28056 ◽

2008 ◽

Vol 149 (5) ◽

pp. 219-232 ◽

Cited By ~ 1

Author(s):

Orsolya Galamb ◽

Ferenc Sipos ◽

Elek Dinya ◽

Sándor Spisák ◽

Áron Somorácz ◽

...

Keyword(s):

Mrna Expression ◽

Expression Analysis ◽

Colitis Ulcerosa ◽

Trail Receptor ◽

Tnf Receptor ◽

Rt Pcr ◽

Colonic Biopsy ◽

Mrna Expression Analysis ◽

Microarray Technique

A vastagbél-biopszia általános mRNS-expressziós analízise segíthet a helyi kóros elváltozások molekuláris hátterének megismerésében, a gyulladásos és daganatos colonbiopsziák molekuláris mintázat alapján történő osztályozásához. Módszerek: Friss fagyasztott endoszkópos vastagbél-biopsziából teljes RNS kivonása és T7-módszerrel való amplifikációja történt. A génexpressziós mintázatot Atlas Glass 1K microarray-ken határoztuk meg. A microarray minőségi ellenőrzés után a következő minták adatai voltak értékelhetők: 10 colonadenoma, 6 vastagbélrák (CRC) és gyulladásos bélbetegség (IBD: 3 colitis ulcerosa és 3 Crohn-colitis). Többváltozós statisztikai és sejtfunkcionális elemzés történt. Az expressziós adatokat valós idejű RT-PCR-rel és immunhisztokémiával erősítettük meg. Eredmények: A kiválasztott gének diszkriminanciaanalízisével helyesen a 22 minta 4 paraméter alapján (hősokktranszkripciós faktor-1, bystin-szerű, kalgranulin-A, TRAIL receptor-3) osztályozható volt. A gyulladásos bélbetegségekben a kemokin ligand-13, a replikációs protein A1, az E74-szerű faktor-2 fokozott működése, és a TNF-receptor-asszociált faktor-6, a BCL2-interacting killer gének csökkent működése volt jellemző. Adenomában növekedett TNF-receptor-asszociált faktor-6, replikációs protein A1 és E74-szerű faktor-2, valamint csökkent BCL2-asszociált X protein és kalgranulin-A mRNS expresszió volt kimutatható. A vastagbélrákban szignifikánsan megnövekedett az epidermális növekedési faktor receptor, a topoizomeráz-1, a v-jun, a TNF-receptor-asszociált faktor-6 és a TRAIL receptor-3 expressziója, és csökkent a RAD51 és a RAD52 DNS-javítási gének, a protein-foszfatáz-2A és BCL2-interacting killer-mRNS szintje. Az eredményeket epidermális növekedési faktor RT-PCR, immunhisztokémia és topoizomeráz-1 RT-PCR is megerősítette. Következtetések: A biopsziás vastagbélminták objektív, génexpressziós mintázatokon alapuló osztályozása megvalósítható a cDNS microarray-vizsgálatok eredményeinek funkcionális és többváltozós elemzésével. Betegségspecifikus génexpressziós mintázatok megismerése segítséget nyújthat a nem egyértelmű szövettani diagnózis kiegészítésében, pontosításában.

Download Full-text