scholarly journals Análise in silico do DNA genômico de três espécies do gênero Candida para verificação de ocorrência de microssatélites e observação de semelhanças interespecíficas

2017 ◽  
Vol 9 (1) ◽  
pp. 6
Author(s):  
Letícia Vieira Barbosa ◽  
Iven Neylla Farias Vale Mendes ◽  
Marcia Barros Alves ◽  
Bruno Carvalho Campelo ◽  
Karol Cristina Fonseca Moura ◽  
...  
Keyword(s):  
Candida Albicans ◽  
In Silico ◽  
Simple Sequence Repeat ◽  
Sequence Repeat ◽  
Simple Sequence

Nos últimos anos, estudos epidemiológicos apontam a contribuição relevante que fungos do gênero Candida, especialmente Candida albicans, vêm dando às infecções hospitalares e comunitárias, seguidas de altas taxas de morbidade e mortalidade, principalmente de lactentes e pacientes imunocomprometidos. Os protocolos comumente conhecidos para análise e identificação das espécies são muito caros e demorados e, por isso, estudos in silico dos microssatélites ou SSR (Simple Sequence Repeat) se tornaram importantes marcadores moleculares proporcionando à engenharia genética uma estratégia para ligar variações do genótipo às variações fenotípicas sem a utilização de métodos caros e demorados de análise. O presente trabalho avaliou a presença de SSR em sequências de DNA de diferentes espécies de Candida depositadas no GenBank a fim de detectar possíveis diferenças entre elas através de programas específicos. Em Candida albicans foram identificados maior número de SSR além de maior variedade de motivos (repetições). Foi detectado um número reduzido de microssatélites em C. tropicalis (cinco) e nenhum foi encontrado em C. parapsilosis. A utilização de SSR como ferramenta de identificação de Candida foi considerada satisfatória, pois revelou importantes diferenças entre as espécies analisadas quanto a presença e os tipos de SSR.Palavras-chave: Candida, microssatélite, SSR, Candidíase 

scholarly journals Bước đầu xây dựng bộ chỉ thị SSR của DNA dưa leo và nhiệt độ bắt cặp tối ưu của các mồi SSR cho phản ứng PCR

2021 ◽  
Vol 16 (1) ◽  
pp. 112-125
Author(s):  
Lương Hiếu Ngân ◽  
Hồ Thị Bích Phượng ◽  
Nguyễn Như Thành ◽  
Hoàng Thị Thuỳ ◽  
Cao Tiến Sang ◽  
...  
Keyword(s):  
In Silico ◽  
Simple Sequence Repeat ◽  
Dna Marker ◽  
Sequence Repeat ◽  
Simple Sequence

Bản đồ liên kết phân tử với mật độ chỉ thị cao cần được xác định trước khi thực hiện chọn giống bằng DNA marker trong đó các chỉ thị này có sự liên kết chặt với các tính trạng quan tâm. SSR (Simple Sequence Repeat - Trình tự lặp lại đơn giản) là một marker phân tử được dùng để xây dựng bản dồ liên kết phân tử và có thể phân biệt được các dạng dị hợp và đồng hợp của gene. Mục tiêu của nghiên cứu là xây dựng bộ chỉ thị SSR có liên kết với các tính trạng quan trọng trong chọn giống dưa leo và xác định được điều kiện tối ưu cho phản ứng PCR khuyếch đại DNA dưa leo từ những SSR này. Thực hiện khai thác in silico để xây dựng bộ dữ liệu SSR. Tối ưu hoá phản ứng PCR bằng chạy gradient nhiệt độ cho các mồi SSR. Chúng tôi đã xác định được 52 SSR có liên kết với các tính trạng quan trọng trong chọn giống dưa leo. Điều kiện nhiệt độ bắt cặp tối ưu 46 SSR trong phản ứng PCR khuếch đại DNA dưa leo đã được xác định. Đây là dữ liệu quan trọng cho bước sàng lọc các cây phân ly trong quá trình chọn giống dưa leo tiếp sau đó.

scholarly journals Broad Conditions Favor the Evolution of Phase-Variable Loci

mBio ◽  
2013 ◽  
Vol 4 (1) ◽  
Author(s):  
M. E. Palmer ◽  
M. Lipsitch ◽  
E. R. Moxon ◽  
C. D. Bayliss
Keyword(s):  
Haemophilus Influenzae ◽  
In Silico ◽  
Simple Sequence Repeat ◽  
Phase Variation ◽  
Phase Variable ◽  
Infection Cycle ◽  
Sequence Repeat ◽  
Ssr Loci ◽  
Stochastic Switching ◽  
Simple Sequence

ABSTRACT Simple sequence repeat (SSR) tracts produce stochastic on-off switching, or phase variation, in the expression of a panoply of surface molecules in many bacterial commensals and pathogens. A change to the number of repeats in a tract may alter the phase of the translational reading frame, which toggles the on-off state of the switch. Here, we construct an in silico SSR locus with mutational dynamics calibrated to those of the Haemophilus influenzae mod locus. We simulate its evolution in a regimen of two alternating environments, simultaneously varying the selection coefficient, s, and the epoch length, T. Some recent work in a simpler (two-locus) model suggested that stochastic switching in a regimen of two alternating environments may be evolutionarily favored only if the selection coefficients in the two environments are nearly equal (“symmetric”) or selection is very strong. This finding was puzzling, as it greatly restricted the conditions under which stochastic switching might evolve. Instead, we find agreement with other recent theoretical work, observing selective utility for stochastic switching if the product sT is large enough for the favored state to nearly fix in both environments. Symmetry is required neither in s nor in sT. Because we simulate finite populations and use a detailed model of the SSR locus, we are also able to examine the impact of population size and of several SSR locus parameters. Our results indicate that conditions favoring evolution and maintenance of SSR loci in bacteria are quite broad. IMPORTANCE Bacteria experience frequent changes of environment during the infection cycle. One means to rapidly adapt is stochastic switching: a bacterial lineage will stochastically produce a variety of genotypes, so that some descendants will survive if the environment changes. Stochastic switching mediated by simple sequence repeat (SSR) loci is widespread among bacterial commensals and pathogens and influences critical interactions with host surfaces or immune effectors, thereby affecting host persistence, transmission, and virulence. Here, we use the most detailed in silico model of an SSR locus to date, with its phase variation calibrated to match the mod locus of Haemophilus influenzae. The type III restriction-modification system encoded by mod participates in the regulation of multiple other genes; thus, SSR-mediated phase variation of mod has far-reaching cis-regulatory effects. This coupling of phase-variable switching to complex phenotypic effects has been described as the “phasevarion” and is central to understanding the infection cycle of bacterial commensals and pathogens.

scholarly journals In silico polymorphism analysis for the development of simple sequence repeat and transposon markers and construction of linkage map in cultivated peanut

2012 ◽  
Vol 12 (1) ◽  
pp. 80 ◽  
Author(s):  
Kenta Shirasawa ◽  
Padmalatha Koilkonda ◽  
Koh Aoki ◽  
Hideki Hirakawa ◽  
Satoshi Tabata ◽  
...  
Keyword(s):  
Linkage Map ◽  
In Silico ◽  
Simple Sequence Repeat ◽  
Polymorphism Analysis ◽  
Sequence Repeat ◽  
Cultivated Peanut ◽  
Simple Sequence ◽  
In Silico Polymorphism
Sign in / Sign up

Export Citation Format

Share Document